RnoINT0078085 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000013312 | Kcnt2
Description
potassium sodium-activated channel subfamily T member 2 [Source:RGD Symbol;Acc:735074]
Coordinates
chr13:57458312-57469474:+
Coord C1 exon
chr13:57458312-57458413
Coord A exon
chr13:57458414-57469390
Coord C2 exon
chr13:57469391-57469474
Length
10977 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAC
5' ss Score
7.29
3' ss Seq
ATATTTTGCTTATATTGCAGTCA
3' ss Score
6.39
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAGAGCGAGAACGAGGTTCTAACCTGGCCTTCATGTTCCGACTGCCTTTCGCTGCGGGGAGAGTGTTCAGCATCAGTATGCTGGACACGCTGCTTTATCAG
Seq A exon
GTACACAATCTCTCCTCTTCCTTTCCTTCCTTTGTTTATACTTTGAAGTATAAACGGTTGGTTTATATTTCACCTGGATTTTAAGTGAAAACATTGCTAGTGATGTTTCAAGCTCTTATCGTAGAAGTTTGTTTGAAGCAGTTAAGTATGCTTTCGTGTATTTAATCACATAAATGCTGATATCCAACATCTTATTCAAGAATATACTTTCAAATTTGGCCTAAATTCAAGTGCTCACAACTGCAAACACACATACAAGTAAGATTATATAGACTGAGCAGGTTGACTTTAGAAATATGGACTATGTACATCCATACAAAAATCATAAATTTGAAAGGGATCAAGGAGGGTATATAGGGACGTTTGAAAGAAAGAAAGTGAGGGGGTAAATGATGTAATTATATTATAATCTCAAAAGTTATTGAAGTAATCTTAAAAGCATTAAGTACATATAAACACACATACCATATATATATATGAGCTCGAAGACCTGAATTACTACAAGAACTGAGAATGGAAACAGAGCTAACACCTAAAGGTAACTCCTAAAGGTTGTCCTGTTTTTCACAGTTCACTGATCAATTTTTGAGTTCTCTGTCTCTGTCTTTGTATGCCTCTGTCTGTCTGTCTTTCTGTCTGTCTCTATCTCTCTCTTGCTTCTTCCTCACAATAGTAACAAAAGCAATAATAAAACTAAAAGAGTCTATAAAATTTTTTCTTGTATTCCCGGGAACCAGTTTCATGTGAAATTTATTAATGTATTATTATTCCAAGCATGCCCTTGAACTACTTGGTTTTTTACAGAAAAGTAACCAAAAAGGTAAAGCTAGCATTGCTTATTAGAACTTTTTTTTTTCAGATTTTAAGTAGATTGCAATGTGTTAGGATTCTAAACTGAAGATATTTAAGTATCCAATAATTTTTGCTTACTTTATATGGATACATGAAGCAGTTTGTAACTCATAGCCATTTAGTTAGTCACGAAATACCAAGGTCCCATTGCTGTTTCTGCACAGTACGCTCATATAAGGCAGTAGAAAAATCCAGATGTTTCACACAAACATATCATGGTCTACTTTTTTATTATTCTTATTCTTTTGCTATTTATGCCTGCAGCTGCATCATAGTGATGTTTCCTGTACTCCGATTGGTTAGTCACTAAACATGTTCATTTAAAGGGAAAATACATTTACAGAGTTTTATTTCATAGCATTAGGTGCACATTAAGCACCTTGACGTTTTATTGTCTACACTGATTTTAACTGTATATTTGTTGCACTCTTCTACAACTGTCTGCCTGTCTACAGTAGTCGCAAGATATCTGCAGTTTTTCTGCTTAGCCTCTGTGCTTAGCTAACTGTCCCTGTCTGATGGGTGTCAGGAGCCACCTGCTTATCAGGAAAGGTGCCACAGCAAACAATGAGCAACGAGCAGTGTCTTAGTCATGGTTTCTATTCCTGCACAAATATCATGACCAAGAAACAAGTCGGGGAGGAAAGGGCTTATTCAACTTACACTTCCACATTGCTGTTCATCACCAAAGAGAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGAAGCAGAAGCTGATGCAAAGAGCATAGAGGGATGTTTCTTATTGGCTTGCTTTCCTTGACTTGCTCAGCTTGCTCTCTTATAGAACCCAAGACAACCAGTCCAGGGATGGGACCACCCACAATGGGCTGGGTCCTTCCCCCTTGATCTCTGATTGAGAAAATTCCTTACAACTGGGTCTCATGGAGGCATTTCTTCAATTGAGACTATTTTCTCTGTGATAACTTCAGTTTGTGTCAAGTTCACACATAAATCAGTTCGTAAAGTAGTATCAGTGTTTTTTTACTAATGCTTTCAGATAATTTATCTAGGTAATCCAGGAGGTTGGCCTGTACCCAATCTCCCCACATATGAGTGTATTCATCTCTTGAAGAAAAAATTGCAACCCAACTTCATTTTTTCTTTTTCCTTTCCCTTTTTTTGTTTCTTTTTAAAAGTATGCTTGAATAGCAGCTGTTGAAGCTGAGAGATTCTATCAATCACAAAGACGTGATTAACTACTATCCTAAAACTAGTCTTATTATCAAGTGATACAATGACCCTGCAAAAGTGTAGACCCATTTTTAAGCCTTCTTTGGTCTGATTTTTCCATTGTGTTATCAAGAGACATGGTTGTTTGTTGAAATTAATGCAGACTCAATTACGATTTGAAGGCTTTGAATTATAGCAGATTAGATAATTCATCTAATAATGTGCTTGTGGTTAAGAACTAAGTCCTGAGTTCTATCTCTGGGACTGTCTTAGGGTTTTACTGTTGTGAACAGACACCATGACCAAGGCAAGTCTAATAAAGAAAACACTTAATTGAGGCTGGCTTATAGATTCAGAGGTTCAGTCCTTCATCATCAAAGTGGGAACATGACAACATCCAGGCAGACATAGTGCAGGAGTAGCTGAGAGGTCTACATCTTCATCTGAAGGCTGCTAGTGGAAGACTGACTTACAGGCAACTAGGGTGAGGGTCTTAAAGTCCACACCCACAGTGACAAATCTATTCTAATAAGACCATATCGCCACATAGAGCCACTCCCCTGGATCAAGCATCTTCAAACCATTATATTCCACTCCCTGGCCCCCATAGGCTTGTTCAAACACATGAATCTATGGAGAGCCATACCTAAACGTAGCATGATGCAAAATACATTTAGTCCAACTTCAAAAGTCCCCATAGTCTATAGCAGTCTCAACAACATTAAAAGTCCAAATTTCAAAGTCTCTTCTGAGATTCATCCTACCCTTTAACTGTAATTCCCAAAGCAAGTCAGTAAACCAGCTGGGCAAACGTCATACTCTGCATCTCCATGGCTGATGTTAAAGCAGTCTTCAGATCTCCAACTACTTTTTCATCTGTGTTGACTGCAACAAACTGCTTTCCCCTGGGCTGGTTCCACTCTGCAAGTGGGTTTCCTTAGCACATATCCCACCACTCTGGTATCTTTAATAACTTGTGATCTCCAAGTCGACTTCAATGTTATATCTTTTTGTTTCAATGTCTGGGATCCACACATAATCTTCTGGGATTCTCCAAAGAGTTAATGTCACTTCTCCAGGTCTGCCCTCTGTAGCTCAGGTTGACCCACTCTACTGCCACTACTCTTCTTGGTGGTCATTCCCTGGTACTGACATCTCCAATACTCTGGGGTTTTCCACTGCAACTAGGCTTCACTAGTATGCTTTCTTCATGGTGCCAAGCATTAACTTCTTTGCAAGACCCCCTCAGTCCTGAGCCATCAACTGCCACTGAGGCTGCACCTTAACCAATATCCTGCTATGGCCTCTCACAGTGCCAAGCCTCAACTGCTCTTCATGACACCTTCAAAACTGGCACCACCTGGGTACCTCTTGCACATTACCAAGTGCAGCGGCAGCATGAGGTACAAGCTTGGCTATTTCTGAAACACAGCTTCTTTATGCTCTCAGAAAATACCAGAAGACAACCTCAGTAATGCTCCTCTCTTCTTATCTCCACTAAATTATTGGCTCCATCTAACCAGCAGCAATAGTCCCAGTGGTCCTTTCTATTCAGTACTCTAAAGCCAGAGCCCCATGGACATAACTGCCAAATTCTGCTGCTTGCTGGAGCTAGAACACGGCTCCCTTGTTCTATTACATAATCACCATCTTTATTTTTTCCATCTCCTTCACTGGCTAAGCTTGGCTGACCTAGAACTTGCTCTGTAGACTGACTTTGAACTCAGAGATTTGCATGCCTGTCTCCAAAGCACTGAGATTAAAGGTATGGTCCACCAATCATGGATTTAAGTTTTCTTCACCTAGAATTTGTTCTGTTCTAGGATAAGCTTGAACTGAGAGACATGCTTTTCTTTGCCTGCTGTGATTAAATGTTTGCACTACCTTACCTGGTCCTAAACTTAGCTGGGTGGGAACTTGCCCAAAGGTCATTACTCCAAATTAATATCTTTGAACATAAGATTCAGCTCCATTTCACTTGCTGGTATCACTGTAATACTCATACCATATTTTTTTGTTTTTCCTTTCTCAACTATTCCCTTTTCATTAAAATGCTCTTTATAAGAGTGTACTTTATTAACAACACAACAGAATTTACACCAGGCTATTTTGAGATTTCTTTTTTCTTTTTCATTCTTTTTGTTTAATCCCCTTTTCCCATATCCCATCCAACAAGCCCCTATTCCATAACTGCTTCTATGAGGGTGCTCCTCTACCCACTCACTCTCTCTCTCTCTCACCTCCCCACCCTGCCATTCGTCTATACTGGAGCATCAAGTCTTCACCAGATCAAGGACATCTCCTCTCTTTGATGCCCAACAAAACCATCCTCTGCTACATATGCGGCTGGAGCCATGGGTTTACTCCATGTGTACTCTTTGGAAGGTGGTTTAGTCCTTGTAAGTTCTAGAGTGTCTGGTTGGTTAATATTGTTGTTATTCTTTATGGGGTTGCAAACCCCTTTAGCTACTTCAATCCTTTCTCTAACTCCTCCATTTGGAACCCAGTTCTTAGTCCAATGGTTGACTATGAGCATCCCCCTCTGAATTTGTTAGACTCTGGCAGAACCTCTCAGGATACAGCTATATCAGTCTCCTGTTACCATGCACTTCTTTGCACTCACAGTATTGTCTGGGTGGCTATATATGGGATGGATAGCCAGGTGTGCCAGTCTCTGGATGGCCTTTCCTTCCATCTCTGTTCCACGCTTTGTCTCTATATTTCCTAATGTGAGTATATTGTTCCCCCTGCTAAGAAGGACTGAAGCATTCACACTTTGGCCTTCCTTCTTTTTGAGCTCTAAGTGGTGTGTAAATTGTATCTTCAGTGTTCCGAGCTTTTGGGCTAATATCCACTTATCAGTGAGTGTATATCATGTGTGTTTCTTTGTGATTGGGTTACCTTACTTAGGGTGATATTTTTAGTTTCATCTGTTTGTCTAAGAATTTCATGAAGTC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Seq C2 exon
TCATTTGTGAAAGATTATATGATTTCTATCACCAGACTTCTTTTGGGACTGGACACCATACCAGGATCGGGGTTTCTTTGTTCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000013312:ENSRNOT00000017884:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]