DreINT0047541 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000075993 | clic5a
Description
chloride intracellular channel 5a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041114-84]
Coordinates
chr17:5416305-5426249:-
Coord C1 exon
chr17:5426079-5426249
Coord A exon
chr17:5416415-5426078
Coord C2 exon
chr17:5416305-5416414
Length
9664 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
ACCTTTAACTTTGTTCTCAGGCT
3' ss Score
8.82
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000075993:ENSDART00000035944:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.588 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134171=GST_N_3=PU(41.1=81.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
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Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]