MmuINT0180470 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000021945 | Zmym2
Description
zinc finger, MYM-type 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1923257]
Coordinates
chr14:57521533-57530197:+
Coord C1 exon
chr14:57521533-57522389
Coord A exon
chr14:57522390-57529914
Coord C2 exon
chr14:57529915-57530197
Length
7525 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
CTATATATTTTGTTTTTAAGATT
3' ss Score
8.13
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTTTGGCATGGACACAAGTTCAGTGGGAACGTTAGAACTGACTGATCAAACTCCTGTCTTATTAGGAAGTACAGCCATGGCAACTAGTCTCACGAACGTAGGAAATTCATTTAGTGGCCCACCTAATCCTTTAGTGTCTAGATCTAGTAAGTTTCAGAACTCATCAGTAGAAGATGATGATGACGTTGTTTTTATTGAACCTGTACAACCTCCTCCATCTTCTGCACCTTTGGTTGCTGATCAAAGACCCATAACATTTACATCTTCAAAAAATGAAGAACTACAAGGAAACGATCCCAAAATTCTTCCTTCATCGAAAGAGTTGGCCCCGCAAAAGGGCAGTGTAAGCGAGACAATTGTTATTGATGATGAAGAGGACATGGAAACAAATCAAGGACAAGAGAAGAGTTCCTCAAATTTTATTGAAAGGAGACCTTCTGAAACTAAAAACAGAACTAATGATGTGGATTTCTCCAGTTCCACTTTTTCAAGAAGTAAAGTAAACGCAGGAGTGAGTAACAGTGGTATTACCACAGAGCCAGACTCGGAGATTCAGATTGCTAATGTTACAACCTTAGAAACAGGCGTAAGCTCTGTGAGTGATGGCCAGCTAGAAAGTACTGATGGGAGAGATATGAACTTAATGATTACTCATGTCACATCACTGCACAACACCAGCCTGGGAGATGGCTCCAACGGACTTCAGTCCAGTAACTTTGGTGTGAATATACAAACGTACACCCCATCTCTAACGTCACAGACCAAGGCTGGAGTTGGACCTTTTAATCCTGGTAGGATGAATGTTGCAGGAGATGTATTTCAGAATGGAGAGTCTGCACCTCATCACAATCCTG
Seq A exon
GTAAGAAGTCATATTTTACTTCATAAAAATGAATTTAATATTTTGTTGGATACCTTTTTCATTGAAATAAAACTGTTGTTTGGTGTCTATAGAAAATGTTTTAATTTTGTTAATATTAAAGTTTGAATTTGTTGTGTATAGTATTTGTGAAGTAGAATATTAGCAGTATAATTTTGTTTAATGAATTAAAAATACTGTATAAATTTAGCATATTTTATAGATTGCTTTTTGCTAATATTAATATCATGTAAATTAGAACAAAAAGATTAATAACATACTTAAAAACATTGTACAATAAATTCTACTTATTCCCTTATTTTTTTCATGTTTTTATTAAAGAATTGACTTAAGGTTTTTTTTTTTATTTCCTATCTTTTGAAGAAAGCAAAACACAGTTTTCATTTTTAAATTATTCTAAGGAATGATTGACATGCAAAAACTGTACCCGGTACAGCATAACTCTATTCAAGTCGATGACTTTGAGACCTTGTGCTTTGTGCTTGTTACCATCTTTGTTCTTTGAGATAGGGTCTCACTCTGTAGCATTGACTGGCCTGGAACTTGGTGCCTAATCCAGGGTGACCTTGGACTCAGAGATTTACTTTCCTCTGGGATTAAAGGCCTGTGGCAGCACACATATCTTGTGTTTGTTTTGATTGCTCATTTAGTGTTTTTTATTTTGTTTTCCAGTGTTTTTAATAAGCTCTTCATTTATTATTTATCAAAGTTGGTTCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCTCTCTCTTTCTTTCTTGTTTTTTAAATTTTTCTGAGTCAGGGTTTCTCTGCATCCATGGTTTTGCTGGAACTCACTCTGTACACCAGGTTGACCTCAAACTCAGAGATCTGCCAGCTTCTGTCTCCCTCTGCCTCTCAAGTGCTGGAACTAAAGGCAGGCCTGACCACTGCCTGGCTAAGTTGGAATATTTCTTTACTATTGGAAGGCCCCTCTTTGTGAGCTGCTTTGCTCTTTGAAAAATATTAAAATATAAATATTATAATAACTGGCCTTAGCTGGTTGTAGTGGCACATGCCTGTAGTTTCAGCCCTTGAGAGATGAAGGCAGAAGGATCAGGAATTCAAAGCTATCCTCTGCTACAAAGCACATTTGAGGGCATCTTACACTACAGTGAGACACTGTCTCAAAAAGGGCTCTCAAATCAACATACAAAACTGGTCTTTTCATAAATAACTGTATGTTGTTCTTTTCTGCATGAAGTTATGTCTTTCTACCTCAATTTCTATGTGTTTATCTTCACTTCATTATTTAGTCTCATTAGAAACTTTATTATTATTATAATATCTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACTAGAAGAGAGCATCAGATCTCATTGCGAATGATTGTGAGTCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGATCTTCGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAATCCTTATTATTAACGTTTAACACTTAGGAATTGTGTAAAATTAATTTGGGATAACTAAAATGTAGGTGATGTGCTCTTTGATATATATGAGTTTTAAAAAATCAGTTTAATGTGTATGAAAATTCGCCTGTGTATGTATCCACACCATGAGCTTGAGGAGGCCAGAACCCCCTGGAACTGGAATTATAGATGGCTATGAGCCTCCATGTAGGTGCTGGGAATTAATTGAACATGAGTCCTCTGAAAGTGCAGCCAATTACTTTTAACCTGTAACCCATATTTCCAGCCTGTTATTTTTGTTTATTTACTTCAACATTAGTATCTGATGAGTGAAGAACGTTTGCAAAATGCATAATTAAGAAAGAATGAGCATCAGGGGCTAGAGAGATGGCTGTCTTCCAGAGGACCCTGATTCAGTTCCCAGCACCTACATGGCAGTTCACAATTATCTGCAACTCCAATTTTAGGGTATCTGACACCCTTATACAAATATAAATACAGGCAGAACACCAATGCACATAAAATTAAAAATAAAAAAATAAAAATAACTAAAAAAAGAATAAGGGTCAATATCCCTTATTTTTATTAATTGAATATGTTCATCAATGCTGTGTATAGTTATCTTTAAGTCCTGTTTCTGTTTCTTTTAATTTAACCTAGTTGAAACATACTATAGTTTTTTGTTTTTAAAAATAAATTATTTAGATTTACTTTATTATTTTATGGATGTTTTGCCTAATCCGTAGACACAGAGAGACTGGACTTTGTGCACTTTTGAAACCTCAAAGCCTCCCTAGTGACATACTTACTCCAGCAGGGCCACACCTACTCCAGCAGGGCCACACTTAACTACTTTTTCTAATCCTTCTCTAGTAGTGCCACTTCCTGGTGACTAAGCATTCAAACCTATGAGCCTTTTGGGTGCATTCTTACATACATGTGCATGTACAGGCCAGTGCTCACTGTTGGCTATATTCCTCAACCACTTCTTTATTTTTAGGTAGGGTTTCTAAATGAAGCCAGTGGATTTGACTTGGCTCTCTGGCCAGCAAGCACTAGGATCTTCCTGTGTACACCTCAGTGCTGGGATTACGATGCACCTCACTGTACCTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTAGATTTTTTGAGATTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTACTCTGTAGACCAGACTGGCCTTAAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCCAAATGGTGGGACTAAAGGAGTGCGCCACCACTGCCCCATTTCTGTTTTTTTAAATGTGTATTCTAGGTGATGAAATTCTGGTTCTTATTCTTCCATGTAGAGTGCTTACCCAGATCTTTGTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTTGAGACAGAGTTTTATATAGCCCATACTTAGTTAGGTTCAGCATGTAACTAACAATGACCTTGAATTACCAATCTTTTTGCTTTTACCTTCTGAGTGGATTACAGGCCTGCATCCCACCATGCCTATATAATTATATATATATATAATTTTTTTTTTTTACTTTTCTCCTTCCTGACAGATTCAGGAAAAAAATAAAAAAATATGTATTTGCATACATGCTGTCTTGATTACTTTTATATTTCTGTGATAAAACACCAAGACAAAAAGTAGTAACAGGAGGAAATGGTTTATTTCAGCCTACATGTCCTGACCATTTTGTATTGAATAGAAGGACAGAAACCTAAGCCTAGAATGTGGAGGCAGAAGCTGCTGTGGAGGCCATGCAGTAGGTTGCTTATTGGCTTACTCTCTCCTGGCTCGTTCAACCTGCCTTTCAGTAGCCCAGAACTGCTTGCCCAAGGATGGCACCACTCACAAAATAGGCTGGGCTCTCCCATATTGGTCAGTAGTTAAGGCTAGCCTGTAGACAGATCTTATGGAGGCATTTTCTCCATTGAGGGTCTCTTTTCTCAAATAACTCCAGGTTGTGTCAAGTTTACATAAAGCTACCCTGGACACAGACAAAGCCCTGCAGGAGTCAGGTTCTCTCCTGTCTTGTAGGTCCTGGGGCTTGTTGACAAGTGCCCTTAACCTGCTGAGCCATCTCACTTCCTCATGCTTAGGTTTTTGCAGTGTTCAGGATCAGCTTGCTATACAGACACTACTGAGCCATATGCCCAGATTGAGCATTTTGACTTATGACATATATTGCCATATGTTTTTTCAGAACAGTTTTACCAATGTATGCTACTACCAGGTATATATTAGTACGTTTTTCATTGTAGCTTTTTATTAGTTGATATAAATGTGGTCAGAGTTAGTTTGTCCTCAATGTTAGTTTTAGAATAGCTGTTTTTTAATCATTATAAGTATATTAACAATATTAATATGAAAAAGCAGATAGCATTAATTGTTACCATTAGGAAGAACCAATCACTTCAGCTAGGGTCACATAGTGAGACCCTGTCTAAAAAATAATTGATAATATCTATAATTCTGAGAACATCATGTAGATACGGTTTTGAAATCTCTATACCATTCCTTTAAATACCTAACAGTTTTTTCTTTCTAAAAGATTTTATTTTTACTTATGCCTTATGTGCCTGTCTGTTATGTGCATGGACATGTACAAGTGCCTGTAGAGGATAGAGGGGACATTGGATCTTTCACAGCTGAAGTGGAAGGGAAGTGAAAGGTAGTTGTGAGCTGTCTGACATGGGTGTTGGGTACTGAACTTCAGTCCAAGAAGCGTACCAACTGTTCTTGACTGCTGAGCTATCCCTCCAGCCTCTACAGTAGTTTCTAAAGTTTGACTATGTCAAGTTTATGTGATATCAAAGTTCTTTTATTTATTTATTTATTTTTTAATCAAAGTTCTTGATTCTCTCTCTCTTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTTTTTTTCCGGGGGAGGGTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTTAGAGATCCTCCTGCCTCTGCCTCCGGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACCATGATTCTCTTAGTTCTGGTTTTTTAAATGTAATTATTTTTAATATATGCATTTTTTTAGTTTTATTTCTTTAGTAATATTGATGGGCCATAAAAATTATGTACTACTCATACTGCTTATTTATTATGTAAAGGAATGTAAAATTCACTTAAGTAAGAACAATGTAGAAGCTGGCAAAATAGGTCAATGAATAAATGCCCTTGTCACTTGAGGCTCATCCCTGGAATTCATATGGTGGAAGAGGAGAGCTGTCTCCCAGTATTAGAGCTGACTTCTGCAAGTTGTTAAAAAACACGAGAACAACAACAAAAAGCCCAAACCAATCCCTCTCTGAAAACCTAAAATGCAGTTAGACTGATACAGTTTTTAATTAGCTCTTATATTTTTAGGCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGT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Seq C2 exon
ATTCTTGGATCTCCCAGTCAGCATCATTTCCTCGTAACCAGAAACAACAAGGGGTGGATTCTTTATCACCAGTGGCCTCACTTCCTAAACAGATATTCCAGCCCTCGAACCAACAACCCACTAAACCAGTTAAAGTCACTTGTGCAAACTGCAAAAAACCTCTACAGAAGGGGCAGACAGCTTACCAACGCAAAGGATCAGCTCACCTCTTCTGTTCAACCACCTGCCTTTCTTCTTTCTCCCATAAGCCTGCTCCAAAGAAACTCTGTGTTATGTGTAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000021945-Zmym2:NM_029498:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.982 A=NA C2=0.337
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=WD(100=43.2),PF064679=zf-FCS=PU(28.9=13.7)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: