RnoINT0131514 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000032884 | Scn11a
Description
sodium voltage-gated channel alpha subunit 11 [Source:RGD Symbol;Acc:3630]
Coordinates
chr8:128457289-128463121:-
Coord C1 exon
chr8:128462984-128463121
Coord A exon
chr8:128457394-128462983
Coord C2 exon
chr8:128457289-128457393
Length
5590 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGATAAGT
5' ss Score
2.82
3' ss Seq
CTGTTGATTTCTTCATGCACTTA
3' ss Score
-0.6
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAGACGAGCAGCCGGACTTTGAGGCGAACCTCTACGCGTATCTCTACTTTGTGGTTTTTATCATCTTCGGCTCCTTCTTTACCCTGAACCTCTTTATCGGTGTTATTATTGACAACTTCAATCAGCAGCAGAAAAAG
Seq A exon
ATAAGTACACATGCTGCTCTGGCCGGGTCCTCTCTCTCACCTGGTTCCACCAGTGCTTGGAGGGACTGTGATTCTAACTCGGAAAGAAGGCTGTTCACGGCTTATATGTATGAGTGCGTGTGCGTGTGTGAGTGAGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGAATCTGTTTATGTATGTGTGAGTGTGTGTATGTATGTATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTATGAGTATGAGTGTGTATGAGTGTGAGTGTGTGTATGAGTGTGTTTGCATGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTATGAGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTATGAATATGAGTGTATATGAGTGTGAGTGTGTGTATGTGTGTATGAGTGTGTGCACGTGCATGTGTATGAATGTGAGTGTGTATGAGTGTGAGTGTGTGTATGAGTGTGTATATGAGTGTGTATGTGCACACGCGCACGTGTGTATATGTATGTGTATGTGTATTTGCATCATTGGGATTATTTTATACTTTTAATTTTGGGGTGTCTAAGCTCATTAGTCATAGCCTATTTTAGGAAATCATTTTTTTGCTGTAAGAATTTTCAGGGCTAGGGAGATGACTCCGTGGGCAGGAGTGCTTGCTGTGCAATCATGAGGACCTGAGTTCAAATCCCAAGTCCCCATGTTGAAAGCTGGGCTTGGCTCCTCAGGTCTGTAGCTCTAGTGCCATGGACACAGAAATGCAAGAGCCTCAGGGATTTGCTAGCTTCCAGCCCAGCTCCAGGCTCAGTGGCAGACCCTGTCTCATGGGAATAAGATGGAGAGTAATAGAGCAGGACACCTGGTGTCCTTTTCTCTGCACACACATGAATGCACATACCTGAACACACACGCACACATGCACACATATGCAAATGCACACACCATGGGAGCTGAATTATATACCATAATTTGACTGAATTGGTCTCCTCTTTTTCACCATCTAAGTCATTTCTACATTTCTCTATGGCTTAAGCAATCATGAGCATCCTTAAAATTCTGGTTATTTTCTTAGTAGAACTTCCTGTTATTAAAATATGAGAGGTATTGCCCAATCACTTCCCAAATTTGAGAATGGCTGGGACTGAGCCCTCTCCACCCCATCACTAGCTTTTATAATCACTTTCCTAGACAGCGGAAAGTGTTGCACCATGGTTTTATATGCCATTACTTGGTCATTAGTGATCATGACATGTTTTAGATCAGCGGACCTAACATTGGTAAGGACCGTCTGCTTACATCTTTTGACTGTTTTAAAGACAAATTGTCATTCTTTTTTATGCATATTCAATCTATTAAGTCTATTTTGTGACTTTCTTTTTACATTGTGTTTGTGTGCATATGTGTGTGCGTGTGTATGTCTTTGTGTCTGTGTGTGTCTATGTGTGTGTTTGTGTGTGTCTCTGTGTGTATCTGTTTGTGTGTCTGTGTTTCTCTGTGTGTGTCTGTGTGTATCTGTATGTGTGTCTCTGTCTATGTGTGTATGTGTGTGTGTTTGTGTATGTCTCTATGTGTATCTGTTTGTGTGTCTGTTTCTCTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTATCTGTTTGTATGTGTGTCTCTGTATCTGTTTGTGTGTCTGTTTCTCTGTGTGTGTCTCTGTATATCTGTGTCTCTGTGTGTATCTGTGTCTATGTGTGTATTTATCTGTTTGTATCTGTGTCTCTGTGTCTATGTGTGTATTTATCTGTTTGTATCTGTGTCTCTGTGTGTGTCTCTGTATGTATCTGTTTGTGTGTCTGTGTTTCTCTGTGTGTGTCTGTGTCTGTGTATATCTGTTTGTATGTGTGTCTCTGTGTGTGTCTCTGTGTATCTGTTTGTGTCAGTGTGTGTCTGTGTGTGTCTCTCTGTGTATGTCTCTGTGTGTATGTCTCTCTGTATGTGTATGTCTTTGTGTGTGTCTCTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCAAGTCTTCCTCAGCATCTCTCCACCTTGTTTTTTGAGACAGAGTCTCTCATTGAAGCTGGAACTCACTGACTTGGCCTGTCTCTACCTCCCCAGTGCTGGGATTGCAGGCCCATACTGCCACACTGATAAACGTTATCTTTTCAGTCTTGGGATGAAACCCAATGGCTCGTCCATGCTAAGCAAGTCCCTACCACGTAGCCACACTACCCAACCCTGCACCTGGCTTTTCACGTGGGTTCTGGGGACTCAAGCTCTGGTCCTTATGCTGGGAAAGCAGGCACCACCCACTACCGCCCTCCCTGCTCCAGTTCTTGTTTATTATTGTATACATTTTTAAAACTCTTATAGACCTGAGGTTTTGTGGAACCAAACTCTGCCTATGGGGCGCAAGGCACTTCTGACCCTGGCTTGGTGTTTGGCCGTTGGTTTTTGTAACTGTGCCAAACCTCGTTTAGATTTTTCTGCCAATCTCTTTGATCATCTGAACCGTACCTTGCTGCCAACCTCCGTTCTCTGCTGGGAAAGTCCGGTGCTGCTGTGGCACTGCCTTACTGAGTCTGCTGCTCAGGGAGCAGGGGGCGGCTCTGGGTCCCCTCTGTGATGCCCGTCCTGATTGCAATCAATACCAGCAACCTGAGTGTCAGCCTTGCAGTGTCAAGGCTTAACCCTCTGCTGGAACGATGCGCACCACACAGTCACATCCTTTCATTGCTTTTACATTATGGAAAATTTCAAAAGTCCACTAGAACATTCTAGAACAAACCTCAAAATATCCAGCACCCAGCATCATATTTATGACCAAAGAACATCTTCCTGCCTCCCGGAGATGCCCCACAGGCCCCTCGTGCAGGATTTGTTTCATTTCGTTCATAAACATTTCAAAAAATTTTATTTTAATCACATAAGGTGAAGAGTCACATTTTCAGAGTCTGCTTGTTTTGAGTCAGGGTTTCTCAACGAAGCCCCGGCTGGTCTCGAGACTTTTTCCAACCTATTTTTACTCTTCATTTATTGTCACTGCGTGTGTGTGCATGCACATGGTGTGCTGGCGGGTTCGGACATGTAGAGGTCAGGGGGCTGCTTCATGGAGTCAGTTCTCCCCTCCAGTTCTCACATGTGTTCAGGAAGGTCTTCAGGCTCGTGTGGCAAGATGTCATTATATTATCTAAAAAACTCTAAACAAATTCTTCAAATTCATCAAATTATACTTATTTAGATTGCCATATACCTTTCCATTTTCTTTGTTAAGCCAGTAAATGCTGCTATCCTCCTCCTCATCCTCCTCATCCTCCTCTTCCCCTCCTCCCCCTCTTTCTCCTCCTTTCCCCCTTCTCCCCTCCCACTCCTTCATTTCTTCCTCTTCTTCCTCCTTTTCCCCCCTCTTCCTCCTCCTCTTCTTCCCCTCCTCCCCTCCCTCTCCTCCTTTTCCCCCTCTTCCTCCTCCTCTTTCCTCTCTTCCCCTTCTTCCTCCTTTTCCACCCTCTCTTCCCCCTCCTCTTCCCCCTCCTCCCCATCCTCTTCCCCCTCCTCCCCATCCTCTTCCTCATCACTATTACTATTAATGTTGCTTTTTTTGAGGCAGGCTAGCCTGGAGCTCACTGTGTTGCCCAAGCTGGCCCCAAACGCATAACAACCCTTTTGCCTCAGCTCCCAAGTACCAAGATTACATGTATGAGCTACCCACCATGTCTGGCATTGTTTTTCTAAGTTAGTGTGCACAATAATGCATTTCATTTTGGCGTTTTTGGGGGTGTGACTCCTTGTATGTGGCGGGCGTGGAAGGCTCTCTTGTCTGTAGCTCTATGGATTTGGGCTTTCCTCTTAGAGAGACTAATAGCCACTAGGAGGATTTTTACTCTTGTTTATTTTTTCAAAGAACAAAGTCCTAGTTTCTTCAATTCTTTGCATTGTTTCCTTTCTATGTTGTTGTTTTCTGCTGTGATATACTTTATCTCTTTCCCTCTACTGCTCCGTTCTTGTTTTTCTAAAGTCCTTCCAGCAGACACATCAATGTTTGCCAGAGATCATAGACTTTTTAAAACCTAAGATTCACAACTATGTTTCATTTTCCTGGAAGATTTATTAATTTTTATTTTTGAAATCTTTTTTTTCTATTACAGTTTAGGGTCCAGTCACGGGCTGGAGAGGAGGCTGAGAGGTTAAGTCAGAGGCTGGAGAGGAGGCTCAGAGTTAAGTCAGGGGCCGGAGAGGAGGCTCAGAGTTAAGAGCACCCATTCCTCTTACAAAGGACCTAGGCTGGATTCCCAGCACCTAGGTCGAGCTTCTCATAACTGACTTTATAAACCCAGATCTGGGTATTAGATGCCATCTTCTGTCTTCTGTAGGTAATTACAGTCATATGAACATACCCACACACATACATACACATAATTCAAAACAAAATAAATATTTAAAACATCCACAACTACTCATTGTCCTCACACCAGACACATGCATTCCAGTATTACAGTCTCAAGAGTGCTTTACTGCTAGTGAGCAGTGCTTCTGATTGGGTTTGACTGTCAGGGGACACTTTCCTTTTGAAAAAGATGCTATTGTGTGTGTGGATGGGGGTGTGCACACATGAGTGCAGTACCTGAAGAGGCCAGAAGAGGGCACCAGATCCCAGAGAACTTAAATATGCTGTGAGCTGCTGGACATGGGTGCTGGGGACCAAGCTTGGGGCCTCCAGAAGAGCCATTCAGTGTTAACCTTCCAGCCGCCTCCAGCAGTGCTTTTAGGACTAACTAACCATTTTGTTTCTTACTTTTCCGAGCCTGGAACCTCTCTTTACTGTTTCCAAACTCCTGTAAAAGTCCAGCTGCATATTTCTAAAAGAATTCTATTCTATTTTATCTGATATTTCTAGATTTTTTCTTTTTGGTTTCATGAATTTCTAGAGATGGAAATCCTAGCTTGTTTTTCTTATTAGTGGTAAAAATATTTAAAACTCACATGTTTCCTCTTAAGAATTTTTCTAGGAAGATTCTAA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Seq C2 exon
TTAGGTGGCCAAGACATTTTTATGACAGAAGAACAGAAGAAATATTACAATGCAATGAAAAAGTTAGGAACCAAGAAACCTCAAAAGCCCATCCCAAGGCCCCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000032884:ENSRNOT00000034025:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PD(16.1=76.1)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]