DreINT0047547 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000070584 | clic5b
Description
chloride intracellular channel 5b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2542]
Coordinates
chr20:44031490-44053626:+
Coord C1 exon
chr20:44031490-44031849
Coord A exon
chr20:44031850-44053516
Coord C2 exon
chr20:44053517-44053626
Length
21667 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
ATGTGTGGTTGTGTTTGTAGGCT
3' ss Score
7.83
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGGCAGTGATGGCGAGAGCATCGGAAACTGTCCGTTTTCTCAGCGCCTCTTCATGATCCTCTGGCTCAAAGGTGTAGTTTTTAATGTCACCACTGTCGACCTCAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.975 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=PU(41.1=81.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]