MmuINT0179461 @ mm9

Intron Retention

Gene

ENSMUSG00000045519 | Zfp560

Description

zinc finger protein 560 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1915280]

Coordinates

chr9:20149580-20154107:-

Coord C1 exon

chr9:20154025-20154107

Coord A exon

chr9:20153604-20154024

Coord C2 exon

chr9:20149580-20153603

Length

421 bp

Sequences

Splice sites

5' ss Seq

CTGGTAAGA

5' ss Score

9.45

3' ss Seq

CTTATATTTTTAATCAACAGCCA

3' ss Score

6.46

Exon sequences

Seq C1 exon

ACTGGGCTATACAACTTAACCCCAGAGGGACAATGTTTCAGCGGGATATTTTTCAGTTAAAAATGTCAAATGAGATACAACTG

Seq A exon

GTAAGAGTCACAAGAGATATTTCATATTTTTCATTGAAGTAGACTGGGTATTTCATATAAATTTTACAAAATGCTTACAGATAAAGAGGTATTAGAGAAAAATAGCCTGCATCCACAGGAGTAGTATCTAAAAAAATGTCCTAATCTTTGTTTGAAACTTGAGTTCCCATTAGCACATAGTCCTACCTATAGCCATAGACACTGGGCTTTTAAAACAAGTTCCTGGAAGCACAGGAAGCCTTTCAGAGTTAGAACAGATGGCACACGATTCTTGCAATAGGATTTTTTCATCCACATTGAGTGAAATGCATGTAATTAAAATGGGAGAAAAAATCATCCTCATCATGTTCTTAGATAAGTGAAGTATACTAATACATTTGAAGTCATTTTAATATCTTCATCTTATATTTTTAATCAACAG

Seq C2 exon

CCAAATAGCCACAATGGAAAGGAGCTCTGTGACATTAAGCCACCTGGAGAAATCATCAAAGAGCCTCCATGCAGTCTGACATACATAGGTATTGAAAACACAGGGAACATTTATGATTGTGTTCAGTATGGACAGCTCTTTCCTGTTTGTCCTAAGGAGACTTCCTCTGCAGACACTGGTCCTGGATTACGCCAGTATGGAAAAGACTTCAGTATGATTGCAAGTACAGCTTACCAGACAACATGTGTACAAAGCAAATTCATTGAATCCAGTGAATTTCAGCAAGTCTTTGATAGTCAGTCATCCCTTCAGAGGCCTGGGGGAAGTCACAGTGAAGACAAACTCTCTGAGTCGGTGCAGTGTGGTGATACTTTTAGTCCAGCCTTGAGTCATGCTGAGAGTGCTCAAACATGCACTGGAAAAAAATCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAGAGTTTTAAATATTCTGCCAACCTTAATATTCATATGCGTACTCACACTGGCGAGAAACCTTACCAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTTTCTAGGTGTTATCCACTAACTCAGCACTTAAAAACTCACACTGAAGAGAAGCCCTTTGAATGTAAGGTTTGTGGGAAATGCTTTAGAAATTCCTCATGTCTTAATGACCACTTTCGGGTTCACACTGGAATAAAACCCTATAAATGTAAGGACTGTGGCAAAGCCTTTACCGGGCGATCTGGCCTTAGTAAACATTTACCAACACATACTGGAGAGAAGCCTTACGAATGTAAGGAGTGTGGGAAAGCCTTTCCTTCAACCTCAGGCCTTATTAAACATATGAAAAGTCACATGGGAGAGAGACCCTTTGAATGTGATCACTGTGGAAAGGCCTTTGCTTCTTCCTCAACCCTTATTACACATTTGAGAACACACACTGGAGAGAAGCCCTTCGAGTGTCAAGTCTGTGGGAAGGCATTCACATGTTCTTCTTATCTTCGAATTCACATGCGGACTCACACTGGAGAGAAGCCCTATGTATGTAAGGAGTGTGGCAGAGCCTTCACTGAGCGCACAAGCCTTACTAAACATTTACGAACACATACTGGAGAAAATCCCTTTGAGTGCAATATGTGTGGAAAAGCGTTTGCATGTTCCTCCTACCTTCATAATCACATACGGACTCACACTGGAGAGAAACCTTATGTATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCACTGTTTCTTCACATCTAAGTAAGCATGTAAGAATTCACACAGGAGAGAAACCCCATAAGTGTGAGGAGTGTGGGAAAGCATTCACTGTGCGCTCTGGCCTTACAAAACATATACGAACTCACACTGGGGAGAAGCCCTACAATTGTAAAGAATGTGGGAAAGCGTTCACTACATCCTCAGGCCTCCTTGAGCATAAAAGAAGTCACACAGGAGAGAAGCCATATGAATGTGACCAGTGTGGAAAGGCCTTTGCTTCTTCCTCCTATCTTATTGCACATTTGAGAATTCACACTGGAGAGAAGCCCTTTGAGTGTAATGAGTGTGGGAAAGCTTTTACTTGTTCCTCCTACCTTCATATTCATATGCGGACTCACACTGGAGAGAAGCCCTATGACTGTAAGGAGTGTGGGAAAACATTTGCTGTTTACTCTCATCTAAGTAAACATGTAAGGATTCACAGTGGAGAGAAAGCCTACACTTGTAAAAGTGATGGAATAGCCTTCAGTCGTTCTCATCGTACAGAACACTTGAAAAGTCTTGAGATAAATTCTTTTGTTGGAGGGAATGAAGAAACTGCTTTAGAAAGTTCTATTGCTTTAACGGTGCATCCAAATTCACAATGGCAAGAAAGCTTATCAGTGTAAGCCATTTGTAAAGTGATTGTTTATATCCTAGTTGTTGGTTTTCTGTCTAAACTACACCCCCACAGTTCCTGGCAGCAGCCAGGTATGCTCCTCCCCACAGTTACCTGGCAACAACCATGTAGGCTTGGCCCAGTATAAAAGGAGCTGCTTGGTCCCTCCTCTCTCTCTTGCCCCTTGTGCCCCCTCCCATTCCCTCCCCCCCCTCCATGTGGCCATAGCTGGACTCGACATCTCTACTCACTCCTTCTCTCTGCCTCTCTCTGCCTCTGCTACCGTCTTAACTCCCCTCCTCATGCCCTGAATAAACTCTATTCTATACTATACTGGCGTATGTCTGGTCCCTCAGGGTGAAGGGATACTTCTGCATGGTCCTCCTGTGTCACCCCTTTCCCTCACACCCCACCAGAACATACTCCTATAGCTCTTTCTCTTTTTATAATCACAACACTAGTTGACTTCAAAGACATAAAAGAAATCATGTTGCAAAGTTGCCTCATGAGGATTAAAGAACGGAGGAAGTGATCAGAATGCTCAAAACCCAGCTCACACAAACTCACTTTGAAGCTTCACAAAGTCACAAACATGGACAGTCTTTGCTGTTTCTAAGGCTTTTTATAAGTATGTGAGAGAAATTCTGTTGACAGACAATGTGGAAAATTGTATTTTGCTCAGTTCTTTGATGATTACCCACAGTACAACAGTGGAGGACTTTGTGAACGTAAGAAATGTTGGAAAGTAATTATTTGCATTAGTCATCAACATTCAATAAAGTGATTCACATTTGGAAAACTTCATGTATAGAATATTGGGGATTGTTTGTATGTCTTAAGATTTTATATACTAGTAGAAATGGCTTTCTTGGTGGTTTTATAAGCTTATTTTGGCTGTTTTTTTGCATTTTCAATTTTTGAGATTTTTAATATTTGCACATAGTTTTAAGATGTACAAGCTTCTATAGAATATACTATGAAACAATTATTAGGCTAATTAAAATGTGATACAGTAATTTGGTTTTGGTATTATGAAGCACTTTTTACTATCAGAAATTTCAGGTAATTCACACAATTAACTGTATTCACTAATTGTACTTTTAAGTTGTTCATTTTATAATTGAAAGTTTGTAACCTTTATCAGTAACTCATAAACATTAACTTGTTAAAGACAGGCTCTCACTGTTTAGCTCTGGAACTCACTGTGTAAACTAGCTTGGCTTTGAACTCACAGAGGTCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAATGCATACACTGCCATGCCCAACTATACTTCATATTTAAATAAGATAATACATTGTTTTTAGTTTTTATGTGTCTGACTTATTTTCACCTAACAAAATGTCTTCTAGTTTCATCACTGCTGTCTTGGATGACAGACAGACTTTTCTTTAAAAAACAAAAGGGGGTAGACATTTTTTTATGCACAGACTCAAAATATTTGTATGTATGTGTATATGTATTGTGTGTTTGCATGCGTCTCTGTGTGTATGAATGTGGCCTCTACAGCTAAGAGACTTGGGTTTTATCCTAGCTTTCCACTTGTAGACAGAGTCAATTTATTATCTTTCCAGCCCCTATGAAAGTTTCTTTACACAAAAGAACACTTAGATTGTTTACATACTTTATTGTTGGTACTGTTACATTGAATATATATTACAGGTATCTCTTTAAGCATTCCTTAAGTGTATGGTCATAATCAGTTTGTTGGAGTATTTAGTTGGTGTAGTTATAGTTTTATGAGGAGTTTTGATGCTGCTTTCCAGATAACTCTACCAATGTTTCTTTCATTCAAAACAGAAATATATGCAAACAGTTTTGTCTTTCTTGTTTACATGTCATTCCTTTTTCTTATTTAATTGTCTCAAACTTGCAATATTATGATGAATATAAGTTCCAAGCAGGGTTATTGTTGTACTTGATCTTAAAGGAATAGCTCTGGACTTGCACTGAGAATGATGACAGCTACTGGCTTGTCATATGTATACAGTCACTAGCAAATTAAGGTGCAATCATTTCTGTATCCAACTTGAGAGTATCATGAAAGGATGTTAACCTTTTAAGTGCCTTTTATATTTGTAACATTTTCTTTTTTCTTTTTTACAACTCATTACCTTTTGTTTTTTATTAAACTAATAAAATTTATTTTAACAT

VastDB Features

Vast-tools module Information

Secondary ID

ENSMUSG00000045519-Zfp560:NM_001004190:6

Average complexity

IR-S

Mappability confidence:

NA

Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available

Features

Disorder rate (Iupred):

C1=0.000 A=NA C2=0.040

Domain overlap (PFAM):

C1:

NO

A:

NA

C2:

PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF097235=Zn-ribbon_8=WD(100=6.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=3.1)

Main Inclusion Isoform:

NA

Main Skipping Isoform:

ENSMUSP00000065620