HsaINT0036333 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000159212 | CLIC6
Description
chloride intracellular channel 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:2065]
Coordinates
chr21:36041688-36079687:+
Coord C1 exon
chr21:36041688-36043061
Coord A exon
chr21:36043062-36079577
Coord C2 exon
chr21:36079578-36079687
Length
36516 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAG
5' ss Score
9.06
3' ss Seq
ATCTCCTTCTCCACTTGTAGGCT
3' ss Score
10.18
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGCCGAGGCCGCGGAGCCGGAGGGGGTTGCCCCGGGTCCCCAGGGGCCGCCGGAGGTCCCCGCGCCTCTGGCTGAGAGACCCGGAGAGCCAGGAGCCGCGGGCGGGGAGGCAGAAGGGCCGGAGGGGAGCGAGGGCGCAGAGGAGGCGCCGAGGGGCGCCGCCGCTGTGAAGGAGGCAGGAGGCGGCGGGCCAGACAGGGGCCCGGAGGCCGAGGCGCGGGGCACGAGGGGGGCGCACGGCGAGACTGAGGCCGAGGAGGGAGCCCCGGAGGGTGCCGAGGTGCCCCAAGGAGGGGAGGAGACAAGCGGCGCGCAGCAGGTGGAGGGGGCGAGCCCGGGACGCGGCGCGCAGGGCGAGCCCCGCGGGGAGGCTCAGAGGGAGCCCGAGGACTCTGCGGCCCCCGAGAGGCAGGAGGAGGCGGAGCAGAGGCCTGAGGTCCCGGAAGGTAGCGCGTCCGGGGAGGCGGGGGACAGCGTAGACGCGGAGGGCCCGCTGGGGGACAACATAGAAGCGGAGGGCCCGGCGGGCGACAGCGTAGAGGCGGAGGGCCGGGTGGGGGACAGCGTAGACGCGGAAGGTCCGGCGGGGGACAGCGTAGACGCGGAGGGCCCGCTGGGGGACAACATACAAGCCGAGGGCCCGGCGGGGGACAGCGTAGACGCGGAGGGCCGGGTGGGGGACAGCGTAGACGCGGAAGGTCCGGCGGGGGACAGCGTAGACGCGGAGGGCCGGGTGGGGGACAGCGTAGAGGCGGGGGACCCGGCGGGGGACGGCGTAGAAGCGGGGGTCCCGGCGGGGGACAGCGTAGAAGCCGAAGGCCCGGCGGGGGACAGCATGGACGCCGAGGGTCCGGCAGGAAGGGCGCGCCGGGTCTCGGGTGAGCCGCAGCAATCGGGGGACGGCAGCCTCTCGCCCCAGGCCGAGGCAATTGAGGTCGCAGCCGGGGAGAGTGCGGGGCGCAGCCCCGGTGAGCTCGCCTGGGACGCAGCGGAGGAGGCGGAGGTCCCGGGGGTAAAGGGGTCCGAAGAAGCGGCCCCCGGGGACGCAAGGGCAGACGCTGGCGAGGACAGGGTAGGGGATGGGCCACAGCAGGAGCCGGGGGAGGACGAAGAGAGACGAGAGCGGAGCCCGGAGGGGCCAAGGGAGGAGGAAGCAGCGGGGGGCGAAGAGGAATCCCCCGACAGCAGCCCACATGGGGAGGCCTCCAGGGGCGCCGCGGAGCCTGAGGCCCAGCTCAGCAACCACCTGGCCGAGGAGGGCCCCGCCGAGGGTAGCGGCGAGGCCGCGCGCGTGAACGGCCGCCGGGAGGACGGAGAGGCGTCCGAGCCCCGGGCCCTGGGGCAGGAGCACGACATCACCCTCTTCGTCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTGGTTATGATGGTGAGAGTATCGGAAATTGCCCGTTTTCTCAGCGTCTCTTTATGATTCTCTGGCTGAAAGGCGTTATATTTAATGTGACCACAGTGGACCTGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000159212-CLIC6:NM_053277:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.990 A=NA C2=0.014
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=PU(41.1=81.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)