BtaINT0000381 @ bosTau6
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:E1BAI4]
Coordinates
chr1:138875-179713:-
Coord C1 exon
chr1:178433-179713
Coord A exon
chr1:138985-178432
Coord C2 exon
chr1:138875-138984
Length
39448 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAC
5' ss Score
8.14
3' ss Seq
ATCTCCTCTTCCATTTGCAGGCT
3' ss Score
11.55
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGCCGGGGTCGCGGAGCTGGACGGGGGCGCCCCGCGTCCTCGGAGCCCGTCCGGGGGCCCGGCGCTTCAGGCGGAGAGGCGGGACGAGCCGGAGGCCGCCGGCCCGAAGGCTCAGCGAGAGGAGGCTAGAGAGGGCCCCGCGGAGGCGCCGGGGGGCGAAGGGGCGGGCGCAGCCGCGACGGCCGCGGGGCCCGAGGGAGAAGGCCCGGGACCGGCCGGAGGGCGAGCGGGCGGGCTGGAACCTGGCTCTGGCGGGGGCCCAGGAGCCGAGACGCGGGGCGGGAGCGGGGCGCAGGGCCAGGCCGAGGCAGGGGAGGACGCCCGCGAGGGAGAGGGGCCGACGAGCGGCGCGGAGCCGGAGGAGGAGGCGAGCCCCGGGCCAGGCGCGCAGGGCGAGGAGCCGGGGGAGGTTCAGGCGGGGCCCAGGGATCCCGCTGCCTTGAACGCGAAGGAAGAGGCGGGGAACGGGCCGGGGGAGCCGGCCGGCAGCGCGCCTGGGGCGTCCGGGGCGCGCGTGGACGCCCCGGAGTCGGTGGGGGAAAGCGTGGTAGCCGAGGGGTCGATGGGGGCCCTCGTGGACGCCCCGGAGTCGGTGGGGAACAGCGTGGACTCCGAGGGGTCGGTGGGGGCCCGCGTGGACGCAGAGGGGCCGGCGGGGGAGAGTGTGGGAGCCGAGGAATCGATGGCGGATAGCACAGATGTCGGGGGGCCAACGGGGGCCAGTACGGATGTCGGGGTGCCGACGGCAGGAGCGCAGGGCTCCGAGGGTGAGTCCCGGGACGGAGGGGACAGCAAATCCCAGTCCCAGGCAGAGGCGATTGAGGCCCCAGCGCCGGAGAGCGCGGAGTGCACCCCCGGGGAGCTTGCGCGGGGGCCTCGGGGCTCAGCGGAGGAGACGGGCGACCCCGAGGGAGAAGAGGCGGGGGAAGCGGCCCCAGGGGACGCGAGGGCAGAGGCCAGTGAGGAAGCGGACCAGGATGGGCCCTCGGGGCAGGAGGAGGAGGCCGAAGAGGAGAGGCCGGAGCAGGGTCTCCAGGGGCCAGGCGAGGAGGCCACGGCCGGGGGCGAGGAGGAGTCCCCCGACGGCACCGCGGCTGGAGAGGCGATCCAGCCGGCGGAGGTCGGGGAGCCCCAGGCCGACCTGAGCAACCACCTGGCGGACGAGCGCAGCGCTGAACGCGGCGGCGGGATAGTGCCAGAGAACGGCGGCCAGGAGGGCGGCGAGGCGTCCGAGGAGGGGGCCCCGGGGCAGGACCACGACATCACCCTCTTCGTTAAG
Seq A exon
GTAAACCTGGCTTCCCGCAACTCCCGGGACGCCCCCTCCCAGCACCCTCAGTCGTGTCTTTTCAGATCTGATCCCAGAGGGACGCTCAGGGATCATGCTCTCGGCGCCCAATGGTCACCGAGCCCTCTGTCCGCGGGAGCCAGGCAGGACAGCCTGCGTTTCAAGGAGAAGAGTTAAAGGAGCGTGGTTGTTAAGTCGCTCAGTTGTGTCCGAGTCTTTGCGACCCCATGGACAATAGCCCTCCAGGGTCCTCTGTCCATGGGATGTCCCAGGGAAGACTCCTGGAGTGGGTTGCTATTGCCTTCTCCAGGTGATCTTCCCCACCCAGGGATCCAACCCACGTCTCCTGCTTTGGCAGGCGGAATTTTTTTCCCCACCGAGTCGGGGAAATCCAAAGGAATGTGACGGGGAAGAATTGAGGGTTTGGAAACAAAGAGGTTGGGATGGGGATGGTGGGAGGTAGGTTCAGCATTCCACCGGCCTTTGTCCTGAAAATCCTAACTGGCCCTTCTAGTCTGGAGGTTCTCAAAGAACCTACAGAACAAAAGCAAAACCCCGACAAGCCCTATTGATGTTCCGAACAATTTCTGCCAAAGGAAACGCTAATACTTAAAGTGAAAAAATGCTAACAGATAGGTTGTAAAGTGAAACTGTATACTAGGACTCAAATCTCAGAGGCCCAGACCTGGCCCAAATTTTCAACTCCCAAAACCTCTTTCGTTTTGGGAGAATCAATAACGTATGTTTGGGAGGAAAATGGAAGTTTATTTAAATATGGTAATATTTATGGAACATTTTAGCATTTTTTTTAAGAGGCATGCAATATGCTGATAACCATTGTTTGCTTCTTTGTCTTATTTTCAGCCTTACTTCAAAGAGTCAAAGAGGACAAAGATTCTGTAGAGATACAAGTGAGGTAGTTTTGAGTTTAAATAGGGATTCCTATAAGGCATCACAAATAAGGACCAAGGTCCAGGAGCAGGTTTTTTGTTGAAAAAGCTCTTCCCAAAGACCTTTGGCCAGACCAGGAAAGCAGCAGATAATAAGGTCAAGAATGTGCATTGTATGTTAAATCATAATCCTTGCAAAATATTTCCAGGCTTATAGAGGCCAGTTATGACCCAACCTCCTTGAGAGAAATGTAAGCAAATTTTAATAACTGGAAAAAAAAAGGAAATAAGGGAAAAAAAAGTTCCCAACATGATTAAGATCAGAATTTCAAGAACTCTTTGAGTGGCAAGAGAATTTGGGAAGGATGGGCTTGCTTTTATTCATTGTGTTGTTCGGGGCAATTTTTAAGATGCTAAGACTTTTCAGATCATGTATTGGGACATAATCTGAGGGTACAAACCCCAAGGAGGGTCCCTGGAGCACGAAGACTTCAGGGGAGTTAAGGGAGGGGGAACCTGAACACGGCACTGCTGTGCGTGTTCCAGCTCCGCTCCTTGGTTTAAGAAATTTCCCCCTGGCTCTGGTTTCTGGACTATAGGATACCAGTCTCTCATTACAGCTTGGAAACAGTTTCCTAACTGGACTCTGCTTCCATCCTTGGTTTTCTCCAGTCTAGTCCTTCGTCATAGCCAGTGAGCTAAGGAAGAAAAGATCTGATCATTTTGTTTCCTAGTATAAAATTCCTCAGTTGTTTATGGCAGATAAATCCCCACTCCTTAGCCAGATCACGAGGCTCTCTGGGATGTGATTCCTGTCTCCTTGGCATTGCCTGGGTGCCCCCTCACCCCCACCTCTTGATACCACTGTGCCGCCAAATTAAACTACTTACTGGTCCTTGGGAGAACCAAAAGGTTTCTGCCTTGAAATTTTCCATGTGCTCTACCCGAATCAAGTTTCTTCCCCTTCATCCCTCTCACCCTCCCTTGCCTGGTTATCTGCTTGTGTCCAAGGTTCAGCGTGGCCATCGTCTCCTCCGGGGAGGCTTTCCCAACCCTGATTTGGCTTGGGTACCCCCTGTCAAAACTCCACTCACACCACCCTCTGTACGCTGTCTCCAGTGTGGAGCACAGGTCTGGAAATGCATGGTGTGTGTGAACCGGTGGCTGCCTGTAGGAGGTGGTATATTGTAATGATCAGTAGCACAGATTTTAGAGCCAGTGAGCTGGGGCCAAATCCTGGCTTTTTTTCTTTCTTGCTGTGTGACCTTGGGCAAGTTACTTAGCCTTTTTGTGCCTTCGTTGCTTATGGATAAAACAGGAACAACAATAGTACTTACTCTATGAGGTTGCTGGGATTCAAGATAAGATTCTACTTAGAACAGTACCTGACTTGAAAGAAGCCTGGTATAAGTGTGAATTCTTGTTACATCTGCTAGTTCTGATCAACTTTCATTGATTTTTGCATGGGGATAGTCCCTTTTCCATCCCATCCCTGCCATTTTATTTTATTTTAGGGAAAATACCTCTAGATACCCAATTACTTCCATTCTCTGGGGGAGAAGAATATTATGAAAAGTAAAAACAAGTTGTTTTCTCAGATTCTGCTTAGCGTAGTGTGGGTAGGCAGAGGCAAGGGGGCGTGTCCTGAGTGGCTTAGCCAGAATGTTTGACTCTGATGATTGGCAGGGTGCTCAGTCCTTTTCCTTTTGTTAAAGTAACAAATGGACCTCCAAACAGTGAAACTGGTTTTGAAGCAACTACTGCCTGAGGCAGCTTCTAAGGGTCTCTTGGGATGTGTCCCATAGGATTGTTAAGGCATCTCACTTTCTTCTCTTGCTTCTAATAATCATTGTCCTGAAAAACAAAAGAATCCCAAAGCAAAACTCAAGCAAAAGCCCTTTAGCCTGTTTTATCTCTTGACTTTGTGATACTTGATTTAGAATCCTTAAATTAGTTCAGAATAGGATTTCTTTGCCAAATATAACTGCAATGGCACCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGATGGAGGAGCCTGGTAGGCTGCAGTCCATGGGGTCGCTGAGAGTCGGACACGACTGAGCGACTTCACTTTCACTTTTCACTTTCATACATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACGGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTATGGGGTCGCACAGAGTCGGACTCGACTGAAGTGACTTAGCAGCTTAGCAAGCTCCTTATTTGGGCTGTACTTTATCTGGATGCTGTATTCCATAGTGGACATCTGACCATCTAGGTTTTGTAAACATGTCAGGGGCCAGTGTGTCTTGGTGGGTTTTTGATGCCATGACTGGAGTGTAAATTTCACAGAGCTGTTCTTTAAGGATAATACTACAATGTTCCTCTAACCATTCACCTAGCCTTCATGACAGCCTAGTAAACACAGTTTTTTTTTTTCTTTTAAACAAAGTTTTAAGTTAATTAGGTCTCATTCTATTTGGGAAATTTTTTATATTTATTCCTATTTTTAAAATGTATAGGTGACAAATGTATTGGTTATCAGAAAGTAATGACATATGACACAGTGAAATGTAATAATAAGATGTGCTTCTAAATTTAGTCACCTGGTAGTTTATATTACCTATCTTGGTAAGAATTGTCATTCTATTACTTTGTCATTTTATTTTATTCTGTACCTATGCAAGAATGTATTCTTGGTTGTAAAAGAGCCATGAATGTATAAAGCAGGCCACTGGAAAGCCTCCTTGAATTATTGTGTGGTAAATGAATTGCTGATCATGTAATTTTTAGTTTTGTTTTCTCAAAGAAGTGATAATTATTTATCAAATTATAGGGTAACCCTGGCAATGTCTTTAGAAACAAAAATTCATCTCTTCGTTACAAAGGAAAGGATGACAACATAATAACACACCAAGAACAAATGACAAACAAGATACTAACACCATGGAGTAAAGTAAGGACTTTAGACACAAGGATTTAGTAGCTAAGGAAGTCTTGCTCACAGGTTTGGTTCTTCTAATACTTTCAGGCAGGGTCCAGGGGTGGGATAGGTCTTCCCAGGTGGCACATTGATGAAAGATCTGCCTGCCAATGCAGGAGATACGGGTTCGATCCCTGGGTTGGGAAGATCCCCTGGAGAAGGAAACGGCAACCCACTCCGGTATTCTTGCCTGGAGAATCCCATGGACAGAGGAGCCTGACAGGCTACAGTCCATGGGATCTCAAAGTGTCGGACATGACTGAGCACACATGCAGCAGGGGTGGGATAGTCTAAAAAATGGATTTCCTAGCAGATTTCACCTGACTTAATTAAAAAAACCTTAATGTACATGACAAGTGACTAATCCTGGACCAGAATCTAAGAATTTCTTAAACTATGTTTTGGACACCATACATTTAACCACTAATACACAGCTACTGCTGAGCTCGGAAACTTGTATTTGCCATTATATTTAGATTCTCCCGGGAGGTGAAACTGAGTGCAACAAAGTAGAACTCAAGTCATGGCCTTTGAATAAGCATTGTCTACAAGAGATGCTGCCCCCCTAAATAGATAAGTAAATTAACTGAGTTGTCCTAACATTGTCACATTGAATGGGGGTTGGGAGTGGCAAAGGGGTCTGTTGGGACCAACATCTGGTGGACTCTGTGCATCTTTCTCCAGGAGCAAGCAGGCCGAGACCTCTTTGGTTTGGTGTCCGAAAAGCTTAAAATGGAGATGCTATTTCCATAACCAAATATGAATTTTGTGTTCAAAAGGGAAATGAGCAAAAATGCAGTTCTGTAACTTTAATTTTTCCCCCCAAATGACATTTCTTTTGTCATTATTTTCTGAGTGTCTATGCCACTTGCTTACAAATTTTGTGATTGTTTAGTCGCTCAGTTGTGTCCGACTCTTTGGGACCTCATGTACTGCAGCACGCCAGGCTTGCCTGTCCTTCACTGTCTCCCAGAATTTGCTCAAACTCATGTCCATTGAGTCATCAATGGATGCTATCAACCATCTTATCCTCTGTCGTCTCCTTACACATTACGTTTGTGAAATCATACAGGGTTAGTTGGGGTGGGA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Seq C2 exon
GCTGGCTGTGATGGTGAGAGTATTGGAAATTGCCCATTTTCTCAGCGTCTCTTTATGATTCTCTGGCTAAAGGGTGTTATATTTAATGTGACAACAGTGGACTTGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000001753:ENSBTAT00000002299:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=PU(41.1=81.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development