BtaINT0039285 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000009470 | CLIC4
Description
Bos taurus chloride intracellular channel 4 (CLIC4), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001080218]
Coordinates
chr2:128746364-128783921:-
Coord C1 exon
chr2:128783407-128783921
Coord A exon
chr2:128746474-128783406
Coord C2 exon
chr2:128746364-128746473
Length
36933 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TGTTCATTTCTGTTTCCCAGGCT
3' ss Score
8.89
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCGCTCGCCCAAGCCCTGGCTTCTCTTGGTCCCCACCGGCGCCACGCCCCTGAGCCGAGGTCAAGCCGCCTCAGCAGCCTCCAGGGGCCGGAGCCATCCTTCTGCCCCCAACCCCCAACCCCAACTCAACACCCACTTGGCCGAGGCCACGCCCCCGAGCTCCGGCCGCCCACTTTTCCTCTGGAGAGTCGGGAGACTCCGGCCTTTGGCCCCGCCCCCAGCCGAGACCCCGCCTCGGTGCCCCGCCCCCGCGACTTGAAGGGGCCGGGGCTGCGGCCGCCTCAGTCGCGCGCGCGGGGCGTGGGGCGGTGCTGAGGAGACGAACCTGAGGCGTGGAGGCTGAGGCAAGCTAGACGCCAGGACAGTCCAGGGAGCTGCAGCGCGGCGGGAGCCCGTAGCCAGAGCAGTCCCGGAGCAGAAACAAGCCCAGCCGAACCGGCCATGGCGTTGTCGATGCCGCTGAACGGGTTGAAGGAGGAGGACAAAGAGCCCATCATCGAGCTCTTCGTCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGGCAGTGATGGTGAAAGCATAGGAAACTGCCCCTTTTCCCAGAGGCTCTTCATGATTCTTTGGCTCAAAGGAGTTGTGTTTAGTGTCACAACTGTTGACCTGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000009470:ENSBTAT00000054397:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=PU(41.1=81.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]