RnoINT0061653 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000055567 | Fmnl2
Description
formin-like 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1560248]
Coordinates
chr3:38598427-38609214:+
Coord C1 exon
chr3:38598427-38598579
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr3:38609106-38609214
Length
10526 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTAAGT
5' ss Score
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3' ss Score
12.32
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF063718=Drf_GBD=PU(44.6=89.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]