RnoINT0012767 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000006934 | Acvr1b
Description
activin A receptor type 1B [Source:RGD Symbol;Acc:735207]
Coordinates
chr7:142839934-142844628:+
Coord C1 exon
chr7:142839934-142840182
Coord A exon
chr7:142840183-142844397
Coord C2 exon
chr7:142844398-142844628
Length
4215 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACCC
5' ss Score
8.63
3' ss Seq
CTCTATTCTTTGGCCCACAGGGT
3' ss Score
8.9
Exon sequences
Seq C1 exon
GACACCTCAAGGAGCCTGAGCACCCCTCCATGTGGGGCCCTGTGGAGCTGGTCGGCATCATTGCCGGTCCTGTCTTCCTCCTCTTCCTCATCATCATCATCGTCTTCCTGGTCATCAACTATCATCAGCGTGTCTACCACAACCGCCAAAGACTGGACATGGAGGACCCCTCATGTGAGATGTGTCTCTCCAAAGACAAGACGCTCCAGGATCTCGTCTACGATCTCTCCACTTCAGGATCGGGCTCAG
Seq A exon
GTACCCAGGCTCTCCTGGCACTGTGTGTGTTGGCCCTCAGAACCGGTTCTCAGCAGGAGACCGTGTTCGTGAGGAAGGAAGGGACCTGCTGTGTTGAATCATTTGGTTTCATAATTCTCGTCACGTCATCTGGAGTCTGACATGTAATAAGATACGATAATGGCCTCACCGGAAGCCCTTCATGCCCTGAGATTCCAGAGGTCAGATGCAAAACTTTCTGTTGCAGAAACCCTGCCTCGCTCCAGTTTTTGGAGCTCTGTGTCTATGAAAATTGAGCTGGTTCCACCTGAGTGGTGGTGTGCTCAGTTTAAGGGCCCCTTTTGAGAAACAGGAGTGTGCTGGTTTCCTGTGAGGTGCTGACAGCTAACCATTGATCCCTGAGCAGCCATGAGGGATGTTTGAGGACACTGAGTGAAGCTTAGACTGGGGATTTGGTAAATCATTGACTTTGCTCACTGCCATGGGCTTCAGGGAGAGTTATCAGAAAGGCCGCTTAGACTTCCAGCCTAGCTTGGTCTCCGTCCAAGCAAGACTTTCCTACATGAGGCGTTGGGCTCAGCACAGTCTGACAGTACACCACAGCTCAGGACAGAGAGAACTTAGTAGGTTGCTCACATCTTGGGAAATAGCTCAGCTTGACAAAACCAGAAACATTAAATATCTGTGTGTGGTAGAACATGGCTGAAATCATTTATAATCCCAGCAGTAGCATTTGGAAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCCTCAAATTCAAGACCAGTACAGGCTACCTAGCAAGTAAGTATCAGGCCTACTAGGACTACATAGTCAGTCCTGTCTCAAAAACCCAGCTCAGTGAGTTGTTAGACGTGATATGACCAAAAAGACTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGTTGCTGCTGTTGCTGCTGCTGTTGCTGCTGCTGTTGCTGCTGCTGTTGCTGCTGTTGCTGTTGCTGTTGTTGCTGTTGGTGGTGCTGTTGTTGCTGTTGTTGGTGCTGTTGTTGGTGCTGTTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGCTGTTGTTGCTGCTGTTGTTGCTGTTGTTGCTGCTGTTACTGTTGTTGCTGCTGTTGCTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTTGTTGCTGCTGTTGCTGTTGTTGGTGCTGTTGTTGGTGCTGTTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGCTGTTGTTGCTGCTGTTGTTGCTGTTGTTGCTGCTGTTACTGTTGTTGCTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTTGTTGCTGCTTTGCTGTTGTTGTTGCTGCTTTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTTGCTGTTGTTGGTGCTGTTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGCTGTTGTTGCTGCTGTTGTTGCTGTTGTTGCTGCTGTTACTGTTGTTGCTGCTGTTGCTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTTGTTGCTGCTTTGCTGTTGTTGTTGCTGCTTTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGTTGCTGTTGTTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGTTGCTGTTGTTGCTGCTGTTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGCTGTTGTTGCTGCTGTTACTGTTGTTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGTTGCTGCTTTGCTGTTGTTGTTGCTGCTTTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGTTGTTGTTGCTGCTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGTTGCTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGTTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGTTGTTGCTGTTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGTTGCTGCTGTTGCTGCTGTTGTTGCTGCTGTTGCTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGTTGTACTGAAGATTAATGATCAGTTTAGAGCTGTTCTGCTCTGGAGCATAGTCAAAGAGGTCAGTGTTGCCATGTGAGCTGGAACACACAGGTCTCACTGTGTGTGACTCTTGTTTCCCTGCCATGGGTTAGACTGTGGTCATGCAGGAAGTTGTACCATCAGCCATGGCCAGATGCCCTCCTGGAACTCCGGGAGTCCTGTGAGCTCTGACGTCTCAGTATCTGTCGTTGGACTTTATGAAGCCTGGCTGTAGAGCGCACCAATATGAATATATTTAGAAGCCGCACATTTTCAGAAACTACCCAGCATATGCCCTCCACCTAAGGTTGGGCCATGGTTGAAAGAGCCCGAGAGAGGGACAGAGTTACTGTCCTGGGAGTTTTTAGGCCAGCAGAGCTTTGTCCAGCCTGAAATGGTTAATGACAGTTCTGTGGGTAATTCAGTCCATTTTGGTACAGAGCACACAGAGCTCCCAAGTGTTGTCCTATTTGTTTAATTGGGGAGGGGGGGACAAGTATGTGCAGATGAGTAGGTGCCCTTAGAGGCCAGAGATGTCAGAGCCGTTGAAGCTGGACTTTGTGAACCATGTAATGTAGGTGCTAGGAACTGAACTTGGATCTTCTGGAAGAAGATCCTTGCTTTTTGACAAGGCCTCACTATGTAACCTTGGCTGGCCTGGAACTTACTATGTAGACTAAGTTAACCTCAAACTCATCGAAATGCACCTGCCTTTGCTTCCTGAGCACTGTGATTGATGGTGTGCCCCTCCATGCCTGGCCCAGTGTGTGCTCCTCACCACTGAGCCGGCTCTCTAGCCTAGACACTGGGTCTTTGGTAATGTTGTTGTCTTTAAAGCATTCAGCTCATGCTGTGTCTGTAGCTCTGGGCCTCCCTTAACAAATGAGTGCTGAGCCCTAGACAGAGACTGGAGAGGAGCTGGCCCGGCCTGTGCTCAGATGGGCTGGCATGGCTGTTGGAATTGTCGGACAGGGTGCACACAGGGGAGTCTTGAAGGACAGGTTGAGTTGTAAGTGAGGTAAACAGCAGGGAGTGTTCCAGGCCACAGCACAGACTTTGAATGCAAAGAACAGAAAGCTGTCAGGGTCCATGGTTTGTTTAAAGACTCACTATAAGGAGGCTGGCATGGTGTGCCTGGAGGGGCAGAGGCAGACTGTCAGGTATCAAGGGCTCTGGGGGCCACACTTTATCTCGCAGGTCAGAGTGAAGTGTTGCAGTGGTGTGGAGGATGGGTCCTCTCGCTTGCCGGTGTCTTACTAGAGAGGGTGCAGTGGAGCAGGGCTGTGTGTGGGTGCACGGGGCAGGAACAGGCTGAGACGGGTCGGACACCAGGCAGAGCGAGTGTTTAGGAGGAGGGCATAAGCTTTCGGAGATGGATGGAATTTCTGTAAAGTCCTTAGTGGAGAGCCGCATGCTTATCAAGCACACAGTGAGTCCAGCAAACCCTGGGTTGCAATGGCTGTAAGACGACCAAGTCAGCCATGAGGTAAAGGATTGGATAGGAAGGGAGGTAGACACCAGATGAGTCAACGACGCAGTGACGAGTGGTGTGGGTGGTCCCCAGTCTACACTGGAACCTCCTGGTCCCTGTGGAGCTGGGTGCTCTGTGTGCTTAGAACGTGGGTCTGCTTTGTTGGCCACACAGCATCGCCCTCTAGTGGCTAGTGAGCAGGGTGCCCACCTCAGGAGCCTGCTCACTTTATTCCTGCTACATCAGAATAATGTAGACATCAGTGAGTTGGTAGATCTAGTCAAAGATTTACAAGCAGGTCTTTCATCCATATATCCTGGAGGGGAAGTCCTAGCTAAGGGCAGCTAGTGTGTGTTTTTCTGTGCTGACTTATGCTAGCCTGCTGGTCAACCAGCCAGCATGGCTCCAGCCTCGCTGTACGTTTTGTGGCTATTGGGCCAGGGAGAGTGAAGAGATACCTGGTGGAAGGCCTTTCTGGGGGTATGCTGTGTGTGTGGTATGCCCAGAGTTTAGCAGAATTGCAGTGTCAGATTTTCTCTATTCTTTGGCCCACAG
Seq C2 exon
GGTTACCCCTTTTTGTCCAGCGCACAGTGGCCCGAACCATTGTTTTACAAGAGATTATCGGCAAGGGCCGGTTTGGGGAAGTATGGCGTGGCCGCTGGAGGGGTGGTGATGTGGCTGTGAAAATCTTCTCTTCCCGTGAAGAGCGGTCGTGGTTCCGGGAGGCAGAGATCTACCAGACTGTCATGCTGCGCCATGAAAACATCCTTGGGTTTATTGCTGCTGACAATAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000006934:ENSRNOT00000009345:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF085157=TGF_beta_GS=PU(58.6=20.2)
A:
NA
C2:
PF085157=TGF_beta_GS=PD(37.9=14.1),PF0006920=Pkinase=PU(22.2=82.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]