RnoINT0129527 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000057159 | Rsl1
Description
regulator of sex limited protein 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1587849]
Coordinates
chr2:87018305-87027864:+
Coord C1 exon
chr2:87018305-87018529
Coord A exon
chr2:87018530-87027737
Coord C2 exon
chr2:87027738-87027864
Length
9208 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGA
5' ss Score
7.23
3' ss Seq
TTTACTGGTCTTTATTTCAGGAT
3' ss Score
10.16
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGAAGGCGGAAGAAGCCGCCAGTTTTTGTTCTGCTGAACTGGCTGGGTCACGTGAGGTTGCAGTTCTGGACTGGGAACAGGGCGGTTGGGTTGTTCCCTGGGGTATGGTTTCTTTAGGACACCGCGAGCAGTCGGAGTACGCCTTGGACTTTTAGAACACCAGAGGAGTTTGGTAGCGCGGGAGTAGATAATCTGGCACGGGGAAGGATTGCAAGCTAATGATG
Seq A exon
GTGAGATGACTACTTGCACATGAGGTAGTGTTGGGAACTCTTTGAGCAGCTTTGCTGGGAAGCATGCTCTACCAGCTGCCCCATTGTCACATAGATGCTGTCAGATTCCTCAGTTTCTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTCATTTTTTTGAAATTTTATTTACTTATTTATTTTTCCATCTTTATTAACTTGAGTATTTCTTATTTACATTTCGATTGTTATTCCCCTTCCCGGTTTCCGGGCCAACATACCCTAACCCCTCCCGCTCCCCTTCTCTATGGGTGTTCCCCTCCCCATCCTCCCACCATTAACCGCCCTCCCCACAACAATCACGTTCACGGGGGGGGGGGGGGGGTGTCAGTCTTGACGAAGAGCAGGACGAAGAGCTTCCCCTTCCACTGGTACTCTTACTAGTCTATTCATTGCTACCTATGAGGTTGGAGCCCAGGGTCAGTCCATGTTATAGTCTTTGGGTAGTGGCTTAGTCCCTGGAAGCTCTGGTTGGTTGGCATTGTTGTTCATATGGGGTCTCGAACCCCTTCAAGTTCTTCCAGTCCTTTCTCTGATTCCTTCAACGGGGGTCCTGTTCTCAGTTCAGTGGTTTGCTGCTGGCATTCGCTTATGTATTTGCTGTATTCTGCCTGTGTCTCTCAGGAGAGATCTACATCCGGTTCCTGTCGGCCTGCACTTCTTTGCTTCATCCATCTCATCTAGTTTGGTGGCTGTATATGTATGGGCCACATGTGGGGCAGGCTCTGAATGGGTGTTCCTTCTGCCTCTGTTCTAAACTTTGCCTCTCTATTCCCTGCCAAGGGTATTCTTGTTCCCCTTTGAAAGAAGGAGTGAAGCATTTGCATTTTGGTCATCCTTCTTGAGTTTCATGCGTTCTGTGCATCTAGGGTAATTCGAGCATTTGGGCTAATAGTCACTTATCAATGAGTGCATACCATGTGTGTTTTTCTGTGATTGGGTTAGCTCACTCAGGATGATATTTTCCAGTTCCAACCATTTGCCTACAAATTTCATAAAGTCATTGTTTTTGATAGCTGAGTAATATTCCATTGTGTAGATGTACCACATTTTCTGTATTCATTCTTCTGTTGAAGGGCATCTGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTACTATGAACATAGTGGAGCACGTGTCTTTTTTATATGTTGGGGCATCTTGTGGGTATATGCCCCATAGAGTCATAGCTGGATCCTCAGGTAGTTCAATGTCCAATTTTCTGAGGAACCTCCAGACTGATTTCCAGAATGGTTTTACCAGTCTGCAATCCCACAACAGTGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCGCCAGCATTTGTTGTCACCTGCGTTTTTGATCTTAGCCATTCTCACTGGTGTGAGGTGAAACCTCAGGGTTATTTTGATTTGGTTTGACAGAATTTTATTGAGTATCTTTGCGTCGATATTCATAAGGGAAATTGGTCTGAAGTTCTCTTTCTCTGTTGGGTTTTTGTGTGGTTTAGGTATAAGAGTAATTGTGGCTTCATAGAAGGAATTCGGTAGTGCTCCATCTGTTTCAATTTTGTGGAATAGTTTGGATAGTATTGGTATGAGGTCTTCTATGAAGGTCTGATAGAATTCTGTATTGAACCCGTCTGGACCTGGGCTCATTTTGGTTGGGAGACCATTAATGACTGCTTCTATTTCTTTAGGAGTTATGGTGTTGTTTAAATGGCTTGTCTGTTCCTGATTTAACTTCGGTTCCTGGTATCTGTCTAGGAAATTGTCCATTTCCTGAAGATTTTCAAGTTTTGTTGAATATAGTCTTTTGTAGTAGGAGCTGATGAGTTTTTGAATTTCCTCTGATTCTGTTGTTATGTCTCCCTTTTCATTTCTGATTTTATTTATTTGGACACACTCTCTGTGTCCTCTCATTAGTCTGGCTAAGGGTTTATCTATCCTGTTGATTTTCTCAAAGAACTAGCTTCTGGTTCTGTTGATTCTTTGTATGGTCCTTTTTGTTTCTACTTGGTTGATTTCAGCTCTGAGTTTGATTATTTCCTGCCTTCTACTCCTCCTGGTTGTATTTGCCTCTTTTTGTTCTAGAGCTTTTAGGTGTGCTGTCAAGCTGCTGACATATGCTCTCTCCTGTTTCTTTCTGCAGGCACTCAGAGCTATGAGTTTTCCTCTTAGCACAGCTTTCATTGTGTCCCATAAGTTTGGGTAAGTTGTACCTTCATTTTCATTAAATTCTAAGAAGTCTTTAATTTCTTTCTTTATTTCTTCCTTGACCATGTTATCTTTGAGGAGAGCATTGTTCAACTTCCATGTATATGTGGGCGTTCTTCCCTTATTGTTATTGAAGACCAGCTTTAGCCGTGGTGGTCTGATAGGATGCATGGGATCATTCCTATCTTTCTGTATCTCTTGAGGCCTGTTTTATGACCAAGTATATGGTCAATTTTGGAGAACATACCATGAAGTTGTGAGAAGAAGGTATATCCTTTTGTTTTAGGATAGAATGTTCTATAAATATCTGTTAAGTCCATTTCGTTCATGATTTCTCTTAGTCTGTTCATGTCTCTGTTCAATTTCTGTTTCCATGATCTGTCCATTGATGAGAGTGGGGTGTTGAAATCTCCTACTATCATTGTGTGAGGTCCAATGTGTGCTTTGAACTTTAGTAAGGTTTCTTTTACGTATGTAGGTGCCCTTGTATTTGGGGCATAGATATTTAGGATGGAGAGTTCATCTTGGTGAATTTTTCCTTTGATGAATATGAAGTGTCCTTTCTTATCTTTTTTGATGACTTTTGGTTGAAAATCTATTTTGTTCGATATTAGAATGGCTAGTCCAGCTTGCTTCTTCAGACCATTTGCTTGGAAAGTTGTTTTCCAGCCTTTCACTCTGAGGTAGTGTCTGTCTTTGTCTCTGAGGTGTGTTAACTGTAGGCAGCAGAATGCAGGGTCCTCATTGCGTATCCAGTTTTTTAATCTATGTCTTTTTATTGGGGAGTTGAGACCATTGATGTTGAGAGATATTAAGGAATAGTAATTGTTGCTTCCTGTTCTATTCGTATTTGGATGTGAAATTATATTTTTGTGCTTTTCTTCTCTTTGTTTTGTTGCCAAGACGATTAGTTCCTTGCTTTTTCTAGGGTGTAGCTTGCCTCCTTGTGTTGTGCTTTACCATTTATTGTTCTTTGTAGGGCTAGAGTTGTAGAAAGATATTGTGTAAATTTGGTTTTGTCATGGGATATCTTGGTTTTTCCATCTATGTCAATTGCGAGTTTTGCTGGATACACTAATCTGGGCTGGCATTTGTGTTCTCTTAGGGTCTGTACGACATCTGTCCAGAATCTTCTGGCTTTCATCGTTTCTGGTGAGGAGTGTGGTGTGATTCTGATAGGTCTGCCTTATATTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTCTTTTTTTCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTCCTAGGCAAGTGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCACCTTATATGTTACTTGACCTTTTTCCCTTACTGCTTTTAATAGTCTTTCTTTGTTTTGTGCATTTGGTGTTTTGACTATTGTGTTGAGGGAAGAATTTCTTTTCTGGTCCAGTGTATTTGGATTTCTGTAGGCTTCTTGTATGTTTATGGGCATCTCTTTCTTTAGGTTAGGGTTGTTTTCTTCTATGATTTTGTTTAAGATATTTACTGGTCCTTTGAGCTGGGAGTCTTCACTCTCTTCTATACCTATTATCCTTAGGTTTGATCTTCTCATTGAGTCCTGGATTTCTTGTATGTTTTAGACCAGTAGCTTTTTCTGTTTTACATTATGTTTGACAGTTATGTCGATGATTTGTATGGAATCTTCTGCTCCTGAGATTCTCTCTTCTATCTCTTGTATTCTGTTCGTGATGCTTGTATCCGCGCTCCTTGTCTCTTCCTTTGGTTTTCTATATCCAGGGTTGTTTCCATGTGTTCTTTCTTGATTGCTTCTATTTCCATTTTTAATTCCTTCAACTGTTTGATTGTGTTTTCCTGGAATTCTTTCAGGCTTCTACTTGTTTATTTATGTTTTCCTGCGTTTCTCTAAGGGAGTTCTTCATGTCTTTCTTGAAGTCCTCCATCATCATGATCAAATATGATTTTAAATCTAGATTTTGCTTTTCTGGTGTGTTTGGATATTCTGTGTTTGCTTTGGTGGGAGAATTGTGCTCCGATGATGCCATGTATTCTTGGTTTCTGTTGCTTGGGTTCCTGTGCTTGCCTCTCACCATCAGATTATCTCTGGTGTTACTTTTTTCTGCTATTTCTGACAGTGGCTTGACTGTCCTATCTGCCTGTGTGTCAGGAGTGCTGTAGACCTGTTTTCCTGTTTTCTTTCAGCCAGTTATGGGAACAGAGTGTTCTGCTTTTGGGTGTATAGTTTTCCCTGTCCACTGGTCTTCAGCTGTTCCTGTGGGACTGTATCCTGAGTTTACCAGGCAGGTCACTTGGAGCAGAAAAGTTGGTTTTACCTGTGGTCCTCGGATGAAGGTGCTCTTGGTGGGCTGCTTTTGAGCTCTTGGTGAGGGCGGCAACCAGGAGAGCCTGTGCTGCCTTTTCCCTGGGCCCCTGTGGATGGCGTTAGGTTTTTTTCCCTCTGGAGTCAGAAATGTGGGCAGAGCGTAGTCTCTTCTGGCTTCCCAGGCGTGTCTGCCCCTCTTAAGGTTTAGCTCTCCCTCCCACGGGAGTTGGGTGCAGGGAGCTTTTGATCGGGTCCGTTCAGATCCGGGCAGGTTTGAGAAATATTTTCTATGCTTCATTTAATGTCTTTCAGTGTGCCAAATCAATGGCGTCCTACAAACTACATGTCCTTCTCTTCTGCTGACACATCCCACATATAGTTTAAAGTTTTTTCGATAGCATACTGTTGTTAAAGATGTTACATTTTGATGATTAATTTTTTACATTTTCTGTGTGAGGAAGAATTCTGCTCTTTCCCCTGCTTGAATATTCTCTTATTTGCAGCAAATTTCCACTCTTTTTGGATAGTACTGTTTGTGTAAGATCCTGCCATGACTTGATGATACTTTCTTCTGGTTTTCCCTGATTTCTTCCAGTTTCCTTCTTCCATATCTAAGCTGAGACTCCATCATTTCTTCATTTTCTTTGTGCATTTCTTGACTGCAGCAGGGTACTGTGTTTCCCATCCCTTTGTCTTTTTCTTCCTCTTCCTCTGGAATACCTTGTTGTGTCCCTGTCCCAGAAGTGCAGCTGCTTACAGATGCTGCTTACGTTTAACAGGAACAAAACCACTTTCCCCACTGTCCCTTACATGGTACTGCCATCTCCATCCAGTGAAGCAAACTGCAAATGTGGGATCCTTTCCACTTACACAAGTTTGAGTCCAGTTCCCCTGAGTATGTCATTTCCTCTCCAACCTCCCAGGCTTCTTTCACTGTTTTCTTTACCCCACACCCCAAGACCGTTTTTTTCTGTATAGCAAGTGACTGTCCTAGAACTATTTGTAGACTAGGTTGTCCTCGAACTGAGACCTCTGCCTGCTCTGCCTCCCATGCAGATATTGAAGGCAAGGCCTCCTTCATTGAATCCTAATGTTAGGATGAGGGAAGGAGTTACATGTCTACAACTCATGCATGAACCTTGCTGTGTTGGACATGGCATACCTGGAAAACTCTGAGGGGAGCTGTGCTGGGTGATGACATTCAGATCCTGTTGATGTATATGATTATGTCACAGGCCATGAAGAGAAATTACAGAGGATTGGAACAGGAGTCAAACACCTATGCAAAGATTCAAACTGAGGAGTGCTGATTCTTATCACATTGTCATTTTATGTTTTAAAAGTATTTGTCATAGTGTCCTCCATAGTCACTGTCAAATGTGGGGACCATATCAATTTTCAGTTGAAAAGTATGTCTTTTGTCCCTGCCAATTCTGTAACATCTGGATTACATTGCTCTCTTGATCCCAGGAACAATTTAAAAATAAATCAGATTGATCAGCATGAGTGTCCCCATTCTTCATCGGATGCACTCCCTTACCTGGTGCTTTAAGAAAACTCAAAACAGTATATAGACTATAGAAAATTCAAACCTCCATCTAGATTTCTAATATATAGACCAAAGCATGTGACATTTATTTTGAATGTGATATCCAAATTATATGATCTTCCTTTTCTCATTCTATTCTCTAAGTCATAATATTTCATAATGTGGCTTAAAGCAAAAATTAATGATTATTTCATGCTGGATATAGAGCTGGGACAAAGACTTAGGATTTGCTGCTTCTTGATGGGTGGTGTGTATTCTAAACTCTATGCTATGTAAAGAGTAGATAGGCTGGTTTTGAAAGGAGGGTCGCTATTTTTTGGTTCCTGGTCAGCAATTCTGCCCTCTTTTTGCATCTCATGTTGACTTCCCACCATTGTACTGCTAGCCTTGGCTGTTGTCTTACTCTCTGAAAAGGTAACCTTGGGGTACATTAACAGGAGATGTTAAGAGTTCTTAATCCATCTCCTCTGTCCATTCTGTTGCTGTAGCTTGCCTTTGGGGCCAACTCCATTCAAGTGGAGCATAGCTATTACTTCCCAATTCTTGTGAGCATATGTAGCCCTTGTTAAGGTGCCCTTGTTAAGCATATGTAGGGTGACAGTGTTCCTGCCTCGGTTCAGACATATTTGCATTTATTCCTCATAGAAAGTGAATTTTGCAAGTGTATTATTTCTTTGAATTTTTGCCACCAATTGTATTAGCTAAAATCCCTTCTTATGATATCCTGGTGAAAGGCCTACCACCCACTACCCACAACATCTCACAGAAGATTGGCACCCTGACAGCAGATACTTTCCCTTATAGAACAGTGTCCCTTTGTACTCGGCACTAGTATGGAGTGGTCCTGGCAGTGCAAGTTAGTTTTCCATTGGGAACCTGGGCTAGCTATCTTAGAGAGCACTGTTTCCTATTTTCACTCTACTCTGGGCTCTTGCCACTCTTCAGGGTGATAAATTTCCCCTGCTTTTGGGGGTCTCATATTTTAAAAAAGAGGGAGAGGAATCTTCAGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTCACACACTGGTAAAGGTAGGAATGTCCTATGTTAGCTACAAAGGTGTTTCAACACCATTTGGTTGCTTTTCTCTGGTGGAATTAAAAGGTATTTATTCACCAAATTACTCTGGTATGCTTGAAGATGTAGATTTGAAGATGTATTGGCCTTCCCTTTGCTGCTTAACTCTGTCCTATGTTAAAAGACACTTTTAGTGCAGCTATTCTATTCTTACAGAGTATGCTTCCACTGCATCAGAAGCCTTGGGAGCATGGTTCCTCCTTTTTACTAGTGCTGAAAACACCATGCACTTCAGACACAGTCCTTCGAGTCTCACCTAAAACACTTCTTACCTAAGGACAAATTGTCATAGTACTGGAGGGTGATTTTCAGTCTTCGAAGAGAGAAGGGAGAACCCTAAAACAGGACTGCCTGAACAATGAATGACAGCAGTAATATTCCTGATACCCTGTAGGTGGGAATCTCCTAGGACCTCATTCCTATAGACCTCATTCTTCGCTGGAATGTACTTAAAAGCTGCTGAGAGATGGGGAATGTCTACGCTAAGGATGAAGCCACTCACTGTTCATCTGGTGCAAAGGGGTCAGCCCTCAAAACCTAGGTACAGGCAAACATGAACAGAATTAGCAGTTCATATTTATATAGTTATGCATATATGTAATTAAGGAAGATGCCATATATTTGAGATGGAGTACTGGGGAAATGAGAGGAGTTTGAAAGGGGTGGGGGGGGTGATGTAATTATACTTAAATTACACAATTTCTCAGGAAAACAAACCAAGCTTCTCAGTTGTGATAAAACTGGAAATTCTTTCAGCAGAAAGACCATACGATTGCATTCATAATTAAGTATAAAGGGTTATAATCCCATCAGCTGTCAACATCAGGAAGTTGAGAGTGGATCACACTAGGTGCTGGGGAACAGTGTGCTGTAAGGGAGACCTATGTTCACAGTACTGTTGTCCCAGATCCTGGATGTGTGCAGGCATCATACAGTGTACATTTCAGAAACCTGGATCTCGGTGTTTGAAGAAATAGGCATACCAGAACCGTGAGAGACTATCCAAAGTTGACTCATGAAATTATCACAAAATACCTCATTCATACTGAAGTTGCTGAAATCTTTCATATAGTCATAAAAGGAAACATAATGTAGGATGGTTCTCACCGGTCATCCTGGGTTTTTCTCAATAAGACGTGAAACACAAAAAAATCATTTTTTATATTTTAAATTATTCTTTAATCTTTTTTTACAGTCCAGACTTTATCCCTCTCCCTCTCCATCTTCCTCCCACACCTCCATAAATTCTTAAATTAAAAACATTTGAAAGAAGAAAATACATTTCTTAGCTCCTGCACATTGATACTCAGGTGTCATATGTACAAAACGTGATTTAGGAACATCATGAACGCATCAATCAATATCTGTCAGGTAAAAGGTAGGAAGGAAAAATGACCAAAGAGCAGGGTCATATCTGTCCCAAGTTCGCATTTTTTTCACGTGTTCACATACTTACATTTTGTAAGTAAGTTCTTCTTTTATTGCTTTACTCCTTGCCTCGCCAATCTCCTGTCCCTTGTCACTGTGCTTTTTGTCACTGCTGAACTCTGAACAAATCCAGAAAGCCAGAGCCACTTCATCAGAGCCTATTTTCATTTGATTTCACATTCGTGCGTCTACCTGTTTTGTATTGACAAGTACCTTCTCCCTCACGAGGACGTTCTCCAGTAGGATGTGTGTTTGTGTGTGTGTCCGTGTCCATGTGTGTGTGTATATGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTGTAATGTGGGTGAACCACCTGCCCAGGATGGGCACCACCCATAATGGTGTGTACCATCTCATTAAGAAAATGCCATAGGCTTCCCTACAGGACAGTCTGATGGAGGCATTTTCTCAGTTACACTTCTTTTTTAACATGACCACAGCTAGAGACAGGTGCACAGGAGAACAAATGAGCCCAAATGCATCTTGGTATTTATATATGACCATTCATGGTTTTAATTAAAAACGTGGTATCATTTACTGGTCTTTATTTCAG
Seq C2 exon
GATATGCTCTCATTCTGGGATGTGGCCATTGATTTCTCTCCAGAAGAGTGGGAGTGGCTGAAGCCTGCTCAGTGGAGTCTGTACAGGGATGTGATGCTGGAAAATTACAGCAACCTTGTGTTCCTGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000057159:ENSRNOT00000079449:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]