RnoINT0032629 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002841 | Cdc42bpa
Description
CDC42 binding protein kinase alpha [Source:RGD Symbol;Acc:621406]
Coordinates
chr13:98315834-98323432:+
Coord C1 exon
chr13:98315834-98315929
Coord A exon
chr13:98315930-98323283
Coord C2 exon
chr13:98323284-98323432
Length
7354 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTAGTAAGT
5' ss Score
7.79
3' ss Seq
CGTTTTATTTTTGTCCACAGTAC
3' ss Score
9.49
Exon sequences
Seq C1 exon
ACAGCGTGCTTTCGTGAAGAGAGGGATGTGTTGGTAAATGGAGACAGTAAGTGGATAACCACTCTGCACTATGCTTTTCAGGATGACAATAACTTA
Seq A exon
GTAAGTACTAGTGTGTTTTTATATCCATAGTCTTTTGTTGGCCAACTTTAGCATTATATTTTAAAGTGTTACTTAAACATAGATGTTTTATAAGACAGAAAAATTACTGTATTTCACAGAGCATCAGTAGTACACTTGGTGTGAACATTTCTTTGTCTGAAAAGTTTTATGCTCTTTTATTGGATTTGCTTATGCCTTTAAATAAGAAATCCCAAACTAAATCCAGCCTGTTTTAATTTCCTTCCACTAAATCCTATAGGTGTGAGTTTGGGGGTTTTTCTTTTTATGACTTTCCCAATGTATCTTACTAGTAGTATTCTGCTTTTTTAAAGTTTACACACTTTGCAAAGTGACCATGTGCTATATTAAGTTGAGCCACATTTATAGTAACATCATGGACCACTTCATAAAAGCTTGGGAGGAACTTACAGGATATTCAAAATATTAGACTCTGTACCACTAGTGACTGATTCTAGAGACACTAGACATGAGGAAGTAAAAGTCAAAGGATAAATTGAGTTTGTTTCAGTTGAGCATGTAACCCCTTGGTCTGCTATCCATAGTTCTTCAGTTTTTGACCCATTCTTATTTCCAGGTTTATATCCTTCAGGAATGTATTCATGTCTTAAGATGCTGCTCTGTACCAGACTTGACAACTAGATTAGACAGAATAGGGGGCAGTTTTCGGAGTCCTGGGAGATGTGCACATACTTCTGCTCACTTTAGTTGGAGACAAGTAACACCCTGAAGTACTAATACCACCACAGTCCCACTTGGTGAGCCAGTGAGTTTTATTCGGGTTAATTGCAGGAGCAGAAGTGGTTCAAAGGCAGCTGTGTCACCATCATGCAGCATATGTAGCACGTGGTTGTAGTCAGTTGTTTTCTAAATGTCAGGGTAAAGCTTTGCATGTGTTCATTGTTCAGTGTCAGAGTGAATGAAGTGATGTTCTACTCGGAAAGTAGTAAAGACTAAAATCCTGTCAGTATATTCTTTTGGAGATATTTATCACTGTGAATTTATGCATTCCTTAAAAATCTACATTTTATTATAAATATAGAAGTAAATACAAAAAAGTGGTTTTAAATCATGAGTCCCCAAAGTGAGTGCTGGGAATAAAACCTCTCCTAGAGCATCAGCTGCTCTCATTGTTGGGCCATCTCTCCAGCTTCCCAAATGCCAAATCTCAAAGAGCAAAAATTTGCCAAAAAGTGTCAAGATGAGGAGAAAAAGTCTGAGCTGCTATTGCCCTGGTCTGCTGAGTTATGGAGTCTGATTTGCGTTCTTTGCATAAGATTTTAGGATTTACATTTCTTCAGTGATTTTCTCTGAGAGCAGTAAACTGTCTATTTTCAGTTATATTAATTATATTGGAATAGAAGTAACAGCATTTCAAAGAGGATTAAAATAAAATTCTTGTTATTTACAAAGCTGGAATTCAGAAGTTTTAGTTGTTATCAGAGGCGTCTTTTAAGCATTTAAAAGTTTAGAAAGTGAAGAAGTGGATCTGAGCCATAACTACTGTGCCTAGCGTGCACAAGGCCCTGGATTGCATCCCCCTGCACTACCTAAAGCAAACCTGAAAACCACCCGTAAGACCTATTTTGGAGCTGATGCAATGAATGACTTAGCAGTTAAGAGCACTTTCTGTCCTTACAAAAGACTTGAGTGTTCCCAGCAACCACAGGGAGCAGCTTACAGCTGCCTGGACCTCCAGCTCCAGAGAAAATGCCCTCTTTTTGACTCTATGGGCATCTGGACACCTGTGGTGCACAGGCATACACTCAGGACACATGTAACCTCATTCACATAAACAAAGAAACAAATCTTTAAAGGTATAAGATGTAGACAAATCTAGTGTTAGGTGCCCTAGCAGAAACGGTATTAAAGATAGTCATTTTGCAAAGTAACTTTTTTGATTCAAATAATTTATTATCATTATTTTATTTATTCACTTTACATCCCAATCACTGCATGCCTCCGAACCACTCTCTCCCACAATTCTTCCCCTTTGAGTGGGTGGGGACCACCTGCCCTGGATATCCCCCACCCTGGCACATCAAGTCTCTGCAAGGCTAGGTGCATCCTCTCCCACTGAGGCCAGACGAGGCAGCCCAGCTAGAAGAACATGTCCCACATACAGACAACAGCTTTTGGGGTAGCCTCTGCTCCACTATTTGGGACTCACATATGAAGACCAAGCTGCACTTCTGCTACATATACGCAGGGAGGCCTGGGTCCAGCCCATGTTCTTTGGTTGGTGGTTCAGTCTCTGATACCCCCAGGGTCCAAGTTGACTCTATTGATCTTCCTGTGGAGTTCCTATCTCCCGAGGGGACACAATCCTTCCTCTCGTTCTTCCTGAGAGTCCCCAAGCTCCATCCTCTGTTTGGCTGTGGGTGTCTGTATCTGAGTCAGCTGCTGAGTGGAGCCTCTCAGAGGACATCCATGCTAGACTCCTGTCTGTATGGTTCAGGTTCTGCAAAGTAACGTTTAATCATTCTTCTAAAGTAACCAGCATTTATTGTGCTATATAATTCAAGAAATTTGTGTTAGATAATTTGGATTTTCATTTCCAACTTTCCTAGATATTTCTATACGCATACTATGAAAAGTGTAGTTATACCAAGAGTGCCTTTTATGTGCTTAAGCAGAATATACAGTTTCATGTATGATACTAAGGTGTGAATAGAATATTTTTTTCTTAAGAAAATTCATTATATTCAAAGCTACCGTGTCAAACGTTGATGCATGAAATCCTTTTGTCTTTGAATATTATGAATCAGTGAAATTTATCTTTTTCTCACATGTTCTTATTCACAATTTACTGTTTATGCTTCAGGGAATTTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGGAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCTAGGGAAAATTTTTTAAAGTTTTAATTTCTTGAATTAGCCCTTATTTATAAGTTATTTAGAAATAGGATCTTATTATATATCCTAGGCCAGACTTCAAATCATTATGCAATTCAGGCTTGTGTTGAATCCTCAGTACTTTTGTTGCAGCCTCGTGGCTGTGGTATGATTGCTTTATTTTGTTTTCTTGTTGCATGCGTATTGCTCCTTTTAATGTTATGTGGGGCTTGGGGTGGGTAGCACAGCTCGAACCTAGGACCTTGTGCATGTTAGAATCTGATTTGTGGAAGGTATAGCCACTGAGTTATAGTATCAGCCTGAAATAGAGTTCTCACTGGGCCTAGAACTTGGTACTTCCTTTCATATTGGACTTTTTCTTTGTTTCTTTGCTTGTTTTTTGAGCAGGGTATTACTATGTTAGTCTAGGCTTAAGTTTATGATCCTCCTGCCTCAGTGTCTCTCCTATGGGTTGTGATTGCAGATATGTTCTAACACCCCTGGCTGAAATGTTGATTGTAATTGGGTTGCTCAGATCAGCAGTGCTAGATAAAATAATTTGTTTATTTCAGCTGCCTCTAATGTGCTGTGTAGCCTGAGCAGCACCTTGGCCTTCTGATCCTTTCGCTTCTACCTCTTGAATGCTGGGGTTATGATCAATTAGGTTTCATCATGTCCAGTTTGTGCAGTGCTAGGGATTGAAGCCCGGCCTTAGTGCATGCCAGGCAAGTACTTATTGACTGTGTTATGTCCTCAGCTCTATAATAAAAATCTGATCCTGTGAAATGGCCTTTCCAAAGAATAGTGTTGCTTCTTTTTTCTTTTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTCGGAGCTGGGGACTGAACCCAGGGCCTTGCGCTTGCTAGGCAAGTGCTCTACCGCCGAGCTAAATCCCCAACCCCATAGTGTTGCTTCTTAATCTACTCAGAGCATGGTCACACTTGGTGTCTTGTTGCTGCTATGTTTCATTTCTTGATCCACTGTGGAAGTTGGGCTTGTATCACTTGGCTGGTGGTGATTGTAAATCTCTATTAATATTTTCAGCCTAATCTTGTTGGATTGTTTGTCTTCTAAACATTTGGGAAGCACTGTACAGTTTTAGGACTGTTTTCTTCATCTATTTTAGAAGCATTACTTCTTGTTTATTTTGTTTATTTAAATGAGTTTTTAAAAAGTTTAACCATATTAGGTGATACTTTAAGTTAGTTCATGAGTAAAATCCTGTCCTACCAGACCCGTAGTTTTACTAAGAAATTATTCAGAATGATCAAACAATATTGACACAAACATAGGCAGCCACAGAAGAAGATAATGTCCAGGGGCAGAGGTGAGTGCTCTGGGATCTTAAATATGATGAAGGCACATCTCAAGTGCATGAGAGGAAATAGTAGATTAGTTAGCCACTCAGTGTAGATAATAGGCATTCCATCTACTAGAAAATAGACTATCAAATCAGTGAGCTAAAATCAAAGGTTAGATTCTCTTTTGTTCCCATATTCCTGGCACTGGAGACTGAACCTAGGGTCTTATGCATGCTAAGTAAGTGCTCTCACACAAAGCTGCATCCCTGGCTCTTTGTGCATTCTTTGAACTTTGCAGTGACCTTGCTGAGTTACTCAGCTGCCTTTCACTTGTGATCTTGCCTCAGCTACCTCACTAGCAGGATTACGACCCGGGCGGGCGGGGCCCCATATCTAGCTGGATTCTTTATTTTTTTCTTTTCTTTCTTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTTTTTTTTTTTTCAATACTCCAGTTTTATCCCCTTCCCAGTCCACCCGCCCCCAGGGTTCCACATTCCATAACCCCCACCATGTCAGCTGGTGTATGCTGCCTGGTTGGTGGTCTAGTGTCTGAGAGATATCAGGCCCAGGTTTATTGTGACTGCTGGTCCTCCTGCCTCCTGCTGGGTCGCCCTCCTCCTCAGCTTTTTCCAGCTTTTCCCTAATTAAACCACCGGGGTCAGCCTAGCTGGTTTCTTTAAGATGCTAAAGCAATTCCCTGCACTTATTCCTCATGCACTGAGGCTGAGTGTTCATTGGTGTTTCTTCATAGATTATAAAGTCTTTGAAGGTATTTTTTTTAAAAAGCTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAACAATCATATATAAGTACACTGTTGGCATCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTACAGATGCTTGTGAGCCACCATTTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCTAGCCCCAAAGGTATATTCTTATTCAATTGTTGTACCTTCTTCAGATGAGAGTTATGCTACTACACAGTAGGTATTCTTAAAAATTGTTTATAGAATTGGTGAATTAATTTATTTGTTCTTCTGGTTCTGGATTCTTTTCCATTATTGTGGCAACTACCCATGACCCTGTGACGGTAAATTCCATGGAGAGGCAATGGTCTGAATTAAGATGCTATTAGTGGATAGAGATAGGAATAGATTCCATACAGAGTTACTAGGTTATAGGCTCAAAAAGACCTTGGTTATTGAATTCAACCTGGTGAATTAGATACAAAGAATGGTTTGTTTTAATTGGTTTTTCTCTTGAAAGTTTTGTGGATTTTTTCCCTTTCCCCCAACTTGATGGATTCTACCTTATTAGCAGCTAATTTACCTCTGAGAACAAAGTAAAAGAAGACTATGAACCCAATTTAGGAGCAAGAAAATGTAGGCGTACTTACATATTTATCAGATTTTATCTGTTTTTATCATAGAAGACATTCAGTAAATCACATGATAGTTTGTGAGGGAATGGGCTTAGGTTTTGAGTAAGAGGAAGCACAGAGTTAGTAGTACATGGAGAAAGATTCTTAGAAGATAGATGATAGCTTGGGTAACCTCATTTTGACTGTTGACCATCAAATAATTTTTGTAAAAGCAATTCAGTGTTGTGTGGTATCTTCAGATATTTTTGGAGTCTGATGTAACAAGAATTAAGTACCCTTTCAAGAGAGAAGCCCTTCGCGAAGGGCCCTCCCTATCTTTAGCCTATGAGCATATCCTCAATGTTGGGTACATAATAATCCCAAGTGGTACTCAGTAAGTATGCACTAAGAAAGGAGTTAAGCTCTGTATATGAGTATTAGTCTATTTTAATTGCAACTTTTGGTGCCCTAAAATTTGTTACTTGTCACAGTTCTCATCGAGCTTCTTTTAAATTAAGAGGTAAAGTTGGTTCTCCACATCTGTCTCCATCGCTTGCAGCCTGATAATGCTGTAGAATATTATTACATTGAATTAACTTGTTAGCAAGCTTCAGGGTAGAGTTGGTTAACTATTAGACTTAGTAAATACAGCAACTAAGCTGTAAACCAGGACTTAAAATATAATTTCACTAATTGTCAAGGCTTTGTATATATAAAATTAATTTTGTTGATGTTTCTTATGCTTATGCTTATAATTTTCATATATCATAATGAAAGAACTTTTAAGTCACATTTAAATATATTGTTAGCTCAGTGGTATCCTACAAATAAAATTGTTATTGGGCTGGAGAGATGCCTTAGTGGTTAAGGCCCTTGCAGAGGACCTGGTTTTTGTTCCCAGCACCCATATGGTGGCTTACAACTGCCTGTAACTCCAATCCCTATGGATGTAGCACCCTTTTCTGAACTTCATATGCACTAAGCACACGTGGAGTAAAGATATATATGCAGGCTCTCATTTGTACTGGAAGTACATCTTTAGAAAAAATCATTATAACATCAAGGCATACTAAGTGGTCCCTGTGCATATGGGCATGTATAAGTAATATATATTTAGAAAACAATCTAAAATGTAACAAAATCAATAACATCATCTGTCACCTAACTCAGCCTGGTAAACATTCTGATATATACCTCTACCTCTTCTTAAGTATAACAAATATATATATATACACACACATACATACGTACATACAGACAGACATTCATTCATTCATACATTCATATATCTAAAATGGGTATACTTCTATGTATGTATATTTGAGAAAAAAATCCATTCTGAGTGATACTGTCATTGGCGAAGGACAAAAGCAGCAACAATTTTAATCCTGTTTTATAGGCCAAGTTTTAAAATTTTGTTTCATTGTTTATGAAATTGAGAAGTCTTACTAGTATTACTGATAATTATCTTACATACTTAAATGTTAGTTAACCACACAAGTAATTAGTCTTCATAAGTATCCAGCCTAGTCCTGTTTGACCCCGGGATGCATTACATACATTAACTTTACTGCAATTATTTACTGAGTACGTTTTATTTTTGTCCACAG
Seq C2 exon
TACCTGGTTATGGATTATTATGTTGGTGGGGATTTACTTACTCTGCTCAGCAAATTTGAAGATCGATTGCCAGAAGAGATGGCTCGGTTTTACTTGGCTGAGATGGTGATAGCCATTGACTCAGTTCACCAGCTCCACTATGTTCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002841:ENSRNOT00000003837:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=FE(11.6=100)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=FE(18.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]