MmuINT0179578 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000069476 | Zfp616
Description
zinc finger protein 616 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:3650906]
Coordinates
chr11:73885160-73900803:+
Coord C1 exon
chr11:73885160-73885242
Coord A exon
chr11:73885243-73896373
Coord C2 exon
chr11:73896374-73900803
Length
11131 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGA
5' ss Score
7.61
3' ss Seq
TTTTGCTTTATTACTTTCAGCTT
3' ss Score
8.88
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000069476-Zfp616:NM_001177570:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.022
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: