HsaINT0125007 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000139144 | PIK3C2G
Description
phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase catalytic subunit type 2 gamma [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8973]
Coordinates
chr12:18338426-18343360:+
Coord C1 exon
chr12:18338426-18338548
Coord A exon
chr12:18338549-18343326
Coord C2 exon
chr12:18343327-18343360
Length
4778 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
AATTTTACATTTTTTTTCAGAAT
3' ss Score
8.7
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAAACGTGTATAATATTATTGAAGAAGTTAAAAAAATATGCAGTGTTCTAGGGTGTGTGGAAACCAAACAAATTACAGATGCAGTAAATGAACTAAGTCTAATTCTTCAGAGAAAAGGAGAG
Seq A exon
GTAAGTACATTCATTTATTACACAGTAGTTTTAAACCTGAGTTCAATACTTAATTAAGGAGAGTGAAAGACTTTTTACTAACAACTATATTTCCGTGTGTATGTTTGTGTGTATCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGCAGCCAAACAGTATATTTCAATTGTTTGGGGGTATTGGCAGCTTGAGTCTATTATGCCAAATAGATCTGATTAAACTATAAGAACACTGATTACACCTTTGAAGTTTGTAACCACCTTATAACTTCAGGTGATATTGTAATCAATCCTACAATCCTACCTAAATGAACGTAATTATATAATAATCACATGTAAGTGTTTGTATAGATTGTTAATGGTTCTCATGTATACGAGTGTATACAGGCATTAAGTGTCATGTTTGTATGGATAAGCATATTTATAAAAAAGAAAAAATCAATTTTTGTGGTATCTTTTGCGAATTTTGCAGTGCACACTGCCTCCATGATTTCTGTGTGACTTTCTATGGATCCCACATCATGATTTGGTGGGCTTAAAAAATGGGCATTATGTGATTTTCTTTTGAATTCTCAGAAATCTGATGTAGACCTGTAAGTGATTATTTTCCAAGAAAAATATTACGACATCTGGTTACAATAAATTCATTTATCTTATTATTAGTTTAGCAAATGATAAAGCAGAAAGATATGATGATAATAACTAGCATTTGCTAGTCCATTGTAATGTATAAAATAGTTTGACATATGCATTACCTCACTGAATTTAATTTTTATTTTATCTCAATAGATGCTCACAGCAATGTCATAAAGTTGGTATTTTAATGTTCATTTCACTATGAAAACTCAACACTTACAGTGTGTGTGTGTACAGAGAATTAATAAGTGGCAAAATACAGATTTGAACCTAGGCCTCTACACACATTACAGTGTATGTGAAACTTTCTAAGATAGAGTGAATACATACATTCTCTATCTGCATGGTAAAGAACAAGAGAAATTCTACTACTTTTGAATATGCCAATCTTGAAATTTTCAAAAGACTGATTTACAATGTAGATAATCATATTACCAAACAGAAATAGTCATGCTTACTGCTTATTGTTTCAAATAGATAAGTGGGTATGAAAATTCAGTAGTTTCTTAATGTTGGGCTTTCTAGATCTTATTTAATCCAAAGTTTTGTGTGATTAGACAGTAAAAAAATGAATATAGAAATTTAAATACGTTCTTTACATGAACAATGACAATGAAGATTTTGATGAGTCATGGAGGTATACCACAAAAATATTTTAAGGATAAACATTGCTGAAAAGCTAAAATGCAAAGCACTAAAGAAATCAAAATTTAAATAATGTAAACAATAAATCCAGAAATTAAATATCAAAGACAGATTTGTGTTTATTTCCCTAAATTTTTCTTAATAAGGAAACACCTTCTCTTTTACTTTCCAATTATAGAAGGAAATGGAATAACTATGTAGTCTCCAAAACTGTTTTTATATGTAGCTATTAAGACCTAGTGCCTTTACAAATAACAACAAGGTAAAACAATCTAATTTGATCATATATAATATAATCATATTTTTCTATTCTGCTTCAGAGTGAAAAAAATATACTACAGCAGGGTGTTCAATCTTTTGGCTTCCCTGGGCCATGTTGGAAGAATTGTCTTGGGCCACACATAAAATACACTAACGCTAACAATAGCTGATAGGCTAAAAAAAAAAAATCTCATAATGTTTTAAGGAAGTTTACATATTTGTGATATTTGTGTTGGGCCACATTCAATGTCATCCTCGGCCACATGTGGCCCACAGGCCGCAGGTTGGACAAGCTTGTATCAGAGTCTTAAAAAGCATTTCACCAGTATGTTTTGAAAACAACTATTTTGATGAGCTTATAAACTTGGCAATTATATGATGCTGAAAAAGGGCTTTCTAATTGGTGATGTTAAGTCAGTATAACAAGGTAGTGAGAATTAACTTTGAACAAGCAGTTATTACTCTTAAATTGTCACATTTTAGAAACATTACAAGCTCCAAGAGCTGATAAAATACATGAGATAAGATAATGCAGATACTAAGATCTACCAGTTTCTATCTAAACATCCTGTGGAAAACTAATTCACTTTTTGGAGTTTTAATTTTCCTCATGTTTAAAACAGAAAAATAAAATAATTTCCTGAGTTCTTGTGAGTATGGGAAACAATGTTAATAAAGGGCCCTGATGACAGTGTAGCTTAAATGAGATCATTGCTGTTAATGGAGGTATTAAGGATGGTGCTGGTGCTAGTTCTGGAGAATCTTTCCCACAACGCCAATATGAAGGCTTTAATTCACACAAGCACCAGGAAGGTTGGCCCTTGTCACCTCATGGCCATCGATTACAGCCAGCCTCCTGACAAATATGAACCACTGCCAGAGGAGGAAACCAGATGTGTGGATGTCGACACGTCTTCCCATCTGTTAAGACTATTTGGTTATTCTTCGACTTTTATGTCCAGTTCTTAACGAATTGGCAAACAACTGACCAAACAACGAGGAAAATATAATTTTAGGATGAAGTATTTCAAAGGATGTTAAAGTATTGCTGGTTATAAAAAGTTTTATCTTCAAAACACTCATTTTCTGAAACTCCTTAAGAGAATAAAAATGACAATTTTCAGAAATATCAAACTTACAATATTTGAAGCTAAAAGAATTCTTCACAAAGGAATTGGGTATTTCATAGGAAAGCCATAAACAATTATAATACTCAAGAAAAACTCATCTTCACATTTCACTTTCCTTATGTACTAGTATAAACACAAAATTTTGTGTGATATTTCTTTGAAACTTTTAAACTCGTAATGTCTAAATATTTATCCTATATTTTGATAAGACTAAAATGATTTTCATGCATAGAAATTAAAAAAGGAGTTGAAAATAAGGAGTTTATTTAATATATGTCAATAGACAAAATAGTTCAATATTCTGTAAAAACTGGGTCCCACTTATTTTGAGCAGACTGCTGAAAGCTCATTTATTCTACATCAGTTGCATTTATACTTTTGTTCATCTCTTTTTCCATCCCATTTTAAATGTGAGCCCACCTATGTAAGAGTACTGGCACACATAGTAAGTACATTTTACAGAATTTGTGCAGTAACCAGCTACAGTTAACAATGCCAAAGCAGTCTATCCACCCACCATGAACTTAAGATTGAAGAAATGACAAATACAGGTCTTCTGCCAACAAACTGTGAAATTTAAGAAGCTTTTCTTTTTCTTGGCTGCATTTTTGGTCAACATGCAAAGGACTATTTCCTGCCATACAGGGAAGTCCTTAGGTGTTTATTAAATGTAAGTTTTGGCAAGATGAAGAATTATATGACAAACATACTTGTACTCTATTTTATTCTCTGACCCAGCACTGGAAACAATTTGCATCCTTCAAATTATATTCCAGAACTCACATAATTTAATTTCCATTAAATGCTTACATAATAGGCGAACCACGAAGTGAAAATATGGTCTTGCACATCATGGTGTAGGTGGATGTCACGGTGATTTTCTAATACAAGTTTATATTTCTAAATAAATTGAATTTTAGTTAAATCAGTCTAACATTTTTAATAGTCTCACCCACATAGATAGAGTGGGGATCTTATATGTAGTTGTTAAGAGTAGCAACTGATACTATACTCTAATGAAATATTTTGCCTAATAGAAATGCTTCTGAAAAGGTTCATGCAAATGATGCTTTTAATTAAAAAGTTGCATATAAATGTAATGACATTTTAAACATGATCAAAATGTTCTCTCTCTAAAGGAATACTGTAACAATTTTTTTGTTACGGAAAAACAATTATTCTCTAATTTATTTGTTTGAGAAACCTGGCTTTTAACTAATTGTATTTCCTTAAATGCAAGACTTGAAATTTTATTTTTTTATTTTTACTTTTTTAAATTTTGAGTTTATAAATTTAAAAAATTTTAATGTTAATTAAAATGGATCTTATTAAAAATTGTATTTCCTTTTGGGCTGAAACCATTTTTTAGGATGTCTATAAATCACCTTATACAGTTTTCATGATAGTTTAGTTACAACCAGCAAATCCTAAGCCACCAAAGTAATTCTAGGCTTCTAACAAGGATAAAAATAAATAAATAAGGAAGGCCACCACACTAATGGACATGAATTTAAAGAATAATGAAAATGAAAACCAAAAAAATAGGATTTCAGATTGTATTTTTTATTTAAGATATGACTCAAGATATTTTATTTTTTCAAGTGTTAGACTATCAGATTTTTAAAAATTCCCTAAGAAGAAAAAAAGAAAGAAAACTATTTAGTGAATCTGTACTGATTTTGTCCACTTCAATTCAGTCTTGTTTTTGGTGCTGTCCAAAGCTTGCTGAATAACTGCTAGGAATAAGAGCTGGACACGGCATACAGAGAGAATTAGAAATGCACTTTTATCAAAAAATCAGTCACTGTTATGTAAGGAGGATTGAGCTTAGACAATCTGTTGTGGTAATTTCTTTTTAAAAAAATACATAACCTACATTGCTTATTACAATATTTAGAAAGTTTTTATTTCATCATACAATTTAAATTCATCCTGTTTAATAAGCAAATTGATATATGATGCCAAGAAATATTTTGTTGTTTTACCATGACAAAGAAATTATAATGTTTAGATTTTGGACATTACTATTTGACTATTTTGTGAATTTGTTGTGCGAATAACAAGTATAATTTTACATTTTTTTTCAG
Seq C2 exon
AATTTTTATCAAAGTTCAGAGACTTCAGCAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000139144:ENST00000433979:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development