HsaINT1000129 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000154265 | ABCA5
Description
ATP binding cassette subfamily A member 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:35]
Coordinates
chr17:69314314-69327101:-
Coord C1 exon
chr17:69327052-69327101
Coord A exon
chr17:69314431-69327051
Coord C2 exon
chr17:69314314-69314430
Length
12621 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGG
5' ss Score
8.41
3' ss Seq
TTGTTTTTCCTCTTTAATAGGTT
3' ss Score
10.91
Exon sequences
Seq C1 exon
AACAGACTGAGCGCGTCCAGGCCTGACAGCTCTGCGGCTCGGGCCCTGAG
Seq A exon
GTGAGGCGGGCGTCGCGGGCGGCGGCGGCGCTTGAGGCTAGCCTGGGACAGCCGTCCCTGGGGGAGTTGAGGGGACGAGGAGGGGCTGGCCAGCGAGGGACGGCGGGGAGAGAAGGGGAGTTCGGCGTCTGAGGTGTGGGGTGAAGCGGGCTCGGAAGCGGGCAGAGGCGGCGAGCTGAGGGAAACAGACCTCCCTCAGCTCCCGGGAAGCGCGGGTTGCCAGCCTCGGGGATGCGGTGGGAGCGCCCAGGATGCGGACGTGAGGGGGTCGGGGCCCTGCGGCGGGGGCTCCGCGAGGCTCCCCTGGGACCGGGTCCGGCCGTGGGACTTCGGGACACTGCCTTTGCCTGGACGCTGTCGTTCCACCCTCAGCAACCTCAGGGAAAGAAGGAAAACAAATATTGATGTAAATTTCCGTCTGAACAGCTGGGTAATGAGCGCTTGCTCTTCCCTGCGAGGTTACGCGCGGATCATTACCTTGCGTGTTAAAAGGAGTTTCAGTGAGAAGAAAATGCGCAGATCTCATGACACAGTTTGGGAGGGAAATTCCCTGATCCTAAAACACGAATAGGAGCTCCAGGCATGGAAATACTTAATTGGATCGGAAAGCTGGGCAGGCTGGAGCTATTAAGCTGAAGGAGGTTTTCCCCTGGGCTCCTCAGGCTTCGATTTACGTTTTAAATAAATAAGTCCGAAAATAATGAAGATAATAACCACGTTTACTTTCTACAAGGGCGTTCTGAAGGAATCTAAGGGAAGAGGAGTATTTGCTGGACTACAGCTTTAAGCCAGGCTCGGTATTAGCTCTTTTCATTCTGACAGCAACCCTGTAGGATTGGAGGGGGTTATTCCAGTTGGGCAGGTGTGGAGAATGGGCCTCAAAGAGGTTAAGTAACTTATTAAGGTCTCAGCTAGTAAAAGGATGGAGTTGAGATTCCAACCCGGGCTGCCAGACCCTAATTCTGGTGCTTTATTTAGTATATTTTGTGTTTGCCGGGAGAGCAATATTGTATGTGTTTTAGGGAAGACTCCATAGTAGGGAACATTATTAGGGCAGTTAGGGCTTTGTGGGTATTTGTGTTAAAATCAAACTAAAGAGGCGTTAATCTTTGCATATGTGCTGTTTGAGTATATTTCCTTTCAAACAGATTTAGTGTAGGGAAATCTTACATTCACTATAAGAGCAAATTTATTAGTACATTCCATGTGTATTGCATGTCTTTTATTTTTAAAGAGACAGCGTCTCGGGCTAGAGTGCAGTGGTGCGATCAAAGTTCACTGCAGCCTTGAACGTCTGGACTCTAGGGACCCTGCTGAATAGCTGGGGCTACAGGCGTGTGTCACTGCGCCCAGGTAATTTTTTATTTGTTTTTCAGAGACGAAGTCTTGCTATATTGCCCAGGCTGGTTTGTTGCATGTCTTTTACATTCCAGATACCATACTATGTGCCAAGAGTACCGATATGAATACAATTTATAATCTCTGTCCTTGAGTTTAGTTGAGAGGGTGATTGCATAAAAGAATTTTATGATATTGTACTAAGTCATAACTTTTCTAGTATGTAAATTAGTTGGATTAAAAATAGTTTTAAGGGCAAGCTTTTAAGGACCTATTATGCATAAGAAAATTTATTGGATGACTTGTCCTCTGTGTACCATTGCATTGTTATTTTCTCCCTCAGCAAGAAACACTGTGATAAAATTTAGGTTAAATTATATTGACAACTAGCATTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTCTCATTCTGTCACCCAGGATGAAGTGCAGTGGCAGGATCTTGGCTCACTGCAGCCTTGACTTCGCAGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACCACAGTTGTGTGCCCCTACGCCTGGCTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTAGAGACAGTGTCTCTCTATGTTGCCCAGGTTGATCTTGAACTCTTGGGCTCAAGCCTTCCTCCCACTGGGATTGCCACGTGAGCCACTGCACCTGACTGCATTTTGTTTTATTATTGCACCACCTTACAGTAAATTTTAAAGCAATAAAGAAGATGAGAGCATTTATAATTTATCCCTTTTTAAGCTAAAAGGCATATTTTGTAGTGCTTTTATTTCATTGATTGAGAAGCAAATGATGTAGCTAGGCAGGAGTTTGTTTCATGTGCCAGATATGTTCCTAATTTCTCATTCCAAAAATATCTTAGTTTAAAAGTGTAGCTAATACCAGATTGCATTTAATTTCTTGTGTTTCAGAGTTGTAATGAAATCAGTCTTCAGTTTAGGCTGAAATGGCACATTGTTGAAATGTATAACATTACTTTGTGGTGGATTTTGGAAATCTCTTTTAATTGCTTCAGTTTTCTCAGTAAAGTAGGATTCAAGGTCATAATCTGAGGGTGATCCTACAGATGGAAGCTTTGGAGATTTGGGGATTGGGAAAGTGATGGACTAGTGGAATATGTGATTGCTAGGAAATTAAACATGACTCACAGTTGTGAAAAGTACAGTAGAGGAAAGATATGAGTGCACAAATTAGGGTGTCTAATTTTGGATACCAGAAACTTCATAATCCATTCCCAATGCCTGCCTTTACCGTGTTATCTAGAACATACATCTGCACCCCTTGCTCCGGTTCACTTTGCCTTATGCCTCTGCCATATGGCAGGTATCCCTGTTCTTCACAAAAGTCAAGCCCTTTTGTTTGGGAGTCTAGCTTTACCATTCTTTTCTTTCTGCCTGGAAATTCCATTCCACTCCTTTCCAGGCTCTTTCTCTCTTATCACATTATATTAAATTTTATCTCTCTGCAAAGTTAGTGACAGTGTCTAACTTTATTTTTTTTGCCTCATAATGTTGGATGCATAAATCCTTCAGTAAATGTTAAGTGAATATGCCACTTTTCTCACTTCCCCTCTTCTTCCTTTTTACAGGAGTTGACCAACGTTTTTTGTAAAGTGCCAGATAGTAAATATTTTAGGTTTGCAGACAGTATGGTCTCTGTCTCAATAACTTTACTGTTGTAGCACAAAAGCAGTCATAGATAATACATAAATGAATGAGCATGGCTGTGTTCCAATAACACTGTATTTATAGACACTGAAATTTGAATTTCATATAATTTTTGCATGTCACAAGATATTATTATTATTTTTCAACCTTTTAAAAATGCAGAAGCAGTGTTCCTCATGGGCTGTGCCAAACAGACTGAGGGTTGGATTTAGCCCCCACCTCTTTCATCATAGTTTGCACATCCTTGATCTTTAAGGACTCTCAGGAAGCCTTGATAAAGGAATCTGTGGTAAGATGATACTGGGTTTAATATTTCCATTGGTGGTGGAGAAACAAAGATAAATAAGACTGTTGTTTTTTTCATCAAGGATCTCATGGTCAAGTTCAAGATGAAAATATATAAATAAATAATGGTGACAGGGTATAGTTACTGCAGTTACAGTTATGTTTACTGGGTATAGAGGTAAAACAAAGGAGTGATAATCAGCTCCATGTCAATGTTAATAATGACATTTAGGCAATATGATTAAAAATTGAGTTTATTTGAGCATAAAACTTGAGGATGGTCACACAGGAGGACACAGACTCCTGAAGGATGAGGTAAATGCTCCAAAGTGGAGAGGTTTGAGGGTCCTTTACATAGGCAAGGCCTGGGGATGCTTAACAGGGTTACATCATTTTTCGTACGAGGTTAGTGCATAGTTAGAGCAATTCAATTAGTTATAGGCAGTGTTTCTTTTTGGGGGAAGGGTATATTTAACATTTCACATTAAGGATGTAATGGTCAAAGGGTCTTTTATCACAGTCAGCGGTCTTTTATCCCTGGCATCATCTGGTGTGATCTAGGAACAAGAAAATAAGGAAGGAATTTCATGTATAACAAAAGGTCAGTAATTAAGAGGTCAAGCTTCATGACCCAGTCTCCAAAGTCAACCTTCAGTGCCGAACAACGTTTAGAAGCCCCAAGTAGACAGACTATCCATTTTCTGTTACATCTGCTTAGGTGGATGAGAAGTAACCTCTAACAGTCATTTGTTGGAGGTAGGGAATGTATTTTCAGCTAGCCTTTCTGGAAATCTTTTAAGGATGCTAAGAAGGTGACCACGTTTCTTATCAGGATGGCTCTAAACATCAGGATGACTCAACTTATTTATTTTATAGGGTATAATCTTAATTTGTTTCTCACAGAAATAAACATGGATATGTTTTTAATCAGGTCTCTATGAAAATAATTTAAAAAATTTAAAGTTATTTTACCTGCTACATAATAAATGGATTGTTTATTCCACAGGTATTTAGTACCTCCTCTGCTGTGCAGTGAGTTGTTTTACTAGCTGAAAATATTTGAAGGAGATAATGGTATCATTAGATAAGTGATGGATTTTGCGGGGGAGGTGGGGGAAGAGAGAGGCTCTTCTAAGGAAAGCACTGCTTTTAACAAAGGCAGTAGGTATAATAGTAGAACTACCTTAGATTTTAAAAAATACTTTATAGCTTTCAAATTTCTTATTTTAATTAATTAAATTCATGCATCCTAAATAATTTTTCTCTAACAATTATTTCTAAAGGTTATGTACATTTTTATTACTTTTAGTGATGTGGAATATGTTTCGTAGGACTTGGAACGTAGTAACCAGCACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAATCTTGCTCTGTTGCCAGGCTGGATTGGCACAGTGTCAGCTGACTGCAACTTTCACCTCCCGGGTTCGAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCGCCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGCCGGGATAGTTTCTGTCTCCTGACCTCGTGATCTTCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAACCACTGTGCCTGGCCGTAGTAACCAGTACTTTAAGATAAATTAAGAAGTGAAT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TGTCGGTAAGTATTTGGGCTGTTTCTACCTTTCTGCTATTCTGAATAGCACTACTGTGAACGTGTGTGAACATGTACTCAATTGAGTCCTTATGTTCATTTCTTTTGGGTGTATACCTAGGAGTGGAATTGTGAGGTCATATAGTAAAACTGTTTTTCTCAGCATCTGAACCATTTGCTTTCCCGCCAGTAATGTATTCCACTTTCTCCGCAGTTTCTTATGAGAAGTCTGCTCTCATTCAAATTGTTACTCTCTGTAGGTAATACATCATTGTTCTCTGACTGCTTTCAAGATTTTTTGTTGTCTTAATTTTCAGCAGTCTAATTATAATGTGTATAGGCATGGATTTTCTTTATGTTTTCTGGGCTTCACCAACTTTCTTGAAACTTATGTGTTTATATCCCTTGCTAAATTGGAAGTTTTCAGCCATTAAGTCTTTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTAGCATTAATACTCTTTCTCCTCTCCTTTTATAAATCTGATAATATGAAAGTTAGACTTTTTGTTATTGTCCTATAGTTTTCTTTTTTCTTCTTTTTTTTTTTCTTTGAGACAGGGCCTCACTTTGTCACCCAGGTTGGGGTGCAGTGGAACAATCTGGGCTCACTGCAACCTCCTCCTACTGGGTTCAAGCGATTCTTTTGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCCACCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTTACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGTCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGTTGGGATTATGGGCGTAAGCCAGTGTGCCCAGACTGTCTCACAGTTTTCTGAAGCACTGTTAATTTTTTAAAAATCTTTTTTCTCTCTGTTGTTCAGATTGGATAATGCCTATTGATAATCTTCAAGTTTCCTGACTTTTTTTCTGTTGTGTTCATTCTGATTTTGAGCCACTCCATGAGTTTTATTTATTATTGTGTTTTTCTGTTCTAAAGTTTCCATTTGTATTTATTTCTTATTGTGTTTTTGTGTTCTAAAATTTCCATTTGATTCTGCTTAATGTCTTGTTTCTTTGCTAAGATTTTCTATTTTTCATTGCTTTCAAGAGTACTTTCGATTGTTTGCTGAAGCCCTTAAATAGCTGCTTTAAAAGTTTTATCAGATAATTTCAAAGTCTGTGTTATTTCAGCATTGGTATCTTTGATTTTATTTTCTTAGTAGAGTTGCTATTTTTTTTTTTTTTTGAGGCGGATCCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGTGTGAAGCGGTGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCAGATCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGTGCCACCACACCCAGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACTTCGTGATCTGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCCGGTCAGCTATTTTCTACATGCTTCATTTGCAGTGTAATATTGGATTGTATGAGACTTTGGGTTTTGTGTTAATACCTACAGAAAATGTTGATATTTTCTCTTAGCAGGCTGTCAACCAGGTTAGGTTCAGGTCATAAGTTTCTACCCACATTCTTTGAACTGTAGTTGTCATTTTAGTTTATTTTTCAAAAACTTTTGCAGTACCTTTTTGGTCTGTCTTGTGTGTGCCTTGCAGTGAACAGTCTGGATTTGGACAGTGGTCTGTCTGTTAGTTCAGTTTCTCAAGCCTTTGTCACACTAATAGGATTGGATTTATGTATGTCCAGCTTGGGAATTATTACAGGAATTAAAAACAACTTTTTAGAGTGCTTTCCTGAGCTCTCTTTCTATTTGTTCCCCCTTCTACTTTTTGCTTCCCTGTGGCTGCTGTTTCTATCCTCCAGCCAGAGAGCTAGTGTTTATTTTCTCCATTGTGTTACACACTTGTGCAGCTGCAACCACCATATCCAGGGCCCAATGGTAGGAGGTAGAGAAGAAAAGCAAAAGGGATTGGCCTCATCCTCTTACAACGATAGTTCCATTGAATAGAGAGAAAGGTTTTCCTGCCTCAGAGTGTTGGCTGCACTAGGCTTTTGTTACTGTAGTCTGGCCCTGTTACCATGGGATTGCTTGCATGTGGGGATACAGGAGAATTCAGAAAAGAAAAAAAGATTTGCTATTTCTACATTCTCCCTGAGCATTAAGACTTCCCTTGCCCATTCCTCAATTCAAAGCTAAGGCTTCTTCTGGAGCTGCCTCTGTGGGCGGTTCGGGAGATACCAAAGGAGAAAAAGTACCACTGTTGATATGGTGGTATTTCAAATTCTGGTCTACCCTATTTCACATGCCTTGTTTACTTTTCAGAGCTGACAGATTGCTGCTCCATGCATTCTGTCCAGTTTCCTAAGAGAGACAGCTTGGAGTATGCTTAATCCATCTTACCTGGGACTGAAACAGCTGCTTATTTTGCCGTTAAAAATTACATGCAGTTTACTGCGTGGCTCCGGGTTTGTTTGTTTGTTTTTCCTCTTTAATAG
Seq C2 exon
GTTTATTCAGAAAACATGTCCACTGCAATTAGGGAGGTAGGAGTTTGGAGACAGACCAGAACACTTCTACTGAAGAATTACTTAATTAAATGCAGAACCAAAAAGAGTAGTGTTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000154265:ENST00000392676:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF126982=ABC2_membrane_3=PU(1.0=11.8)
Main Skipping Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains