RnoINT0076928 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000014066 | Jade1
Description
jade family PHD finger 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1306920]
Coordinates
chr2:128506979-128514291:+
Coord C1 exon
chr2:128506979-128507096
Coord A exon
chr2:128507097-128510571
Coord C2 exon
chr2:128510572-128514291
Length
3475 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGC
5' ss Score
9.37
3' ss Seq
CTGTGGTTTTCTGTTCCTAGGTG
3' ss Score
11.18
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCGGAACCTCACTTACATGGTGACCCGCAGGGAAAAGATTAAACGGTCTGTGTGCAAAGTCCAGGAACAGATTTTCAGTCTTTACGCTAAGCTCTTGGAGCAAGGAAAAGTTTCAG
Seq A exon
GTATGCATAAAGCCCTAGGAGGGCACAAGGTAGGGCAGGGGTTTGTCACCTTGACACTGCTGTTGAGGGAAAACAGTTGTTCTTACAATCTGTTCTGTAGGAAAGTTTTCAGAGCACAGCTGTTAAACATTAAAGGCATTATATTAGAGGGAAGGTACGGAATTTGGTGTTAAATAGGCTTTGAGACCTGTAGCATCTCCCTCATGACCAAATAGACACAGTCATAGACCTTAATTTCTCTCTACAATTTCATGTAAAGTGGGGATGTTATCTTAGGCTACCTCTTGTAATTATCAGTATGAAAACAAACTGTAGCACATCGAGGAGCTCTTAATAAACATGGTGATAGCTATAAAGGGGTGAGTTCACGCTCTAGCTTTTGGATCAACCTAACATTGTAAAGACATGTTAAGACTACTTACCAGATAAAATCATTTCCTAACATTCATAGTGTCCTTTGAAGATAAGGATGAGATGGAATTCTGAGTGTGCTGGGCATTGATTGATTGATTGGTTGTCTTCCATTTACATTGTTCTAGCTAGCCCAAAAGAAAGTTAAATATGGGAATATGCTTCCTGTACTCTGGCGATGTGTCAGTTATTAAGGTTGGGCAAGTGTTTCACTCTGGAATTCATATGATCTTGTTAGTCCGGTGTAGAATCATGACCTTTAAAGTGTGTGTTTAGCACCAGTGTTCTGTGATGATAAGCTCCAGAAAGTAGATAGTGTAAGATTTCATGGAGGAAGTTGGTCCTGGGATAAGTCAGGGAGCAGGTGGGTCTTAGGCTGCCCTTTAGTTGAGAAGGATGAGTGACTCCACCTTGGATTGCCCTTTGAAGTTCCAGCAGCAGCACTCTTGGCACTTGCTTGTATGGAGAGTCATAGTTCATTCACTCTTCCCATTCAGATTTTGTGGACTTTTTTTTTCTCTAGATAATTATGGCATGCAAGCAACATGGTAGAGATAACCCAGTTAGTGGTGCACACAAAAAAGACTGAGGGGAGTTTTCAGTAATACTCGTCTCCTCAAGGTTCTCATACTTTCAGTAAAGATGTATGTGTTCTTGGTGAGATTTAAGTATTTTTCAGAGGAGCCAAGTGTCTTTCATTATCTGGAACTGTGGAAAGTAAGTTTTCTAAGGAGTGTCATTGGTTAAAGACAGTGTAGTTTAGATTCTTTAAGGTCACTCTTTCTCTTTTCATTCTTCTGTTGGATGCTGGTAGTATCTGGGATGGTTGATGTAGTATACTGACAGAGTTCTGTCAGTTGATGCTTTTAGTACTTCATAAGGAGTCAGTGATTGATCCATAAAGGATGATTTGTGTGTGGCTGGAATGGAGTCATTTTTTTATGGGCATCCCAGGCAGCTGCTTGCATTATGGCTGAGAATTGTACTTGACTGAGTGAGTGAGATTCTCCTTACAAGGTTAGGATGTATTTTGGGTTATAGAACTGTAATGTAGATTCATCCAGAAGTCCTATTGCTGGTGAACATGGTGGATTATGCCTGTAATCAAAGCATTCTGGGGGCTGAGGTAGGAGTGTCAATTTCAGTCAGCTGGACTAGGTTATGAGTTCTAGTTCACCCTCGGTTACAGAATGAGACCGTTTTTAAAGAAAACAAAAACAAATTCAGAAAAGAGAAACAAATGTTCCTCTTCATTTTGAATCAGCAATTACAATCAGTTAAAATGATTTTATTCTTGTGGGATGCTACAGCAAATGCAGCTGAAGCTCCCAAGGGTGGCTTTTCCTTCTCATTTCTTTTTTTCTTAAGATTATATATATATATATAAAATATAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATACACACACGTATACTGCTATACTGTAGCTCTCTTCAGACACACCAGAAGGGGGCATTAGATCTCATTACAGATGGTTGTGAGCCATCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCACTGGAAGAGCAGTCATTGCTCTTAAAACACTGAGCTGGATTTCCTTCTGCTTTTAAAGACAGTTTCAAGGGAGATGCCCATGACTTTCCATGTGTTCTTTAGAGTTCATGGTTCAAACTGTTGTGATTCTGGGAACCAGTATGGTCATTCTGTGGTTTGAGAGCATCTCAGTGGAAATGGTACTTCCAGGAGGCTTGTTGTTAGATACTTTGGAGCTACTCAGGCTCCAAGTCAGGTAGATAGAAATTATAGTTCGGACAACATTGGGTCCTCTTCATCTTTGTTTGCTTTGGGTATTTCAATAAAAACAAACAAAAGATGCACTTCACATGGCATAAAGGTGACTGTTTTCTGGGAAAGCCATTTTCAGATGAACAGCTTGTAAAAAGGACCTCAGCTGTGTTGCTGTTAGGGTCTTGTGGGTTGTAAGATCTTAGGAGGGTTCCTGTAGGACACAGTGGAACAGAACCTTGTGGTTCACATCTTGAGGAGACAAAACATGAGAACTACTTTTTTGTAGTTGGTCTCGAGACTCTTAGAGAACCATGGTCCTTATGAATTCACCAGTGGTTTTCAGACCAGGGTTATAAAGTTTACTAATGAGTATGAAACACATTGGTGGGTCATAACTAATATACAAAACAGATGTGGAATAGTCTAGGGAGTGTAAGGTGGAGAGTGGTTAAGAGTGTTTGTCTGCTTTAGTATTCCAGAGGATTTGGGTTTGATTCCCAACACCCACATAGCAGCTTACAACTGTCTAGATAAATTCTAGATTCAGAGGATCTGATGCCCTCTTCTGGCTCCCACAGGTACAGTACCCATGTAGTACACACAAACATGCAGGCAAAACACCCTACACATTAAATAAAAAATGACTAAGAAAACAGGAAGTGTAAGTTTCTAATTAGATGAGAATTGATATTCATGAATTCAGAAAATATAAGCTTTTACCAGGCTAAGCTATGAAGCATAAGTTTTGATTTGCATAAAAGACTGATTTAACAACTTGGATGACACATTGAACCCCACAGATTTTACCTAAAGTGAATGAACTTTTTTTTCATATTATGTCCAAAATTATTGTGAATACTTACCTTTATTCGGTTTTCACATTTACATGTATTTGTCCTCAATGGTCCTTTGGAGAAAGAAACTTAGAAGTTCTACTTAGTTCAGAGAGGAAAGTGACGGATGACGACTTGTAGATAGTACAACTGCTGTTAAGTAGAGGTAGTGGCTGTCACTGGACAGATTTCGAGCGGATTCCCAATTTTCATAAAAAACTGTATTTTAGTGGTTTTGGATAAGAAAGTTAATATACTGACTATAAAAATTGAAAGCAGATTCTTGAAGGAGGTCATGTCTTTAAAAACCCATTTTTTTTAAAAACCAAGTGCTGATGACTCTTGCTTGGGTGGCAGTTTGATAATGATGTTTCTGGTCTAGAACTTTATTAGTTTGGATTTGCTTATGTAATTTTCCCTGTGGTTTTCTGTTCCTAG
