RnoINT0037296 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000026870 | Clic6
Description
chloride intracellular channel 6 [Source:RGD Symbol;Acc:727938]
Coordinates
chr11:32656293-32687099:+
Coord C1 exon
chr11:32656293-32657087
Coord A exon
chr11:32657088-32686989
Coord C2 exon
chr11:32686990-32687099
Length
29902 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
CTCTCTTTTTCTCCTCTCAGGCT
3' ss Score
11.18
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGCAGGTGCAGGGAACGAGCTCGGGGCTAGACGCTCAGGGTGAGGCCCCTGAGGTCCCCGAGGACGCTCGCCGGGAGCCAGAGGACCCCAAGGCTTCAGAGGCAGGGGAAGAGGCAGAATCTGGTCAGGAAGCTCTGGGAGGCAGCGCGCCAGAGTCGCAGATCAATCCAGAAGTCCAGGGACCTGTAGGGGACAACATGGACACAGAGGCCCCCGCAGGAGAGCCACAGGGGTCAGAGGGAGAGCCCCAGGGTGGAGGGGAAAGCAGCCCTCAGCCCCAGGATGAGGCGATTGAGATTGCAGCCGCAGAGGTTGGAGGGCACGAGCCCGGGGAGCTGGCGGGCGCTTCAGCCGCAGACGCCAAGGGGGAAGGGGAAACCCTGAGGAAAGATGGGTTCGAGGAAGCTGCTCCCGAGGAGGCAAGAGTAGACTCTGGCGAGAATGGGTTCGAGGAAGCAGCTCCCGAGGAGGCAAGAGTAGACTCTGGAGAGAATAGGGACCAGGGCAGGCTCCAGGAGGAGACCGGGGAGGAAGAAGCGAGACCGGAATCCGGGTTGAAGGGACCCTGCGAGGAGGCCATCCAAGAGAAGGCCCCCGACGGCAGCCTTGATGGAGAGGAGGCCAAATCCACCGGGCACGAGGAGTCGCAAGTGGAGCTCAGTAACCACCTAGCGGAGGAGACCAGCGCCCAGGGCGGAGAAGAGTTGGGGCGAGTGAATGGACGTAGGGAGAACGGCCCAGCTTCGGAGGAGGGGGATCTGGGACAGGAGCACGACATCACCCTCTTTGTCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGGCTCTGATGGAGAGAGCATCGGAAACTGCCCATTCTCACAGCGTCTCTTTATGATCCTCTGGCTAAAGGGTGTTATATTCAATGTGACAACGGTGGACCTGAAACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000026870:ENSRNOT00000034383:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.054
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=PU(41.1=81.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]