RnoINT0037275 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000000728 | Clic2
Description
chloride intracellular channel 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1306580]
Coordinates
chr20:295250-304860:+
Coord C1 exon
chr20:295250-295605
Coord A exon
chr20:295606-304750
Coord C2 exon
chr20:304751-304860
Length
9145 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
GACTTTCTTTATCTTGCTAGGCT
3' ss Score
7.61
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTCTGGAAACACCCCCACCCTCCTAGCCAGCCAGTTTACACACACTCTTCTGGTTCTTCACTGAATTGCTAAGTAAAGAGGAAGAAGGAAAATAAATCAAGAGCTTCTTTTAGTGTCTAGAACTTTCCACATCCCAATCCTGCAAGAGGAAAGATTGGCCCAGGTTTGACTCGGTGAACAAGTTAAACTCTCAGAACATCGACATTCCATGCAATTTTGGAAATAACTCAAGGAAGAGTCCACGAGTGTCCTGGCTTCACAAAGACGCTGGGGGCTGACGATTGACAGTAAAAGGAGATGGCAAGCTTAGCGCTCAACACCCAAGCAGACCCTGAAATTGAGCTCTTTGTGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGGAAGTGACGGAGAAAGTATTGGAAACTGTCCTTTCTGCCAACGCCTTTTTATGATACTCTGGCTTAAGGGAGTTAAATTTAATGTGACTACTATTGATACAGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000000728:ENSRNOT00000000955:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=PU(39.5=81.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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F:
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R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]