MmuINT1023930 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000025716 | Myo3a
Description
myosin IIIA [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2183924]
Coordinates
chr2:22297563-22323673:+
Coord C1 exon
chr2:22297563-22297718
Coord A exon
chr2:22297719-22323573
Coord C2 exon
chr2:22323574-22323673
Length
25855 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATT
5' ss Score
8.55
3' ss Seq
AAAATGGATTTTCTTCACAGGCA
3' ss Score
6.41
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCATGAACGAATTCATACCAAGAAAGGTAATTTAAATAGATCTCTCATTTCCAGTCTGAAGGATGTAGACGATTTGGCAACCCTAGATGTTCTGGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000025716:ENSMUST00000153002:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.019 A=NA C2=0.118
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=PD(7.9=39.6)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=PU(1.6=32.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types