RnoINT0002146 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000021575 | AABR07021096.1
Description
complement factor H-related 2 [Source:NCBI gene;Acc:688887]
Coordinates
chr13:56650821-56660858:-
Coord C1 exon
chr13:56660676-56660858
Coord A exon
chr13:56651022-56660675
Coord C2 exon
chr13:56650821-56651021
Length
9654 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TACGTAAGT
5' ss Score
9.27
3' ss Seq
TCTGTTTGTTTTATTTTTATGGC
3' ss Score
2.52
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCAACAAAGATATGTGGGCCTCCTCCACCTATTGAGAATGGAGACATCACATCCTTCCCACTACCAGTATACATACCACCATCATCAGTTGATTATCAGTGCCAGTATTTGTATCAAATGCAGGGCAACAAAACAATCATATGTATAAATGGAGACTGGTCAGAGCCACCAAAATGTTTAC
Seq A exon
GTAAGTACCTTGTTCTCATAGATCCTGGGAAAGTCAGTATTCCAATACGAAAGCTGAAGTCGACTCATTTTATTCAAAAGTACAAGCTACTATATGTGGTAAATCCCAAGCAGGCACCCAAATTTAAGTACTGAAAACAAATCTGATTAAGAAGAAAAATGTGTACAAGCACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACCTTTTTCTATATATCAATTCTATTTTTATGAGAAGTAAAAATAAAGGCAACCTCATTCACAGAAATTTTAAAAAATTATCTAACAGTGAACTTAACAGATAGGAATTACTTCAGAATGACTTCTGAATGTTGTAGTTTATTGATAAAACAATCTCACAAAACTCAAAAAAGAAATCTAATATATATTAATAAATTAGAGGAATAAACATTAAAATGCCCATGCTTTCCAATGGAATTAACAGACTCTAGGAAACTCCATTAAAATATGAGCAACATTCTTCATACAAGATGAGAAGCAATTCTAAAAATCTGTACGGAAATATAATAAAATGAATACAAGAAAGGGAAGTTAAACATAAGGATAAAATCTGGAGATATCATGATGCCTTATTTCAAGACATACCAAGAGCCATAACAACCAGATCATTCTGCAGTAATATAAAACTGATGCACAGAAGAGAATGTATATTTGAGAAATTATCTAAGCATCTATAGTTAATTGATCTTGATAGAGTTTCAAATGCACACTGGGAAAAGGCATAGCATCTTTACTAAATAGTACAAGGAAAATCAGGATACACATAGAGATTTCTTTTATTACATACATTTCTTTATTTATGTTTCAAATGTTATTCCATTTCCTGGTTTCCTGTCCATAAACCCCCATCCCCTCCCTTAAAGGTTGATTGATTTCTGTCTCAGACTGGGAAAAATAATCAACTGAAAGTGGATAAAAGACATACGTGAAAGAAGAAAACCCCGAAATTACAAGGAGAAACAATGGGAAAAACAGTATATGGGTTTGGATTCTGAGTATTTGAATGCGATCCCACAGTATAGGACACAAATCAAACCCTGAGCAATAGTTTTTCACATTGAAATGCATCTGTATGGCAAAAAAAATATAATCAATACAATTTATAGACTCTAGGGTTGAAAAAATGGGTATAATCAATTCAACATCAGGAGTTTGCATGTGTAAAAGTAACAAACTGTTATTAAAAATAAATAAATACACAGGTCAGTGTGGAAAATAATGCTCAATTTGATTAGCTGTCATGGTACTGCCAGTCAAAGCTACAATGAGATACTTCATCACCCAGTTAGAATGGTATCACAAAAAAAAAAACCCTTAAAATAACAACTGTTAATGTTGTAAGTAACCTGAATCAAAACTGATAGAAAAACATCAATGTGGGTAGGGCCACAGCCTGCATCTGGAAAAGTGTAAGATATCAATGTATTTGGGGTGGATTAAGGGCCTACTACCTCTGCTGCTGCTATACTTTAAAGAATATTAGGTTTGTTTCAAGGAATCAGCCATAAAAATGTCAAAGATAGATTCATAAATGCTCATACAAGAACAAAAATTTGCCAAATATCTGAGAACTGTGGTAATATGATATCCTAATTTAAATTATGCTGCTATTAATAACTTTTAACAAGAAATCTCAGTGAGATAATTTAATTTACTGATTATCTATGAGGAATATTATTCTCAAATTTGTTAAAAAATACTTAGGATATAAAGAATATGTATTTTAAACCATGTGTGGAAAAAATATAGAAAACTCATGAAAAATTCTCTTATAAAAAATACAGTGGAAAAGGAAGCTATAGTAAATTTATGTCATTTGCTTGATATTTGTTAGAATTCTTTTAACATGTTACATGAGGTTTCCTGTAATAAAATAATATCTTGTGGAAATTAATACTATTCTGATAGTAAAGGTACTAATTATTTATAAATAAGAGCAAGGAGAGGAAAAATTATGGAAAATTACAATATAAGTTTTGAATACAATGGTTTAAAATAATGTAATCATGTTAAATTTCAGTTCCAAACCATTTTTAATTAAGCAATAATATCCCTGATCCACTTCTCTGGTGAGCTGTTGAAGAAGACTTCCTACACACTTCATTCAGATGTACGAATTCCATTTGTTTTCCTGTCCATCACAGCCTCTGCCTTTTATGCAGTTATTTTAAGTATAGAAAGTAATTTGTGAATCAGCTGATTTATCTATGATATGTGTGGGGCCTTTTTTATTTCAAACGTGAAAAATCACACATTTTCCTGTAAGTTTAAAGATGTAACTTGCTTAGTATTTTCCCAACTAACTCAAAGGAAATGTTTACTTCAAAAATAATGGGTGTGAAACCTTCACATCTATTTGAAATGAATATTAGTACATATGCCCAATGTTTGTTGAGAACAACAATGTCAATGATTAGGAAATGAAAATAATCATTGAAGAATTATGTGATGATGTCATTGCATTGCCAGTTATATGAATCATAAATCATGAAGCCATAAGTGATGGCTTCAGTAGGCAAAAGTTTATATCAGAAAGGCACAAATACATCAGGAGGCAAGAAAGGAAGCCAGAATGCTATGTCAAGCATAGGGAGATGTGCTTATTAAATGTCAGTTTTACAGCTTTCAAATATATATATTTGTAAAGAAGTTAATGCTTCTCGTTATTTTTTAATGCTTACTTTCAGGAATGGCATGCAAACCTCCTGATATTCCAAATGGTATCTACTCACCTCAAAGGGTTACCTACACAGCTCAAGATGAAATAAAATTTGAATGTAAAGACGGTTTCTACTCTGCAACCCAGGAAACTGTAGCAAAGTGTACAAGTACTGGATGGATCCCTGCTCCAAAATGTAGTAAGTTTTATTCACATATTTACTCCCCATAGTACTGACATTACTCTTTTAAACATGCACAAATAGAGATACTTTACCAGCAATATTTGAATTTTTATTTGTTTACAACTATTAGAAACAGTCTTCTGTTCAAACTATTATTTGATGTGATATTATATTTTAACTAATATTGAATTTAAGATATGAAATAATATTAAAAACACATCTTAGAAGGCAAATAATTCATAATTTACTTCTCTAATTTTCATATATGTGCATATGTATACTTTTAATTTAAATTTCAAAAATTTTTACGAAATTATTGGGTAAGAATATTATCTTATAAAAATTAATTCTACTTATTCATTTGCATTCTAGCAAATAGCCTTTAAAATTATTTGCTTAATAATGAAACTTTATTGTCCCCCTATTTCTGTCAGCCAGATTTAACGATGATTTGGCTCCTGGCTCTGCATCAGTGTGGTGCTGTCAGAGATTGTCTTGGCTGTCAGTCATCAGGAGACTTTGCTAGGCCAACATGCCACACTCACTAGGATTTGGAAAGAGGCCTTGTTCCTTATCAAATAAACCTCTGCATTGATTGGTTGGAAACAGCTAACTTGCCCTACAGTTATTGATCAGAGAAACAAAAGGAGTCTAGAATCCATCCATGAAAAACTCTGACAGACCAGGCTTTTTACCATAGCTAATCCTTATATCCTGAGTTCAATATGCACATGAAGAAGAAAATTATCCTCCTATCTCTGGAGAGAGTTGCTTTGAAAGGTGTCAATGGAACACACATGTACACTGAACTGTTTTTTTGGGTCAAGAGCATTCTATTTCTGGAATACTTCTTTTCCAGGTTTTGATCTATCTGCACCTATTATTTCTTTCTATATAGTACTCTGTGGTAAGTGGATATCACAACCCTTATATCCTGCCCCCAAGAAAAGAAAGAAAGAAACAGAAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGAAACTGATTACAAATGAATGGTTGACGATTTCATCTTAGTCATCTTTCTGTCTGTGTCAATATTCCTGAAGTAAATAACTTATAACAAAGAAAGATTTATTCATTTTTGATAACTCAAATTTATTTTAAACTTGTCCTATCATTTTAAACATGTAACTAGACAGATTGTCATGTCATAGAGTGAGTTCAAAATCAAACCTCATTGCTTCCTGTCCACCAGGAAACATTATCTAAAAAGGAATAGCCAACATCCCAATAACCCTTCAAAGGGGAAGCCCCAGTGACTTAACTATTTTAACCAGGCTAGTCATTATTCCCTCTCACAAAACACAAGCAATGTGCACCTAAGCTCTAATTGTCATGAGATTTTGAGGTCCAGACCATAATAAAAATTGAAGAAGATATTTCCAGTAAGAAATACTATTAATGCATATGAGAAGTGTAAAGAAACAGTTTAATGTTTTTATTACAATTAATATTATAAAATGAATTTTCTTACATTTAATTAATTGACAATTTCTAACATGTATATAATGTATTCTGGATATTCATATCTGCAACTGTATGATTCATATTTCATCCTTGCCCTTCCTTTTGCTAATTCATATGTTTGAGCTTTGATGTGTGATGTATTTAGTTTAACCTTTGTGGTCTTCATCCATATTATTAAACACTGAAGGGTATGCTGTAAATATCATGTTTAATACTGAGCCCACACTCTCATTATTTTCAGCATCTTCTTTAGTAGAATCATAGAATCATTATAGTTCAGTAGAATAGATAATCTTCTCTGGGTAATGTTGTGGTTGCTGATTGTCTATAAATACAACCATATATGTTTAGATTTCTCAATGTTATGTCAATTCATCTTACTAACAGAATATAGACAGACACTCCTGCCTAGACCTATGACACCCCTGCCATGGACTTTTGAGTATGTTAACAATTACAGATGTGGAATCACTGTAGTAAAATGTGCCTTAAATTGTATTATGATTGGTTCCTCAAAGCATATCTGTCCAAATATATCAGAACTTACTGTGGCCTGAATGTATCTGAATTTGAGTTATAGCACAGTGGAATTTCTGATGTTTTCCTGGATAAAATAAAGACAACTAATTTCTCTGTAAGTTCACTACAGAATGTTTCTTCTTAAAATGTGTAGTGTTCTCTTCTCAGGCCTGTTCACTTACTCATTCATTCATCAAATGGTTACTGTTGGGTTGAAAATGTGGCATAAATTTACAAGTGCAACGGTACAGAGAATGATGATCATGAATCTGCATTAGGAGAGATTCCAAAAACTGATTTTTTTGATGCCATGTTGAATTTGTAGATGGATGAAATTTGCCAACAAAAACTAAAGGATTCTGGGTTAGGTTAAAAAAATGAACTATTTCAGTAATTATTTAAAATAGTTTTTAAAATTAGTAAATATGTTAAACCGTGTTGTGAGTAGCTTTAGTCAAGAAGTGATGGACAGACTATGACTATTGGAAGAACCATGACCTACATCTAGAAAGGTGTAAGATGTGAAGTGTGGCTGCTCTAAGTACTAACCACCAATGCTAATTTGCTGATCAGGAATATTAAGTCAATTTTGAGGAATTGCAAATGAAATAGACAAAGACAGAGTCGCCTATGCCCACAAGAGATGGGATATCAGCTAAGAGATGGAGGACTGTGTTAGTATGGTATTCCTACTTTAAATTGTGTCTCATTTGATGCCCACAGAAAGAAATCTTAGTGAACTAATTTGTTATTGATGTTCTATGAAAAGTATTAACTATCAAATTTGCTAAAGAATAAAACTTAGGATAAAAAGAATTTAAATTTATAAAGAAGGTAATGAATGTACAAAAAAAAAATTCTTGAACCTTCATATCAAACCAGATACACTCAAACTAATAGAAGAAAAAGTGGGAAAGAATCTCGAACATATGGCCACTGGAGAAAATTTCCTGAACAAAACACCAATGGCTTATGCTCTAAGATCAAGAATCTACTAATGGGATCTCATAAAACTAACTACAGAGCTTCTGTAAGACAAAGGACACTGTTGTTAGGACAAAACGGCAACCAGCAGATTGGGAAAAGATCTTTACCAATGCTACAACTGATAGAGGGCTTATATCCAAAATATACAAAGAACTCAAAAAGTTAGACCGCAGGGAGACAGATAATCCTATTAAAAAATGGGGTTCAGAGCCAAACAAAGAATTCACAGCTGAGGAATGCTGAATGGCTGGGAAGCACCTAAAGAAATGTTCAACATCTTTAGTCATAAGGGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGAGATTCCACCTCACACCACTCAGAATGTCTAAGATCAAAAATTCCAGCGACAGCAGATGCTGGAGAGGATGTGGAGAAAGAGGAATATTCCTCCATTGAGGGTGGGATTGCAGACTGGTACAACCATTCTGGAAATCAGTCTGGAGGTTCCCCAGAAAATTGGACTTTGTACTACCTGAAGACCTAGCTATATCTCTCTTGGGCATATACCCAAAAGATGCCCCAACATATAACAAAGACACATGCTCCACTACGTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAAAAGCTGGAAAGAACCCAGATGCCCTTCAACAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTATATCTACACAATGGAATACTACTCAACTACTAAAAACAATGACTTTATGAAATTCATAGGCAAATAGATGGAACTGGAAAATATCATCCTGAGTGAGGTAACCCAATCACAGAAAAACACATGTGGTATGCACTCATTGATAAGTGGATATTAGCCCAAATGCTCGAATTACCCCAGATGCACAGAGCACATGAAACTCAAGAAGGATGACCAAAATGCGAATGCTTCATTCCTTCTTTAAAAGGGGGACAAGAATACCCTTGAGAGGGAATAGGGAGGCAAAATTTAGAACAGAGTCTGAAGGAACGGCCATTCAGAGCCTGCCCCACATGTGGCTCATACATATACAGCCACCAAACTAGGTAAGATGGATGAAGCAAAGAAGTGCAGGCTGACAGCAACCGGATGTAGATCTCTCCTAAGAGACAGAGCCAGAATATGGCAAATACATAGGCAAATGCCAGCAGCAAACCACTGAACTGAGAACGGGACCCCCATTGAAGGAATCAGAGAAAGGACTGAAAGCTTGAAGGGGCTTGAGACCCCATATGAACAACAATGCCAACCAACCAGACCTTCCAGGGTCTAAGCCACTACCCAAAGACTATACATGGACTGACCCTGGGCTCCAACCTCATAGGTAGCAATGAATAGCCTAGTAATAGCACCAGTGGTAGGGGAAGCCCTTGGTCCTGCCAAGGCTGGGAGGAGAACGATAATGGGAGGAAGTTTGGGAGAGGAACATCCATATAGAAGAGGAGGGTGAAGGTTTAGGGGATGTTGGTCTGGAAACCGGGAAAGGGAATAACATTTGAAATGTAAATGAGAAATACCCAATTTAATAAAGGTGGGAAAAACGAAAAACAAAAAAAGATATACAACATACCTAGCAAATTGTAGGAATTCAAATCATGATGAGAGAGTTCTGAGCTATTAAAATGAGCAAAGTAATTAGTAGGTCCTTACCAGTTGCTGACAAGGAACACTCAGGCACTGCTATCTGACTGGAAACCACCACAGCTGCTCTGAGGAAATAGTTTGACAGTGTCTCACAAACTTTGACAAAGTCTTAGAGCATGTAACTACCAATCCAAAACTATCTGTGTCTGCACATAGATGCCTGTGCTATAGGTATGTACAGGTGTTGGTATCAGTGTGCACAGGTCATTGTGAGCAAGTTTGCATGCCACAGGTTGATTTTTACATTACTTACCATATCACTCTTCATGGTTTTGTTTGTTTCTTTGTTAGACACATGATTGAGGTTGACCAATTCAGCTAGACTGCCAGGAGAGTAACTTCAGGGACCTATGTGACTCTCCCATCCCTGTCTAATGCTGGCACTATAGACATATACTGCTTTTCCAAGCTTTCCTTTTTTTTAAATTTCTGTAGTCATGGTGATGGTAGAGGTAGTATTCTGCTGGTAATTCACAGTTTCTCCTGCTTGCATAGCATACAATTTACTGACTGAGACATATCTATGCATATGACATTTTTATAGTGACACAACATGGTGATAGAGATCAGATTTATGGTTGCTAGGTGTTAAAGGTCAGATGTTTGTGACTGACAGGATGGCAAGAGGCATGTTGTGAGCATAGATGGAACTGTCTAGTATATTGAAGAGCGTATGGAACCTGACAGTTCCATAGAAGCACACATACCTCAAAGCATTGAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAGAAAGGAGACAGACCCAGACAAAGACAGAGACAGTGAGACCGAGAGACACAGAGACAGAGAAACAGAGACAGACAGAGATAGAGACAGACAGAGAGACAGAGACAGACAGATACAGTCACTTGGCATAAAAGCACAACCTTGTAATTCCAGCAGTTCATACACTGAGACAGGAAGTTTGTGAGTTTGATGCTAGCCTGGACTACATACTGATATCCTGACAAAAATTAATAGTAAGTAAGTTACTCAGTCAGTCTACCCATGTTGCATCCTTGATTAAAACTTCTAACTTGGGATGGAATCTAATCTCCATTCCTCATAGCAATAATCCCTAAAAAATCAAGCTTCAGGAACCCTTTAATGACATCTTCTCTAACTTTCCCTTACTTGGCACCCTGCCTGCTCTGAGACTCATTTACAATTTCTAGTTTTTCCCAGATATTTCCAGCTCAGACTGAGTTTAAAGGAAACTCAATATCAGCTCTTTAGACAGAATGACACTAAGCAAAGTTAAGAATGTCTCAAATATTTGTAGAATGGATAAATGAATAAACACAAGGGATGAACAAAAAAATTCTTGAAAACCATCTTTCTTTTATAAAACAAAAAATGAAATGAATAAGGATGCTGTAAGAAGTTTCAGTGTTCCTTTAGATATTTGTTTGGATTCTTTTAATATATTTTGTGAGGTTCTCTGAAGCAAAGTCATTCTTCATGAAAAAGAAATGCTACTCTAATATTTAAAGTACAATTTTATTAAAACATGAAGGGGAAAAATTAAATAAAATGTTTATATAATTTATTTATACAATGAACAATGCAGCACATCAATATGAATGTATAAGTATAGTTCAATATGATATAATCACATTAGATTTCAGCTCCACATCAAATATTTAAAGTACAATTTTATTAAAACATGAAGGGGAAAAATTAAATAAAATGTTTATATAATTTATTTATACAATGAACAATGCAGCACATCAATATGAATGTATAAGTATAGTTCAATATGATATAATCACATTAGATTTCAGCTCCACATCAAATTGCAAGTGAGCATTTATTATATTATATATCAAGAAATATATCTGCTTCTCTAGTGAGTTGTAAGATACAACATGACTTCTATAAGAAATACATCCTCATATACCTCATCTACCTTTCGGAATTCTATTCGTTTCCTTATCCTGCATGCCCGCTCCCTTCTCATGTAGTAATTCTAATTAATTTTAAATAATTTACTGATTAAGTGTTTTGTCTCTGATATGAGTGCTTTTCTGTTTGTTTTATTTTTAT
Seq C2 exon
GGCAAGTGAAACCTTGTGAGTTTCCACAGATTAAAAATGGAGGTCTATATCATGAGAGGAGACGAAGACCCTACTTCCCAGTACCTATAGGAAATGAGTACAGCTATTACTGTGACAATGGGTTTTTGACACCTTCTCTGTCATACTGGGACTACCTTCGTTGCACAGAAAAAGGGTGGGAGCCTGAAGTCCCGTGCCTCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000021575:ENSRNOT00000060160:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008415=Sushi=WD(100=88.7)
A:
NA
C2:
PF0008415=Sushi=PU(95.4=91.2),PF0008415=Sushi=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]