MmuINT0065126 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000036053 | Fmnl2
Description
formin-like 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1918659]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Coord C2 exon
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Length
13895 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTAAGT
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Exon sequences
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000036053-Fmnl2:NM_172409:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.163 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF063718=Drf_GBD=PD(8.0=21.2)
A:
NA
C2:
PF063718=Drf_GBD=PU(44.6=89.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: