RnoINT0144224 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000049676 | St6galnac5
Description
ST6 N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 5 [Source:RGD Symbol;Acc:1564252]
Coordinates
chr2:258025177-258045954:-
Coord C1 exon
chr2:258045847-258045954
Coord A exon
chr2:258026063-258045846
Coord C2 exon
chr2:258025177-258026062
Length
19784 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGA
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
GTTCCACTTTCCTCCCACAGGGA
3' ss Score
11.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGATCTCCAACACTTGGCTGAGCACTGGCTGGTTCACCATGACAATTGCTCTGGAGCTCTGTGACAGGATCGATGTTTACGGCATGGTGCCCCCAGACTTCTGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGACCCAAAGCACCCTTCCGTACCCTATCATTACTATGAGCCTTCTGGACCCGATGAATGTACAATGTACCTCTCTCACGAACGAGGACGCAAGGGCAGTCACCACCGTTTCATTACAGAGAAACGGGTATTTAAGAACTGGGCACGGACCTTCAACATTCACTTTTTCCAACCAGACTGGAAACCAGAACCACCCGCTGTGAATCCTGCTGAGGATAAGCCTGTGTTCTGAGGGGTGAACGTGATGGATAGCATCCCTGCTGTCTGGCAGAAGAACTTGACCTCTGGCAGGGAAATGGGAACTGAATGGGTGGCTGAGAAGAGCGGCGTCCTTCAGCACCGTGGACAGAACCCGGCGGCCAGCGAACATTCCGGAATGCATACATTCTAATCAGTATTGTCTCTTGGAAAGAGCAACTGTAGCCACTGCCATAGCTAGGAACACTTCCAGGTCTCTGAAGTATTGCCTTCAAATCTGAAACAGGAGCAGCCCAACTCTTAGTTGCGTTTCTTTACAGACATCCACGTCAAAGGATTTTTCTATCAGGCTGTAACCTAACCTGACCTGTAATCTTTGCCATTTGTCAGACAAATTTGTGATTTGTAAAAGGCCTGAAAGTGTGGACGTGTTTCTGAAGAGCACATCTCCAATGATTTTCATAAAGCAAATGTCTGCTATTTATTTATTGAGAGTTTTTTAGTGTACTCTAGGCAGTATTTTTATAGATTATGATTATGTGGCAATTTATTCCTCCTGACTGTTTAATCCTGATCGGTGGTCGGAATGGGCTAGGATTGGGCTGATGAGTTACTGAATTCACAAGGCTCGTTATTAGCTTGAAATCGGTATTTGACGTGGAAGTGTGCACGTGAGAGTTGAACCTCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000049676:ENSRNOT00000072899:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.214
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0077713=Glyco_transf_29=FE(15.5=100)
A:
NA
C2:
PF0077713=Glyco_transf_29=PD(25.0=74.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]