RnoINT0049275 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004171 | Dnah9
Description
dynein, axonemal, heavy chain 9 [Source:RGD Symbol;Acc:621799]
Coordinates
chr10:52454095-52466133:-
Coord C1 exon
chr10:52465900-52466133
Coord A exon
chr10:52454356-52465899
Coord C2 exon
chr10:52454095-52454355
Length
11544 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
TCTGGTGTTCTCTGATGCAGGTG
3' ss Score
10.29
Exon sequences
Seq C1 exon
CCTGCAGTGAAGCAATCGATTAGCAAGTTCATGGCCTTTGTCCACATAAGTGTCAACAAGATATCCCAGTCATACCTGATCAATGAGCAGCGCTACAACTACACCACTCCCAAGTCCTTTCTGGAGTTCATCAGACTATACCAGAGCTTGCTGGAGAGGAATGGAAAAGAGCTCCAGTCCAAGGTGGAAAGGCTGGAGAATGGGCTGTTAAAGCTGCACAGCACCTCAGCCCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGGATGATCTGAAAGCCAAGCTTGCCACCCAGGAAGTGGAGCTGAGACAGAAGAATGAAGATACAGACAAGCTGATTCAGGTGGTGGGTGTGGAGACCAGCAAAGTGAGCAGAGAGAAAGCCATTGCAGACGAAGAGGAGCAGAAGGTGGCACTGATCATGCTGGAGGTGCAGCAGAAACAGAAAGACTGTGAGGAGGACCTGGCTAAAGCTGAACCAGCCCTTACCGCAGCCCAGGCAGCCCTCAACACACTCAACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004171:ENSRNOT00000005583:48
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.138
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127802=AAA_8=PD(18.7=64.1),PF127772=MT=PU(4.4=19.2)
A:
NA
C2:
PF127772=MT=FE(25.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]