GgaINT1007062 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000017106 | ATP8A2
Description
ATPase, aminophospholipid transporter, class I, type 8A, member 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13533]
Coordinates
chr1:175972298-176008080:+
Coord C1 exon
chr1:175972298-175972376
Coord A exon
chr1:175972377-176007935
Coord C2 exon
chr1:176007936-176008080
Length
35559 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGAGG
5' ss Score
9.35
3' ss Seq
ACCGCCCCGCTTTCCCGCAGGAC
3' ss Score
11.44
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCCGACCAGGGCCGGCCTCGACACGGCGCTGAGGATGTCCCTGCGGCGGAAATCCTCCAAGATCCACTCCTCGGCCG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GACCGGTGTGTTCCCCCACGGGCTACAAGAAGGCAGATGATGAGATGTCCGGAGCCACGTCCTCGGCGGATCTGGACGAGGCGCCAGCCCGCACCATTTACGTGAACCAGCCCCAGCAGAGCAAGTTCCGCGACAACTGGGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000017106:ENSGALT00000027641:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.265
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]