Seq C2 exon
GTGTGCCTTCTTCCTGCTCCTCACTGGAGAACATGCTTTTGTTCAACAGTCCTTCTGTGGGCCCCAATGTTCCCAAGATAGAGGACTTGAAGTGGCATTCTGCATTCTTCAGGAAACAAATGGGTACTAACTTGGTTCATTCACTGAAAAAGTCCCATAAGCGAGATGCATTGCAGAACAGTTCTGGGACTGAGGGAAAGACCCTGCTAAAGCAGCCAGGTCTGTCTGGTAGGAGGGAGGGGTCGGGGGTCCCAGAAAGCCTTCTGAGCTTTGAAAAGACTTTTGCAGAAGCACGTCTCATATCATCAGCACAACAGAAAAATGGTGTGGTGACCCCAGACCATGGGAAAAGAAGAGACAATCGTTTTCATTGTGATCTTGTTAAAGGAGACTTAAAGGACAAATCTTTTAAACAGAGTCACAAGCCTCTCAGGTCTACAGACACATCCCAGAGGCATCTGGACAACACAAGAGCTGCCACCTCCCCTGGAGTAGGGCAGTCAGCACCTGGCACCAGGAAGGAGATTGTGCCCAAGTGCAATGGCTCCCTAGTCAAAGTGCCTACAACACCTGCCAGCCCAGTGAAAAGCTGGGGAGGATTCCGGATTCCAAAGAAGGGGGAACGGCAGCAGCAAGGAGAAGCCCATGATGGGGCCTGCCACCAGCACTCAGACTGCTCCCATCTGGGTATAAGCCGAGCTCCAGCCAAGGAGAGATCGAAGAGCAGGTTAAGAACTGACAGTGAGAACGATGGTTACGCCCCTGATGGGGAAATGAGTGACTCAGAAAGCGAGGCATCAGAGAAGAAATGTATCCATGCCAGCAGCACCATCAGCAGGAGGACAGATATCATCAGGAGAAGCATCTTGGCCTCTTGATGAAACAGCCGGTGTGGAAGCATATGTTGCCATGTGCTGAGGAGAGCTCTGATATGGGGGCAAGCAAAAACCCATTGTTTCTGAGCTCCACAAACAGATTTTCTTGCAATTCAGATTGAATTTTTTTTCCAGTCATTTATAAATCATTGTGAGAAGTTTGTGTTATTTGCAACTTGTTGAGGAAACAGAAGAGTAGATTGTAACCATAAGACACTAAGATTAGAACCTGAACTAAACACTAAGAAAACAAATGAAGTAACTTTACAGAGGGGGCCAGGCTTGAATAGTATTATTGCCCTCTACATTTTCCCCAAAGCACAAACTCTTGAATACTCTAGCAGAATCATAGAATTCTGTGTAGTGAATAAGTCCTATTTATAGAAGCCCTCATGTACCATTTATAGCCCACAGAGCTTATTTTCTAGGAATGGTAAATGCTGACAGCATTTGGCTCCCAGGCTGTGTGGTTGTGAGTAGCTGAGGCTCAGAAACTTGAGCAACACTGGGATCTTGCACATGTGGCATCCAGGGGAAGAGTTTACACAACAGGCACTGCTGGAAGGCTGGAGGAGCAGAGCTGCTGCAGTGAGATTTAGGGCTTGTGTAGCGAGGTCCTGAAGCCCTGAGTGGGCTGTGGACATAGGACGGGTAGAGAAAAAGTTGTCAAGAAAGTTTTGTGAGAAAGGGCAGCTGAGGCCCAGGTGTTATTAGTCCGCTTGACCTTCCTCTTTCCTAACTGCTGGCCTTTGGACCCAAATGGGATTCCCCTGGCTACTGCCAGTACTTAGCCATCTGGCTTCCAATAATACAGTGGTTATTCGAGTTCAAGTGATGAACTTCAGACTTTGGTGACTCTCACTCTGCAGAGTCAACCACTAGTACATATTTGGGAAATCCAGGCTTCCACCATGAGTGGATTCCTTAAGCAAAAGGAAAAAAAGAAGCAAAACAGGTTATATTTTAAAACATAGAAAGGCAATAAGTTGCATCAAGGTTATACAGGAAAGAAGTCAAAATGTATCCTTGAATAGGTTTCTGGAGTTGGAATAGGTTTCTAAACTCTTGATTTGTAACTTGGACTTTCGAATTGCATATGGCAATAATTAGTAAGTTATCAGCAATAATAAATTTAGCATTAAATTTGAGTATAATGTTCTGTTTTTGCACTCCTCATATAGTGCATATGTATTCAGACAAGTGGATAGTGTTAAAGTCCTGTTATTTTCTTTGGAATTCAATGTAGTTGTGAATCAAATTTAAGAGAAGGCAAGTTTCAGTAGCAATGAGATTTAGAATTAAGGGCATTTGGAGTAAGCCCGGTTTCCCCGAAATTACCCTTAGTTTATTAATATCAATGTTCAGATTCCTGATTCATTTATACATCTGTTTCCATGTGGCAGGGACATTCTGATAATTAATGAGCAATGTTTTGAATTTGTAGAAGCTTTCAAGTCTTCCAGATGATCGTCAACAACAGAAAAGGCTTATTGAATTCCATCTTGCTATGCAAGTTTTATCAGATGATCAAATGACAGATCTGATGCATCTCATTGTATGTATGACATTTTCAAACCAAGTCTTAACTTCTCAAGTACATTGTAGTAGCTAATTCAGGGGAGGGGAAAGGATGACCCAGGTTTTAGATTGACTATTTTTTGAGCTATGGAGCTCCTTTGAGACTGCTGTCCAGATCAGCTTGTTGCTACCAGTATTAGAAGATTTTTAGGAGTCCAAGTTGTACTTTTGCTTGTAGCCTAATTTAAAAATGAGATGTTTTGCATATGAGCAAAACCCTTGTGCTGGATACAGGAAAAGGCTGGACCCTTATCTAGTTATCTTTTGATAACAGCAACAGCTCTGGTGAGATAGGATTTATAGAGGGATAACCTGTGAAGCCATAGAAAGAAAACCTAAATTGATTTAGTGAGTGTACGGCCTCTCACCATTTTAGGAGGCACCAGATTCATTTGCACTATTAGGAATGCTAGTTTTGTGCAAAAATAATGCCTTACCTGTTTTCCCCCACATTTAGGTTGAAAAGCTTTCAAATGTTCCAAGTTATGCTGAACCAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAAAAACCCAACAAAATAGTAAAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTTCCCCCACAAAAACTAAATAAAAAAAAATAAAGCCCACATGTTTAATTACTGCTTTGAAATGCAAATGGTCTAGAGCACGGTTTCTGACAGTGTAATGATAGCTTTGTAAGTTAGTTTCATGTCATGCTGGGAACTCTGTATGAGGTGGCCACAAGCAGCCACAGTCCACCTACCCACTTGCATTCTATTAGTATTGAGCTTTTTTGTTTGTTTGTTCTTTTGAATCTTCCTTGTGCATCCTGACCAAGAAATATCTTTGATTATGATCAATGTATTATGTCAAAATGTAGGCTAGTTGAACTTTTGTAAAGTTGCCTGGAATGTCATTTGTTAGGTTATAAACAAAAATTTAAATGAAGGGTTTTATGTGTTGTGTACAAATCTTAATTATTTTAAAATGGACAGACTCGTCATTACATTTGTAACCTTGTACAGAGGATTTTTCACTATGTGCCTAGCTTGGTGTCCATTCAACTAAAATTGAAAAAAAAAAGGTGCATGAAGAGTTAAAATCAGAAGTTAAACAAAGTCTATGTAGAGATGACTATTTTATATTACATGGCCCAATCCTGTATTTATTTCTATCCCCTTTTTGAAAGTATTTATAAAACTAGTTGAAGACAGCTGTATTTTTTTGTTGAACTATTTAGTAGAATTTGTGCCTTTTTGTCTGTATGTGAATAAATGCTGTACATTTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000014066:ENSRNOT00000018872:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.743
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]