RnoINT0169111 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000008734 | Zmym2
Description
zinc finger MYM-type containing 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1593255]
Coordinates
chr15:37171052-37179319:+
Coord C1 exon
chr15:37171052-37171898
Coord A exon
chr15:37171899-37179036
Coord C2 exon
chr15:37179037-37179319
Length
7138 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGA
5' ss Score
9.45
3' ss Seq
CTATATATTTTATTTTTAAGATT
3' ss Score
8.07
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGACACAAGTTCAGTGGGAACATTAGAACTGACTGATCAAAGTCCCGTTTTATTAGGAAGCACAGCCATGGCAACTAGTCTCACGAACGTAGGAAATTCATTTAGTGGCCCACCTAATCCTTTAGTGTCTAGATCTAGTAAGTTCCAGAATTCATCAGTGGAAGATGATGATGATGTTGTTTTTATTGAACCCGTACAACCTCCTCCATCTTCTGCACCTTTGGTTGCTGATCAAAGACCCATAACATTTACATCTTCAAAAAATGAAGAACTACAAGGAAATGATCCCAAAATTCTTCCTTCATCGAAAGAGTTGGCTCCACAAAAGGGCAGTGTAAGTGAGACAATTGTTATTGATGATGAAGAGGACATGGAAACAAATCAAGGGCAGGAGAAGAATTCCTCAAATTTTATTGAAAGGAGACCTTCTGAAACTAAAAACAGAACGAATGATGTGGATTTCTCTAGTTCCACGTTTTCAAGAAGTAAAGTAAATGCAGGAATGAGTAATAGTGGTATTACCACAGAACCAGACTCTGAAATTCAGATTGCTAACGTCACAACCTTAGAAACAGGCGTAAGCTCTGTGAGTGACGGCCAGCTGGAAAGTACTGATGGGAGAGATATGAACTTAATGATTACTCATGTAACTTCACTGCATAACACCAGCCTGGGAGACAGCTCTAATGGACTGCAGTCCAGCAACTTTGGTGTGAATATACAGACGTACACCCCCTCTCTGACATCACAGACCAAGACTGGAGTGGGACCGTTTAATCCTGGTAGGATGAATGTTGCAGGAGATGTATTTCAGAATGGAGAGTCTGCACCTCATCATAATCCTG
Seq A exon
GTAAGAAGTGATACTTTGCTTCATAAAGATGAATTTACTGTTTTGTTAGATACTTTTCATTGAAATAAAAGTGTTGTTTAGTGGCCTCATATAGAAACTGTTTTAATTTTGTTAATATTAAAGTTTGGAATGTTAATGAATTGTAAAATATATAATTGTAAAGTAGAATATTAGTCCGATTTTATTTAATGAATTAAAAATTCTGCATAAACTTAGCATATTTTTATAGGTTGATTTTTGCTAATATAATATGTAAATTAGAACAAAAGGATTAATAACATACTTAAAAACATTGTATATTGTTCTCTTTCTGCATGTTTTTCATGTTTTTATTAAGAATTGACTAAGGTTTTTTTTTTTTTTAATTTCCTACCCTACCCCCCACCCCAGCCTGAGGACCAAACTCAGGGCCTTGCGCTTGCTAGGCAAGCGCTCTACCGCTGAGCTAAATCCCCAACCCCTATTTCCTATCTTTTGAAGAAAGCAAAACACAGTTTTAATTTTTAGATTATTCTAAGGGATGATTGACATATAAAAACTGTACATGTTTACTACATTCAACTCATTGACTTTGAGGTCCTTGTGCTTTGTTTGCTTGCTATTTTCTTTGTTCTTTGAGATAGGGCCTCACTTGGTAGCATTGACTGGCCTGGAACTTGCTGTGTAAACCAGGGTGACCTTGGACTCAGAGATCTACTTGCCTCTAAGTGCTGGGATTAAAAGGCATGTAGCAACACGCATGCCTTGCTTTGATTGCTCATTTAGTGTTATTTTTTATTTATTTTACATTTTCCAGTGATTTTAATAAGTACTTTATTATTTATCAAAGTTGGTATATTTTCCTTTTCTTTTAAAATTTTTTCTGATACAGGGTTTCTCTACATCCGTGATTGTCCTGGAACTGACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGATCTGCCAGCCTGGCCTCTGCCTCTGCCTCCTAAGTGCTGGGACTAAAGGCTGGTGTCACCACTGCCTGGCTATGTTGGAATATTTTTTGACTATTGGAAGTTCCCTTTTTTTGTAAGCTTCTTTGCTCTCTGCTTAGCTGGGTGTAATGGCACATGCCTGTAGCCTTTCAGAGATGAAGGCAGAAGGATGAGGAATTCAAAGCCAGCCTCTGCTCTACATAGCACATTTGAGGGCATCTTAGGCTACAGTGAGACTCTATAAAAGGTCTCTCCTCAAATAAAACTGGCCTTTTCACAAACACTGTGTCTGTTCCTCTTCTCTGCATGAAGATATGTCTTCTACCTCAGTTTCTATGTGTTTATCTCCACTTCATTATTTAGTCTCATTAGCAATTTTAGCACCTAGAAAGTGTGTAAAATTAATGTGGGATCACCAAAATGTCGTTGATATGCACTGTTCCTTGATATATATGAGGTTTAAAAACCACTTTACTCACTGACTGTGTATGAGTATTCGCCTTTGTGTATATATCTGCACCATGAGCTTGGGGAGGCCAAAGAGGGACTAGAACTCCTGGCACTGGAATTACAGACGTCTGTGTGAGAGCCTCCAAGTAGGTGCTGGGGATCTAACAGGAGTCGGAAATGGCAGCTGGTTACTCAACCTATAAGCCTGTTATTTTTGTTTATTTACTTCAACATTAGTCTCTGATTAGTGGAGAACATTTGGGAAATGCATAATTAAGAATGAAGGATAGGGGCTGGAGGAATGGCTCAGTGGTTAAGAGTGCTGGCCGCTCTTCCAGAGGACCCTGGTTCAATTCCCAGCACCTACATGGCAGCTCATAGCTATCTGCAACTCCAGTTTTAGGTTATCTGGTACCCTTACACAAACATAAATGGAGGCAAAACACTAATGCATATAAAGAGAAATAAATACATAATTTAAGAAGAGAATAAGGGTCAATACCCTTATTTTTATTAATGGAAGATGATAATTGCTATCAGTGTTGTTGGTAGTTATCTTTAGTAAGTCCTGTTTCTGTTTCTCTTAATTTAGCCTAGTTGAAACATAGCTCTGTATAATGTAGTTTTATGTTTTTAAAGATAAATTATTTAGATTTGCTTTATTTTATGAGTGTTTTGCCTAATCCATAGTAGAGACTGGACTTTTGAAACCTCAAAGCCCACCCCTAATGACACACTTACTCCAACAAGGGCCATACCTACTCCAGCAGGGCCACATTTACTAATTTTTCTAATCCTTTTCAAATAGTGCCACTTCCTGTGACCAAGCATTCACACATATGAACCTTTTGGGTGCATACTTAGTCCATCAGCATAATGTCTACATATGCATGTCTAGGCCAGTGGTCATTGTTGGCTGTGTTCTTCAACCACTTCTTTATTTTTAGGCAGGGTTTCTGAATGAACCTGAAACATATGGGTTTGACTTGACTGGCTGGCCAGCAAGCACTAGGGACCTCCCTGTTTCTGCCTCCTCTTTACTGGAATTCACTGTATCTGTTGGGTTCACTGTACCTGTTAGGTTTTTGGTTTATTTTTTAATGTGTGTTCTAGGTGATGAAACTCTGGTTCTTATTTTTCCATGTAGAGTGCTTACCCAGATCTTTGTTATTTATTTATTTTTTTGAGACAGAGTTTTATGTAGCCCAGTTCAGTATGGAACTAAAGATGACCTTGAATTACCAATCGTTTTTTGCTTTTACCTTCTGAGTGGATCACAGGCATGTGCCACCACCATGTCCAGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTAATTAAATACTTTTCTCCTCCATGACATATATTTAGGAAAAGCCTTAAATATAAATAAAAATTTTCTTCTCTCTTTTATGTATGTGTATTTACAGTCATGCTGTCTTGGTTACTTTTATATTGCTGTGATAAAACACCAAGACCAAAAGCAGGAAGTGGGAGGAAAGGTTTATTTCAGCCAACATGTCCTGACCACAGGCCTTCATACTGAATGGAAGGACAGAAAGCCAGCCTAGAGTGTGGAGGCAGCAGCTGCTGCAGAGACCTTACAGTGTGTTGCTTACTGACTCACTCTCCTGTTTGCTAGGCTGTGTCCAGCTTATGTAAAGCTAGCCTGGGCACAGCCAAACCTTATAGGAGTCAGTATCTCCGTCTTGTAGGTCCTGGGGCTTGTTGACAAGTGCCTTTACCTGCTGAGCCATCTCACTTCCTCGTGCTTAGGTCTTTGCAGTGTTCCGGATCAGCTCGTTACACAGACTCTGCTGAGCCATATACCCAGGTTGAGAATTTTTGATTTATGACATATATTGCTATATGTTTTCCAGACCATTTTTAAAAATTTATATTGCCACCAGGTAAATATTAGTATGTTTTTCATTGTAGCTTTTTTTAGTTTATATAAATGTAGTCAGAGTTAGTTTGTCCTCAATGTTAGTTTTAGAATAGCTGTTTTTCTAATCATTATAAGTATGTCAACAGTATTGATATGAAAAAGCAAATGGCATTGTCACCATTAAGAGGAATCAATCACTTCAGCTAGGCCTACATAGTGAGACCTGTCTAAAAAATAATTGATAGTTTCTATAGTTCTGAGAGCATGGTGGAGATACTGTTCTGAAGTCTCTATACCATTCCTTTAAATACCTAACAGGTTTTCCTTTCTAAAAGATTTATTCTTAGTTATGCCTTACGTGCCTGTCTGTTACGTGCATGTATATGTGTAAATGCCTGGAGAGGATAAGAGGGGGCATCAGATCCTTCACAGCTGAAGGTATGGCTAGGTATGAGCTGTCTGACATGGGTGTTGGGTACTAAACTTCAGTTCTAGAAAGCAGTTATTCTTGACTGCTGAGCTATCTTCCCAGCCTCTACAGGAATTTTTAAAGTTTGTCTATGTCAAGTTTATGTGTATCAAAGTTCTTGATTCTTAGTTTAATTCTAGTTTTTAAATGTAATTATTTTTAATATATGCATTTGTCTTATTTTTATTTCTTTAGGAAAATAGATGGGTCGTAAAAATATGTATTACTCCTATACTGCTTATTTGTTATATAAAAGAATGTAAAAATTCACTTAAGAAAAATAGAGGCTGGCAAAATACCTCAATGAATAAATGCCCATGTCACTTGAGGTTCATACCTGGTGTGGTGGAAGAGGAGAGCTGTCTGTCTCCCAGAACGAGAGAGCTGACTTCTGCAAGTTGTTAAAAAAAGAAAACAAAAGAACAAAAAACCAACCCCCTCTTTCAAAACCTAAAATGCAGTCAGACTGATAAAGTTTTTAATTAGCCTCTTACATTTTTGGACTATTTTCATTTGTAATAGAGAATAGATTAAGAGTTAGAAAACTTACTAGGCATTGTGGTTCTAATCTGTAATCCTAGCATTTGGGAACTAAACCCAGGAGTGATCAGTAATTTAGAGTGAGTTACATAGAAAATTTGAGGCTACTCTGACTCAAAGAAGAAAGTTATAATTCTGCTATTTATATCAGTTCTTCTACTCGTGTTATTTGGAAAAATATAACTTATTTCGTTATCTTTTTATATAAAAGTGAGGGTTTAGATAAATGATTAATTACCATTCCTGCCTATCCCTAAAATGTTTTTAAATATTGGGGGAAGTGAAAACCTGGAAGTAGGGGAAATGTAAGAGATGTTTTTAAGAGATGTTTTTAAGATGATATGTAAAGAAAGCCATATACTATTCCTCAGGAATTAAGCTAATTTTTTTTCTTTTGAGACCTGGTTTCTAGTGTAGGTAGCCCTGGCTGTCCTAAAACTCACTCTGTACCATGCTGGGCTTGAACTCAAGAGATCCATCCATCTGTTTCTCTTTCCCCTCTGCTGGGATTAAAGGCGGTGCCACCACTACCTCACACTGGAGGCTTTTATTTTTAATTTATTAATTATTAATTTATGCATACCAATTGAAACCTCCCTTTCTCCTTTCTTCCTAGTCCTTCCCTCTCACCTCCCCTGAAAAACTATTCTGAAAAAGACATTTTTTTTGGCCTATGGCATGTGCATATGCAGAATCAAACAATAGATAAAAT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Seq C2 exon
ATTCTTGGATCTCCCAGTCAGCATCATTTCCTCGTAACCAGAAACAACAAGGAGTGGATTCTTTATCACCAGTGGCCTCACTTCCTAAACAGAATTTCCAGCCCTCAAACCAACAACCCACTAAACCAGTTAAAGTCACTTGTGCAAACTGCAAAAAACCTCTACAGAAGGGGCAGACAGCTTATCAACGAAAAGGATCAGCTCACCTCTTTTGTTCAACCACCTGCCTTTCTTCTTTCTCTCATAAACCTGCTCCAAAGAAACTCTGTGTTATGTGTAAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000008734:ENSRNOT00000011684:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.989 A=NA C2=0.432
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF064679=zf-FCS=WD(100=43.2),PF064679=zf-FCS=PU(28.9=13.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]