HsaINT0036322 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000169504 | CLIC4
Description
chloride intracellular channel 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:13518]
Coordinates
chr1:25071760-25124342:+
Coord C1 exon
chr1:25071760-25072116
Coord A exon
chr1:25072117-25124232
Coord C2 exon
chr1:25124233-25124342
Length
52116 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TGTTTAATTCTGTTTTCCAGGCT
3' ss Score
9.07
Exon sequences
Seq C1 exon
TTATTTTCCCCGGAGAGTCCCGAGGCGCCGCGCCTTGGCCCTGCCTACAGCCCGAGGCCCCGCCCCCGGCGCCCCTCCCAGCCGTTTGAAGCGGCTCGGGCTGCGGCTGGCTCAGAGTGGCGCGGGGGGCGTGGGGCGGTGCTGAGGAGCTGAAGCCGTGGCCAGCTCGACGCCGGACAGTCCAGCGAGCAGCACGGCGGGAACCGGCAGCCGGAGCAGTCCCGGAGCAGAAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCCTCGCCGTTCGCGGAGCGCAGCCGAGCCGGCCATGGCGTTGTCGATGCCGCTGAATGGGCTGAAGGAGGAGGACAAAGAGCCCCTCATCGAGCTCTTCGTCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGGCAGTGATGGTGAAAGCATAGGAAACTGCCCCTTTTCCCAGAGGCTCTTCATGATTCTTTGGCTCAAAGGAGTTGTATTTAGTGTGACGACTGTTGACCTGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000169504-CLIC4:NM_013943:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=PU(41.1=81.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)