RnoINT0044397 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000030466 | Cyp2j16
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily j, polypeptide 16 [Source:RGD Symbol;Acc:1561242]
Coordinates
chr5:119480639-119491579:-
Coord C1 exon
chr5:119491419-119491579
Coord A exon
chr5:119480816-119491418
Coord C2 exon
chr5:119480639-119480815
Length
10603 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGT
5' ss Score
10.36
3' ss Seq
CTTTTCTTTTTCTTTATAAGCTC
3' ss Score
8.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GACAGCCATTTGACCCTCACTTCAGGATCAACAATGCAGTTTCCAATATCATTTGCTCCATCACCTTTGGGGAGCGCTTTGAGTATGATGACAGTCAGTTTCAAGAGCTGCTGAAGTTAGCAGATGAGGTCATATGTTCTGAGGCATCAATGACATCAGTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTCTACAATGTCTTTCCACTCATATTTAAATATCTTCCTGGACCACATCAAACAGTTTTTAAAAACTGGGAGAAACTGAAATCGATTGTTGCAAATATGATAGACCGTCACAGAAAAGACTGGAATCCTGATGAGCCGAGAGACTTCGTTGATGCTTTCCTGACAGAAATGACAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000030466:ENSRNOT00000089521:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(11.6=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(12.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]