HsaINT0036312 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000155962 | CLIC2
Description
chloride intracellular channel 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:2063]
Coordinates
chrX:154528349-154563986:-
Coord C1 exon
chrX:154563680-154563986
Coord A exon
chrX:154528459-154563679
Coord C2 exon
chrX:154528349-154528458
Length
35221 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
GTCTCTCTTTATCTTAATAGGCT
3' ss Score
9.1
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTTAAATGTTAGATCACGAGGAAGAAGGAAAACGATTTCAAGAGCTGCACTTAAGCATCTAGAATTTTCTGCGTCACACCTCTTGAGAGAAGAGACTGGCTCCAGGTCTGACTCAGTCCACTACAAGCTAGACGGTCTTCTTAAAGCACCAACATTACTTGAGTCTTTGGATAAAATTGAGAAAAGAGTCTACAAGTATTGTGGACTCTACAGGAGGCAGGAGGCTGACAACTGGCAGTAAAGACAAAGATGTCAGGCCTGCGGCCCGGCACTCAAGTGGACCCTGAGATTGAGCTTTTTGTAAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGGAAGTGATGGAGAGAGTATTGGAAACTGTCCCTTTTGCCAACGCCTTTTCATGATCCTCTGGCTTAAAGGAGTTAAATTTAATGTGACAACTGTTGACATGACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000155962-CLIC2:NM_001289:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.158 A=NA C2=0.016
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134091=GST_N_2=PU(29.3=73.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)