RnoINT0010274 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004378 | Abca5
Description
ATP binding cassette subfamily A member 5 [Source:RGD Symbol;Acc:628661]
Coordinates
chr10:98636185-98644800:-
Coord C1 exon
chr10:98644784-98644800
Coord A exon
chr10:98636305-98644783
Coord C2 exon
chr10:98636185-98636304
Length
8479 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGACG
5' ss Score
5.93
3' ss Seq
TTTATTTGTTTTCCTTTTAGTAA
3' ss Score
8.53
Exon sequences
Seq C1 exon
CGCTTCAGCGGAGAGAG
Seq A exon
GTGACGCGGCGGCGGGGACGCGGGGACCCGGGGGACGGCGGGGATGGCCGAGCCGCTGGGGGCCGAGGAGAGGGTGTGGCGGGCCGCGGGGAGCCCGAGGATGCTGGCGGGTGGTGGGCGCTGACGGGGACCCCCATGGCCGGCGACATTCTCTGAACTTCGAGAGAGGCAGAAGGGGAAAAAAAAAGGACAAACCGAAATTAAATAAAAACCCAAACCAAACCGAAGTCAGTTTTCCTTCCGAGGGCTCAGGAGCGTCGCCCTGCTTGTGGGGCAGATGGGTTAGCGGATCATGTGTGACCAGAGGAGTTGGGGTGAGAGGAAAAGCCGCAGAGCTCGTGACATGGTTTTGGGGTTGAAAATATCTGAATTCCCCAAACATAACTAACGAAGATTCCCGGGCGCGGAAAGGTTTCTGGGAGGAGGAGAAAGCGAGGTCCATGGTGGGCAGCGGCCTCTGTTTGGGGCGATCGGAGTTAAGGGTTTTTCGTTCCAGCTCTCTAAAGCTTGGCTTTTACGTTTAAAAAGAATCAAGTCTGAGGACAAAAATTAAGGACATTCTAGAGCCCAAGATGAGGTTAGATCCTGGCTCAGGGCCAGGGTCAGTATTACTTCATCTTGACAGCCAGCCCTGAGGTTGGAGATGGTACTCTAGTTGAGGCCCTGTGGGAAATGGGTCTTAAAGGGGTTAAATAACTTTATTAAGGTCCTAGTTGGGGAAAAAAAAACGAGGTGCTGAGATTCTTTCTCAGAGAGTCCAGACTCTTTAATCCTGGTGCTTTTCCCACTGTGTTTTATGTTTATTTTTGCCCAGAGATCGTTTTTTATGTATCGTCAGAGAAGACTGAATAGATGAGAACATTATTAGAACACTTTGTGTGTATTTACCCTGGAAGCAGACCTAAGTGACAGTGATCTATTGTTATTTTGTCCTTTTTTTTTTTTTCTTTCCAGAGCTGAGGACCATACTTGGGCCTTAAGCGCTCTACTTCTGAGCTAAATCCGCAACTCCAACAGAGATCTTTGAACGTGGGCCTTTTAGTCGGTTGCGCTCTTGAGAATGCAAAACTTCTAGTTATATTAAACACAGGGAAATCTATTAAATTTTGTACAAATTTATCGACATGTTCGTTCCATGCTTATTGCCTTTTACGTTCCGGATAATAATTTTCTTCCTCAAGTTCCTAGATGAATATAGTGTGTAATGCCTGACGCTGAGTTTAATTGAGGGAGTAATTATATAAAAGCAATCTGTAATAATGTAAATTGTAGTCTTCACTAGTGGGTATATCAGACGGGAAATAGTCTCAAGTGTAAACTTGAGACCTTTATACAGTGCAAACTTATGCTTTTATAAATATTACACATAAGAAAGGCTATTAGCTAACTTGCCATCCTTTGTCTCCAGCAAGACGCACTGTTATAAAATTTAGGTTAAACTTGATTGGCATTAGTATTTTGTTTTGTCATGTTACTGCTTCCAGTGGAGTTTTAAAACATCAGTGAAGAAAGCGTTTAGGATGCCTTCTGTTACATTTAAAGGTTTATTATATCCATTGCGAAGCCGGTAAAGTGGTTGGGTAGGTTTTTCTTCCAACGCCTTGCTGTATAGTTTAGCAGCTCTTTTCAGAAAATTAAATCTCAGTTTAAAAGTATAGTTAAAACCGGATCGCCATCTCTAGGGGGAATGGAGTCTCTAGGCTGCCACGCACAGTGTTTAAAATGTAAGTTGTTGGAGGCACAGATGTGAGTGGATGGAATGGTGGAGGCATCCCTTTGGATTGTTTCTGTTTTCTCAGTGAGGTAGGAATCCCATCCCAGTTTGGAAGTGATGTTAGCTCTGGAGTTGTAGGAGTTTTGAGGATTGGGGAAGTGAAGGGACTTGTAAAGTGTGAGCATGGGACAGTGAAGCATCTCCCTCCCTCGGGTGTAAAGGTACAGAGGGGAGTGGAGTTGACAACTTGGGGTGCACAAAATCAGTGCTTCATTTTGCATAAAAGGCGTTTCATAGTCTGTTGTCCGTTTCACCTTTACATTGCTGTCTAGGGCGTACACCTGTGCCCTGCCACATTCCAGGGTGTCGTCTGCCTCTGCTGTGCTTCGAATAGATCTCTACTTTATTTTCCACAGATCAAGTCCTTTGGGAATTCAGCGTCTCCATAGTTTTCTCTCCCCTTAGAAATTCTTTTCTAACTCTTTTCCTCAACTGTAGTTACAATATTACATTTAATTTGGTTTACATTAAGTTAGTGATAGTAAGATCCTTTTTTCGTTTTTTCTGTTTTGTGCAGACATTCTTTAGAGAATGTTAGAAAAGCGACCTGCTTTTCCCACTTACGCCCAACCTTCTATAACTGATAGAAGGAATTAGTGAATCTTTTTTGGATGAAGAGTAAGGAAGTCAATCTCTTAGACCTTGCAGACTGAGTAGAATCTGTCTCAGCTTAAATTTGCCTTCGCACGTCCCAGACCACACATGCATGAAGCAGCATGGGTATATTTCCAACACAGCTTCATACGATGTATGGAGACCCTGAGATTTGAGTTTTGTATTTTTCACCTGTCACAGTTAATGCTATTCGGTTTTTCTCCTCCAAAACCTTAAAAACTGTGGATATCTGCTAGGTAAGTGGATCTCTGGGAGTTGACAGCCAGCCATCAAGGGCTTGGCAGGGAAAGCTGGTCTCATTCCCCTCCCCCACCTGCACACATTGTTAACTCTTGGATGGTGGCAGAGCAAGGTGAGGGCCAGACACTATGGCCTCTTGAATCTTAACTTTCAGACCCTTCATCTGTAAGGACTCCCAGGAACAGGCTTGAGAAAGGAGCCTGTGTTGAGATAATTAGCAGTGGTGGGTCAGCAAAGCAAATAGAAAGAAGACACGGAGTTTCCACTGAGGGTCTTATGGGTTAGGGTCAAGATGAAGTGGTGCCACAGTGTGTTAAGTAATCACAGGTAGATGTACTCAGTGTGAAGGGCAGTAAAGCAGAGGTGATTGTCTCGGCTTGAGTTGGCCAGAAGTGACCTCAGTCACCTTTTGGAAATACAGAACATATTTTCAGTTGAGAGCTGTTCCAAGAATCTCAGATGTGCTAAGAAGATCATCGAGCACATCGTATCAGTAAATAGCTCTGAATGTAAACATTGCTCTTTTTTTTATATGAAATAATCTTACTTCATACTTCATAGAAGTAAAACATGGATTTAAAAGTGGGCACTACATAATATTAATTTCAAGGTGATTTTACCTCTTATGAAATAAAATGGTATTGTTTATTCCAAAGTACTTGATGCATTGTTGCTAAAAGTGCTTGACAGAGGTAATGGCAATTTTAGATAAGTTAGAGTTTTTTTTTTTAAGTGAAGAATCTCATAAAAGCACATTTTAAACAAAGGCAATTAATCAAACAGTAGGATTCTCTTACCTTTAAAAATACTTTATAACTTTCAAGTTTTTATAACTTTCAAGTTTCTTAGTAAACATTCTTGGTCCAGTGAGATGGCGTAGTAGCTGAATGCACTTGGTGGCCAAGCCTAAAATTCTTGACTTCGGCCCCTTAAGCCCACATGAAGGAGAGAACCAGCAACACACAAACACGCAAACATTCACATATAGCAAATACATAAGCATACACACATAATAAATAAACAGAGTCTTGTAATTTTTTCTGATTTTCTGGCACTTGGCTTGTGAAATGCTTTACTTTTAACTTGATTACTTCTATATTAGGGAAGGAAGGTTTCTTTAGTAGACTTTTAGATTTTCTTTGATGCCTCGTTAGTGTCCTTGTCACTACTGTCAGGCTTTACTAATGTGAATGGATAGAAGCTCAGAAACGCTGAAATGTAATACTTTCCATGCATTTAGACCTGCTCTGCGGTTAGGAAGTCCTGTAGTCATGACCAGTCATCACAGCCATCCCCGTGTGTGCATCTGCAACGGACTTTGTACTTCACTGTTCTCTCCTCTCTGTTCTTTGTCGTCATTCTCCTTGATTCTGGCGGAGTCTCCTGATTCAGTTTTACTTGGGTTTTATCATTCATTTGTCTTTGGCCGCCAACAACACTGTTTATAGAGTCTCTGTCTCTGCTAGTTTCATCTCTGTCAGTTTCCTTTATTTACCCTGTTGTTCTTCCAATAATATGACCCTGTATTGGGTCTACTGTGTTTACATGTAGTATTGATCAAGATCTATAATTAATCACTTGGCTTGTACCAGGATTTCAATTTTGCATGTACCCATTCATTTAGTCGTTTTTAAGGACCCCAAGTAGGCACCGGAATTGTTTTACAAGTGGCAAATGGAGACAAAACAGTCCAGTAACTTTTCTAACATTTCACAGCTGTGAAGTGACAGAGGCAGAGTTCATCTTGGTGAATTTGATTGTAGAGGTCGCCTTCTTAACCACTATGCTGTTCCACGGCTTCAAGCACAGGTCATCGCTATATTGGTTGATTTTGGTGCTTTTGTTGGGTTGGTTAAGATGCTTTTGGTTGAAAAAAAATAATGGGAAGATATTAGAGCACTACCCCAAGGAAGAAAACCGTATGAGCATCTTAAGAATTTCTTATTAGGGATTGGAGCGATGGCTCAGCTGTAAAGATCACTGGCTGTTCTTCCAGAGGTCAGTTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCCGATACCCTCTTCTGGTGTACATAAAGATAGCATACCCATATACATAAATACCCCCCCCCCCCAATCTGTCTAATTTCCCATTAGGAGAAAACCTAATGTCAGAAAAGTGAAGTTGTCATAAATGTCGTCTGTCTTTAAGGTAAATTCAGTTCCTGTGACTTTTTGGTCTGATCTCCTAATTAAAAATTCCAAAGTGCTAGAAGAAGCTATTAAAAATCCCATAGTGCTAGAAGAAGCTATAATAAATGCAACTCAAGGAGCAGTTGTAGGGAAGAAATGGAAATGGGGGTATATTTGTTATTTGTTGTGGATATTGACTGAT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Seq C2 exon
TAAGCTGACCTAGAAAACATGGCTACTGCAATTAGGGATGTGGGCGTTTGGAGACAGACCAGAACACTTCTTCTGAAGAATTACCTCGTCAAATGCAGGACTAAAAAGAGTAGTGTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004378:ENSRNOT00000005848:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF126982=ABC2_membrane_3=PU(1.0=11.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]