HsaINT0036312 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000155962 | CLIC2
Description
chloride intracellular channel 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2063]
Coordinates
chrX:155299036-155334646:-
Coord C1 exon
chrX:155334371-155334646
Coord A exon
chrX:155299146-155334370
Coord C2 exon
chrX:155299036-155299145
Length
35225 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
GTCTCTCTTTATCTTAATAGGCT
3' ss Score
9.1
Exon sequences
Seq C1 exon
AACGATTTCAAGAGCTGCACTTAAGCATCTAGAATTTTCTGCGTCACACCTCTTGAGAGAAGAGACTGGCTCCAGGTCTGACTCAGTCCACTACAAGCTAGACGGTCTTCTTAAAGCACCAACATTACTTGAGTCTTTGGATAAAATTGAGAAAAGAGTCTACAAGTATTGTGGACTCTACAGGAGGCAGGAGGCTGACAACTGGCAGTAAAGACAAAGATGTCAGGCCTGCGGCCCGGCACTCAAGTGGACCCTGAGATTGAGCTTTTTGTAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGGAAGTGATGGAGAGAGTATTGGAAACTGTCCCTTTTGCCAACGCCTTTTCATGATCCTCTGGCTTAAAGGAGTTAAATTTAATGTGACAACTGTTGACATGACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000155962:ENST00000369449:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.247 A=NA C2=0.020
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134091=GST_N_2=PU(29.3=73.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development