Special

RnoINT0023702 @ rn6

Intron Retention

Gene
Description
ATPase phospholipid transporting 8A2 [Source:RGD Symbol;Acc:1594597]
Coordinates
chr15:40390830-40428800:-
Coord C1 exon
chr15:40428583-40428800
Coord A exon
chr15:40390975-40428582
Coord C2 exon
chr15:40390830-40390974
Length
37608 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTCAGA
5' ss Score
5.24
3' ss Seq
CCTGCGCCTCGTCTCTGCAGGAC
3' ss Score
11.9
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTTTCTTTTAACAGACTTTCTTAACTCATTCCCTTACGTGTCCAGCTTCAGGAAGCCCATGATTCTCCTTCAGCAACTATGGAGTCAATGACTCCCCGTCCAGCACATAACTTCCTCTGTGGATGAACCCTCAGGCGTGCACTAGTGGGAGACTTTGCTATCCTGTAATGATGCCTCTAGCATGTTCCAGAACCATGAGGGACCTAACTCAAAGAG
Seq A exon
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CTTGTGTCTAGACTGCACAGCTGATCTCTGTCTAGCCAGCCACCTGCTACTTTCCCCATCACTACTGAATGCTCATCTTTCTTGCTTAGACATCTTCTGTGGCTTTAGATGAAGCCCAGGTCAAAGCTGGGCCTTCTTAATGTCATTTGCAGACTGCCCACAGCTGTTTTTCCACTCAAAGCACAAGTTATTGTGTGACCTCCCTTAACATGTGACCTCTGACCTCCCTTTACACTTTCAGTCCCCCTCTTAGTTTTGATTACAGATGGCCACTCACTGCCAGGCAGCTCTAATGCTGTGGATTGCCACTAGGACAAGAGATGACATCTCCTATTTTGTGACCCTAACAGCATCTAACAACTGATTGTTCAGGTGTGGCTGTTTATGAGCATCACTTACAAAGCAATGCGGTACAGAATCGAGGAGGACGTGGTCCACAAAGTAGGAAATGGTGGGAGTTCCCTGGGTGATATGGATTTCATGGATGTGGTGCTGAGAGGAGTGGAGAGTCAGTGTGTTAGTGCGCTTCTGGCAATGGAGTGTTCTATCCGAGCTAGTGGTAGATCTTTGATCCTCTGTGCTGGTCACCGTAGCTCTACCTGGGAAATTCAAAGACATCCTTTATGGGTTCCCATCATGTGCCAGGCTGTGGGACTCTGGGATTCTCATTCAGGCAGAGAGAAAAAACCCTATTCTTTTATACAGGCTATTCGCAAACGTATTTCCATTTGTCTAAAAGGAGCAGGTGCATTCAAATGCAGTCTGGGGGGGGGGGGAAATGGTTCAGTGGTGGAGTACTGGAAAGGCTCTGGGCTCTATCCCTAGCCTACTGAAAGAAAATAAACAGGACAAAGCTGGGTTTTCGTAGATGGAAACCCAAGAAGCAGACCTTATGGTATAGCCATTATGGAAGTGGGCACTGTTGTTTCCTGCTGCCCTTTCTCTGTAATGAAGGGCTTGGGATTGTCTCCTGGCTGGGGTAGACCCTAGGAAGGTGGTGAAGGTGAAGGAGGTGAGGGATTGCTCCTACAGTAAGAAATAGCCTGGGTGTGGTGCACTCATTGAGAAGGAGCAGAAAAGGGTTGGGTCTGGCTGTGACTACGACCCAGGTGTGTGGTCTGGGGATCAGGCTACTCCAGGCCTTACCCTTCTTCACTGGTCTGCATAGCATGCCCACTCAGGATACTCAGTTTGCCTTTCAGATTCCCCTTTCTCCTGTTAGGCATTGTAATCCTTGTGGTCAAGACGATTTAAACACAGCTGTAGTTTTTCCAGGTTTTCTCCATGTCTGTGAAGAGGTATCTCTGTAGCTAGGAAGTGGGAGTCTACTCCCATAAGATGCAAGTTTTGTAAGTGGTGTGCACTGTACGCACCTTTTGATAGAGAAGATGAGGCGTTAGTTGGATGGCTATTTAAGGGGGATAAAAAGGTTCTAACTGCAGAGCTCTGGTTTTTCTGTGAGCTTTGATTCTCCCTAAAGGTTCCTTCTCAAGGTGAGCTGCCTTTTTTTCCCAGGACAGAAGCTCTGGTTGGAGCTGCTCTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTACATGCCCGTGTGCCTACAGTGTAGTATATATTTCTGCATACTCCTAAGAAAAGTGATGGGGAGTTTAGCTCATTCAGAAGCTTCTGGATAAGGCTTGCTGTCAAATTTATAGAACTCAGGAACTACTTAATTGGGAGCTCGAGTTCTGGACAGAGATGGAGTTGAAGTTGCTCTTCTGAGGTGATCTGACTTCTTTGTGGACACCCAGCAGAGGAGCTCCTGCAGGATCACCGGGAGAGCAAGCTCTGTCCATCTGGTGGGTGACTCCACAGAGGAGGTGCTTTCACCTGTGATGACTTCAAGTGGGGCATCTCCCTAGGGCTATTTGTCTCATTGTGACTAAACACTGTCAAAGAAGCCCAGAAAAACCAGGTCCCAAGTGCAAGGACAAAGCGTGCCCTCGGCTAGGGGGAGGTCTTTTGGCTTGGCTGCTGTCTCCCTCCGCCTCCTCTTCAGTCTCAGGCAGTCTAAAGCGGTCTTCCTGCACTCGCCCCTGGGCCAACCTGGCTAGCGCGGGTACCACAAGCTAAGTGCACAGCCAGCTCCATCCCCTGGTGAGCTCTGGGCCGCGGCCCGGGATCGCGAGGGTCAGGCGAGACTGGGCTGCCTGGGGTCCACCGGGCCTCCACAAGGTCTAGGGCGTGGTGAGGTCTCTGGTAAATACAGAGCTAGAGAAGCCTGGGAACCTTCTTCACGAATTCAGGTTGTGATGGGGCTTCGGGGAAGGGGCGGGGCCTCACAGGTTCACCGCGGGGTGGGGCCCAGGGGGTGGCGCCTATTCACAAGTCGGGGTGGGGCAACTCGAGTCACGAAGGGGTGGGGACTCGCAGGTTCAGGGCGGGGCTGAGTGGGGCGGGGCCTGCCGCTGCGGCGGCGGCTGTGGCTACGGTCTAGTCTCCAGGGGCAGCCTAGGTACATAGGCGGCCCCAGTCTCACTAGAGCATCCTTCGCAGCTGGTCCCCGCCTGCAGCCCGCTCGCAGCCTCAGGCCCGGGGAGGCTGACTTCTTTGTGTTTTGTTTTCCCTGCGCCTCGTCTCTGCAG
Seq C2 exon
GACCCGTTCGTTCTTCTGCGGGCTACAAGAAGGCAGAGGATGAGATGTCCCGGGCCACGTCTGTTGGAGACCAGCTAGAGGCACCGGCCCGCATAATTTACCTCAACCAATCTCATCTCAACAAATTCTGCGACAACCGGATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000008053:ENSRNOT00000011451:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.122
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]