MmuINT1024384 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000026946 | Nmi
Description
N-myc (and STAT) interactor [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1928368]
Coordinates
chr2:51960571-51973224:-
Coord C1 exon
chr2:51972974-51973224
Coord A exon
chr2:51960661-51972973
Coord C2 exon
chr2:51960571-51960660
Length
12313 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGT
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
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3' ss Score
8.44
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGAGTCATGGATGCTGATAAAGACAACATAAAGCAAGCTTGTGATGAGCGCTCAGCAGAGATGGACGATATGAGAGGCGAACAGAGCATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000026946:ENSMUST00000028314:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types