RnoINT0130931 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009812 | Sbf2
Description
SET binding factor 2 [Source:RGD Symbol;Acc:1588657]
Coordinates
chr1:174982387-174991340:-
Coord C1 exon
chr1:174991200-174991340
Coord A exon
chr1:174982462-174991199
Coord C2 exon
chr1:174982387-174982461
Length
8738 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
GTCTTTAACTTACCTACCAGTGC
3' ss Score
6.32
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTCTACCTCCTCTTTAGAATCTTCCAGTAGCATAGAGCAAGAAAAGTACTTGCAAGCCCTATTGACTGCAGTTATTGTCCATCAGAAACTCAGAGGCAACAGTACTCTTACTGTCAGGCCAACACTTGCTCTGTCCCCAG
Seq A exon
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TAACATACTCCACATTCTCTGTGGCCCTCGCTGCTGTTATGTATCTCTGATGTACATTTCCCCGTATAAAGTCACGGTCTGGTGGACTGCAGGCCGTAAGTTTGGAAGTCAGAGGATCCCTATCACATGACTGACAGGCAGATGCACGTTCAGATCAGATAGGGCAAGACTAAAAATGGACGCTCCCCTGCGCGAGTTATTCCTTCGGGTACCGCTTCTTCAGCAGTCCCTCAGTCACCCTGGGGGAGAAGGGCTCTGCTCTTCCATTTTTCATTTCGGCCTCTGTTCTGCTCTTCTCTTTTCCTATTCCTTCCTTGACATGCAGTCTTAATGATGGATTTACTTCGTATGTCCACTGTACATGACTGCGAAGGCCGTCATCTTTTTTTCAGATCACTTTGTATTTAGTCTGCAAGGTGATGGATTATAAAAAAGAGCACATATCCCCTTTTTTGTTACAAAAGCCACTTAAGAAAGTGTGAAGATATGAATAATGTTTTTTGACTTGAAAGTCTATTCTTGAAGTAACTATTTCCAGGGTAAATATTTCAGTTATTTAAGATTAACTTTGCCAAGTTTACAAGTTCAATAGATAGCAGGCAATCTATTGAATATTGAACCATTTCAGTGTAACATTGATTCAATATATCTGTATCTCATGCACTGTGCTGGGTGTAAGGCCACCTTGAAAGTAAGCTATGCTGTCCTCAGAGCCAGCGTAAGCTTCTCCTTCCCATCCCTCTGTGTTTGGTCTGAACACAGTAACTGTATGTCTCATGAGAGGAATGAGCCACATCACTCCTCCACTGGCACAGTCCTCTTAACCCAGCATCACATGGTCAGACAGGCTACTATATATTGAAGGTTTATTCTATTTGAAAGGTTGAGGCAAGAGGATTAGTGTAAGACAATAATCAGATTCCAAGTCACTTGATTATAACATAAGACCCTGTCTCAAACATGTATTTTGATTATATTTAAATTAAAATTGCAGTGCTACTCTGTGATAATAAATATCAATAAGTCTTATTTCTCAGTGTTCTCATCTTTTAAATAGAAATTATTAGATAATACTTAGGCTAATTGTGAGGAATAAATAAAATAATAAATGTAAAATACTTAGTAATTAGATCTTCATAAGAGTTCAATAGAGTATTATACCAGTGCTAATAATTGTTTAAAAGGGAAAAAATGTTTTTACAGTGCACAGACTCTCATTGACTGTCTTGCTTCTCTGTTGCCTTGACAAAGCATCATGACCAAGGCGAGAGTTTATGTAGGGCTTACAGTTCCAGACAGAGTTCCTGACCATTGGCAGGGAACATGGCAACAGGTAGCAGACATGACACTGGAGCGGTAGCTGAGAACTTAGATCCTTATCCACAAACACACGGCTGAGAGAGAGAAAGCTGCGAATCAGAACCAAACCTCGTAACACACCTCCTCCAACAAGGCCACACTGTAATCCTCCCTTCACCAAGCAGAGACTACGCATTCAAGCACAGGAGTTTGCTCTTTGTAAGGGGTAGGAGTGGAACATCCTCATCCAAACCACCACACTAACCTATGGTTAGAAGATAGAAGCCATCTGCTGTCTGGGCCAGTGCCTTTCAAACTTTTCTGATCATAATTCATAACAAAACCCCCATTTTATATTTATATGCATATAAAATACTTATATTCATATAATCTAAAGCTACAATACAAAATGTATCTGTTCTAAGACTTTTTTACAAAATCAATATTCATCTATATCACATGAATCAAGCATAAAACTTTTAATTATAAACTATTTTTAAAGACACTAATTTGACAAGGTGAAGTGAAGTTATTTGGAGGCCATGAAGGGATCCTGCAGTTTGCAGAAATTTACTGCTGTAGATCCTTCGTTGGTATTAAAGGTGTCTAAAAACCACTTAGGAAATCTAAGTAGCCCTTAGTACTAGCACTACTGCAGTAAGTCAGTCCTTTGGTAAAATGACTTAAAGTTGGGACTCCAGTTCTCAAAAGCCGTCCCTGACCCCATGACATTAGTAGACCCCTCTCATCATTGCAGCTTTCTTCTAAGTGCTGCATAAGCACTAAGCAGTTTTTCACTAATAACTCTGTATTTGCAGATATGCCTAATATCTTTGTTTAATGCTATTCTTTTCACTTTTTGAGTGCAAATAATTGAGTTGAAAATGTAAGAGAGACTCACAAGAGCTCATAGTTTATTGGTTTGTAAAAAATAATAAAATAAAATCAACAAATACTTAGAATGCCTGCAAATCAAGCTGTCAGCGTGGATATAAGAACAGACACGATTAGGTCACTACTGTTGCCAGAACTTGGTTCTTTAGAGAAAAGAATATCCAAATCATCACAATGCAGTGCTACAGAGTTCAGATAGAGCTCCCTATAGCTCTTGATGGTCTGAATACCTTGTAGAGAAGTTAGCAGTGTATCTGAGTCTCACAGGACAAATAGGAAGTTCTCAGGTAAAGACATGGGAGAGAGCGTGCTCAGCAGAGAGACTAGAACATGGAAGTGAAGCACACTGAGGGGTAGCTCGACTACTCGAGCTTTACTGGATTCATTTGAGTGACACAATCCCAAGAGCAAAGCGCAAATCTGTGGCAGAGCAGAAACCGTTGGCGATTCACAGCTGGCCTCGGGCCTTTGCTAGTAGTGTTGGTCCTGGCACTGATGCTGCCTGTTTGCAGGTAGCCAGAGCTTCTGCAGCCTTCCTCGGTGTCCTTTGGCTACTAAGGCCATGCGTGTATTATTGCTTCCAAGGGTGTGAGAGAAATGAAATCACCTCCAGTTAGTTTTCTTTTATCATATTAGGAGATCTTGTTTATGCAATGTTGCTTTGTAAAGCTAACAATGTTACTAGTGATTCTAAATATATAATTATTTCCTATAATTGACTGGATGGTGCCTTTGCTGGGGAAATGATGTAACTACTCGTCATTTTTGTTATTACCAGGTAAAGTTTGCCATAGTTACAAAACACTTTCTGTATAATGGAAAAAGATATTACTCAAATTACAAAAGTATTATCTCAAGTGCTGCCTATCATTTTGGTGCAAATAAGAATTTTGAGAGAAGCCATTTACTTCAGCCATCACAAATGTGTATTGGTGGTATTACGTATTGTCACAGGATCATGAATTTTTGCTTCTTGTAACTTATTTATGAAAATAAATATAATTTCTGAATGCACATAAGAAAAGGAAGAGGTGTGGCAATGCCTAATGCTCTACTGCTAAAACGCCCTCAGTTATCCCAAATGGTTGCTAGAGCTTCGCTGTTCCCTTGGTTGGAGGACCTTGCTCAGAGAACAAATGTGTTAGACAATACATGGTGCCTGCCACTCTCCTGCAACATGAGGGCCCGTGTACTCCTAATGTTGACACATGCCCTAAATTCCTTACTCTTGTTATATAGACTTACTTCTGACCTGCAGTCTTCAAAGGCTTGTTCCATTTGGTATAATGTCTTAGTGGCACCCTCTGCTGTGCTGTCCATTCCATTGCGCTTACAGTGTTTCTAAGCAGGTGCTGAGGATGCGTCCAGCAGGCTCTCAGTCCACCTGTCATACTGTGAAGCTTCCTGTCTGTTAATTAAATCTACTTGTGTTCACATTTACCTCCTATGTTAACCTGAAAAACTAAACACCTTCTCTTGCTTGGTTGCTATGATTGTTTGCTGCTGTATACATTTCATTTCTCCTGTCTTTAACTTACCTACCAG
Seq C2 exon
TGCATGGGTACAGAGACAAATGTTTCACTCAGTCAAATTCCAAATCTTCAGCTAAGGAACCAGTTCATAATCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000009812:ENSRNOT00000013126:27
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.141 A=NA C2=0.167
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF066029=Myotub-related=PD(23.8=83.3)
A:
NA
C2:
PF066029=Myotub-related=FE(11.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]