RnoINT0112993 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000049866 | Plcxd1
Description
phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain containing 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1560935]
Coordinates
chr12:52642266-52676608:-
Coord C1 exon
chr12:52676474-52676608
Coord A exon
chr12:52642422-52676473
Coord C2 exon
chr12:52642266-52642421
Length
34052 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGTCCGGGC
5' ss Score
-20.47
3' ss Seq
GGCCCGCCCCGCCTCCCCAGGAC
3' ss Score
8.95
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGACCCTGGACGTGACGCGGCAGCTGGATGCAGGTGTGAGGTACCTGGACCTGCGGATCGCGCATGCGCCGGGGGGCTCCGCACGGAACCTGTGCTTTGTGCACATGATGTACACGAAGGCGCTGGTGGAGGT
Seq A exon
CCGGGCCGAAGTGGGGGTGGGGGTGGCGGTGGGCGGGGCACTGGTTGGTAGGGGAGGAAGCATGGAGGGTGGGAGGGGTCCGGGTGGACACCGGTCCCGCCCGGCTCAGTCCGTGGTGACCCCACCCCTGACCCGGCCCGCCCCGCCTCCCCAGGACACCCTCACCGAGATAGCCGAGTGGCTGCAGCTGCACCCGCGCGAGGTGGTCATCGTGGCCTGCAGGGACTTCGAGGGGATGACGCGCGAGATGCACGACTACCTCGTGGGCTGCATCGTGAACATTTTCGGGGACACGCTGTGTCCCAGCGGGGTGAGGAGGCGGGGCCTCCGCTGCGTGGGGCGGGGTGGGGAATGGGGCGGGGCGGGGGGCGGGGCGGAGCTGGTCCTTGGCTGGTGTGGTGAGAGGGGCGCGACCCTTGCCCTGGCCCTCACCCCCTGCCCCTCCACCCAGGAAGTCCCCACCCTGGGGCAGCTGTGGGCGCGCGAGCAGCAGGTCCTTGTGTCTTACGAGGACGAGGCCACGGTCAGCCGCCATGATGAGCTGTGGCCCGCGATCCCATACTGGTGGGGCAACGCGGTGAAGACCGATGTGCTGTTGCAGTTCCTGGAGACCAAGAAGGGCCATGGACGACCAGGTGACGTCACTTGGGGAGGTCGTGGTGACGTCTTAGGTACTCTGAAACAGGGACTTCAGTGCTGTCATCGTGGGGGATGGGGACAACAGTGATGTCATGGGCGTAGAAATGTTAGTGACATTACAGGATGGTGATGATGTCACGGGGACCAGTGACACATGGGATACGGTTCAGTGTGACATCATGTGGGGCAATGGTGATGGCTTATGGGATACGGGGAAGTGCAGTGATGAGGTATCATGCAATGAGGCGGGCGTCTGGCAGGGGATGAGGGCAGACATCGGCGTGGGCGTGAATGGTGCCTGTGGGGATCGGGAGGGCACCTGACAGGTGCACTAGGTGTCATCCTGACACCACAACTACCCTCCCTGATGATGTCCTCAGTCACAAAGGGAGGGGACGAGGTGTCTGCTGTGTTTATGTGGCTGTGTGGTGTGGTTTTCCCTGTGACATCATCCACATAACATGGCGTCACAACCCTAGGTGGCCTGTTTGTTGCTGGCATCAACGTCACCGAGAACTTGTGCTATGTCCTCCTGCACCCGGGGGACTCCCTGGAGGAGATGACGCGGCGTAGCGTCCCGCTCACCACCCAGTGGGTGCGCGCGCAGCAGCCGGGGCAGCGCCCTCACTGCACCAACATCATCGCGGGTGACTTCGTGGGTGCAGATGGCTTCGTAAGCGACGTCATTAGCTTGAACCAGAAACTAGTGTCTCCCTAACCGCCACGCCCCCAAGTCAAGCGTCACCACTTCCAGTAACTTGGTGCAGGACAGGGGCCCGAATGTTCCACTGTGCTGCAGGACGCACGGCGGCCACTTCCGACTGTGTCACTTCTGTGCGCATCGCCAGAAGCTCAGTCCTCCGCTGATTAAGGAATTTCCAAGTAACGCACACGTGCGGTTATTTTTGTGGTCTCTGGTAGCCCACGTTAGACCCTGGCCATGGAAAATCTGTGACTTCCCCCCCTTCGCCCCACCTCAGCTTCCACCGGAAGCTCTGCCCCCCCCCCCCCCCGTCACTGAGCACAGCGCTTTCCCACGTGAAACGGACGACACGACCCAGGCAGGCAAGGGGAACACAACCGGCTTTAATGAACTGTCAGTCAGTGTGGGGGTCAGAAGTGATGTCAGTGGGGAACAGCTTCTGGAACCGGCCATAGGCGGCCTGGGTGATGACGACTGTCACGTGGGCCGCACCGCCCTCCGGAAGCTCCTGCACCTGCTGCACCACGGCCTCATTGTAGAGCCACCTGCACGACACAGGAGAACCAGCGCCAGACATGCTGGAAAGCGGTGCGGGCGCGGGTCGGCCCCCCACGCATGACTCACCCAAGCTGGGGTCCCCCGAGGCGCACGCGTATCGTGAGCAGCTGCCTGCCGGTGGCGCGCAGCACTGACGCCTCCAGGGCCGCCTTCAGCTCGTCCAGCCCACGCCCTGAGACTGCAGATACCGCCAGGGCTCCAGAGCATGGCGTGGTGTGCCTGCCGGGGTGGGGTTAAGGAGTCACATGTGGGGTGGGCCCGGAGATCGGTGTGGGCCACCACCCTACCCACCGCACCACGCTACCCACCGCAGCATGCTCACCCAGGCACCAGGTCCACCTTGCTGTGAACCTCCACGGCAGACTCCAGCAGTGCAGGGCGCAGACCCAGGCCCCGCAGTGTGGACAGGACCGTGGCTTTCTGCAGTTCTGCGTCGGGATGGCTCACATCGGTCACGTGCACCAGGACGTCCTGGGTGGGGTGTGACCAGGGGTCATGAAGGGGTATGGTCAGGGGTCAGAGGTGGAAGGTAATCGAGAGAACAGTGGTCACAGACAGGCCTGTAAGCGGGGACACCCCACACCGCTGAGCACTGCGCAGGAGTCAGGCTATAACCACTGGACTGACACGCACCGAGTAGGCCACATCCTCCAGCGTGGCAGAGAAGGCGTGGATCAGGCTGTGCGGCAGCTGGGACAAGAAGCCAATGGTGTCCACGTACAGGACACGAAGGCGCGAGGGCAGCCGCCCCTCGTGCACCGTGACGTCGAGCGTTGCGAATGGCTGGTCCCGCGGCTGCAGAGTGGCCTCGCCCGTCAGAGCCCGGATGAGCGTGGTCTTCCCTAGGGGCGTGGGCGAGACCATGGCTCCTTCGGCCTCCCCGAAGCGCCTCGCCCACCCCGACACAGGCCACGCCCACCCCGCCCTGGCAGCACCTCGCTCACACCACGCCCACCCAGAGCAGCGCCCCTCGGTCCTCACCGCAGTTGGTGTACCCCACCACAGACACCACGGGGAACTCGCGCCGCACCCGCTCCTTCCGCATCAGCCTCCGCTTGTCACGCAGCCGCTCGAGGACACGGCGGAGCCGCAGCTCCCGGTCTCTGAGTGCACGCGCCCGCAGTTCCGAGAACGACTCACCTGGGAGGGCAAGGGATGCTTGTGGGGTGCGGGGTATGGGGGATGCGGGGTGGGGAGAAGCTGGGGCACGCATCCGCGGATCCTCCCGCGAGAGTCACACCGACGGTCACAGAAGGACACACAGTTGGCCCTACACACAGCCCTGAGCTCGGAGCAGATTCCGTGTGCATAGATGCACTCGGGGGTCAGGAGGAGTCATGGAAAGGTCAGGGGTCACATGGACTCGCCATACCTTGCAATGTCCCTCGTGCCCCCTCCCCCGCTGTGATCTCAGGGCTCAGTAACGTGCTCCGCCCACCCCCAACCCCACCCCGTCTCCCCACCGTCTCCCTGTCATCCGCCCCGGGGCTTACCTGACCCCATGATGTACCGGGAGCCCCAGCCTTGCTGATCCTGCTGCTCAGAGTCCCCGCTCACGGAGGACCTGGGGGAAGACGAACAGGGAGCACTCGTGCCTCAGCGTCCGGGGTGTGTGCAGCGGAAACGCGAGAGGAAACTTGGAGACCCCCGCAGCATCCACAGACATGCGAGAGTGCGTGGGGAGGGCTGCGGGGAGCACCACAAACACTGCAGCACCCACAGACGCGCTAGGACCGCAGATAGTGAAAACACGAGTGGAGGACGTGCGGGGGGACAGCACCGCGCACCTGAGGAGCGGAATCTCGGCCAGCGCCAGCTGCATCCTGGCCTCCCTGGTGCGCGCGTTGCAGCGGAAGATGTGAAGCACCAAGGTGAATCTGTCGAACACGCGCAAGCCCCACGCGGTCTCCAGCTCCTTCTGAGGAGACGGGGGTCATACGGGGATCAGTCACGGGGTCACGTGGTATCATGGGTCACGTGGGGAGCAGAGAACACAAGGGAACCTGGGTCTGTGGCGTCATCCTCTCCACGTTCAGGAAAACCGATGTGATATCCTGGCATCCCCTGATCTTCTCTGGAGCACAGGGAGTGGCCGTCAGGGGTCAGAAGTGGGGGAGGCGGTGTGTCCTGGGAGGCGACATCTACACCCGCCTGGGTAGAGGCAGCAGGCACACACACACACACACACACACACGCACGCACGCACGCACGCACGCACGCAGGGGCGCTCAGCAGCAATGGTGAAGTACTGCTCACCTGTCACACACATACACACACACACACACCTGTCACGCATGCACACAGAGGCGCGCCCAGCAGCCAAGGGTGTAGTACCGCTCACCTGTCACACACACACTCACCTGTCACTCACACACACGCACAGAGGCACGCCCAGCAGCAAGGGTGTAGTACCACTCACCTGTCAGGTCCCGGAAGTTGCCCTTGCCGAACACCTGCCTGCTGCCAGGCGCTGCGCTGGACACCACCAGGGTACGCGCGACCGACCATCCCGGGAGCGCGCGCACGAGCGCGGCTGCCTCTGCCACCTGCCACTCCGCTGCGGGGACACACGGGTCCCGCGGTCAAGAGCCGGGCAGGGAGACCCCGGAACGCTGCTGGCGCAGAGGTTAGGTCCGGGATGGAAGCGAGCCCACGCCAGGCCCGCCTCCTCCCCCCACCCTACGCCCCCACCCTGCGGCTCACACCACGCCCCCAAACAGCTCGCCCTGCGGAGCTCCAATGTTCGACTAGGGCAAGGCACCGAACGTCAAGGGCACGCCCCCACCGTCCGAAGTTTCCCCCAGACTCCGCCTACAATTTAACGAAAGCCCCGCCCCAGAGCAGCCCCTAAATCTCACGCACACCTTACCCACACACAACCCGGAGCACACGCAGCCCCACCTATGGAGTAGCCCCAGGTACCATCCCACTCTCAGCCAGATCGAGCCCCCTCAAACTCCCCAGACTCCGACTCCACGCTCAGAGTAGCCACGATCCCCAGCCAATCCGACTTTCCACAGTGCGTACCCCATGCCGATGTCCATCAGATCACCCCAGTGCTCCTCCCTCGGCTTGCCCTTGTTTTGGATCCGCTCCTCCC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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Mappability confidence:
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Protein Impact
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No structure available
Features
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C1:
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A:
NA
C2:
PF0038814=PI-PLC-X=FE(29.7=100)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]