MmuINT0037303 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000037242 | Clic4
Description
chloride intracellular channel 4 (mitochondrial) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1352754]
Coordinates
chr4:134794777-134828675:-
Coord C1 exon
chr4:134828433-134828675
Coord A exon
chr4:134794887-134828432
Coord C2 exon
chr4:134794777-134794886
Length
33546 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
AATGTTTGCTCTGCCTCCAGGCC
3' ss Score
9.33
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
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C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: