Special

HsaINT0123943 @ hg19

Intron Retention

Gene
Description
PHD finger protein 17 [Source:HGNC Symbol;Acc:30027]
Coordinates
chr4:129789011-129796379:+
Coord C1 exon
chr4:129789011-129789128
Coord A exon
chr4:129789129-129792509
Coord C2 exon
chr4:129792510-129796379
Length
3381 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGC
5' ss Score
9.37
3' ss Seq
TTGTGGTTTTATGTTTATAGGTG
3' ss Score
8.66
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCGGAACCTCACTTACATGGTGACCCGCAGGGAAAAGATTAAACGGTCTGTGTGCAAAGTCCAGGAACAGATATTCAATCTTTACACTAAGCTTTTGGAGCAAGAAAGAGTTTCAG
Seq A exon
GTATGCATTAAGCCCTGGTAGGTCAAAGTATAGGGCAGGGGTTTGTAAGCTTTAACACTGTTGAGGAAGAAATAATCATTTCTTAATTTTCTTATAGAAGAATTTAAGAAGCATAGACGTTCATATTTAAAGGAAGTCTTTAATTTGAGGCATCATGTTTAAGGGAAAAAGCTATGAATTTGCCCTCTATAAATATGGGTGGAATCCTGTGTTCTCTGCTTACTGAGCAAACACATGAAAGTCTTTTGAGTCTCCCTAATTTCTTCATGTGCAAAATGGAGATATCGCAAGCTACCTCTTGGAATTGAGAGACTAAAATGAAACAGTGACTTATATATTACACAGTACTTGGTAAACACATCATGGGGATACCTAACAGGTTTATATTCAGCCTTGGGCTCTATCTGTAACATGGTAAATATGGTCAATATATGTTAAGACTGTACTTAAGACACAGTCCATTTTTAGATAATGTTCACAGTAGATTTTTTTTGTGTAGATGGATTGTTGACTATTTCTGAGATTGAGCACCAAATATTTATTTAGTGTCTTCTATTTTATATTGCCCTGGGCTAGGCAAACAGAAAAAGAAAACTAGGGTATATACTTCCTCTACTCTGGACAACACATCAGTTACTTGGGAGATCAAGGGCAAAGATCAAGTTGGGCAGGTTGTTTAACCTCTCTGAGATTCCGTTGATCTTAAAGTTTGTTTTAGAATCAAGACCCCTTAAGTGCATTTGAGCCCTATATTCTGTGATCATAAGCCCCCAAAAGTAGGTAGTATAAGGATTTCAGAGAAGCAGAGCTGCTGAGTGTGGATCAGGCAGAATTAGGGACCCATGGAACAGGTAGGTCTTAGACTGGACTTCATTGGAAGATAGTCAGCCTCTCTCCTGCCTTGGACTGCCCTTTAAAGTTCTAGCTGCACCATTCTTGGTGCTTGCGTTGTGCAATCATAGTTGATTCACTCTTGTTTTTGTGCATTTGTGGCTTTTTGTCACTCCATCTAGATTATTATGGTGCACAGAGAACAAAGAAGTTGTTATAACCTGTTGTGTTGAAATCCAAATTCTGGTTTATCTAACCAATTATGTGCGACTAGAGGGAGCTCGGTCATCTGAAGAAATAAAAAAAGGTTTAGGGAGGTTTAAATAATGTTCTTGAAGTGTTACATAGTTTGAATGCAATAACTTGTTGATATCCTAGATATTTTCTTCCCAAGATTAAGTATTTTCCAGGTGAATCAAGTGTATATCATTAGCTGGAACTTGCAGTTTAATTGTTAAGATTTTAAAAATAAATTTTCTAAGTAGGGTGTCATATGTAAAAGTAGGTCGATTCAGATTCCCTAAGGTGAGCTCTCTCTTCATGATTCCTACCTGAATACAAATAAATGAGATCTGTTTAACTGCCTTGGAAGACTGTCTGGTGCAGATCACCGAGCCTACAGCAGCAAATGCTGAGCTGGGATCACTAATACAAGTTGTGCCTGTGGAGTTGTGCCATTGGAGGGCTTTCTGCAACTCTTAGGTCATTATGTAATGAGTGATTCCCTGTAAAAATAAGCCGTAAAGAGCATTTTCATCTGGTTTCATTTGAGTTATTTCTCATGGATATTGCAGGCAGGTTTTTGCATTTCATGGCTGAGGTTTTTACTGGGTGAGCGAATGATATTCTTAATAAGTCTGGGAGTTATTTTGTGGTAACAGAGCTGTAATGTAGATCTGCATTCAGAAGTCCTACTATTTCAGAAAAGGAAAACAAATCTTCCTTTCATTCTGATGTAAGAACCATAGGTATGATCAGTTGAAAACATTTATCTTCCTGTAGGATTCTGTTGAGTAATGCAGTTGAAACCCTTTAGGGTGCTTTTTTTCTTTTTCCAGTCCTAGGCTTCAGTCGTGTTCTTATTCATGCCTAAAGGCTGTCTCCTGCCTGAAGTAGAGCAGATGGTCATGATTTATATGTCATTTAGGGTCCATGGTTTAAACTCTGTGATTCTGAGAGTGGGTAGGGTCATTTGCTGAGAGTGTCCTCAGTGGCAACAGTGCTTATGGGGGGTGGGAGGGTCATGAGTTGGAGGCTCTTTAGAGACATGGATTACAGTCAAGGAGATAGAAATCAGAGTTCAGAAAATGTTAGCCTCTTCTTACCATTCTCTTTTCCTGTGGCAGGTGATTGAGTAAAAGAAATATATGCAGTGTGATGTGAAGGTTGATTCTAATGATTGATTCTTGAGAAAGCAGCATTTCCAAACCAGCAGGTTGTAAAACACCTCCTGTGGTCATGACAGCTCTGTGTTCTGAGTCGCTAGCTATGTTTCATTTGCTTGCAGTGTCTGTGTCTGGTGAGCACTAGGTTCTCATATGGCCTCCTGTCTCATAACCTGGGGGCTGAACCTTGTTTTCTTGGTGGCTCATATCTTATGGGAGACAGAAAACATGAGAACTGCTCTTTCTAGATGATCTTGAGGCTGTTGTAGAATCATGGTCTTTATGACAAACACTAATGTGTTATGAATTCACCTGCTAGGGGTAACAACTCATTAGTGGGTTGTGAGATGAATTCAGTGGGTCATGACCAGTATTAAAAACAAGTAAAGTATAATAGGAAATGTCAGAGTACATTATCAAATGATGAGGGTTAATATTATTTCGTGAAATGTGAACTCTTACTAGGTCATGCTGTGGAATTTAGTCACTGTGATTTGCATCAAAAAATACGAAAAACATCAATTTAACTTACTTCAAGTTGAATGACAATTCAGTTGAATCCCACAAATGTATTTTGCACATAATAATAATGAACATTTTTGGAACGCTTACTATGTGTCAAGAATTATTTCACACATTTCCTTTATTCATTCACATGTTTACATGTACTTGTCCTCGTAATAGCCCTGTGAGGGTACAGACACATAGAGAAACTTACAAGCCCCGAGCCCTGCTTTTTGGGTCCTCTCAGTCTCGTACGGGAGGCAGAAGACTGGACCGTGGAGGAGCGCGGCGCAGGTGCTGCTCTGTAACCAGGTAGAGGGAGCAGAGGCAGCCATCAGCCACCTGATGAGTTCTGCATGGAGTCCGCTCTGAAAATCAGATCAGTTATTTTGTTTGGAGGAGGTCTAGTTTTATGAAAAATTATGTGAGCTTCAGCTGTTTTAGAAAATGTGGCATATTGAGTCTGCAGATTGAATGGAGATTCTCAAGGCAGGTCATCTCTTCACTATAAAAACCAAATTTGTACAAACTTGGTGGTGTAAGTGTTGTGTTGTTGGGTGGGGAGTTCACATCAATTGGGCCACACTAAGGGTGTAGAATTTTATTCTTTTGGATTTGCTTCTGCTGTAATTTTTCTTTATTTGTGGTTTTATGTTTATAG
Seq C2 exon
