RnoINT0048646 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005451 | Dnah11
Description
dynein, axonemal, heavy chain 11 [Source:RGD Symbol;Acc:621088]
Coordinates
chr6:146027860-146040267:-
Coord C1 exon
chr6:146040045-146040267
Coord A exon
chr6:146027977-146040044
Coord C2 exon
chr6:146027860-146027976
Length
12068 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
CATTGCATCTTTTTGTACAGGAA
3' ss Score
7.87
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAATTACCTGAAAGATGGGAAACCACCAAGAAGATCGCAGCCGTGGTCAGGCATGAGGTCTCGCCACTCCAAAACGCAGAGGTCACTCTTCTAAGGAAAAAATGTATTTTGTTTGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005451:ENSRNOT00000007233:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.083 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]