RnoINT0044390 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000042224 | Cyp2j10
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily j, polypeptide 10 [Source:RGD Symbol;Acc:1563215]
Coordinates
chr5:115210462-115215480:-
Coord C1 exon
chr5:115215320-115215480
Coord A exon
chr5:115210639-115215319
Coord C2 exon
chr5:115210462-115210638
Length
4681 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
GTCTTATTTTTCCCAATCAGCTC
3' ss Score
7.75
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTGCCTTTTGACCCTCACTTCAATATCAACAAAGCAGTCTCTAATATCATTTGCTCTGTCACCTTTGGGGAGCGCTTTGAGTACCATGACAGTCAGTTTCAGGAGATGCTGAGGCTACTGGATGAGGCCATGTGTTTGGAGTCATCAATGATGTGCCAG
Seq A exon
GTAAGCACGCTCATATCTCAGGAATTCAAACTCAGGACTAATTCAAACAGACAGGCTCCTCTTTTTATATTTTAGAGCTTTTTCAGGTAATGTATAATATCATAAAGTTGAGGTTAATACGTGTATTCAAATCTTTGTTGATGTCAGTGTTTTGATAATATTCAAAACTTGTACATGAAAATAATATTTTTAATATTTAAACAAAGTACCAACATGTGCAGGATGACCTGCATGTGTAAATGTCGTTGTTGTTGTTGAAAACTAACCCTATTTCCAGCTCAGGCTCTCTGTCATTCCTCTGTGTGTGCTGATTTTTGTTAACTAAGACTAGGGTTGGCAAAATGTATGACCTTCTGGTAATAATCCTGCCTTGATGTTAGAGCTTTTGGGCTGTTTCCAAACTTGTGATGTTAAGAATATTGCAATGGATATTCTGGTGCTGGTGTTGATCTGAATCTAGTCACTCATTTGTCTTGAATTTACATCAGCACATTAAAAAAACTAATTAAAAGTTCAAAAGTGGATCCTATTTTTATTTCAATTAATACTTGATGTTGTGAATCTTATAAAACAATAGCATAAAATTTGCTCTTCAAACATCACCCATAGCTGGGGAAGCCTATGTCCAAATTCTTGTCCCTTCAATCATTAGCATCTTCCAAATATTTCCCACAAATTACTAGTCTCTCAGCCTTATTCCTATACATGTAAGACAGTTTTAAAGGAAAATTAACTCCTAAGGTTACCCACATGCTTCCCAGTTGTTTTGCTACCTTGGAATAAAGATATGTGAGGGAGTGTACACATTTGTATGTGTTTAAATTATGTGTTCTCAAGGGACCACTTTTCCTTATATCAATTGCATGCCACTATTAATTTTTTAACTCTTTCACTAAAAATGGTGCTTTAATTTTGAAAACTGAAAGAACATGTAACAGAAAAAATATAACTGTGACCACTGCACACGTAAGAATCAGTTACAACAAGGGTCAGCAGACATCCAGCCACATATCATGTGTCCTACTATTACTGCCTCTGACCTGGAATTATGGAGCAAACTTAGAGTGTCTTTGTTATATTTGTGCTGGTTACAACATCTAATGGGCTAGAATTTCCTTCTGAAATAGAAGAGTTGCTCTTGAACAATGGAGTTCTGTCAACTTTATAGTTTTAAAATTTTTTAACTAATTAAATAACAATGGTTGTCATTATGATATCTTCAGACATGTACCACTATGATTTTACTGTTTCCTCTCAGAAAATGAGCTTGCTCCCATTCTCCCTCAGTTTGCTCTCTTATCAAGTATACTGGATTCTATTTTCACCGACTTAGGTCTCCAGATCTCCTTTCTAACTTCCTGCCTTGAAAATTCAGGAGTCTTTTTTCCTTTATTTACTATGTTTCTTGTAGTTTTTGAAATCACTGGTGTGGATACCATTTCTGGAATTTTTTAGAGGATCTTTTAATGGAGTTACCTAGTCTTCAAAGTTTAATCTACAGTATTAGTCTTTGAGATGAAAACAAACTTCTGAAGCAACAACTTTGTGTCTTGCAAAATACAAAAACACACATAAATTGAATTGGGGCACTTTAGTATATCACCAACAGCCAAAGAGTGGAAACAATGCTAAAACTACTGAGTGTGCTATAACATCTCAAAGTTATTTAATTTAATGCACTGTTAAATGTATGTATAAGTGAATGAGATACTTGAAGGAAATGGGGCAAGGGACAAGAATAGGTGAAATAATTTAAAGGAAAAAAGGAGAAGGGGGGAGGGAAAGAATGTTAGCCACTGGGTAAGACTAAAATAGGGGACAGAGAAAAAAGTAGATGTATCAATAATAAAAATGTTCAAAAGTAAATGTAAGAACAGGAAGAAAATGTAAAATATAAGTATTATTTTAAAAATATAATTATTATTTTAAAACCAGTAAGATAAATTGAATATATAAATAAGGAAAGCATAGAGTGCAAAATAAAAATGAAAATTAAACTAAAGAAATCCTAGTGCCAAAAGTGAGGCAAGGTATATTCATAATTAGATGAATAAATACGGGAGAGAAAGTAAAATTAAGTGCGCAAAGCAAAATTTCTCAGCATATCAAGGCGCTTACTACAAAGACTGACAACATGAGTTTGATTCTGGGAATTGACATGATGGAAGGATAGAGCCATGTCCCTCAAGTTATCCTCTGAATCTCCAAAGATGTACCATGTCATGTGAGCATAGGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATATAATGTATGGGTTTTTGCTTGCCCTTTGGTTTGTGTTGTTGCTGAGTTTATATGGGTAAATGCCTTGTGTCTATCAGAATTGTCAGAACACAGCCACCATGTGTCTTATTTACATATCAGGAGCCTTTGCTGACCACACTTAGCTTTGCATTCCATGGAGTAGGCATAACCTTTCGCCATCCCGAGATTCCTCAGATCTTACCACCTGGGTGTTTCTTTAACAAAAGGGTATCTCCCAAGTACTTTGGGAGCTGGAGAAGAAATCACAGCATGGAGATGAATGTACGCTGTGAGATCCAGACAAACTGCCTTTATACTTCCAGGGCTTCCGATTCCCTGCTGGTCGAATGCACTGTGGGTATCCTATATACCCCTAAAACTCCAGAGATCTCTTGCTCAACAGTAGTGAAAGACAGATTAGCTGAAGCGTGCATGTAACCTGCTGACCTCAGACTCAGAGCTACTGCACTCAGGGTCAGATGCTGCTGAGGAGCTCTGTTCCTGCCCACTGAGGGTAGGGAGTCTCCCTAGCCACTTCCCAACCTAATCCAGGATCTTGCTATCAGCCACCCTTGGGCCTACTAGTATTAGCTCCCTCTTCTGTCCATAACCATCTCTCTAGATCTACCCTCACCCAAAGGCTACAGTGAGAGAAAAATCTGAGATTCTCTGATCCATGAGTGCTCCATGATTTCGGGCCTCTGGGTGGCTCAGTTTCTAGCAATGTGTTCTCTGACAAATTGTCACCTAGGTACTCCACTTCAAGTGAAAATCAGGACAAAATGGGACTTTCTCTTCCATTGACCCACTAATGAAAGGAATCAGTTTGACTAGCAGCCTCACTTATCGGCTTGTCCTGTAGAAGGTTGACTGCCAACCTTCTGATGCCAGACCTTTAGAAGAGGCTTCTGAGCTTCCCCCCAAGGCAACCCTCTGGTTCAAGAGTGTCCTGCGTATTCTTCTTCTTTGTCTAGGATCTTTTCCTTCCCTCCATGGATTCCCAAGCTGTTCCTCTATTTCCCCTTGGGATAGAATCTGCTTTCCTTGTCAGTCTTTGCTACTAGGCTCTCACAAGCAACTTCTAGCACATCATGTTACCCAGAACTCCAACTTTGTAAGCTTTTACAATACACTTGGATACACATAAACTTTAATGCTCTCTCTTCTTAATTAGGACTGTTCTTTTTGTCTAACCCTCTTTTCTTCTTTTCCTCATTCAAGATATCCCATGTGTTAAGCATGGGCTGCTCTGCTTTCCCTCAGACGTCATCTAGAAAACCACTCTCCGGGTTTCATTTTCAAATCTCAGGTGCTTCTATTTTGGAAGTTTCCTTTTAAACCAACATCAATTAGCTATAAATGCTGTACTACATATGATAATTGTTCCCCTTCTACTGAAACACTTATTTCCCTTCATTGAAAGTATTAAGATGTGAGGAACAAGAGAGATCAATTGGCATTTAAAAGCAGAGACTGATTTTGAAGAAGTCCCAAATTTGGTTCCTAGAGCTCAGGTTGGATAACCACAAAGTCTGTGACTCCAGGAGACCAGATGTTTCTGGCTTCCATAGGCACCCAAATTTATGAATTAATTGTACCCCATATACATAATTAAAATTAAATAGTATTTTTGAATTATTAAATTTTGGGAACTAATTTGGCATTATTTTATGGTTTATCGTTATCTGAATTTTATTGTTTTAACTTATTAAATATTCTCATTTAACATCCCCAACTATAAATCGAAAAGACTTTTATAATTTCCTGTTACTTTAGTCCTTGCCTTAAAATTTGATTATTGTAGGGGCTACAGAGATGGCCTAAGCTCTTAGGAGTATTAGTTGGTCTTACGTAGGACCATACCTTAGTTTTACAGCATCTGAACAGTGATTTTCAACAATTTATAACTTCAGTTCAAGGGGCTTCAATGTTCTCTTCTGGCTTCTGCAGGCACCAGAATCATGCAAAACATACATACACATAAAGTAAAATAATCTAAATAAAATTGATAGCCTTAAACATTCAGCATCTGGGATAATTATTTTTGACATCTCTAAAATAATGCAGATCTTTAGAAACCCATTCTGCAGTGGTGTCTACCTTACTATCCTCATGCTTTTTCATTTATTCTGATTTTAACAAGAATATATACAGTTAATTGCTTTTTATGTTCTCTTTTAATCACATCACCTAGTTTTATGATTGGAGCCTTTTCTTCAGTTCCATTTAGGGTGGTAAAGTCCTTTGCTGGTAAAACTGAAATGTCTGTGGAGGGTGGGGCGATGGAGAGAGAGTCAAGATGGCTCCACTGTCCCACTGTAAGACAAAAGGGAAATACAAGACTGTTTTGGAATGTGTCACCATGTGTCTTCATGACTGTCTTATTTTTCCCAATCAG
Seq C2 exon
CTCTACAATATCTTTCCAAGGATACTTCAGTATCTTCCTGGATCACACCAAACACTTTTCAGCAACTGGAGAAAACTGAAGTTGTTTATTTCTGATATTATTAAGAATCACCGGAGAGACTGGGATCCAGATGAGCCAAGGGACTTCATTGATGCTTTCCTCAAGGAAATGGCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000042224:ENSRNOT00000012503:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(11.7=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(12.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]