MmuINT0037303 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000037242 | Clic4
Description
chloride intracellular channel 4 (mitochondrial) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1352754]
Coordinates
chr4:135238862-135272814:-
Coord C1 exon
chr4:135272518-135272814
Coord A exon
chr4:135238972-135272517
Coord C2 exon
chr4:135238862-135238971
Length
33546 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
AATGTTTGCTCTGCCTCCAGGCC
3' ss Score
9.33
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Vast-tools module Information
Secondary ID
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Protein Impact
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Features
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Domain overlap (PFAM):
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Other Inclusion Isoforms:
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Other Skipping Isoforms:
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Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types