MmuINT0180538 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000040123 | Zmym5
Description
zinc finger, MYM-type 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:3041170]
Coordinates
chr14:57423252-57429696:-
Coord C1 exon
chr14:57429577-57429696
Coord A exon
chr14:57423701-57429576
Coord C2 exon
chr14:57423252-57423700
Length
5876 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTGGT
5' ss Score
8.46
3' ss Seq
TCCTCTTCTCTCTCTTAAAGATT
3' ss Score
10.76
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCGAGGACGCGTTTACTCTTCGACTCAGCTGCGCGCTCTACTCATAATTCTGAAACTGGAAAGAACATATGAGCTTGGCCTGCTGTCGTTTAGTTGATCTATTGTTTATTTGGAGAAG
Seq A exon
GTTGGTAGAACAGCTTGGGAATAACTTCACCTTGACTTATTTATTTCCTTTGGCGTTCAGGGTTTGGTGCTACCTCGGAGCTGTTGATGTTCACTGTATGTATGTGTTTTGGGTGTTTGTTTGTAAATTTCTTTTTATACTAGGATCTTCAAGCTACTTTGGTGAAGGATTTGACAGGAATAAGGAAAACATCTCCATTGTGAGTCATTTTGCGTAGCTTTCCTGCTTAAACCACTAGGATAGACTTTTCTATTTTGTCGAAGTGAAGAGTTGCTGCCTGAGTGATTTCTGCTGAGAAAGCCAAGCCAGTGTGATCTGTAGTGTGTTAGTGGGTACTACTAACATGGCTGTCTTCTCAGATTCCTAAATAAGACTATGTTCTTAGTCATAAGATGCTGTGCACTTAACATTTTTGTGTTCCTTTCTAGGAGATTTCTTTAATTTCTTGTATTTTTAAACCACTAAGCAGTTATTTATTTTTGAAAAAGCTTGTTTGTTTGTTTGTTTAAAATGTTTTCACCATTGCTCTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGACCCCATTATAGATGGTTGGGAGCCACTATGTGGTTGCTGGGATTGAACTCAGGACCTCTAGAAGAGTAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTTCAGCCCACACTAAACAGTTATTTTAAATAAAGATTAAATATTTTTAAAAATTACTGACATGTTTTAAGATGGAGGACAAACGAATTACAAGGGTTTTTTGTTTTTCAGTTTTAAAAAGATTATATGTTACATATATAGGTGTTTTGCTTCATGTATATCTGTGTGCCACTTGGCTGCAGTGCTCAAGAAGTTCAGAAGAAGGTAGAGGATCCATTAGAACTAGACAGCAAGTTATGAACTGCACTTAGGCGTATGGGGACTCAAACCCTGGTCCCTTGGAAGAACAGCTGATGCTCTTAACCACAGAGCCATCTCTCCAGCACTGTGATTTCTTATATAGTACTTCGTAGACATGCACTTCTTTTTTAATTTCTTTCTTTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTTATATATGTGAATACACTGTCGTTATCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCACCAGATCTCATACAGATGGTTGTGAGCCACTGTGTAGTCTCTGGGAATTAAACTTTGGACCTCTGGAAGAGCAGCCGGTGCTCTAAACTACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCCAGACATGTATTTCTTACTTTTAAAAAATATTTAGAGAGAGAGAGAGAGAGCCTGCCTTCTTTCCATCCTTCCTGAGGAAGCCAGAAGAAGGTGTTGGGTCCACTGGAGCTGGAGGTACATGTAGTTATGTTCTAGGATCAGCTGGGTTCTGGGATTAGAACTCTGGTCCTCTAGAAAAGCAGTAGATATCCTTAGCTGCTGAGACATCACTCCAGTCCCCATCAGATGTACCGTTTTAAAGTTAGGGCAGTGTCAGACTGTAGAATTCTGTCTGCCTGTTAAGATTGGAGGTTGCACTGGGTGTGGGTGCATTTACAGAGCAAGTTCCAGGACAGCCAGAGTTAAACAGCAAAACCCTGTCTTGGAAGAGAAATTGAAAAAGGCAACTGAGGGGCTGGAGCATGTTGGTACTCTTGTGAGGGACCTGGGCTTGAGTCCCAGCACTTCCATGACAGCTTGCAATAGTCTCTAACTCCAGTTCAGGGGACCTGATGCCTCTTCTGATCTCCTCAGGCTTCCTACATGCTCATGATGCACATAAATACACTCAGGAACACCCACAGAATTAAATAAGCAATTTGAAAAATAGATACACTTTAAAACAGTGGTTCTCACCAGACTGTGGTAGCACACATCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGACAGTAAATTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGCAAGTTCCAGGACAGCCAGGACTACTATGCAGAGAGACCTGTATAGTGGGACTATCTTGGACCCACCAAAGATATAAATAACTCAAGGGTTTATTAATATTTTAAAGCTCCATTCTTTTGCTGAGCAGTCTCCTGACTACTCCTGGCATTATTTCCTTCTGTGTGGCCAGATCTACATCTTACACTCAACTTTGGTCTGTCTGTTTACTTCCTTGTGCGCTAGGTGCCTGGAAGATCCACCTTCCACTTCCTGCCCAACTATTGACCAGGTGAGGAAGATGGAATATTTACAGAACATGAGACTAGTGATGGGCCATAGAATTAACAGTTCCCAGATCCTGCCAGCATTTAGCTCTCTGCCAGTACAAAATGAATGACTGAATATACAGGGACATACCTTCACATAGTATACCCTAACAACACTGTCCCAAAAAAATACAACAACAACAAACAAAACCCACAGTGGTTCCAAACTTACCTAATGCTTTGACCCTTTATCACAGTTCCTCGTGTTGTGGTAACTCCTAACCATAAATTATTTTTGTTGCTACTTAATACTGTAATTTTGCTATTGTTAGGAGTTGTAAATATTTTTGAAGATAGAGATTTACCAAAGGTGTTTCATCCTATAGGTTGAGAACCCCTGCTTTAAAAGTTCAAAGCCAGAGGGTGCAGAGAGGGCTCAGCTAGTCTCTCCCTGTAGCCCAGAACACCCATACACAGTCAACACAAAAAAGAGCATGGCTATTTCTCTGTATAGTGCTGGCTGTCCTGGAACTTACTTTGTAGACCAGAGTGGGTTCAAACTCAAGAGATCGCCTGCCCGTGCCTTTTAAGTGCTGTGTGTGCCAGAAAATTTCTAGATTCCATCTCAGTTAAATCTGCTGGTTTCTTGTGAATCATAGTCAAGTTTTCAGACCCAGCTAACTGGGATCTACAGATTTAATTATGCCACACAAATGATCCTGTTAGTCTTCGCTTCCTTCTGAACATAAACCATGCTTTTGGCCGCTGCATTTTTCTTCCTACTCTTGTATTTAATAGTCTGTTGTGAAGGGAAGCTAGGGCAGAAGCCTAAAGGCAGAAACTGCATTTGCCTGACTTCTACAACCTAGAATAAATTGTCCCTGGTGGTACCACCCCCAGTGGGCTGGGCCCTTCTACCTTATTCATCAATCAAGGAATACCCCACAGGCTTGCCTACAGGCTAGTCTGGTATTTTCTACATTGAGGTCTTCCTTCCCTGGTGACTTAAGCTTGTGTCAAGTTAACAAAAAAGGAAACTAACCAGTGCAAATCTCTCTACCTTGGCTATTAAGCTTTTAATTTTCACCAGCTCTTTTTGAGATACAATTTTTTAATGTTTACTAATGTTATCTATGAGATTTATTATTTGAAAAAAATCTGCAAATAAAAACAACGTAACAGGGCTGGAGAGATGGTTCAGTGGTTGGGAGCACTGACTGCTCTTCTGAAGGTCCTGAGTTCAAATCTCAGCAACCAAGTGGTGGCTCACGGCCATCTGTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGGGTGTCTAAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAATGGATAAATCCTTTTTCTTTTCCAATTTTTTATTAGGTATTTTCTTCATTTACATTTCAGATGCTATCCCGAAAGTTCCTCATACTCCCCCCCCCCATGGATAAATCTTTAAAAAAATGAAAATAAACCACAATATAACAAATAGATCCAAGTTCTTTTTTTTATTTTTGAAGATTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGCGTCAGATCTTGTTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCTGGACCTTCTGAAGAACAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCTTGAAGATTTTTTTAATTAATTAATTTATTTATTTATTTTTGTTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTTTAGTCTTGGCTGTCCTGGAATTCACTTTGTAGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCCGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGTGCCACTAAGCCCAGCTTAAAGATTTATTTATTATTATATGTAAATACACTGTAGCTGTCTTTAGACACACCAGAAGAGGGCATCGTATCTCATTATGGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTCCTGGGATTTGAATTCCGGACCTTTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTACCCACCGAGCCATTTCACCAGCCCTAGATCCAAGTTCTAAACAACTCATTGAAAATGACAATTGAACGAGATGAGGATGTGACTGCTCCAAGGAGTGGTTGAGAAGGTTTTTATTGTAGATGTGAGAGAGAGTACAGCCAGAAGTATCTGGAAGAGTCTATAGAGCAGGGAGAGAAAGTAGACCGAACATGGGCAGCAGAATAGAATGGGCCATGGGGGTGAAAGGTAGGTAGCTAGAGAGGGTGCAGAAGAGAAAGGACCTAGAGGACACATGGCCAACATGGCAGGGCTGTCTGGGAGAATGGAGAAGTTAAGGGTAAGGGGCAGGGTGAGAAGAGCAGAGAGGAGCTACAGGTACTGAGTGAGCCTGGAAGTCAGCAGACATTTTTGTATGCTAGTAGGTACCACAGCCATTTGTCCAGAGTTTTATTTTGTACCTGACAATAATTGAGATGTAATTTAAATTTTTTTGTTTGTTTGGTTGGTTTGGTTTGGTTTTGACTTTTCAAGACAAGGTTTTTCTGTATAGCCTTGGTTGTGCTGGAATTTGTTTTATAGACCAACCTGGTCTTGAACTCAGAGACATTCAAGCTTCTATTTCTGGAGGCCTGGGATTAAAGGTATGTGCTACTACCACCAACAGGATTTTTTTGTTTTATGGTCTTTTGCTTTTTTGTTGTTTTGAGACAAGGTCTCTTTATCTAGCTAGACCTGGCTGTACTGGAACTTGCTAAGTCAGTGGTTCCCAACCTTCTGATGCAATGACACTACCCATAAAATTATTTTGTTGCTACTTCATA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Seq C2 exon
ATTCATCAGTGGGAAGACTAGTTGACTGTACATTGGACTTGGACATGGAAGCTCATCTCGCAGATATGGAATCATCTGGGGGTCCAACTAGTTCTTTAGCCGGTACATCTAGAAACACACATGTGGAAGATGATGATGTTGTATTTATTGAATCAGTACAGCCTCCAATTTGTGCTCCAGCAATACCTAATGAAAGAAACTTTGTATTTGCTTCCTCAAAACATGAAAATCCACCAGGAACTGATTCCACAATTTCCCCTTCTTGGAGAGATTTGACTTCTCAGAAGGGAAATCTATGTGAAACAATTGTAATTGATGATGAAGGGGACACAGACACAAATGGAGGGGAGGAGAAAAATCCTACCGACTTTATTGAATGGGGACCGAATGGAAATAAAAGTAGTACCAAAAATGTGGATTTCCCCATTGCCAGTCTATCAAGAAGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000040123-Zmym5:NM_144842:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.889
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: