RnoINT0013316 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005780 | Adamts13
Description
ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif, 13 [Source:RGD Symbol;Acc:1311594]
Coordinates
chr3:5526089-5535382:+
Coord C1 exon
chr3:5526089-5526235
Coord A exon
chr3:5526236-5535235
Coord C2 exon
chr3:5535236-5535382
Length
9000 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATAT
5' ss Score
7.88
3' ss Seq
AGACTTTCTTCTGCCCACAGCTT
3' ss Score
8.39
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTGACCTGGAGCTGCCGGATGGTAACCAGCAGGTTCGGGGAGTCACCCAACAGGGTGGTGCCTGCTCTCCTTCCTGGAGTTGCCTTATCACTGAGGACACTGGCTTCGATCTGGGGGTCACCATTGCCCACGAGATTGGACACAG
Seq A exon
GTATATGACCTTACCAGTTATCTCCAGACTGGTCAGAGAGCTGGTTTGAGCCTAGCTCTCTAGGGTCTAGGATTGTGGCCTAGGCAGGCAGCAAATCTTTGCAGAGACACTCAGGAGCCTATACCCCTTAGCCTAAGTGTCTTGGTAGGGGAAGCTGAGATAGGAGAAATCTGATGCTTCTTGATCACTGAGTGATTAACATGAACTCTTTTTTGCTAGATAAACAGCAATGAGAAAACAATAATTTAAGTTTTAAAAATGTATTTGTATGTGTGAGAGAGAGACAGAGAGACACAGAGAGGCACACAGAGAGAGACAGAGAGAGACAAAGGCAGAGACAGAGAGAGACACAGACAGAGAGATTCACACACAGAGAGACAGACACACACACAGAGACAGACAGACACAGACAGACAGAGAGACAGAGACAGAGAGAGACACAGACAGAAACAGAGAAAGACAGAGACAGAGAGATACACAGAGAGAGACAGACACAGACACAGAGAAAGAGACAGACAGAGAGAAAGACATACAGAAACAGACACACAGAGACAGACAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGGGAGAGACAGACACAGAGAGACAGACAGAGACACAAAGAGAGACAGACAGAGACAGACAGAAACAGACACAGAGAGAAACACAGAGAGAGAGAGACAAAGAGAGAGACAGAGAGAGAGACAGAGGGGGACACAGAGAGAGACAGAAAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGAGACAGACAGACAGAGAGACAGACAGAGAGACAGACAGACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACGTGTAGAGGTCAGACCAACTTTGCAGAGTTGGTTCTCATCTTTCCATAGGTTCTGGAAATTGAACTCAGATCAAGAGGCTTGTGTAGCAAATGCCTTTACCCATTGAGCCATCGAGAAAATAAGTCTTGTCAGAAATTCCAGTAAAGAGAAAAACCTGACTGAAGATTATCCTATGTCCATGCAGTGTCTTAGTTACTGTTCTATTGCTGTGAAGAGACGCCATAACGAAGGCAACTCTTACAAGAGAAAGCATTTAACTGGGGCCTTGCTTACAGTGTCGGAGGCTTAGTCGATGGCTGTTCCAGCAGGGAGCATGGTGGCACACAGGCACACAGGCGAGCATGGTGCTGGAGCAATAGCTGAGAACTTGATATCCTGACCCACAGGAAGGCCGGCAGAGAGAGGGAGATGCTGGGTCTAGCATAGGCTTTTGAAACCTCAAAGCCCACCTCTAGCCACACACCTACTTCAAAAAAAGCCACATTTCCTAATCTTTCCAAACACTTCATCAGTCAGGGACCTAACATGCAAATAAATGGGGGAGAGTGCTTCCTTATTTAAACTACCACACACCACTTACAGAAATGTCTTTCCAGATTTACTTTTAATTTTGGTCATTAATATGCACACATCAGGTGTGTGTAATACATTGTTTATTATTTTGATTCTATTGTGGGTTTTTCCCCATTTTTATTAATTTGGGTATTTCTTATTTACATTTCAAACGTTATTCCCTTTCCTGGTTTCCTGTCCCTCAGCCCCCTAACCCCTTCCCTTCCATTCCATACAGGTGTTCCCCTCCCAACCCAGCCCCCCATTACTGCCCCCCCAACAATCCTCTACATTGAGGGTTCAACCTTGTCAGGACCAAGGGTTTCCCCTTCCACTGGTGCTCTTACTAGGCTATTCACTGCTACCTATGCAGTTGGAGCCCAGGGTCAGGCCATGTATAGACTTTGGGTAGTGGTTTAGTCCCCGGAAGCTCTGGTTGGTTGGCATTGTTGTTCTTATGGGGTTGCAAGCCCCTTCAGCTCTTTGAATCCTTTCTCTAATTCCTCCAACGGGGGTACCATTCTCAGTTCAGTGGTTTGCTGCTAGCATTCGCCTCTGTATTTGACAAGTTCTGGCTGTATCTCTCAGAAGAGATCTATATCCAGTTCCTGTCAGGCTGCACTTCTTAGCTTCATCCATCTTATCTAGTTTGGTGGCTGTATATGTATGGGCCACATGTGGGGCTGGCTCTGAATGACTGTTCCTTCAGTTTCTACTCTAAACTTTGCCCCCCTATCCCGTCCTATGGATATTTTTGTTCCCCTTTTAAAGAAGGAGTATAGCATCCGAATTTTGGTCATCCTTCTTGAGTTTCATGGTGGTCCATACATTGCATCTTGGGTAATTTGAGCATTTGGACTAATATCCACTTATCAATGAGTGCATACCATGTATGTTTTTCTTTGATTGGGTTACCTCATTCAGGACGATATTTTCTAGTTCCATTTGCTTATGAATTTCATGAAGGCGTTGTTTTTGATAGCTGAGTAATATTCCATTGTGTAGATATACCACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTTAAAGGGCATCTGGGTTCTTTCCAGCTATTATAAATGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTGGAGCATGTGTCTTTGTTGTATGTTGGGGCATCTTTTGAGTATATGCCCAAGAGAGGAATAGCTGGGTCCTTAGGTAGTGGAATGTCCAATTTTCTGAGGAACCTCCAGACTGATTTCCAGAATGGTTGTACCAGTCTGCAATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTCCCTCTTTCTCCACATCCTCACCAGCATCTGCTGTCACCTGAGTTTTTGATCTTAGTCATTCTCACTGGTGTGAGGTGAAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGACTAAGGATGTTGAACATTTCTTTAGGTGTTTCTCAGCCATTCGGCATTCCTCAGCTGTGAATTCCTTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTAATAGGGTTATTTGGCTCTCTGGAGTCTAACTTCTTGAGTTCTTTGTATATTTTGGATATAAGCCCTCTATCAGTTGTAGGATTGGTAAAGATCTTTTCCCAATCTGTTGGTTGCCATTTTGTCCTAATGACAGTGTCCTTTGCCTTACAGAAGCTTTTCAGTTTTCTGAGATCCCATTTGTTGATCTTAGAGTATAAGCCATTGGTGTTTTGTTCAGGAAATTTTCCTCAGTGCCCATGTGTTCGAGATTCTTCCGCATCTTTTCTCCTATGAGTTTGAGTGTATCTGGTTTGATGTGGAGGTCCTTGATCCACTAGGACTTAAGCTTTGTACAGGGTGATAAGAATGGATCGATCTGCATTCTTCTACATGCTGACCTCCAGTTGAACCAGCACCATTTGCTGAAAATGCTATCTTTTTTCCATTGGATGTTTTTGGCTCCTTTGTCAAAAATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTTCATTTCTGGGACTTCAATTCTATTCCACTGGTGTATCTGTCTGTCTCTGTACCAATACCATACAGTTTTTATCACTATTGCTCTGTAATACTGCTTGAGTTCAGGGATGGTGATTCCCCCAGAAGTCCTTTTATTGTTGAGGACAGTTTTAGCTATCCTGGTTTTTTTGTTATTCCAAATGAATTTGCAAATTGTTCTTTCTAACTCTATGAAGAATTGAATTGGAATTTTGATGGGGTTTGCATTGAATCTGTAGAACGCTTTTGGTAAAATGGCCAATTTTACTATATTAATCCTGTCATTCCATGAGCCTGGGATCTTTCCATCTTCTGAGATCTTCCTCAATTTCTTTCTTAGAGACTTGAAGTTCTTATCATACAGATCTTTCACTTGCTTGGTTAGAGTCACACTGAGGTATTTTATATTATTTGGGACTATTGTGAAGGGTGTTGTTTCCCTAATTTCTTTCTCGGCTTGTTTCTCTTTTGTGTAGAGGAAGGCTACTTATTGATTTGAGTTAATTTTATACCCAGCCACTTTGCTGAAGTTGTTTATCAGGCTTAGTAGTTCTCTAGTGGAACTTTTGGGGTCACTTATGTATACTATCATATCATCTGCAAATAGTGATATATTGACTTCTTCCTTTCCAATTTGTATCCCTTTGATCTCCTTTCACTGTCTGATTGCTCTGGCTAGGACTTTGAGAACTATATTGAATAAATAGGAAGAGAGTGGGCAGCCTTGTCTAGTCCCTGATTTTAATGGGATCGCTTCAAGTTTCTCTCCACTTAGTTTACTGTTAACTACTGGTTTGCTGTATATGGCTTTTACTTTGTTTACTTATGAACCTTGAATTCCTGTTCTTTCCAGGACTTTTATCATGAAGGGGTGTTGAATTGTGTCAAATGCTTTCTCAGCATCTAATGAAATGATCATGTGGTTTTTATCTTTGAGTTTGTTTATATAGTAGATTACATTGATAGTTTTCTGTTTATTAAACCATCCCTGCATCCCTGGGATGAAGCCTGCTTGATCATAATGGATGATCATTTTGACGTGTTCTTGGATTCAGTTTGCAAGAATTTTTTGAGTATTTTTGCGTCAATATTCATAAGGGAATTTGGTCTGAAGTTCTCTTTCTTTGTTGGGTCTTTGTGTCATTTGGATATAAGAGTAATTGTGGCTTCATAGAAGGAATTCAGTAGTGCTCCATCTGTTTAAATTTTGTGGAATAGTTTGGATAGTATTGGTATGAGGTCTTCTATGAAGGTCTGGTAGAATTCTGCATTAAACCCGTCTGGTCCTGGGTTCTTTTTGGCTGGGAGACTTTTAATAACTGCTTCTATTTCTTTAGGAGCTATGGGGTTGTTTAGATGGTTTATCTGTTCCTGATTTAACTTTGGTACCTGGTATTTGTCTAGAAAATTGTCCATTTCCTCCAGATTTTCAAGTTTTGTTGAATATAGGCTTTTGTAGTAGGATCTCATGATTTTTTTTTAATTTCCTCAGATTCTGTTGTTATACCTCCCTTTTCATTCCGATTTTGTTAATTTGGACACACTCTCTGTGCCCTCTGGTTAGTCTGGCTAAGGGTATATCTATCTTGTTGATTTTCTCAAAGAAACAGATTTTGGTTCTGTTGATTCTTTGTATAGTCCTTTTTGTTTCTACTTGGTTGATTTCAGCTCTGAGTTTGATTATTTCCTGCCTTCTACTCCTCCTGGGTGTATTTGCTTCTTTTTGTTCTAGAGCTTTTAGGTGTGCTGTCAAGCTGCTGACATATTCTCTCTCCTGTTTCTTTCTGCAGGCACTCAGAGCTATGAGTTTTCCTCTGAGCACAGCTTTCATTGTGTCCCATAAGTTTGGGTATGTTGTACCTTCATTTTCATTAAAGTCTAAGAAGTCTTTAATTTCTTTCTTATTTCTTCCTTGACCAAGTTATCATTGAGTAGAGCATTGTTCACCTTCCATGTATATGTGGGCGTTCTTTCCTTGTTGTTATTGAAGACCAGCTTTAGCCCGTAGTGGTCTGATAGGACACATGGGATTCTTTCTACCTTTCTGTATCTGTTGGGGTCTGTTTTTTGGCTGATTATATGGTCAGTTTTGGAGAAGGTTCCATGAGGTGCAGAGATGAAGGTATATCCTTTTGTTTTAGGATGGAATGTTCTATAAATATCTGTTAAGTCCATTTGATTCATAACTTCTGGTAGTTTCTCTATGTCTCTGTTTACTTTCTAATTCCATGATCTGTCCATTGATGAGAGTGGGGTTTGAAAATCTCCTACTATTATTGTGTGAGGTGCAATGTGCGATTTGAACTTTAGTAAGGTTTCTTTTATGAGTGTAGGTGCCCTTGTATTTGGAGCATAGATATTTAAGATTAAGAGTTCATTTTGGTATGTTTTTCCTTTGATAAATATAAAGTGTTCTTCATTATCTTTTTTGATGACTTTTGGTTGAAAGTTGATTTTATTCGATATTAGAATGGCTACTCCAGCTTGCTTCTTCAGACCATTTGATTGGAAAGTTGTTTTCCAGCCCTTTACTCTGATGTAGTGTCTGTCTTTGTCTCTGAGTTGTGTTTCCTGTAGGCAGCAAAATGCTGGGTCCTCTTTACATATCCAGTCTGTTAATCTGTTTCTTTTTATTGGGGAATTGAGTCCATTGATGTTGAGAGATATTAAGGAATAGTGATTGTTGCTTCCTGTTATTTTCATATTTAGAGGTGGGATTATGTTTGTGTGCTTCTTTTGGTTTTGTTGCAAGGAAATTACTTTCTTGCTTTTTCTAGGGTGTAGTTTCCCTCCTTATGTTGGGCTTTTCCATTTATTATTCTTTGTAGGGCTGGATTTGTAGAAAGATACTGTGTAAATTTGGTTTTGTCATGGAATATCTTGGTTTCTCCCTCCCTATTAATTGGTAGTTTTGCTGGATATGGTAGCCTGGGCTGGCATTTGTGTTCTCTTAGGGTCTGTATGACATCTGTCCAGGATCTTCTGGCTTTCATAGTCTCGGGTGAGAAGTCTGGTGTAATTCTGATAGGTCTGCCTTTATATGTTTGTTACTTGACCTTTTTCCCCTACTGCTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGGCTGCTAGGCAAGCACTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAAACCCTCCCCTACTGCTTTTAATATTCTTTCTTTGTTTTGTGCATTTGGTGTTTTGACTATTATGTGACGGGAGAAGTTTCTTTTCTGGTCCAATCTATTTGGAGTTCTGTAGCCTTCTTGTATGTTTATGGGCATCTCTTTCTTTTGGCTAGGGAAGTTTTCTTCTATGATTTTGTTGAAGATATTTACTGGTCCTTTGAGCTGGGAATCTTCACTCTTTTCTATACCTATTATCCTTAGGTTTGATCTTCTCATTGTGTCCTGGATTTTCTGTATGTTTTGGGCTAGGAGCTTTTTCTGTTTCACATTATCTTTGATTGTTGTGTCTATGTTTTCTATGGTATCTTCTGCTCCTGAGATTCTCTCTTCTATCTCTTGTATTCTGTTGGTGATGCTCACATCTATGACTCCTGCTCTCTTCCCTAGGTTTTCTATCTCCAGGGTTGTCTCCTTTTGTGCTTTCTTTATCTTTTCTATTTCCATTTTTAACTCCTGGATGGTTTTGTTCATTTCTTTCTCCTGTTTGGTTTTGTTTTCCTGTAGCTCTTTAAGGGATTTTTGTGTTTCCTCTTTAAGGGCTTCTACTTGTTTACGTGTGTTGTCCTGTATTTCCTTAAGGGAGTTATTTATGACCTTCTTAAAGTCCTCCATCATCATGATAAAATGTGATTTTAAATCTAATTCTTGCTTTTCCGGTGTGTTTGGATATCCAGTGTTTGCTTTGGTGGGAGAACTGGGCTCTGATGATGAGAAGTAGTCTTGGTTTCTGTTGCTCGGGTTTCTGTGCTGGCCTCTCACCATCAGGTTGTCTCTGGTGTTAACTTGTCTTGCTTTCTGATGGTGGCTTGACCCTCCTGTTGGCCTGTGTGTCAGCCCTCCTGTAGACCTGTTTTCCTGTTTTCTCTCAGCCAGTTATGGGAACAGAGTGTTCTGCTCTCAAGGGTGTAGTTGCTCCTGGTGGCTGGCTTTCAGCTCTCTGTGAGGGCAGCAACCGGAAGGGTCATGCCCCTACTGCTCTTAGGTCCCTATGTGCAGGGGGCACAGATGGCACTAGGCATTTTCCTCTTGAGTCAGGAATGTGGGCAGAGAGTAGTCTCTTCTGGTTTCATAGGAGTGTCCACACTTCTGAGGGTTTAGCTTCCCCCCCAACCCCCATGGGATTTTGGGTGCAGGGAGCTGTTTGACTGGTTCAGTTCAGATCTGGGTGCAGATCTGGACTGTGGGGCTCCTGCAGCTTGACTCCTATATTCCTGTGTCCAGAGGCACTATGAAGTTTCCTCTTGGGCCAGGGATGTGGGCAAAGGTGGTTAGAAGTGGCAGTCTCTCCTGCAATCTCAGGATTGCCTGCACTTCTGGGTGTTCAGCTCTCTCTCCCATGGGATTTGAGAGCAGGGAGCTGTGGGCCGGAATCAGAGAAACCCTTTATTGTGATTTTTAAGACAGCATCTCACAGGTCACTTAGCCATCTGTCAAATGCTGGGTAGGATTATAGGTGTGTGTCACCAGCACACATAACTCTTGTCTTTTAATATATAATATATCCCACATACTTCTCAGCTCACAGATCTCTTGTGTTTTGCATTTGTTTGTTTTAGACATACAACAACTTAATCCCCCAGGTCAGATCGTTATAGTGTTTCTGAGTCCTTGCTTCTGCACGTAGTGTGTATTCTTGTTGGCAAATCTTTTTTCCTGTGTATTATCATTTTTTCTAGAGTGATGTATTTCTTTTCCTTTTGATTTTTAGTTGTTTTAGTTATTGTTTTTAGGAAAATAATATCAAATTGTTATAAAATATCAAATGATAATAGCAAAAGTTTCGCAGAGCATAAAAGTTCCCCCCTGGTAGCCTTCCAACTCTGCACTGGTATAGGCTCCCAGAGGTGGAAGCTCTCCAGACTTTCCCAAGGATCTGGCCCCAGCAGCTCTTGCACTGCCTCACCTCCCACCCCCTCAACCTCTTAGGCTCTTCAGGCTGTTCTCATGAAGTGTGGGGATGATATTCAGGCCTTGCCTCAAAGAAAGAAAAAAAACTATTCCCTGGGAACAAAAAGGAAGACGGCAATATCTTCTCAGTCTTTTCAACCACAAGGCAGCCGCAGTGTGGATAGATTTTCCCAAACCCAATCATATCCAGGTCATCAGCCACCAGAACGGTAACCTGTTGACCCCCCGGGCCTGTACCTGGCTCCCAGTTCCCACTTCTACCCCCTCAGACTTGTACCAATGGAATTAGGTCAGTTGGTCTACCATCAAAGATTTTGCTATTTATTAGAAAATGAAGAAAGAGCCACCCTGCCCAATCAACTCTCCTTTTTTCCTCACATAGGTGGGAAACTGAGGCAGGGCCTCCAGGACCCCTGCTGGACTGGCTTAGCTAGTAGCAGCATCCAGGTCCGGGGGGACACAAAGGAGGCCCTGGCCCAGCCCCAGCTGGCTACTCTCAGACTTTCTTCTGCCCACAG
Seq C2 exon
CTTTGGGCTGGACCATGATGGTGCTCCAGGCAGTGGCAGCACCTGCGAGGCCCGTGGCCATGTGATGGCATCTGACGGCGCAGTGCCTGCTGGAGGGGCCCTGGAGTGGTCCACCTGCAGCCAAAGGCAGCTGCAGCACCTGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005780:ENSRNOT00000007640:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.180 A=NA C2=0.120
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF135821=Reprolysin_3=FE(39.5=100)
A:
NA
C2:
PF0142114=Reprolysin=FE(23.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]