RnoINT0111294 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000034228 | Pik3c2g
Description
phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase, catalytic subunit type 2 gamma [Source:RGD Symbol;Acc:620231]
Coordinates
chr4:173820437-173830267:+
Coord C1 exon
chr4:173820437-173820559
Coord A exon
chr4:173820560-173830233
Coord C2 exon
chr4:173830234-173830267
Length
9674 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAT
5' ss Score
8.76
3' ss Seq
TATTTCCTCCCACTTTTTAGAAT
3' ss Score
8.66
Exon sequences
Seq C1 exon
CCACATGGGAATGACATTATTGAAGATGTTAGAAACATATGCAGTGTTCTGGGGTGTATTGAAACCAAACAAGTTTCAGATGCAGTAAAAGAACTAACTCTAATTCTGCAGAGACCATCACAG
Seq A exon
GTAAATATATTCCGCTGTTGCAGCATAATTAAGTTTGCACTCAACAATCAATTAAAGATGATGGAAAGTTTTCTGACGAAATTGTACATTGGCATGCACATGTGTGTTTGTATGTGAGCACACAAGTATATTTCAGTTGTTCAAAAGTATGGGTGGCCTGATTGTATTATACCAAAGAGATTCAAATTAAGTTAAAAGGAAGTTTCTAACACTCTGACACTCAAGAAATTTCGTGACTTTCCCTCAAAATTTCCAAGTGCAGAGTCCTCTGGTATGTGGGAATGTATACATGCACAGCATTTCAGCAGGTGTGTGTACAGGCTGGTGATGGTGGCCTTGTGCCTAGGTACATAATAATCAGGCTGTGCAGCTTGAGGGCCATAGACTGCATATGTGCTTTTCCAGAGAATGTGAGGTAGACACTGTCACAGTGCGCTCTGGGGAAAATCTCTGGATCCTGAACCATTTCCCACTTTGAAAGTTTTGGGAAAAAATGGGGCATCATACAAGATTTTAACTTGAGAAAAAAAATGAAATTTCCAGTGTGAATGCTGATCAAAAATGATACTTATGAAATCTGTTCACAACCTGTCTGTTACTTTAGCAAATGAGTAGAGGTATAACAGTAACAATGGTGGCAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAGCAACAACAGCAGTAATATGGTAGCCCCTCTTCAGAGGCATAATAACAGATACCAGGTATCAGTGTCACTTGACATAGATTTGCCCATGATAAGGTTCAGTTTACAAAGTAGATACATAAAACACTAATAAAAATGATAAAATATAGCAATATAATACTAGGCTATAACATATAGCACATTTGTCAGAATCATTATTGTTTCTCTTTGAGGTCATTAAGTCAACTATGGTCACTAGAACACAAATACTCCAAACCATGACAACTGATCTGGTAATTCAGATGTTACTAAGTGATGGTGGATGAGTAGCACATACTGAGTGGATACAGGAGACAAAGGAATGATCTGGCCCTAGGCAGTGAGGAGTTGGACAAGCAGGACTCCTATTATACTATTCAGAATGATGCTCAACCTAAAAAGTTATGAAAATGTTTATTTCTGAAATATTCAACTTACTACATGTACCAGGTCCTTGAAACCATGACAGAGGAACTATTATAATTAACACTTAATACATATTACTCATTTAATATAATTTTATTTCACTTCAACCCTTTATCATTACAATGCCATGAATTTAGTATAAGCATGTTTGTTTTATTATTCAAATTTGCTGCACATGGTATTTAGGGACAGAGGATTAGTGCACGAATACATGAATTCCTTATCTGCATGGAAAGACCAACAAAGATTATATTCCTTTTAAATACATTAGTCTAGAAATTCTCAAAAGATTGATTTCAAATATACATAATCACTTTTTACTGAATGTGTAAATAATTATGCTGGCTTCTTATTGCTGCTGACACCAGAGCGACTATGCAAAGTCAGTAATTAAATTCATGGCTACGTCTTGTTTTAATCAGAAGTTGTTTTATGATTAAACAATGGGAACAAATAGTTTATTTGCATACTGTGAACAGTGAGGATGACAATACTAAGTTGTCCCAGACACAGATCACCAAATATGCTAAAAAATAAACATTAGCTAAAAGAACTAATCAGCTAAATCAATAATCCCCACCCACATTTAATGTTTAAGAATGACTTGTATTTGTTTCCTTGAATTTTTCTTAGTGACAGAAGAATAAGTTTTTGTTAACTTTACCACTATTGAGTTACTTTGCTGTGTCTGTGCTGGACTATATAACAAAAGCTCCGTAAGGAGAGCAGTGTGAACTGGGGATTACAACCCAAAGAACAGTCCACCAGTGCAGTGTGAGGAGCAGGCCATCAGTGCAGTGTGAAGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAAGAGTCTACCAGTGCAGTGTGAAGAACAGTCCACCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCACCAGTGCAGTGTGAAGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAAGAGTCCACCAGTGCAGTGTGGGGAATAGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCACCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCACCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAAGAGTCCACCAGTGCAGTGTGAAGAACAGTCCACCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAAGTACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAAGAGTCCACCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCACCAGTGCAGTGTGAAGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAAGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCACCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCACCAGTGCAGTGTGAGGAAGAGTCTACCAGTGCAGTGTGAAGAACAGTCCACCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAAAAGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCACCAGTGCAGTGTGAAGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAAGAGTCCACCAGTGCAGTGTGGGGAATAGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCACCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAAGTACAGTCCATCAGAGCAGTGTGAGGAAGAGTCCACCAGTGCAGTGTGAAGAACAGTCCACCAGTGCAGTGTGGGGAATAGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAAGTACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAAGAACAGTCTATCAGTGCAGTGTGAAGAACAGTCCACCAGTGCAGTGTGAAGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAAGAATCCATCAGTGCAGTGTGAAGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAAGAACAGTCCACCAGTGCAGTGTGAAGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTAAGGAAGAGTCCACCGGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAAGTATAGTCCATCAGTGCATTGTGAAGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAAGTACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAAGAACTGTCCATCAGTGCATTGTGAGGAACTGTCCATCAGTGCAGTGTGAGGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAAGAACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAAGTACAGTCCATCAGTGCAGTGTGAAGAACTGTCCATCAGTGCATTGTGAGGAACTGTCCATCAGTGCAGTGTGAAAACCAGTGAGTTCATCAGTGCAGAAAAATTGAGGCATCCAATAGCTGACCACGTTGCCTTTGAAGTCAGGGAGCTCAAGGAATGCATGTTGTTGCTCAGCCCCCCCCTCTCTATTCACATAATCCTGGATCCCAGCCAGAGAATGCAAGCATCTGAAGCAGACTTCTCACTTCAGTTACTGCAATCAAGATAACCCTAGTGCTCAAAGGCCAGAGTTCCCTAGATTATCCTTCATAGCAATACCCACAGCCTTGTCTCTGGATTGTCTGAAGAAGAGCCACCACTAACTACCACATACCCCCAGTATAGAAGCAAATGAAATAACTATGTAGTCTCTACACCTTGTTTTGTATAAATATTAAGATCTATGAATTTCCTAGATGACAATTGGGTGAGAAATACGTTGGGTCCACAATTAATTTGAGTGTATTAGTCACTCTTTGCCAGGACAAAACCAAACAATGTTATGAAAAGCATGCCACCTACATGTTCTGAAAATAAATAGTTCTACAAACTTGATAATTAAAAGTTTCTTCACTTCCACTAAATGGAGTCAATCCAGAAATCAAGGCAGTGAGAATTAGCTCCCAATGCATAACTTGTGTCCTTTTGGTCATTACCTCTTGGAAATGTTGCAAGTACCTAGAGCTACAAGCGAATGCTGTAATGTTTCAGTGCTGCAAATGAGACTAGGTTGCTATTGAGATGCTAATCCCTACATGAATCCAATGGTGGTAAATTAAACCATCCTCGTTTTCAATGGTGAACTTAGATCAGAGTCAAGTTACCATCTGGTAATTGGGATTATTCTTGTGGTAGCTTTGAATCTTCCTCCCAAGGACAGCATGGAGGCATTAGGTACCACAAACCCCATCTCTGCCCTCCCCTCATCTCATGGTCAACATAGACTTCTGTCACAGCAGAGTATATATAGGAGTGTGGGTGTATGTCCTCTCTTCTGTGGAGACCGTTAGGCTGGATCTCAACTTTTACATCCTACTGGATCAGTAGAAACAAGTAATAGGGCAAAGAGAGAGGAAAAAATCCCTTTTCGGTGAAGAAGAACTTCACGTGATATTAACATTCTCTGAGGAATAAAAGGTCTGATCTCCCAAAGAGTTTTTCTCCAAGATACCCAAATTCTCAGATCTGAAGCCAAAACAACCTTTTACAGAAAAATCACCTATTTTCTAGGAACAACATGGGGGATTATGCTCAAGAAAAGCTTAGATTTACACAATACACACCTTGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTGGCCAGCATCTGCTGTCACCTGAGGGTTTTTTTTTTTTGGTTTTTTTGGTTTTTTTTTTATTAACTTGAGTATTTCTTATATACATTTCGAGTGTTATTCCCTTTCCCAGTTTCCGGGCAAACATCCCCCTCCCATCTTCACTTACTTAAGAGGGTACCTATGATTCCAGCTGAAAAGAATAAAAATTTATGCATATTTATGCTTAAAAACACAAGGTGTAATGGAATAGAATTGAAGACCCAGAAATGAACCCACACACCTATGGTCACTTGATTTTTGACAAAGGAGCCAAAACCATCCAATGGAAAAAAGATAGCATTTTCAGCAAATGGTGCTGGTTCAACTGGAGGTCAACATGTAGAAGAATGCAGATCGATCCATGCTTATCACCCTGTACAAAGCTTAATTCCAAGTGGATCAAGGACCTCCACATCAAACCAGACACACTCAAACTAATAGAAGAAAAACTAGGGAAGCATCTGGAACACATGGGCACTGGAAAAAATTTCCTGAACAAAACACCAATGGCTTACGCTCTAAGATCAAGAATTGACAAATGGGATCTCATAAAACTGCAAAGCTTCTATAAGGCAAAGGACACTGTGGTTAGGACAAAACGGCAACCAACAGATTGGGAAAAGATCTTTACCAATCCTACAACAGATAGAGGCCTTATATCCAAAATATACAAAGAACTCAAGAAGTTAGACCGCAGGGAAACAAATAACCCTATTAAAAAATGGGGTTCAGCCCACACCGGCGGATCCCGGACCGCAGCATCTCTCTGCTCCCAAACCCCGCGGGAGAGAGACCTCACCGCCTGATCAGGTGGGCACTCCTGATGCTGCAGAGTGGAAGATACCACCATCACTGCCCACCCCTGCCCACATCCCTGGCCCAAGATGCAACTGTATAATGCCTCTGGGTTCCCGTAAGGGAAGGCCCGGGAGCGGCAGGACCCCTGCGCCTGATACACTGCCGGAACCTGAAGGAAACAGACCGGATAAACAGTTCTCTGCACCCAAATCCCGTGGGAGGGAGAGCTGAACCTTCATAGAGGCGGACACGCCTGGGAAACCAGAAGATACTGCACTCTGTGCACAACCAGGCGCCAGAGGAAAACACCAAACGCCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCCCCCATTGCCACCCTCCCCCCCACAGTCTAGTTCACTGGGGGTTCAGTCTTAGCAGGACCCAGGGCTTCCCCTTCCACTGATGATCTTACTAGGATATTCAATGCTACCCATGAGGTCAGAGTCCAGGGTCAGTCCATGTATAGTCTTTAGGTAGTGGCTTAGTCCCTGGAAGCTCTGGTTGCTTGGCATTGTTGTACATATGGGGTCTCGAGCCCCTTCAAGCTCTTCCAGTTCTTTCTCTGATTCCTTCAACGGGGGTCCTATTCTCAGTTCAGTGGTTTGCTGCTGGCATTCGCCTCTGTATTTGCTGTATTCTGGCTGTGTCTCTCAGGAGCGATCTACGTCCAGCTCCTGTCGGCCTGCACTTCTTTGCTTCATCCATCTCGTCTAATTGGATGGCTGTATATGTATGGGCCACATGTGGGGCAGGCTCTGAATGGGTGTTCCTTCAGTCTCTGTTTTAATCTTTGCCTCTCCCTTCCCTGCCAAGGGTATTCTTTTTCCTCATTTAAAGAAGGAGTGAAGCATTCACATTTTGATCATCCGTCTTGAGTTTCGTTTGTTCTAGGGATCTAGGGTAATTCAAGCATTTGGGCTAATAGCCACTTATCAATGAGTGCATACCATGTATGTCTTTCTGTGATTGGGTTAGCTCACTCAGGATGATATTTTCCAGTTCCAACCATTTGCCTACGAATTTCATAAACTCGTTGTTTTTGATAGCTGAGTAATATTCCATTGTGTAGATGTACCACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTTGAAGGGCATCTGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCGATGAACATAGTGGAGCACGTGTCTCTTTTATATGTTGAGGCATCTTTTGGGTATATGCCCAAGAGAGGTATAGCTGGATCTTCAGGCAGTTCAATGTCCAATTTTCTGAGGAACCTCCAGACTGATTTCCAGAATGGTTTTACCAGTCTGCAATCCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCGCCAGCATCTGCTGTCACCTGAGTTTTTGATCTTAGCCATTGTCACTGGTGTGAGGTGAAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTTATGACTAAAGATGTTGAACATTTCTTTAGGTGTTTCTCAGCCATTCGGCATTCCTCAGCTGTGAATTCTTTGTTTAGCTCTGAACCCCATTTTTAATAGGGTTATTTGTTTCCCTGCGGTCTAACTTCTTGAGTTCTTTGTATATTTTGGATATAAGGCCTCTCTCTGTTGTAGGATTGGTAAAGATCTTTTCCCAATCTGTTGGTTGCCGTTTTGTCCTAACCACAGTGTCCTTTGCCTTACAGAAGCTTTGCAGTTTTATGAGATTCCATTTGTCGATTCTTGATCTTAGAGCGTAAGCCATTGGTGTTTTGTTCAGGAAATTTTTTCCAGTGCCCATGTGTTCCAGATGCTTCCCTAGTTTTTCTTCTATTAGTTTGAGTGTGTCTGGTTTGATGTGGAGGTCCTTGATCCACTTGGAATTAAGCTTTGTACAGGGTGATAAGCATGGATCGATCTGCATTCTTCTACATGTTGACCTCCAGTTGAACCAGCACCATTTGCTGAAAATGCTATCTTTTTTCCATTGGATGGTTTTGGCTCCTTTGTCAAAAATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTTCATTTCTGGGTCTTCAATTCTATTCCATTACACCTTGTGTTTTTAAGCATAAATATGCATAAATTTTTATTCTTTTCAGCTGGAATCATAGGTAGCCTCTAATTATGATGAAGATAATGATGTTCCTGGAGAGAACTGAGGATTGAGAATTTTACTTTATTTAAAGTGCTTCATTAATAAATAGTTTACTCATCTCTGTCCCAACCCCAAGATCCTAGTTATTTTTTTTTTTACAGATTTTAAAGTTCACTGCTTCCAGGCTGTGTTCCCTAATCCTGCCCACTGGTTTTCATCCAATCTTAGTTGTGAGCTTACATATAGAAGAATGTTGGCACAAAACACTAAATACATTTTTGCAGGATTTGTGCAGTAACCAATTACCATTAAAAAGTCAACAAAGCCAATCTGCCTACCCACTATGATCTAAGATAACAAACACGGAGGGGTCCAAGTCTCTGCCAGCTACTCTCAAATTGAGATGCTTTGCTTTTTCCTTGGCTGCATTTTCGGTCATCATGCAAGACACTATCTCCTGCCATGTAGGGAAGTAATTAAGTATCTAATAAATGAGAGTTTGGCAAAGTGAAGAATTAAATCATAACTATAAGTCTACATTCCTACTTAGTATCGAAAGCAATCTTTAGCCTTCAAGTTATAATTCAGAAACTCACTTAATATAGTTTTATAAACTACTCCAGAAATCTGAAGCACAGGGTGGAAATTATGTTCTTTCCTATTGTGCTGTAGGTGGGTGTCATGGTGATTTTTTAATACATGTCTACATCCCCGAATAAGTCAAATTCTAGTCAAACCAGGCTCACCACTCAAGTAGTCTGTCCCACCTGGACAGAATGAAGGTATCATCTGGAGTTATTGGGACTACTTGACGCTACATTGTTGTGGAATAATTACCTAACACGAGTGCTTCTGAGACTCATAGGATGGCATTTTGAATCAAAAGGTTTCATTCAAACTTAATTATATTTTACCATAGGAAATGTTTCCTCTCTAAAGGGATCCTATGGAAGTTCTTTGATATAAGGGAACAGCTACTCTCTGTATTATTTGCTTAATAAATGTGCTGTTTAGTTAACTTCCTTAGAAACAAAATTTAGTATTTTTAATCAAAGAAAAAAATGACTTGGATGGAAATTCACTCTTGTGGTCAGGCTGCCAAAAGAGCTGGGGCTGGAGAATATCAGGAGTCCAGGAATTTTAGACAACAATGGTCAATGTATCAAGAGCCCATATGTAACATAAAATTATTTTTCAGTCTTTCGAAATTTCTGTCAGTTAGAATGTATCTCATAAGGAACTTGAACTTTCCTTTCCACTAACGATTATTTTTAGTGACCACGTGTAGTTTTCATGGTAATGAACTCAGACCCAGAAAGCCCCAGGCCAGTTGAGGAATTCCACATTTCTGAGAAAGACATACATATAGTCACCCTGTTATGGACGTGATTACAAATGACAAGGGGAAGAGTGCAAACAGTAATGCTCTGATTGTGCTTTTGATCTGTGATTTGACTTCATGTATTTTCCTCAGTGTTCAACTATAAGTTAATTAATACTCTAAAAGCAGAGAAAAATAAAACCACGAAGAGAATCTATATAGTTCTTTACCCACTTCATCCAGACCTCTTTAGGATGTTCCTCAAAGCTTGTGTCTGATTATCTGCTAATAACAAGCGATAGGCAGTGAACAATGAGAATTTGAAATGCACTCATCACAGAAGATTGGTTCCTGTCATGCCAGAGAGACAGAGCTTGACAAGGTCTGCACGGTGCTTTAATAATGAAAGGCTCAGCCGATTTGAGCAACGTCTTTTTAAAATCTCTAATAACCAACATTGCTTACTGCAATATCCAGAAGGATTTCTTATTATACTGTATGGATTTCCAGTGTTTAATATGCGACACAGATAAATAAACCAAGAGACACTTACATTACTCTCTCATCCCAGAGAGAGTATCATATATTGATTTTTTTGGATATTACTACTTTGATTATTTCTGGATTAGTAACACAAATGCTTCTCTTTTATTTCCTCCCACTTTTTAG
Seq C2 exon
AATTTTCATCAGAATTCAGAGACTTCAAAAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000034228:ENSRNOT00000041499:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.073 A=NA C2=0.083
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]