DreINT0043783 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000104283 | cdc42bpaa
Description
CDC42 binding protein kinase alpha (DMPK-like) a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-120727-12]
Coordinates
chr17:8209794-8219371:+
Coord C1 exon
chr17:8209794-8209889
Coord A exon
chr17:8209890-8219222
Coord C2 exon
chr17:8219223-8219371
Length
9333 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAGGC
5' ss Score
6.99
3' ss Seq
TGCCTGTCTGTCTTCTACAGTAC
3' ss Score
9.88
Exon sequences
Seq C1 exon
ACAGCATGTTTTCGGGAGGAACGGGATGTGCTGGTGAACGGGGACAGTCAGTGGATCACCACACTACACTACGCTTTTCAGGATGACAACTTCCTG
Seq A exon
GTAGGCTTCAGCCCTCTGATTGCTCTTGAAACTCACATTAAGAAAAGTTTTGAGTACATCAGACTCAAACAATAGCCCCTTTCACACATACAGACCTTTCCGGAAAATTGCCGGAAAGGTTGTATGTGTGAACAGGTCCTTTTTGAAAATACCGGTAAATTCGTTCTGGCTATTTTCCGGAAAGAGAAGTTGTAACATTACCGGCAATTTGCCGGAATGCTGCGCTGTGTGAATGCAGAAGGAAGATTCCCGTAATAAGCGTGTGCACGTCTAGAACGTGCTGACTGAGACGTCTGCTTTAGCCAATCACAACAGTCAGACGCATTTACGTCCGCGCGGTTTGTGAGGATAAAAGCCTTTGAATATTTTTCCAGACACATTTAGCTGCTAGAAGTTAGTCAGATCACGTTTATATGTTCTTCTTAATGCCAACTGTGTAAATAATCATCGATGAGATGCTTATGATAAGCCGTTGTTTGGTTACCTTCAAGCTTTGCGTGCGCCTATGAGCGCCTGCATACGCACATATTATGAACATCTGAAGTGATCCTGCGAAAGTTGTTCACAATATTGATCATCCACAGAGTTTGTAATTTAGTCAAATGTTTACAAATACAAGCGCAGCCGTTTAAAGCTCATTTGTGCTGAATGATGTCAGAATTTACCGGTATTTTGGAATAGATGTGTGAATGCTCTTTTCCGGAAAATTTCTGAACGTCCTCGCCTGTGTGAACAGCGCTTTTTTGAATATACCGGTAAAGTCGTTCCGGAAATTTTCCAGATATTTACCGGTATTACTGTGTGAAAGGGACTAATGTCTACACTAATACTAGGGATGTGATGTTTTTTGGTAAAAAAAAGTTGTCCTGTTCAAGAAGGTCGCTGGTTCGATCCTCGGCTCAGTTGGCGTTTATGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTGCGTTCGCGTGGGTTTCCTCCAGGTACTCCAGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGCGGTACAGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCCGTAGTGTGTGTGTATGTGTTGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCGGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAAACTTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGGGACTAAGCAGACAAGAAAATGAATGAATGAGTTGTCCTGTTCGCTGCGCCCTTTGATTTGCAGTTCAGAATATGCATTATTCCCGCTGAATAAGAGTGAAGAGCCGACCGTTCTCTCTTTGCCGAAGTTTCATTCACTACGATGGTGGTTATAAGTGATGACGGAGCTCTCTGTAATGAATTTTATAAAACATGGGTTGTTGCCTTGGTAACGCAAGCATAATGTAAATAGAAGTAATCAATTTTTTAAAAGTGCACCTTTATTAAAATGTGTTGACAATTATTATCTGCATAATTGGTTGAGATGTGGGCGGGGCAGTGGTGCAGTAGGTAGTGCTGTTGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGGTCGCTAGTTCGATCCTCGGGTCAGTTGGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCCTCCGTGGGTAGTGTATGAGTGTGTGTGAATGTGTGTGTGGATGTTTGCCAGAGATCAGTTGTGGCTGGAAGGGCAACCGCTGCGTAAAAACTTGCTGGATAAGTTGGCGGTTGATTCTGCTGTGGCGACCTAGCATTAATAAAGGGACTAAGCCGACAAGAAAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAATGGTTGAGATGTTGAGTCAACATGTAACACAGAAGAAGGGGAAGTTTAAGCTTTTCTCTCTATTTTTCTTAAGCATTTTATTTGAAGATACAATGTCCAACATATTCTACATTTATTTAATTAATGAGAGAACATGCAAATCTACAGTCATATATGTTAAGCCTGTTGCATTGTCAGGTGTTTGTTACCTAATAAATATATAAATGTTTCTTTGAACTTTACTGTAGCCATTTTTTACTAAAAATAGCATGAATCTTACACTCACAGAAAAAACGGTACAATGTTATGCCAAAGAAGGTACAAACCTTTGTCACTGGGGCAGTACCTTTTTATGAAACAGAATTGTACCTTAGGACAAAGAAACAAATTTGTACCATTGCAGTTTGTACCTTTAAGGATTTGCACCATGGGTTACCAAAATGTACTTTTGGTTTTTAAAACCTGCAAATACAATATTGTACCTTCATCAAAGGTACAAATATGATTCATGAAGGCAGCACTACAGTGACACTTTGTACCTTAACAGTGTCAAATGTGTTCCCTTAAGATCTATTTAAAGACATTTTGCTACTAGATATCCTAAATGCATCAATTTATTTTCAATAAATATAAAACATCAAACACATTTTAAAAATGTTTTTTTTTTAAGTTTTTTTCTGTGTTAATTTTTATTTTTCATGTACAATAAAGAATAAAAAATACTTTAACATAAATCAAATGATCTACTTTTGTTAAACATTTCACAACACTTTTCCCCAATACAGTACATTCACCTTTGTACAATATGAAGCATTTTTTGGTCTCCAATTTTCACACAATACCTTTGTAATCACTTAAAAGTTCATTTAATTTATTTAATTTTAAAATAGAAATAGAATTATGCAATAGTATTGTAGCGAGATATGCACAATGATTGATTAGTTTACAATACTTAAATGTCTGCATGAACACTTTGCATATGCAGGACTTTTGCCAGCTCACCTGCGTAGAGAAAAGCCAACGCCAAAAGCTGCAGGTGTCAATAATGAAACTGTATTTATTAGGGCTGTGCAATTAATCGAAAATTTGATTTCGATTTTGGCTTCTAACGATTAGGAAAATCATTAATTGAGATAAATGATTATTGCATCATATACCGCCCCCTTTCCAGTTGTACACACTTGTTGCTCTGCAAAGCTCAGTTTCACATGAAAATAACTAAAAGCTTGTACTGTAATGTAACTTTTGCAGCACGGGATGTGCATCGTTCATTGTTGAACATTCAAATCATGCATGTTTTTAAAAGTGCGAAAGAGATCTGCCGCCTGTTTTTATCATTATTAATCAAACAACAACAGGAGAAAATCCCTCACTGCTCTTGACTGAAGGACTTTTTGTAGCTAAAGGTTTTTTTTTTCTTACAGTGAAGATGCTTAAAGCACAGTTTGTTTCATCTTTTTATTCTATTGTATATATTCATAGTTCTGGTTGCGTATGTGGGTGTATGCATGCATCAAGTTTATAAATGCGCAAGTTTCATACATGTTTTGAACATAGTAAAGGTTTTTATGCGAGTCATTTATAGGTGTATATTCACTTGTTGATAAGCGAAGTTTGATGTAAATCCTACACGGCGACTCTAGCCATCTGTGTTTGGTGTCGGGAAGATGGATGGTGAGGCGACAGGTTGACTTAAACGTTTATGATGCCTCATCTTCTGGCATTGCTTCTGACTCTCAGTATGTTCTATCGGACAGAACAGATTTGATGTGTTCCCGCAGCTAGTCCGCACCAATCTCTCGCACATTTTGCTGAGCACCGAAACTATAAGTTTATCGGAACTTAAAAAGCCGAACAACTTTCACACCACTGCATTGGTCTTTACTTTCTCATCAACCAATTTGTCTGCATTCTTACTTGTGGAAGCTTGTTCCCCCATATCTGTATTTAGGGCTCTCATTTTGTAGCCTTTTGTAGCTTTCTGGGACGGAGCAGCTTAAGCAACTTCTGAGCGCTGGCAGTGGCAGCGTGTCTGTGATGTACATCATCACGCAAGTGACATCACACTCATTCTGAACATGGAAAGTCATTCAGTGACAAATGATACAAGGTATATATATATATATATATACCTTGTATCATTTGTCACTGAAAGACTTTCCATGTTCAGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTAGGGATGTAACGGTATTGTAAATACCGTCATACCGCAATATTATTTTTTTCCGATATTACCGTAGTCGCATGACTCGGTAAAACTATAGGTCTTCTGAGAAAATTTGCTCAGGCGAATGAAGCGAACAGGAGGTAACGTTACCGGAAACTACAATTCCCATCAGCCCAGGCTTGGCCATAATCCCTTGCGGTCTGTTGTCGCTACAGATCCAGACAATGCACAACGTTACCCACTGCTGTCAACCTGGGCTAAGTCATATCTCTCTTGTCCCAGAAACCTCAGTCCCAAATGAGAGGGTTTTTTTCTGTTGCAGGGGACATTGTAAATACCCAGAGATACCAGCTTTTACCAGAATATATTTATATGATAATTTTCCTTAAAACCCATCTCTATCTAAGTGAGTGAGTGATTAAATGTTGAATGTGATGAGTTTTCAACAATACTAAATTGAAACTTTATTTTTTTACATGGTTTAATATTTTTTTGTTATTAAAATTGAAGTTCCTGTTTCAAAGCTTACAGATAGATGACTAATTTGTATGTCATTGACACTTTTGGCTCTTTTTTGGAGTATTTTCATAAGTTTTGTTTTTTCCTGTAAATGATTCAATAAATACCGTACCGTGACATTCATACCGAGGTATTACCGTACCGTGAAATTCTGATACCGTTACATCCCTAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAATATAAAACATACAGATGCAAATGTATATAGAAATACCGGAAATGGGTTTAAAAATCATATCACCATTATTGAAAAAAAAAATCTATTCAATTCAATTCAGCTTTATTTGTATAGCGCTTTTACAATGTAGATTGTGTTAAAGCAGCTTCACATAAATGGTCATAGTAACTGGATCAGGGTAGTTCAGTTTTAAGTGTTTAAGTTCAGTTCAGTTTAGCTCAGTTCAGTGTAGTTTAAAGTCATT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Seq C2 exon
TACCTGGTGATGGATTACTATGTGGGCGGTGACCTCTTGACTCTCCTCAGCAAGTTTGAGGATCGTTTACCAGAGGACATGGCCCGCTTCTACCTGGCGGAGATGGTTCTGGCCATCGATTCTGTGCATCAGCTCCATTACGTCCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000104283:ENSDART00000169900:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=FE(20.0=100)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=FE(31.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]