GTGTGCCTTCTTCCTGCTCCTCCTCCTCACTGGAAAACATGCTTTTGTTTAACAGTCCTTCTGTTGGCCCTGATGCTCCCAAGATAGAGGACTTGAAGTGGCATTCTGCATTCTTCAGAAAACAAATGGGTACTTCCTTGGTTCATTCGCTGAAAAAGCCCCATAAGCGAGATCCTTTGCAGAATAGCCCTGGAAGTGAAGGCAAAACCCTGCTGAAGCAGCCAGACCTGTGTGGTAGAAGGGAGGGGATGGTGGTCCCAGAGAGCTTTTTGGGTTTAGAAAAGACCTTTGCAGAAGCACGTCTCATATCAGCACAACAGAAAAATGGTGTGGTGATGCCAGACCATGGGAAAAGAAGAGACAATCGTTTTCATTGTGATCTCATTAAAGGAGACTTAAAGGACAAATCTTTTAAACAGAGTCACAAGCCTCTCAGGTCCACAGATGTGTCCCAGAGGCATCTGGACAACACAAGAGCTGCCACCTCCCCTGGAGTGGGGCAGTCAGCACCTGGCACAAGGAAGGAGATAGTGCCCAAGTGCAATGGCTCCCTAATCAAAGTAAACTATAATCAGACTGCAGTCAAAGTGCCTACAACACCTGCCAGCCCAGTGAAAAACTGGGGAGGATTCCGGATTCCAAAGAAGGGGGAACGGCAGCAGCAGGGAGAGGCCCACGATGGGGCCTGCCACCAGCACTCAGACTACCCATATTTGGGCTTAGGCCGAGTTCCAGCCAAGGAAAGGGCAAAAAGCAAATTAAAATCCGACAATGAGAATGACGGGTATGTCCCCGATGTGGAAATGAGTGACTCAGAGAGTGAGGCATCAGAAAAGAAATGTATACACACCAGCAGCACTATCAGCAGAAGGACAGACATTATCAGGAGAAGCATCTTGGCTTCTTGATGCAACAGAGATGATGCGGAAGCCCTTTGGGCTCGTCATTGGGTTTGCTAGAGGAGAGCTCTGATGTGGGGGAGAAGCAGAAACCCATTAATCCTGAGCTACACAAACACATTTACTTGCAATTCAGATTAATTTTTTTCCAGAGTCATTTTTAAATCATTTTTGTGAGAAGTTTGTGTTATTTGCAACTTGTTGAGGAAACAGAAGAGTAGATTGTAACCATAAGACACTGCTAAGACTAGAACCCGAACTGAACACTAAAATAAAAATGAAATGTTTTAAAGAAGGCAAGGCTTAAATAAGCCTCATGAATTTTTATAGCCCTCTGCATTCTTCCCAAAGCACAAACTCATGGTTACCTGAATATAGGGAACCAGATATGGTTCTTGAGAAACCCTCATGGTACCATTCACAGCCCATAAAGTTTATTTTCTAGGACTGTGGTAGATCTTGAAATCATATTTATATTTGGCCCTCAAGGCTATTTTTGTTGCATTATAGCATATAGGCAGCAGCTCTGAAGCTTCAGTAACACTAAGAAATTTATGTGTAAATATAGCAGTCAGGGAAGAGAATTTTAAAAAAGGTCATTATTGAAGAAGCTGAGGGGACAGGGTAGAGCTGCTGCAATATGGAGATTTAGGGTAATATGGCAAGGTCCTGCTGCTTGAAGCCTGTGAGTGGGTTGTGGATATGGGACTGGTGGAGAGTGAGACTGTTAGGAAAGTTGTATCTATGAATAAGGGCAGTTGAAGTAGAATTTTTACCAGTCCACTTGACCTTCTTCTTCCCTAACCACTGGCTCTTGAGCCAGCTTGGGATTTCCCTGGCCATTGCCAATACCTGGCCATCTGGCTTCCAATAGTACAGTGGCTACTCAAGTTCAAGCGAAGAACTTCCAGACTCTGGTGACTGTTACTTCCCAGAGCCAACCACTAGTGCATATGTTAGGGAATCTGGGCTTCCAACATGAATGGATTCCTTAAGAAAAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAAAAAAGAAAAAAGAAAAAAAGAGAAAAAAGCGAAATAGGTTATATTTTAAAAACAATAGAAAGGCAATAAGTTGCGATAAGCTCTTACTATTGACCAAGGTTATACAGGAAAGAGACTGAAGTGTACCCTTGAATAGGTTTTCTGTAGTCAGAGTTCTAAACTCTAATTTGTAACTTGGACTTTCTAATTGCAAATGGCAATAACTATTAAGTTATCAGCAATAATAAATTTAGCATTAAATTTGAGTACAATGTTTTGTTTTTGCACTCCCCATAGTGCGTATGTATTAAGACAGTGGATAGTGTTTAGGTCCTGTTAATTTTCTTTGGAATTCAATGTGGTTGTGAATCAAACTTAAGGAAGGAACGTTTAAATAGCAATGAGATACAGAATTATGGGCCTTTGGAACAAGCCCGACTTCCCCTAAATTCTCCTTAGTTTGTTAATACCAGTATTCAGATTCCTGATTCATTTATACATCTGTTTCCATATGGCAGGGACATTATGATACTTAATGAATAATGCTTTGAGGAGTTCTGCAGTTAACTTTCAAGTCTTCCAGATGATTGTCAACAACAAAAAAGGCTTATTGAATCCCATCTTGCTATGCAAGTTTTATCAGATGATCAAATAGTAGATCTGATACATCCCCATTGTATGTACGACATTTTCAAACCAAGTCTTAACTTTTCAAGGACATTTTAGTAGCTAATTCAGGGGAGGGGGAAGAATGATGCAGGTTTTTAGATTGACTGACTATTTTTGAGTTATGGGGCTCATTTTGAAAGACTGCTGTCCAGATCAGCTTGTTGCTGCAGATAATAGAAGGTTCTTATGAATCCAAGTTGTATATTCACTTGTAGGATAATTTAAAAATTAGATTTTTTTTGCATATGAGCAAAAACCTTTTGCTGGATACAGGAGAAGGTTGGACTTTATCTACAGTTATCTTTTGATTACAGCAACAGCTCTGGGTGAGAGTAGAATTTATAGAGGGATAATTTGTCAAGCCATAGAAAGAAAATCTAAATTAATCTAGTAAGTGTATGACCTCTCACCATTTTAAGAGGTATCAGATTCATTTGCACTATTAGGAATGCTAGTTTTGTGCAAAAATAATGCCTTACCTGTTTTTTCCCCACATTTAGGTTGAAAAGCTTTCAAATGTTCCAAGTTATGCTGAACCAAAAAAAACAAAACAAAAACAAAACAAAAAATATTAAAAAAAACCCACACAAAAACAAAACACACAAAAATAAAAAGCCCACACTTTTTATTCCTGCTTCGAAATGCAAATGGATAGAGCACGGTTTCTCTGACAGTATAATGATAGCTTTGTGAGTTAGTTTCATGTCATGCTGGGAACTCTCTATGAGGTGGCCATAAGCAGCAACCAGCCCAAACACCCACTTGCGTTCTATTAGTATGGAACCATTTGCATTTGTTTTTTTTAAGCTTTATCTTTCCTTGTGCATCCTGACCAAGAAATATCTTTGATTATGATTAATGTATTATGTCAAAATGTAGGCTAGTTAAACTTTTGTAAAGTTGCCTGGAATGTCATTTGTTAGGTTATAAACACAAGATCTAAATGAAGGGTTTTATGTGTTGTGTACAAATCTTATTTTGAAATGGACAAACTTGTCATTACATTTGTAACCTTGTACAGAGGATTTTTCACTATGTGCCTAGCTTGGTGTCCATTCAGCTAAAATTGAAAAAAAAAAAAAGGTGCATGAAGAGTTAAAAATCAAATTAAAGTATATGTAGAGATGACTATTTTATATTACATGACCCAATCCTGTATTTATTTCTACCCCCTTTTTGAAAGTATTTATAAAACTAGTTGAGGACAGCTGTATTTTTTTGTTGAACTATTTAGTAGAATTGTGCCTTTTTGTCTGTATGTGAATAAATGCTGTACATTTTGCAATACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000077684-PHF17:NM_199320:10
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.080 A=NA C2=0.639
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development