HsaINT0186052 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000132950 | ZMYM5
Description
zinc finger MYM-type containing 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13029]
Coordinates
chr13:19851689-19862466:-
Coord C1 exon
chr13:19862399-19862466
Coord A exon
chr13:19852191-19862398
Coord C2 exon
chr13:19851689-19852190
Length
10208 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATTGTGAGT
5' ss Score
7.35
3' ss Seq
TTTCTTTTCTGTCTCTACAGGTT
3' ss Score
13.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GACCAGGAATCACCTTCAAGCCTATGTCGTGAGGCTTTGGCAGAAATTAAGAAGGAAATATCTCCATT
Seq A exon
GTGAGTTGTTTTTTTTTTTTTACCCCGCTTTGCTGTCTAATATAATTAGTGCAGTAGTAGGGTGTTCTTCCTGAGGGATTTGCCTTTGTGTTATCTTGAAGGCCTTGGCCTTCAAGCTAATTGCTTGGGTGCCCCTGTCCCCAGAGCCAAGCCATGGTAGTCCCTGGGAAGGCACGGGGAGTGCTGACATTTATACCACTGGAACTCTCTCAAGTTCCAGAACAAGATTTAAAGTTAGCTCTCTTTTAAGTGCCTTGAATTTAACAATTTTTTCTTTTCCAGTAGATTGGAAAAACTTTTTTACTGTTGGATTAAAAAGAAACACTACTGAATAATCTGTTGTTTTGACGTTGATATTTGCCTTGTATTTGAGGAAGACTGTTATTTATGTACCCTGACAGTCCTCCAGCTAGCATCACACGAGGAGATAACATAAACTAGTTGTCAAACTATTCCTAATTCTAAGATTGACCACCGAATCTGAGTGGCCTGATCTCTCTCTGTTAGGAAGTTAATGTTTGTTTTTGTTTTTTCGGGTTTTTTTTTTTTGCTACTAGACAGTGATCTATGTGTTCATTTTGGTACAGTACAAATGCCCTTTCTCTGTCAGCTATTCACTTAATGCTTTTAACACCAATCCTTGTGTGAATAATTTCATTAGGAGTGACAAAATGATTTTTTTTTCTTTAACAAGCTTTACTTCTATTTTTATTATCTGGGATTCAGTTCTTGCCAATTTTGTCCTTTCAACCCTGATCAAACAGTTTTCCATTGCTCATCAAAAACAAACTTGTGATTAGCTTATCTCCCATAGTAGTATTCCTGCCTTCCTTTTACCCTAGTTGCTTTCTACTAACTTATTTGCTCTTATTTTCTTACATTTCACAGCATATCTCTTTAATTAGTTAAACTTAGGACTGTGGCAGGATGTGGTAGGTAGGTAAAGTGGCTGGGCACAGTGGCTCATGCCTGTCATCCAACCACTTTGGGAGGCTGAGGTGGGTGGATAGCTTGAGAGCTTGAGCCCAGGAGTTCCAGTGTGGACAACATGGCAAAACTCTTTCTCTACAAAAAATACAAAAATTAGCTGAGCATGGTGGCACATGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGAAAGCTGAGGTGGGAGGATCGCTTGAGTTCAGGAGGTTGAAGCTGCAGTGAGCAGTGATCACACCACTATACTCCAGCCTGGGCAACAAAGAGAGAGTCTGTCTCAAAAAAAATGGGTAAAGTGGCTCTGGGCACTGTGACTCACTCCTGTAATCCCAGCACTCTGAGAGGCCAAGCTGGGAGGATTGTTTGAGCCCAGGGGGTTGAGTCTGCAGTGAACTGTGTTTGTGCCATAGCATTCCAGGCTGGGCGACAGAGCCATACCCTGTCTTAAGAAAAAAAAAAAAGCCTGGTCCATAAGGTTTGAGACACACACACACACACACACACACACACGTGCGCATATACATGCATATAGTTAGTGGGAGATACAATTCCCCCCCCCCCACCTGAGATATAATCCTTATCCTCTTTATTTTTTCCTTTATTTCTTGAGATTTTTCTCAGCTTTATCTTTCAATTCTTATTGCTGAATTTTTCCTTTTTGCCACTAAGCTTTTAATTTCCAGCAGTTCTTTTTATATTAGAAGTGTTGGCTGGGCATGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGATCACCTGAGGTCAGAAGTTCGAGACTAGCCTGGTCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATGGGCTGGGCATGGTGACTCACACCTGGAATCTCAGTACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCAGATCACCTGAGGTCGAGAGTTCAAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCTGTCACTACAAAAAAAAAAATACACACACACACACACACACACATACACACACACACACACAAAATTAGCCGGGCCTGGTGGCACATGCCTGTAATACCAGCTACTTGAGAGGCAGAGGTTATGGTGAGCCGAGATTGTGCCATTGCACTCCAGTCTGGGCAACAAGAGCAAAACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAATTAAACGGGTGTGCTGGTGGGTGCCTGTCATTCCAACTACTCAGGAGGCTGAGCCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGTGAGACTCCATCTATAATTCTTTTTTTTTCCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGTCTTGCCCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGTGATCTAGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGCTCAAGCGATTCTTGTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGAGACTATAGGTACATGCCACCACGTTGGCTAATTGTTGTATTTTTAGTAGAGACAAGGGACTGACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTAAGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATGATAGGCACCCACTACCACACCCGGCCTGTGTAATTAGTTTTTTAAAAATTTTTATTTAAAATTTTTGTGGGTACATAGTAGGTGTTACATATATTGCATAATTCTTGACTGTTTTATTTATGATTAAGAATTGGGAACTAAAGGCCGGGCACAGTAGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGATCATGAGGTCAGGAGATTGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCATCTTTACAAAAAATACAAAAAAAAAAATCAGCTGGGCATGGTGGCAGGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATGGCGTGAACCTGGGAGGTGGAGCTTGCAGTGAGCCAAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAAACGGGAACTAAAAAGCAAATTGGAAGAGTGAGAGTGGGGTTTCCAACTTGAAGCTTGCGGGTGATCTTCTGGCCAATTGATGGGGAACCCCATAGGTTAATATTTTTAGGACTTTCCTTTTTTGCTGATTCTTAGTTCCGCAGGGAAGAGTCTTGCTCAGAAAGAAAGCCTCCAGAAAAGAGTTTGCTGCCTGGAAAATAGAAGTCTGGATGCCAGCTCTCTGGGAATCAAGTAGGAGAGGGGACATTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAATGCAGTGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATGGAGAGGAGATATTTCATGGTATTGAAACATTCCCCAGTGCTTGGTGAACCCAAGACTTAGATCTTATGTTCTATCTTATCAAAGAAAAAATTTTTAGAATCTGTGCTAGGATGGGGAAAGGCCTGTCACCATCAACTTGATGGGAGGGAAGATATCTCTCAACCTCTTTTCTTAGCATCTGCCCATTCTGTTCCAGGGATATGTGGTGCTACAGATTTCTGAGCCTACAGTGGAAATCAGAATGTTTCTTGGCTTTTTATTCACTGTTTTAGACTCTGGCTATCTCAGGTTGGCAGTTAACCATTCATCCATCTGTTCTTTGGCTTATAAAATCATATTGCTTTTGTTTCTTATTCTTCCTTTCCTTGTGGTAGTCCTGTTTAGGGGAGTTTTGGAAGGGAACGAAGTTAGTTGTATGTGATCAATCGGCCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACAGCGTCTCTCAGTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCCCATCTCGGCTCACTGCAGCCTCTATCTCCCAGGCTCAAACAAGCTGCCTGCCTCAGTTTCCCAAGTAGCTGGGACCACAACCATGTGCCACTATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTTGTAGAGACAAGGTTTCGCCATGTTGCCTAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGACTCAAGCGATCCACCTGCCTAGGCCTCCCAAAGCGCTGGGATTACAGGGGCATTATACTGCACCTGGCCCACTTTACTGTCTTAATCCCTGCTGGGCTAGTGATTTCTAGGCAGAGTTGTTTTTTCTGTTTGTTTTTTGTCTTTGTGGTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTAATTTTTAGAGACAGGTCTAACTCTGTTGCCCAGACTTTAGTGCTGTGGTGTGGTCATAGCTCACTGCAGCCCTGAACTCCTGGGCTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGTCTCCCAAGTAGCTGGGGATTACAGGCGTGCACCACCATGCCCAGCTAATTATTTTATTTTATTATATTTATTTTTTATTTTTGAGACAGGGTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCATGGCTCACTGCAACTTTGACCCCCTGGGCTCAAGCCATCCTTCCACCTCAGCCTCCCAAGTAGCAGCGACTACAGGCGTATGCCACCATGTTGGACTTTTTAAATTTTTGTAGAGAGGGGTCTCTCTGCATTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGCTATCCTCCCATCTTATTCAGCCTCCCAAAGTGCTCAGATTATAGGCATGAGCCACTGTACCTGGCCTTTATTTTTTTGTAGAGATGAGTTCTCAGTTTGTTGCCCAAGTTGGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCTAAGTGTTAGGATTATAGGTGTGAGGCACCAGGCCCAATTTAGATAGTAATTTTGTACCTAGTTCCTGCAGTAATTCTCTTGCTATTTGTGGTAGTAGTTCAGTTGACTCTTCTTTTTTCTGATCTCATTACTTTTGTGAGTACCTTCAGAGTCATGGTACACCTTTATATCTGATTTTAAATAGGTGTGCTTATATACTCAACTGTGAAGTGTCTCTGAAAGTAGTCTACAAGAAGAGCTAA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Seq C2 exon
GTTCATTGGCATGGAAAAATGTTCAGTGGGAGGATTAGAGTTGACTGAACAGACTCCTGCTTTATTAGGGAATATGGCCATGGCAACTAGTCTCATGGACATAGGGGATTCATTTGGTCATCCAGCTTGTCCTTTAGTCAGTAGATCTAGGAACTCACCAGTGGAAGATGATGATGATGATGATGATGTTGTGTTTATTGAATCTATACAACCTCCTTCAATTTCTGCTCCAGCAATAGCTGATCAAAGAAACTTCATATTTGCATCATCAAAAAATGAAAAGCCTCAAGGAAATTATTCTGTAATTCCTCCTTCTTCAAGAGATTTGGCATCTCAGAAAGGAAATATAAGTGAGACAATTGTTATTGATGATGAAGAGGACATAGAAACAAATGGAGGAGCAGAGAAAAAGTCTTCCTGTTTTATCGAATGGGGACTTCCTGGAACTAAAAACAAAACCAACGATTTGGATTTCTCCACTTCCAGTCTTTCAAGAAGTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000132950:ENST00000382907:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.562
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains