RnoINT0053560 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000007242 | Ehmt1
Description
euchromatic histone lysine methyltransferase 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1307588]
Coordinates
chr3:2037520-2051180:-
Coord C1 exon
chr3:2051009-2051180
Coord A exon
chr3:2037678-2051008
Coord C2 exon
chr3:2037520-2037677
Length
13331 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATC
5' ss Score
6.99
3' ss Seq
TTGACTTTTTTTTTTTTTAGCTT
3' ss Score
9.92
Exon sequences
Seq C1 exon
CACGCAGCCAGTAAAGACCATAGAGAAGTTCAAGACCATAAGGAACCAAAAGAGGATATCAACAGAAACATTTCTGAATGTGGACGACAGCAGCTTTTACCAACTTTCCCAGCCCTCCACCAGTCGCTACCTCAGAATCAATGCTACATGGCCACCACAAAGTCCCAGACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTTGCTTGCCTTTTGTTTTAGCAGCTGCAGTGTCTCGGAAGAAAAAACGAAGAATGGGAACCTATAGCTTAGTTCCCAAGAAAAAGACCAAAGTATTAAAGCAGAGGACGGTGATTGAGATGTTTAAAAGCATCACTCATTCCACTGTGGGTGCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000007242:ENSRNOT00000066777:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.952 A=NA C2=0.534
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]