BtaINT0164736 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020403 | ZMYM2
Description
zinc finger MYM-type protein 2 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001095377]
Coordinates
chr12:36430513-36435392:-
Coord C1 exon
chr12:36434536-36435392
Coord A exon
chr12:36430799-36434535
Coord C2 exon
chr12:36430513-36430798
Length
3737 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGC
5' ss Score
8.69
3' ss Seq
GTGTGTGTTTTTTTTTTTAGATT
3' ss Score
12.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCTTTGGCATGGACACAGGTTCAGCAGGAGGATTGGAAGTGACTGATCAGACTCCTGTTCTGTTGGGGAGGACAGCCATGGCAGCTAGTCTCACGGATGTAGGAAATTCATTTAGTGGGCCACCTAATCCTTTAGTGAATAGATCTAATAAATTTCAGAGTTCATCAGTGGAAGACGATGATGATGTTGTGTTTATTGAACCAGTACAACCACCTCCTCCTTGTGCACCAGTGGTGGCTGATCAAAGAACCATAACATTTACATCATCGAAAAATGAAGAGCTGCCAGGAAATGATTCCAAAATTCTTCCTTCCTCAAAAGAATTGGCTTCTCAGAAGGGGAGTGTAAGTGAGACGATTGTCATTGATGATGAGGAGGATATGGAAACAAATCAAGGGCAAGAGAAAAATTCCTCCAGTTTTATTGAACGGAGACCATCTGAGTCTAAAAACAGAACCAATGATGTGGATTTCTCCCCTTCCAGTTTTTCAAGAAGTAAGGTAAATGCAGGAATGGGTAATAGTGGTATCACCACAGAACCAGACTCTGAGATTCAGATCGCTAACGTTACGACCTTAGAAACAGGCGTCGGCTCTGTGAGTGATGGCCAGTTAGAACACACTGACGGGAGAGACATGAACCTGATGATCACACACGTAACATCCCTGCAGAATGCCAGCTTGGGAGATGTCTCTAATGGACTGCAGTCAAGTAATTTTGGTGTTAATATGCAAACATACACCCCGTCTTTAACTTCACAGACCAAGACTGCAGTAGGACCTTTCAATCCTGGTAGAATGAATGTGGCAGGAGACGCATTTCAGAACGGGGAGTCTGCAGCTCATCACAACCCTG
Seq A exon
GTAAGCAGTGAGGGTCCTCTCCCGCTCCCCCTTTAGGGGTTGTTTACAGGCAGGTTCTTCTTTCATTGTCCTAATTGGTGCTACTTTGGTTAGTTTACTCATGTAAGATGTGTTAATTCTATTGACTTTCAAGTTTCAAATTTTAACTAATAAGAGATGTAAACTATGTATGTAATATTTCTCTGTAGAGTATTGGAAAATTAATCAGAACAAAATACTCTTTATAGTCACCATATTCTAATAATTTGGCATCCTATTTGTCATGTACTCATTTTATGCTCGTGTGTTTTTAATGGTATGGTTTTAATGTGCAAATAGAGAACGAAAAGATATTTAGTACATGTGAGGAGCAATATAATGTTGTGTAATTGCGTTTAGATTTGTGTTTTAATTTTGATTGCCTGTCTGATTTTAATTTTTACCTATTAGCACTAATTTTTTTTTAATATGTAAAGATTGGTAAATTTCTTGACTATTTGAAAATACTTTCTGCAGGCAGCTTTATTCTGTGGAAACTGTGAGAAGAGTTCTGTGGCTTTTCCCGACCACGTGAGGCCTGCCTGTCTCTCGTGTACCTTCTCTTCTTGGGCTTCATCATTTTAAGCTTGTTAGCAACTTTATCAGCCTAGGATTGTGGGGAATAATAAGAAATGACTGAAACCGAAGCTGTGTAGAATGTTTTGTGAAATGCTAGTTGTTTTTCTTACTTATTCTTTTCGGTTATGATAGTAATGTCTAATTACTGAAGAATATTTGGAAAATCCATAATTAAAAAATGGGGGGGAGAAACCCTTATAGGTGATTAACTGAAGGTTACCTACCACTGTTGATAATGGTTTGAGCGGCTGGTTGTCATTCTTTCTCCTTTGTTCTTCTTAATTTGCTTGAGTGAAGTTATTCATAATGTTCTTTCTTGTTTTCCCTCCACTTAATGTGGCTCTGTATTTTTTCATATCACTAAAATTGTTTATACATGGAAGTTGTAATGACTGCACAGTGGGTTTCATTATACCAGTCGCCATATTTGGCTTTTACACCATTTTCCTTTTTTGCTGTTGTTGGTATATGATGAACTTTTTTCCCCTCAAATTTCTGATGATTTCTTAGCATTTACTCCTAGAAGTAAAGTTACTGGGTCAGAGAGTGTCACTGCTTCTATCTGTCCAAAGATCATTGGTTATAAAAAGGTTCTGGTTTATAATGATTTTGAAAAAAGTGTGTTTCTTAATACTCAGTTTTGAAAAATTCTAATGTCTCCCAAGACCATTTCCCCTTGTATGTATTTACATATATTTGTTGGTAGGTCATTGATGTGCATATGTGTACGTGAATTTGTGAGAGCATTTTTAAGTTGTGGAAATAGTTTGTCATGCTGCCTTCTGGAAAGGTTTTACCAATTTAAACTGCTATCAGCTGTATATTAGAATATCTTTCCTACTGGCTCACTTTTTATAAAAGTTTAAGACATGATAATAGTCAAATTAGTTTCAAAACAGCTATTTTGTCTCATAATTTTAAATATATTAAAAATGTATGAAAAAGAACATAGTGTGCAGTCTTTACTGTTGAGGAAGGTACATTTAATTGTAACCTGAGATTGCAGGATAGGTCTAGCTTTGCACACTTTCCCTTCCTCCCTCCCCTTTAAATAAACAGTAGATTTTTAACTTTTGACCATATCAAGAGTATATGTTTGCATTTGGTAATTCTCTGTTTAGTTCAATTCCAGTTTTTAGTATTTAAATAACTCTTAAGAATATTCTTATCCATGTGTCTTGGGACCCCTAGTACTTGAGGACTGTTGCTGAGTCAGGGAATGTCAAGTGTGCATCAGAAAGCCAGACAGATACACCTCTTGCTCCTGAGTTTACCGATTAGCTCTTGTGTGTACCTGCGGTCTTTGTTTGTAATGGAGAATTACAACATCCTAGCTGTTTATGCTGGCTCTTAGACTAATGATGACTTTGGCAAATTAACCTCTATTCCTTGATGTCCCTTGTGTAAAACAGAGGTTTCAGACAGAATGCTTAAGTTCCTTCCATTCCTAAAAGTGTGTTGATGTTGGAGGAGGTGAAAATTTGAAAGTAGGGGAAATGTAAGAGTTAGAGTATAGCTAAAAGGAGCTACTGTGTATTTAGTTTACAGGGCCTAAAACTAAACTGAAAAAAAAATTGCCAATTTTCAAAGTCAAGTTAATAGATGATTTTAGGTTTAAATAGGTTCCTTTAAGTATATATTCAAATGAGAAGCCTACAGAGTTGAAAATTCTAAGGATCCACTTTATGTTGTAAAAGCTATTCCTTCTAACATATATTCAAATAAAATTTTTGTTTGACGGCCCTTCATGAGATGGAACTGCCATTTCAGTGATTTGCATTCTTCGTGTTCTTTAGTATTTTTACCTCTTCATTAAAACCGGCCCTCATGGTATCAGGATGACAGGATTCCAGAATGCACTTTGTTTACTCTCTGTATAAAGTATGGATTTATTTGGAGGGGTTTGTGGATTAGGTAAAATTTGACTAGCAGTATATGTAGCACCTGGAAACCATTAGGTCAATGAATGGACTGGTCAGAACCAGGAACTTGCCCTCTTTAAGGTTTTGATAGTAAAGAAATGTCCTCATACTCTAGATATTTTTGTACTTTGTTTTTCTTATAAAAGGACATCTTTTTTGTATGGAAGTTCAAATTTCACAAGGAGCTTGAAAGGAAAAATATTACAAGAGTACAAAGTAGTAGAAGTTAGAAGCAATAGCATGAAAAGTTTCAAAATGTAAAACGTTAGCCGTATTGGTATTGCTACAGTCTATGGGGTTGCAAAAGAGCTGGACACAACTGAGCAACGGAGCACGCGCACACACATTGGTGTTGCATCGGGAGGCTGTGGAGCAGTGACCAGTGGTGGGCTGGAAACTCACTGCTCATCCCACTGAAGCGGTCTGTGAAGGAGAGAGGGGTGGACCTCTGCTCCCCAGCATTGGGCTCCCAGCTCTCAGTGCCATGCCCGGTAGGCTGTGCTGCTGGCAGGGACAGCACCCCTGGGTGATGGTGCGTTGGTCCCCATGTCTGTTTAACACTCTGGTTTCTTTGATATTATGTGATGTACTTGGAGGCCATGGAATGAAACATGTATATGGAAAAGCTGTTCTCAGAAAGATTTATTTTAAACTTTTTATTAAAAATTTTTTTGGCTGTGCCATGCAGCATGTGGCATCTTAGTTCTCTGACCAAGGATCAAACCCATGCCCCCTTGCAGTGGAAGCATGGAGTCTTAGCACTGGACTGCAAGAGACGTTCCTAGAAAGATGTTTTGAGTATAATCATTTGTAAACTTTATCCAACCTATGTTATATTTGTCAAAGGTTCTGGTTGGTCGAGATTTTATTATACTTTTATGTTGATATATGTGTTCCTTGCTTAAAGTCATATTCTGTAAGTTCTTCCTGTTTAATAACTAATGGCTAATACTTTTTAGCGCTTCCTATATGTCAGTCACTGGTTTTTAAACCATGTATTATCTCGTTTAAAGTTTCTGTTTGCAGTTGAGAGACGAGTTAGGCTCCAGGTGAGTAACTTCCTGGGCTGGTAGGTAATGAAGCCTGCATGTCAGCCATGCTGACTCCAAAGTCTATGCCTTTGACTGTCCGCTGTACTGTGCCTTCCTGATGTCTGAAACGTGTACAGAATGTTTCTCTGATACAAATTTCAATGTATGTGTGTGTTTTTTTTTTTAG
Seq C2 exon
ATTCTTGGATCTCCCAGTCAGCATCCTTTCCCCGTAATCAGAAACAGCCAGGGGTGGATTCTTTATCACCAGTGGCCTCGCTTCCTAAACAGATTTTCCAGCCTTCTGCCCAACAGCAACCCACTAAACCAGTTAAAGTCACTTGTGCAAACTGCAAAAAACCTCTGCAGAAGGGACAGACAGCTTATCAGCGAAAAGGATCAGCTCACCTCTTCTGTTCTACCACCTGCCTTTCTTCCTTCTCTCACAAGCCTGCTCCAAAGAAACTTTGTGTTATGTGTAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020403:ENSBTAT00000027190:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.982 A=NA C2=0.354
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=WD(100=42.7),PF064679=zf-FCS=PU(28.9=13.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development