MmuINT1007170 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000035594 | Chrna5
Description
cholinergic receptor, nicotinic, alpha polypeptide 5 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:87889]
Coordinates
chr9:54981466-55005159:+
Coord C1 exon
chr9:54981466-54981721
Coord A exon
chr9:54981722-55004335
Coord C2 exon
chr9:55004336-55005159
Length
22614 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGC
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
TTTTGTTTCTTCTAGTGCAGACG
3' ss Score
4.98
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
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No structure available
Features
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Main Inclusion Isoform:
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Other Skipping Isoforms:
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Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types