RnoINT0085172 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000003595 | Lhx4
Description
LIM homeobox 4 [Source:RGD Symbol;Acc:1308044]
Coordinates
chr13:73372163-73390393:-
Coord C1 exon
chr13:73390318-73390393
Coord A exon
chr13:73372335-73390317
Coord C2 exon
chr13:73372163-73372334
Length
17983 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AACGTAAGA
5' ss Score
7.69
3' ss Seq
CCTCTCTTTTCTCTCCATAGAGA
3' ss Score
12.05
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGATGCAGAGCGCGGCTGTCCCCGCGGAGGGGGCTGTCAAGGGGCTCCCGGAGATGCTCGGTGTGCCGATGCAAC
Seq A exon
GTAAGACACCCTCCTTTCTCGCCGATTTAATTCGATAACAAGACAGCTAACAGCCTCAGCGGGTGTGGGGAGGCCGGACGCCGCTCGTGGCAGTGGCCGGGAGGGGTCGGGGTGCAGAGGCGGTCACAGAGCTGGGGGTACTACCAGTCAGTGTTTGAAGGGCTTGGCTCTGTTTGGGATCGAATGCGAAAGCTTCCGGGATACTGATGGTGGAGGGCCCCAGGGTGAAGAAAGTAGCATTTTTTGGGCCGCGGCTTTTATGGGAACCCTGGGGAGGATGCTGTTTGGGGACAACAGATGTTTCCAGCTACAGGCCAGGCCCGAGGACAAAAGTGGTCCCCCAAATGATTAGCTTTCGCGGCAATGGCCAAAGCTTGCAGCACCGCCGGTGCAACTTTACCCAACCTGGCGGGAAGTTGGAGAGCGCGTCCCGGGTCACAGGGCTGGGCAGAAGCCCCTTGCCACACTCTTGGTTTCGGCAGTTGGAGCACTTGGTTGAGTCCCCAGTCGCTGCTGCCTGTGTCGCAGCCGACAGACTGCTCCGGGTGAGCGAGTGCACTCACTACATTCCAGCTAGCGGAGGAATGCAGCGGCGAGAAGCTCTGGAACGAAGTTGTGGACTCGGCGTGCAGCCTTTGCCTTGGCGAGGGTAGGCAACCTTAGTGGCACGGGGTTGGAAGAGGGAGAGAGACTCTAGACCTGTGAGCACTTCACTAGCTCTCTCAATTTTTTTCCAGAGCCTGCAATTAGTTAAGACAGGTCCTTTCACCTCAGGTTTCTGGTGTGTACGCGTGTCCACACGCCGCAGAGATCTTTCGGGAGGGAATCCGGTTCGGACTCCTGAGCAGAGAGACAGAGAGAATCCGTGCAGACACCTAAACAGGTCATCAAGCTTAGCGCGCGCTGGCGGGCCCCAGGTTTAAGTCTGGGTCCACAAACAGCTGCTTTGGGCTAGGTACCCCTGGGCACCCTAGAGAGAGGAAGGGTTCCCTCGATGGGCTTGCCAAGAGACTGTACTTCCGCCTATGACTGCTTTAGCGATGCGGTAGGAGTTTATTGTAAGTAAGAGCAGGCTCACCCAGGGATGGAGAGTACCTACGATCCAGGGCGCAGCAGCGCGCCCTCCTGCGCCCTGGCTCTCCATCGCAGGGGTTCTGTATCAGCAAATCTCAGTTCAGCCAGGGTCTTGAGCTTTATTGTAAAGTTTTTGAGAAGAAAATGGAAGAGGTAGCTTCATTCGAGCCTGGTTTAGATTGTTCTTCGACTGGAGCCTACAGTTTTTTTGTGTCACCTGTTGTGGAACAGTTTCAAAGTTCGCTGCACCTTGGAAAATCGACTGCTCGCGTATTCTGTAGGCAATGCTGGTGATTGCTTCCAACAGCCCACCCGGGGCAGAGCCTGTAGGTCCTCATCTGCACAAACACAAAAGTGAACTTTTTTTTTTTTTTGTGGTTCTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGCAAGGGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCGGGTACTCAAGTTCTTAAACTACTTGTAGCTATGTTGCGGCGCATGAGGGCGGTCTGTGAATGGATAAAGGATGTGGGGGTGTGACTCCCGTCCCCGTACTTAATGCACCTGTATTCTAATGACTTCCTCCACAGATGTTCTGCCGGATTCTGGAACTCTCCTCTGACCGTACACTTTTAGCATAAGCAAAATCCAGATTATCTTGATTTTATTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTGTCTTTTGCTCAGGGCTGCTGAATGTCAGGAACACGCTTTGCTAAAAAGACACGGAAATTATTTTAGCTTCATACGCTTCTCCAAAGGCTGAGTCTGGGCCCATACTGTAGAGGCAAAGAAAATTACTCTGGGCAGAGAGGAAGAAAGGAGCGAGGGAGGGTGGGAGGGGAAGAGAGAACCCACTTACTAGAGTGGTTCCCCAGGGCAAAGCCAACCAAGAAGGGGTGTCAGCCCTCCATTTTGTCTTTCTTGGGTTCTGTGGAAGAAAGAGGAGGTAGGTGGGAGGAGGCACCAGTCAAGACTGAAGGGACCAATCCCGGAAGAGTTTAGGCTTCTTTCTCCTTCCCCTCACAAGCACATCTATCCACCAGCTTTATTACTGTGATTGGGGGACAAGTTTGGAATGGTTCCTCCTCTTAACCTACATAAATCCCCTCTTTCCTGATTGTAAGGCTTAATGATCTAAGAACCAAGCTGGAAGAGTATGGGGGTACATCCTTGGGCATGGGGGAGAAATGGGGTAACCCCAGGACTATGGACTCTCTTAACCCCTAGAAAAGATAGTACAAAGAGAGACTCTTTCCAGGGAGATGGACCCTCAAGCAGACCAAGCAAGTTTGGGTTGACTGCCTTCCTCACAGATGCTGTCTATATTTCCATTCTCAGAACCACCGTAAACATAAAGAGTGTCTGACAGTAGTATATGGATCCCTAACCTAGGTACCCCTGATGCCCTAGACTTTAAAGACGTTTTAGGATTTTAAATCCAGGGGGTTGGAGAAGGAGGGGGAGAAATGGAAATGTCGCCTTGCCTGTTTGGGGACTGGTAAAAACAAATTCTTCCGGAAATCTCCACTGATGTTTGCTCCCCCAGTATCCGCCCACAACACCATAGCTCTTATGCACTGCTCTGCCACAGGTCAGTTCCGAGGCGCAGTGGCAACCTTTGTGCTTCATCCCTCAGAGGTCCCTGCCTGGCCTCACAGTTCAGATGGCCTCGAGCAGGATGCAGAAGGCGCTCTTTGATAAACTGTGCCTCTACCTGCAGCTGTCCAGATGTTGGGTTCAGAAAGATTGGGGAGAGAATGCTGGCAGTGATGCCCAAAGCAACCTGGGTAGAGATATAGTGTCCCCTTTAATTAGGTCTCCTTTTGGTCCCATGTTCTCCCTTGCGGGGGCCGTTGTTTTCTAAGGAATTCCAAACACCGCACCTTCAGTTGGATGGCCCTCTTGTTCCTTTGATGACATCCGCTAGATTACTTCCAGGTTCCTTTTCAGAGAGCTCGATGTGTCTTTCTGGGGCAGCATGGATGGGTTAAGGGCTGCAGGTGAATGAGTCCTCACAACCCCTCAGTTCCCACCGCCGTGCACTGGATACCGTTGGCCTGGTCCCTCTACCGCACTAAAAGACATTTAGAAAAGTTCAGATGCGTAGGAAGGTGAGGAGCATCGTCTGCCCTTTGCCCCGGGGTTGAACCCATCTTCACACGGCTTCCTCGGCATCAAGGAGAAAGGCGGCGAAAAATGGCGATGGGGGATTGCTGGCGGGCAAGTGGGAGGAAACCTCTACGGGAGAAGGAAAGAGCCGGTCCCGAGTGGAAAATCAGGAGCCGCGTTTCTGCGAATCCCGAACCCTGCGCTCCAAGCAGGGTTTACAATCCTGACCGCTGCCCTGGGGTGGGGAACTTCTTTTCCACGTCAGGGCTTCTCTCGGAAGTCGTGAGCGCTCTTCCCTCCGCTTCTGCCTTGTCTCCCGGCGAGAGGAAGACCCCACAAAAACTGACTGTAGACACGGGAGAAAGTCAACAGATTCCGATACGGAATTTCAATCGAGCACAGTGCGCTGCAGGACTCCGGTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCTCAAAATGAGGCTATTGTATTTTCCCTGTTCAGGATGGTTATCCCCGCTAACGCTTTATGCCTGGGGAGTTGAGTTTTGCCTTCTCTAAATGCTGGACGCAGCCCAGCCCTCCGCCAGACTTATAAAGAGAAGACAACGTGAAGAGACCCCAGTGACAGCAACTCTTAGGACAACGGGTGGTCTGGACCGAGCAGGGGCGAGCTGGATCTAGCAGTCCCTTTTTGGATGGCAGTAAGGGCGGAGGGAAATTTGGGAAGCCACGCGGCCCCTTCTGCCCTGGCTGTAGATTTAACCATTAACCCTCATCATGGACGCCGCGGAGAGGGTGAAGTGGGCGAAGGGCAAAGGTCTGCGCGCAGCAGTTTCTCAATGTCCCGGGAAGTTGCAGAGTCGGGAGTGAGGCAGGGAACCCGGCTCTGATTTAGTGCTGGCTACTTTGCTTGGCTGCAGCGGTGTTAGGCGGGGGAGTGGCGTGTTTGGGTCTGGGAGCCTGACCCGTGTGACCTCTTTTTGCCTCGCGGGTACCGAGGGCCTGGGTGGCCCTGGCGACAGTGCTGGATTCCTTTCCGCGAACTTGCAAGTGGCGCGTGCTCTTGCAAATGTGTGCACCACTTGTGCCCTGGGTTTGGGGGGACAGTTGCCGATGTAGGCAGAGGCCACCGCGGTTGTCCTTCGGGACTTTGCGCGCACTGCGTCCTGGACAGTGTGATTACCGTTTGAGTGGGACAAGGGCAGGAGAGCTTGCGGCCACTGCCCCTGGATGCGCACTTGGCCCCTTTACTCTAGGCTCCGCTCGCGCTTCCCCTTCTGGGTTCCTTCTCAAACCCCAAGGTCTGATCTAACTGCGGTGGCCGAGCGGGGGACGCGTTTCTTGTTTCTGAGCGTCGGCCAGGTCTGTCACCGCGAGGGGAGGAGCGGCAGGTGCTCGAGTGCCAGAGCGCACCGTGCCAAAGAAGCCGCGCTGCGACCTCGTGGGCGGCCCGCGCCCAATTCGCGCCCAACTCCGGTAAAGACCGAAGCGAAGAGTGGCGCCAGCCCAGAGCTCCCACAGGACACCGCGGTCCTAGGGAAACGCTGCTTGCCTCCTTGCCTTCGGGAAGCCACAGCTTCCTTCCCCCAGCCAGGAGGCGGCCAGCAGTAGGGTCGCACGGCCCGCTCCTTTCTCCGGGTTCGAGTCTCGGTTCCCTCACTGAGGACTTGGAGAGGTCTGGAACCCTGCAGCCTTGAGAAAAATAATCAAGGCCTCTCGGTGGAGAGAGGGTGATGCTCCGTCCGTGGCCGACTAGTTGGTAACCCTTTGCGGGTGAAGGCGAGCCCGCACCGGTCGTGAGTGACTCTCAGGTTTCCAGAAGGCGGCACCTAGCTTATGACCATGCAAGGGCTTCGTCCTGTGCCACTCCAGGATCCGCTTTTCCTAGATCCGATTTTCTTTTTTTACAGGAAAAAAAAAATATTGAGGTTACTTTTATACATAAGGGCAACGTGCTTTTTTAAGAGATCCGAAGGTGCAACTAATGACAAAGAATTATTAGGAAAGAAGGCGTAGGATTAAACCGCAGGAAGTTAGGGGAGGGCAGGCGGCCGAACCTGCCTGGACGACCTCCACCCTGACAAAGGAGGTTAAGACAAGAATGTGGACTGAATGCGGTGGGGATTACGGAGCCCTCCAGACGACGTTGAGCACCCCCACCCCCAATCTGACTGCAAATTCCAGAATGATTTTAAGCCGGAGTCTTTTTCTGCAGGCGAAGCAGGAACCCAGAGAAGTGGGACTCCCACAAAGCAATCTCTTCCCATTGCGTAGACAATAACATGGGCGACAGTGTTTGAACAGTGACCCGCTGACCCCGCTGACCAGGTGTAGACAGCCTCAAGTCCCAAATATTTGCATTGTCCCAATTTCCCATTTGCTTCGGATTTTAGTGCGCTTTCGCTCCACAGTACAGTCAATTAGCGATTACTTACCACCCGCATTTAGCGGGCTTGTTGGACAGCGGGAGAGTGCCCGGTACTGTGGAGGAAGAGGCCAGGACCAAGGGCAGCCGCTAGCAGTCCTGCCGGAGTGGACAATTAACTGGGATTAAGGGTACTTTCTGTTGCCTTAAAAAATGTCCTTTGAGACTCCGGTTTGGGGGACCGACGACGTGGTGACTATTTGGTGGGTCTCTCTAGCTGGGAAATGCGGACGCTCTTCTAAATTGAAGAGGTGGAGGGTGGGGAGGATTGGATGAAGGGACCTTGTGCTATTTCTTACAGTTAGGGAGATTTATCAAGAATAGAGCTGATGGGGAGGGAAGAGTGTGAAATGTTACTCACTTTGGGAAACCCAAGGTTAGAGAGACTCTGAAGCTGCGGTTTGCTGTGGCAGGCACAAGGCACATCTGCATGCATCTGGAGATGGCTTGATGGGCCCCCCATTTACCGCTGCAGTGATTTTCTGCCATTTCTTCCGTCCTGGAGTTAATATTAGCAACACCCATAATACAGACGTGTGCAGACAGAGCCTACCCTGGCTTGGTGGAAAGTGCCCTTTCCTCTTGGTTACTCCCCTCCCATCTTTCTTCTTCCACTCCTCCTATTCTTAGCAAAATCTTTGCAGGAACGTAGGATCAAGCTGAAATTCACAGCACAGTGGGTTCCTTAGAGGTGGTGTGCCAGCAACCTTTCAGGGTGGTGGGACCTGTCTCCTGCCCCTGGTACAGGATCAGCAGGATTGACAACCCAAGGTACCAGGTGTAGGAGCTGCAAGATGCTGGCTCCTGCCGCTGGCTCCAGCCGGCTGTTTGTGGCAGGGATAGAAATTAGCTGCAAATAGGTATGGGTGGTAAGCCTCACTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTGACCTTGGATTTTATAGGGGGCCCTCACCAAAATGGAGCATCTGTCAACCATTTTGAGGCAGTTGGTGGTGGTAGGTGGCCAGGTTGGCCTTAATTGGCAAAACTGAAATTGATTCTCCCTTGCAAAATGTATTTGGTTAATAACCGTGTTAGGGACAGACTGGAAGGCCATCCTGAGAGGTGAATTCCTGCTTCTGCAACTATTTTCCTAGGCGTTAAAAACAAGCAAACACCCACACTCCCTGCTATCTTCTCTGTCAGGCTGGATCTAGCCACAGATGTTTTACTGCAGTGCCTCGCCCCCAGATGCCCTTAAATCATAATTTGCTTTAATTATAATGCTGGGGGGTTAAGGGATTGGTTCTGGAGGACAGACAAATAGAGCAAAAACTTCACAGCCAAATTAATTGGAAGTTTCTTCTTATGAGGGAGAGGCTGCCAAACATATGGGATATTGCTACCGAATGTGACATCGGAAAAACACTGTGTGGAGATTTAGGAATGATTAGATGGGAGAGAGCAGAGCGTAGAGATGGGGATCTGTCTCCAGCCTCTCCCAGACAGCCTTGGATTGGCTTAGTGGGTTTTCCTGTTTTATTTACAGTCGCTGGAATATTTTATATACCAGCGAAGGACACTAATTCCATGTCAGTCCGTCTTCTGGAAGATTATCTTTTCTCTGCAAAGACATGTGACATTTGTGTGCTGTTTTGCTGCTGGACTCATATTAAAACAGCATGGGAATGACAGCTTTAAAACGGCAACATCTCTGGCGTCATGTTTAACCTACGATTTCATTAAAGAGCTAGGTTGCTTGTTTGAGTTTGTGTTGTTGTTGTTGTGTTTTTTTGAACTGTCCAAGCAGAAACAGAACAAAGGAGATTTTTCGAAAAGACCCCAGACTGTCAGGTGAACAGATAAGATCTGTTGGGGAAAGAGAACTAGAAAGAAATGGAAGGGAACCCGAGAGAAGGACACTGTCATTTCTGACACCAGCATTCCCTGACTCCCAATCATTAAGACATTGCTTGAAACAAACTACAGGGAAATTAAGAAATTAGATAATAAGACACTTGTAGGTGGACATATTTTAAATATGCAGAGAATATGGTTACTTTACATGTGATGCCAATTTTTAAATTGGGGTCCCTCCCCAACATTTCTGTGGCCTGGCCTTTGTCTCTGTGTCATCTACTTAGAGATATTATGATGTTCGGTTCATCTTTTCTCTTTGTTTTTAAATAATTTACATCATAACTCTATGCTCTAGTCATGCTGGCTTTTAGATTGTTTCTACTAGGTTATGAAAATCACTTACGATTTTATGACATTTTGGAAAGTTATACTAGTGTCTCTTGAAAACACACCAGAATAAATAGAAATGCTAAGAAGTCACTATAAATTGCCCAGTAAAAATGAACTCAATGTCTTTAGTAACATAGAGTCAGGAAGAAGGTGGGGAATGTCACAGACATCTAGTCACAATTTGTTTCATATGACTGAGTCCTGAGACGTAGGCTTTCCAGTTGTAAATTACTGGATGAATCAGCCCTCAGTCCTATAGGTCATAGCCATCAGGCAACTTACAAAAGAGTGAGTGATCAGAAAATAAAAGTCTACTGCCAGCAGTAATGGTAACGACTTTGAATTATTTAGTTTTGAAACAATTGTCCAGGCACAAGACTATAGTTTAATTTCAACATAGCCTTACATCTGACCTTTGGTAAGTCCTATCTTAGCTCGTGGGATGCTTTAGAACTGGTCACTCCGAGACTGAACCAATGAGCTTCCACAATATTATCTTCCCAAGCCCAGAATTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTTTTCCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGTTAGCGCTCTACCACTGAGCTAAACCCCCAGCCCCCCAAGCCCAGAATTTTAAAACAGGTTCCCTGCTTTGTTCTTAGGGAAAATCTCTGACATTGTTTTCTTCTTCTTCCATAGAAGGCAGGAATGGACATGTTTGAAAAAAGTGTGCTCCTGATATTTTAGTTGTGTATGAATTTCCTTCATATCCATTTTAAAAGTTGGTAAAGAAACTTAAATTTTAAAAATTGTGGGTTTTTTTTTTGAAACTTACATCAACAAATGACTTATTCATTTGAAGTCACCTGTAAGAGAACAGAGGAGAAAAGCCTCAGAGAGGCGTTTTTGGTGACATCAGTGGAAGCCATGACCTTCAGTCAGCCCCTATCCCCAATTCAGTCCCCAAGTGGTCTTCTTCAAATGGTGTCTGGGAATGAATGAATGAGCATGGAGCTTTAAAAGCACTTGACAGTGTTCAGAGGTCACCATAAGAGACATAGAGACCAGAATCACAGTTCTCATTTTGCAGGTGGGGCAGCTGGGTTCACTCCTTGGCAAGAACCGGTCAAACAGAGCCTGAGGAGTGTTGTGGGGTCTACAGACAGGGACCCATGCAAGCACTTCCACATAGCCCTTTCTTGAAAGCAGCTAGAAGAATTCACATTCTAGGTACCAGGTTGCTGAACTGTACTATGAAAAACTGAACTATATCCACCCAAAAGGCAGTTAAAAAGCAATGCCCCACAAAGCCTGCAAGTTCAGATTTTGCGAGATGTTAATCTGGCATCAGAGTAAGGACAAGTGGACATTATCGCCATTGGTATAAACAAACTTGCTTTAAAAACATCAGAGCCATGCGTCAGCATTGTGATCCCACTGGAAAGATTTGAAGCCATGATTCATTTACCCAGGAAGGTGCACTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTTTTTTTTTTTCTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGACCTTGCGCTTCCTAGGTAAGCGCTCTACCACTGGGCCAAATCCCCAACCTCGGAAGGTGCACTTTCTTAAGTACGTTTTAGAAGGCATTGCTGGGGGTGTGGTAGTCTCCTGAGTGATTTTTCCTCCTTTTACCCTGTTGACCTTCTCTGACCAAAGTGATAGAAAACACCATTTTTCAAAGAATTAAAATCGATCATGTAAACCCATGCCCTCTGAAATGTTTGCTGGTTCTTCTGGTTCCTCAAAAGCAGTTTCTGGGAAGTGAAAAACAAAAACCACACAGGTAGGGACTGAAAAGGTAAGCGCTCTACCACTGGGCCAAATCCCCAACCTCGGAAGGTGCACTTTCTTAAGTACGTTTTAGAAGGCATTGCTGGGGGTGTGGTAGTCTCCTGAGTGATTTTTCCTCCTTTTACCCTGTTGACCTTCTCTGACCAAAGTGATAGAAAACACCATTTTTCAAAGAATTAAAATCGATCATGTAAACCCATGCCCTCTGAAATGTTTGCTGGTTCTTCTGGTTCCTCAAAAGCAGTTTCTGGGAAGTGAAAAACAAAAACCACACAGGTAGGGACTGAAAATGGTCGGTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTNTGGCATGGGTGGCTTGATGTACCACAGATCACACCAGGCTTCATTCCCCAGCTTTCTGGAGCTGCTGATGGAGGAATTGGGGGCTTGAAAGAACAACCCACTCTCTGTTGGGTCACTGTGGAAACTAAGCCTCTCCTGGCTCTCCTGCAAAAACTTCAGGAGCTTTGAGGCCAGTCTTGTGAGTCTCTGAAGGCTCTTAGTGAAGAAATGGTTCCAGGGAAAACTCTACAGTCTTTTGGACATTTCAGGCCCCAAAGCTCCTCAGACCTTGTTCCATTCTCACCTGCAAATGCCAACGACCTCATCCTAAGGCGGAGTCTGCTAGACGTCTCCTTCCCACACAGAAGGGCGTCTTGAGTTTCCTTTGTCTTCCATTCTCTAGGAGATGGTTAGAAGGCGTGTGCATCTGGACCAGTTAGAAGTCAGGGAGTGGAGGAGTTTTGAGTATATCAGTGAAGCAAGGTATACTGTGGGAGATGGTGAAGTGTGAAGCAGGGTTTGTTTGTTTTGTTTTGTCCTCCACCCGCCCCCCCAGTACCTGGGGTTGAATTTGGAGGCTTGCTCTTGCCAGGCAAATGCTCTGCTACTGAGCTCCAGCTCCAGTCCTGACCCAGTCTTGATGCATCTCAAACACATAAACTCATTTTGTTGGTGACTGGCTGTGGATCACGCAGAAGGGAACTAATGGCTGGACAACGGTATTCCCTACTCAGCTCACGTGATCACGACCTGGCAATTACAGACAGGGGCTATCACTCCCATTTTAGGAAAACTGAGTTTCAAAGAAGTTTAGTAATTTGCTCACATCTGGGATCTGCATATGGGTCTGGCTCTAGTCTCTAAGCAACAGGGCAGACCTAAAGATTTGAAGGTCCAAACTTGAGACAGCTTTGAAAGCGTTCAAAATCACCCAGGAGTTTTGATCTCTCTCCCTTCTCCCTCCCTCTCCCTCTCTTCCTTTTCCTCTTCTCCCCCTCTCCCTTTCCCTCCTTCCCCCTCTCTCTGTGTATGTGTGTGTGTCCCTTTCCTGCTCTCCCTCCCCTCCAAAGAAGAAGAAAGAAGAGAGACGTTTCTACTCCCCTCCTGGTGGGTTTCTGTGGCACTCCAGTGCACTCTCCCGCCACCGCAGGCTGGACAGCTCCCTCAGTCAACAGTGCCTTTCTTTCTCCAAGCTTGACTGCAGACTTGGCTCTTTGCCAAATCGACAACGCCTTGGCCTGTGGATATGTGCATGTTTGTGTGCAAAACCGGTGGCCTGTTTGCACCGAGCTAGATTATATGTGTGTCTCTGAGTATTTGTGAACATGTGTGTGGGGGTGTGTGCATACTAAGTGTGCACCCTTTGGCTAGCGGCTCATCTCTCTTCTTGTCACTGCAAAACAGCAGTTTCAAGACCATCTCTGCCTTCATTTATCCTCTATAAAATGACAGAATCTAGCCAAATAATGTGTGTGTGTGTATGTTTGTTTATCTGTGGTTGTGTTTCTCTGTGTATGCATGCACATGTCTGTATATTGAGCCCCTGTGTGTGGCTGTATGTGGCTGTATGTGAGGAGGTCTGCATGGGCAATTAGCATGCCTATGTGTACATGCAGCTGGGCCTAACTTCATACTTGAGCAGTCTGCAGGACAGTGGTGTGTAGTGTTCAGAGCCACTGTTTCCTTCCTTGGCTACCCCAGAGTTTCAGCTGTCTTTCCAAGCCTGAGTTTCCTGTCTCTGCTTTAGCAGAGAAGAGTAACTCAATGTGCAGCTAGGATTAAAGCCTCCACTTGAGATGGAATTACTCCTCTTAACAGGGAATTGAACTTACAGATTAGAGTGTGTCTTTATTGACTCCGAAGGTCTTTCTACATTCCAGTCTCCAAAGGAGGACTTTGTGATCTCACTAAATATTGTCAGAAGTTGAGCTGACTGGAGACCTGGAAGGTCTCATGCCTCTAAAATGGTTACAGCTTTACTCTTGGTGGGAAAGTTATATGACTTCTGTCCTGGTTAGACTCTCCAAATCAAAAACTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAGCAATAATACGTCATTATACTAAAAAATATTGTAACTGTCTGAAAAATGTCTAGATAATTTTCATTTTTTTAACTCATCACATGGGGTTGTATATCTTAGAACGTGGGGTCTGAGTTCATAGGTCAGCACCTTCTGAGGGGAAGGGATGGGTCTGAAGTTGACAGGCCATCAAGAAGCCAGCACCTCCCAGCTGAAGTGCTCTCATGGGCGGGATCTTCCTGCTCCCAGCCCTCCCCTGAGTATTAGGCCTCCATCCCATGACATCCTAAATATGTGTCCTAAATATGTGTCTCAGAAATGTACATGTGCTCAAATGTTAGGTAGCACAGGGGTCTGCTTTCATTTTCTATCTAGAAAGGTAAGGTGGTGCTCAGTCCCCTTCAGCACTGGCCTGGGTCAGCCTGTCTTAAAGAGTACAGCCGTTTAGGCTCCGTTCTCATCCCCTCTGGATGCTCTGGTCACACTCTGACCCTCTAGCATCTCCTCATCTGTGAGTGAGGGTGACCCTTCCTGCTTCCCTGTGGGAATCTGAACTTAAAATGTCCCTGCTACAGTTCACAACAGGCCCTCCACACCCGGTTTTATTATTCTTCCTGGGCTTTGCAACTGTTTCTAACTTACTTTTACTTTAAAATTTCCCCCGGCTCTGTTTTTGTCATCTCTCTCGGTTGGTAGTAGAATGTATTTGGAAGGTTTTGTTTGTTTGTTTTTAACATAAAACATGTCTTTAGCCTATACATTTGTGTCAAACCCAGGGGTCTAGTTTGGTCCCCAGACATGCCCTGGCTACCCCTAGTTTCATGTCCCAGGCTGGCTAGCTGTGATGTCTCCTGGCTGCAGCCTGCAGCCTGCAGCCGGATCGCCTGGTAGCCTTTGGTGCTTCTCGCGGTGTGCTCTGCGCTCCCGCCCCGGCGCTGCTCCCTGCATACATTAGCCCTAATGTATTCTCTCCCGAATACCCATCATATTAAGTCTCTCGCTAGGTACCTTGCTCGAAATAAATTTTATGGCCATACATCCTCGCCCTCATCACATGCATTTGTAGCTTGGAGGAGAAATACAGTCATATCAAAGCAGTCGCACCGAGTAGACTAAACAATTGGGTAGGATTAGGCTGTGGTCCTGGAGCCAAGGGGGAGGCGGCTGCTTAGTCCAATTCTTCTACTCAGAATCCAGGACCAGGCTTGTTCGGTCCCACAAAGAACTCCCTTGTGAGCCATTGGGACTGAAGCATAACCAACTGCGTTCTCCTGGGGCGTTGGGGGTGGGGAGGGTGATGCCCAGCGGTGGCGGCAGGTGGTTGGCACAGCGGACAGTCGACTCGGCAGTCAAGTGGCCAAGGTGCTGTACTGTGACCGCCCCTCAGGATCCTTGTTCAGCTATCTCCCGTTCTGCATCTTTTGTCCTTGATTCACTTTGAGCTGGAAGGCTTCGGAGTTGTCTGCCTTTCCCTGACAGATATGTGGGTGCAGGCATCCCTGCTAACTTCCAACCTAACCCCTCACCTTCAGCGAGCGATGAAGGAGCCGCTGTCCCTTGCTGGAGGCTGGGCTTGACCTCTCTGTCCACCGCTGGGCTGTGCTCACGCGCAGTCTCTCCTGGACAGCGCTCTTCCCAAGCCTTTTCCCAGCAGCACGGCTGCCCTGCAGCCTCCCGCCCCTCCCCCACCCCGCCCACTGTGGCCCCAGATAGAGACCACAGGAGTGGCAGGCAGGTATGTCTCAAGCTTTTCTGGCTTGCCCTACGATCTGCGCTGGAGGGGAGGGAGCTGTATGAGAGACATGCCTATCAAGGTCCAGAGAGGTGAAGCCCACACACACACTGGCAGAACTTAGAACCGCTAACCCCCCTTGTAATCACAGAGAACCCTGATGGAGGAAGGCTGTGTATCCTGCCCTGCCCTGACTTTCCCCCACATGTCGATTCCTCCTGTAACTCTCGACAGTAAAGTGCCTGGCCACTCCCCCCTCCCTCACACCACTTCTATCCTGCTACTTACAAGTGACATCAACCTCAAGCATTATCTACTCCACCTCTCTCTACTCCACACGCCCCATCTCCACCACTCTCGTACATCTCACCCTCCCGCCTTCTCTCTCCTCCCTTTCTCTCTTCCCTCCTCTTTCTCTCTCACTTCTCTACTCATCGAGGCCATGTGAACGAGCCCCTCTCCCATGAGATGGCTCAGCACCTCATCGTCCACTCCACAGCTTGCGTCTGTGTCCATCGCACAACAGACAACTCTCTCTGGCCCGACCCCCCCCCCCACACACACACACCCCGTTTTCCAAGTGAAGAACTGAGGCAGAGTAGTCAGTCATCTGTTCAAGGTGCCAATGAAGAGCCAGAATTCAAACGCCCACAGTCTGGTACCCGGTGTCTTTCCCGTCTCTCTTGTTAAGTTGCTGTCATGAGGCATCAGAACTCCTCCATAAGTACTTACCAGTTTTTTTTAAAGATGTCTTTCTCACAGAGGAAAACTTACTTTGTTTGAGACAGGGCTCTGCCTAATCTGCTTTTTCCTTTTTACTTTCCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTCTGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGACCTTGCGCTTGCTAGGCAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCTAATCTGCTTTTTAAACCTCTTAATCCTTCTGATTAGGTTTCCCAAGTGCTGGGATAACAGGTGTGTGCTACATTCCTGGCTTGGGGGGAAAAAACATCTGTGAAGTAGAAAGAAAGAAAAAAAATCCTAGAATAAAAACTGATAATTAGCAAGTGTCCCACCTACATGCTGCTGCCTCAGTGCAGGAGTCAGGGAGCAGATCTGACTGGCAGATCTGATTTTCAGATGAATGCCGGTGGTTCTCAGGTTCCAAAAGGGACAGGGGAGGTTGGAGCCTAACTGGCTCCAAGGTAGCCACTTGGGTGTTACCCGGCTATTGATGTTTCAAACAAGTGTCCCGAGATTTAAGAAAGCTTTCTCTGAACATGGGTGTTTTTGAGATTTTTTTTTGACAGCATGCATTAGTTGTGCATAATAATGAGTCTCCTCGTGAGAGTTTCCTATGCATAGATGATATATTTTGATCACATTTGTTTGCCTCATAATCTCTCTAGTTCCCTGTCCCCCCCATCTTCCACCCCTTCACAGATAATCTTTTTCTATTCCAATCCGTTCTTTTCTTCTTTCCTTTCTTTCCTTCTGACAGGATGGCCTGTAACCCAGACTGGGGTCACATTTCCTATGTAACTCAGGCTGTCCTTGAATTCCTGATCCTTCTGCCCCCGTCTCCCAACAGCTGAAATGACAGGTCACCTGCGCCACGTCTGCTTTCAGACGTACGTTTTGTTAATTTATTTTATATGTATGAGTGTTTTGCCGGAATGCATGCCTGTGCACCATGTGCCTGGCTGTCCCCTGCAGGTGTCAGAGAGGGTATTAGATCTTCTGAAGCTGGAGTTAAGGACGGTTGTGAGCCACCACAGGCTGGAAACACAACTCCGTCCTCTGTGAGCCTTTAACTTGTGAGCCTTAGTTCCAGCTCCACCTTTAAAAAAAAAAAACTAGAATCTACTCAGATCTAATTTCAATATTTATAAATGAAATAAAAACTCTACGTGTAAATACACCTGCTCCCTGCCTTGCAACAGAGTCTCACTGTGTTGCTGCCTCTTTGGTGGTGGGATTAAAGGTATACGCCACCACACTCAGCTCCATTCTCTTTTATCTCTTAGATTTATTTTCTGTATATGTGTGTGTGTCTCTGTGTGTGTGTACATGTGTGCGGGTGCCCACTGAGGCCAGAAGAGGACATCAGATCTCCTGAGGCTATAGTCACGGTGGTTTGAGAGTCTCCTGATGGGTAGGTCCTGGGAATCAAACTTAGTTCCTCTGGAAGACGAGGAGGTGCTCCTACCTGCTCAGCTGCCTCTCCAGTACCACATCCTGTTTTCTTTATCTGTTCACCTGTTCATGGACACCCAGGCCAATCCCACAATGCCACTGTGGTGGAGAGTGCGGGGAGAACCATGGGTATGCAGGTGCCTGTGTGTGTGCTATCTGCCATTCCTTGGGACATATATTCAGGAATGGGGCAGCTAGGCAAATGCCTGGTTTCGTGTTTTGAGGCACAGCCGTGGGATTTTCCATAGCAGCTGCATTAATTCAGATTCCCTTCCACAGTGACTAAGGTTCTTTCCCCACCCACATCCTCCGCCTCTTTTGTTTTGTTGTTCCTTTCTTCTCTGTAGACGTTCTGCTGAGGGTGAGATGGAATCTCAGTGGCCACGCACATTTTTGATATGTTGGTTTTTTGCCCTCAGTGTTTTCCCCCAAGCTAACATTTTAAAATTAATACCTCGCTCTTGAGCATGACACGTGTGACACACGCAGCTCGCGATTCACGAGCTGTTCAGATTCGATGCTTTTTGTCAGCACTGCAGAGCACGGAGGAAACACAGAACCCTTCTGAGTGAATGCTGGGAGTGCGAGTCAGTGTGGAGTACATAACCTTGTGGAGCTGAACTCTGTGCCAGGCACCTGCTAATGATGAGGGAGAAAAAATTAGTTACAACAGATAAGGGAAAGTCATGGTTGTAGAAATTCATCCCTGTGAGTGCGTATCTGGGTAGGCAATGCTTGAACCTTTACCTGTTTAATCTTACTATCTGTTACATTCAGTTACACTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATCTGTGTGTAGGAGTATAGGGAAAAATATCCAAAGATACTAGCACATTTGTCCATCCAGCTGTGGGAACCTGGTCATTTTACAGAAATAGTGGTCTAAGATATTATCGAACCTCAGGCAGATCCCTTGATGGAATTGTCTGGAAAAAAAAAAAACAGCAGCAGGAAGTCACAGAGGGAAAGGACAGGGCAGTGGTTAGAGTTCGGTTGCAGGCTACAGACCCCACTCTCGTTATGGTAGTGGACAGTGGTCCATTGCCAGGTGCTGAGTGACTTTCAACTCAGAGGTGACACCGTAATGCTGAGCATCCAGAGACAGTCCTTTCCCTCTAGAATGTCATTGCCTTGGCCGTGATTGGTCAGGGTACTTCGACCACAGCCCTTCTTTGCCTCTACTGAGACCCACACTAGTATGATACAAGCCTGTTCCTCAGCTGTCATCCGGTCAACCCAGTTCTGAATTAAAGTTCCTTTCAGGTTGGTGGACTTCAATCAAAGCATAAACCGGGAATGGGGAAAGTGGTTCAGTTGTAGAGTACTTGCCTAGTGTGTGTGAGACCCTGGATTCTATCCCTGTCACTTCAGAACCCAAACTGGCAGGGAGTCTGGAAAACCAACATATAACTTTCCTGTGTGAACTATAGAAGCAAACGTCACCAGGGTCATACTACTTGAGTCACTGAATGTCTTTCAGCTCAGGAAGATACTGAGATTCCTTTGAGTACCCTCAGGCCTGGACGTTGGCTTAACCCCACTCCTGATAGCATTTGCTTCTCGGACCAGATGGCCTTCATCCATGCCTAGATGCTTCGCTTTGGGATGATGCCTTAATACAACTTCTACCCATTATTGAAAATGTGGCAGCCTGGGGTGGGTGCACCCACTTCAGGGTTTGGTCTGGCTATGAAAGGCTCATACTCTGCCTCTCTTTTCTCTCCATAG
Seq C2 exon
AGATTCCCCAGTGCGCCGGTTGCAACCAGCACATCCTGGATAAGTTCATCCTGAAGGTCCTGGACAGACACTGGCACAGCTCCTGCCTCAAGTGTGCAGACTGCCAGATGCAGCTAGCTGACAGGTGCTTCTCCAGGGCCGGGAGTGTCTACTGCAAAGAAGATTTTTTCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000003595:ENSRNOT00000067253:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0041217=LIM=PU(94.6=91.4),PF036609=PHF5=PU(26.2=37.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]