RnoINT0147561 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000030245 | Tango2
Description
transport and golgi organization 2 homolog [Source:RGD Symbol;Acc:1310348]
Coordinates
chr11:86824053-86829618:+
Coord C1 exon
chr11:86824053-86824141
Coord A exon
chr11:86824142-86829498
Coord C2 exon
chr11:86829499-86829618
Length
5357 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGT
5' ss Score
10.36
3' ss Seq
AATTCTGTCTTCTGCTCTAGGGC
3' ss Score
11.17
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTCATCCTGGCAGCCAACAGAGATGAATCCTACCACAGGCCGTCCAAGTTGGCAGACTTCTGGGAGAACAACAGCGAGATCCTCAGTG
Seq A exon
GTAAGTGCGTCTCCACACGTGCTGAGCAGCTCTTTGCTGTGGTCCACTGTGAGGTGGCAGCCACCAAACAGGGCTGGTAATGGCCCTGCTTCCACATGCAAGTGCAGAATGCATGAGTAGCCATAAATGGTTTAGGGGGGACTTGGCCAGCCCCAGAATTAAGCATCTCTCTTGTGTTCTTAGAAATATTCCATTATCATAACTTTTTTAGATGTGAACCAATTGTTAAGAGACAGTTTGCTCTTTGCTTTAAGGCCGGTTAGGCAGATGAGAAGCCAGCCCACTAGAGCTGAGGGTGTCCTGCTGCAGCCTTCCTTGGTACTTACCCAGAGCCCCAGGCTAATGGCCATTCGATATTCCTCAGTTGAGAATTCTTTGTTTAGCTTTGTACCTCATTTTTAATACGGTTATTTGATTCTCTGGAATCTAACTTTTTAAGTTCTTTGTATATACTGGATATTAGCTCTCTATTGGATGTAGGTGGTAAAGATCTTTTCCCAAGTTTGGTCCTAATGACAGTGTCCTTTGCCTTACTGAAGCTTTGCAATTTTATGAAGTCTCATTTTGTCGATTCTTGATCTTAGAGCCATTGGTGTTCTGTTCAGGAAAATTTCCCCTGTGCCCATGTGTTCAAGGCTCTTCCCTACTTTTTCTTCTATTAGTTTTCAGTGTATCTGGTTTTATGTGGAGGTCCTTGATCCACTTGGACTTGAGCTTTGTACATGGCAATAAGAATGGATCAATTTGCATTCTTCTACATGCTGACCTCCAGTTGAACCAGCACCATTTGTTGAAAATGCTGTCTTTTTTCCCACTGGATGGTTTTAGCCCCTTTGTCAAAGATCCAGTGACCATAGGTGTATGGGTTCATTTCACGGTCTTCTATTCCACTGATCTACCTGCCTGTCTCTGTATCAATACCATACAGTTTTTTATCACTATTGCTCTGTAATACAGATGGTGGTTAGGGATGGTGATTTCCCTAGAGGTTCTTTTATTGTTGAGAATAATTTTTGCTATCCTGGGTTTTTTGTTCTTCCAAATTTGAGAATTTGAGAATTGCTCTTTCTAACTCTGTGAAGAATTGAGTTGGAATTTTGATGGGGATTACATTGAATCTGTAGATTACTTTCAGCAAGATGGCCATTTTTACTATATTAATCCTGCCAATCCATGAGCATGGGAGGTCTTTCCATCTTCTGAGATCTTCTTCAATTTCTTTAGACTTGAAGTTCTTGTCATACAGATCTTTCAGTTAGTTGGTTAGGGTAACACCGAGGTATTCTATTGTGAAGGGTGTCATTTCCCTAATTTTTCTCTCAGCCTGTTTATTTTTTGAGTAGAGGAAGGCTACTTAATGTGTTTGAGTTAATTTTATTTTATTATTTTTTAAAGATTTATTTATTTAATGTATATGCGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTACAGATGGCTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCTTGAGTTAATTTTATATCCAGCTACTTTGCTGAAGTTGTTTATCAGCTGTAGGAGTGTTTATCACCTTCCCAGAGGGTGGAATTTTTGGGGTCACTTAAGTATGCTATCATATCATCTGTAAATAGTGATATTTTGACTTCTTACTTTGAGTACTATATTGAATAGATAGGGAGAGAGTGGGCAACCTTGTCCCTGATTTTGGTGGAATTGCTTCAAGTTTCTGTCCATTTAGTTGATGTTGGAGACTGGTTTGCTGTATATGACTTTTACTATGTTTAGGTATGAGTCTTGAATTCCTGATTTTTACCATGACCTTTACCATGAAGGGATGTTGAATTTTATCAAATATTTTCTAAGCATCTAACGAGATGATCATGTGGTTTTTTTTTTCTTTGAGTCTGTTTATATAGTCGATTATGTTGATAGGTTTCCCTATATTGAACCATCCCTGCATCCCTGGGATGAAGCCTACTTAATCATGATGGATGATCATTTTGATGTGTTTTTAGATTTGGTTTGTGAGAATCTTATGGGATATTTTGAATATCCATAGAGAATTTGGTTTGAAGTTCTCTTTCTTTGTTGGGTCTTTCTGTGGTTTAGGTATAAGCGTAATTGTGGCTTCATAGAACAAATTAGGTAGTGCTCCTTCTGTTTCTATTTTGTGGAATGGTTTGAAGAGTATTGGTATTAAGTCTTCTTTGAAGGTCTGATAGAATTCTGCACTAAATCCATGTGATCCTGGGCTTTTCTTGGTTGGGGGACTTTTAATGACTTCTTCTATTTCTTTAAGGGTTATGGGACTCTTTAGATGGTTTATCTGATCCTGATTTAATTTTGATACTTAATATCTATCTAGAAAATTGTCCATTTCATTGAGATTTTCCAGTTTTGTTGAGTATAGGCTTTTGTAGTAGGATGTGATGATTTTTTTAATTTCCTCAGTTTCTGTTGTTTGTCTCCTTTTTCATTTCTGATTTTGTTAATTTAGATACTGTCTCTGTGCCCTCTGGTTAGTCTGGCTAAGGGTTTATCTATCTTGTTTATTTCCTTAAAGAAACAGCTCCTGGTTTTGTTGATTCTTTGTATAGTTCTTTTTGTTTCTACTTGGTTGATTTCAGCCCTGAGTTTGATTATTTCCTGCCTTCTTCTCCTCCTGGGTGTATTTGCTTCTTTTTGTTCTAGAGCTTTCAGGTGTGCTGCCAAGCTGCTAATGTATGTTCTCTCCAGTTTCTTTTGGAGGCACTCAGAGCTATGAATTTTCTTTTCCTCTTAGCACAGCTTTCATTGTGTCCCATAGGTTTGGCTATGTTGTACCTTCATTTTCATTACATTCTAAAAAGTCTTTAATTTCTTCTTTACTTCTTCCTTGACCAAGTTGTCATTGAGTAGAGCATTGTTCAGCTTCCGTGTGTATGTGGACTTTCTGTTGTTTTTGTTGTTATTGAAGACCGGCTTTAGTCCATGGTGATCTGATAGGATACATGGGATTATTTCTATCTTCTTGTATCTGTTGAGGCCTGTTTTGTGACCAATTATATGGTCAATTTGGAGAAGGTACCATGAGGTTTTGAGAAAAAAATATATTCTTTTTGTTTTAGAATGAAATGTTCTATAGATATCTGTTAAATCCATTTGGTTTATAACTTCTGTTAGTTTTACTGTGTCTTTGTTTAATTTCTGTTTCCATGATCTGTTCATTGATGAGAGTGGGTTGTTGAAATCTCCCACTATTATTGTGTGAAGTGCAATGTGTCCTTTGAACTTTAGTAAGGTTTAGTAAGGTTTCTTTTATTAATGTGGGTGCCCTTGCATTTGGAGCATAGATATTCCGGATTGAAAGTTCATACTGGTGGATTTTTTCTTTGAATATGAAGTGTCCTTCCCCATCTTTCTCGATAACTTTTGGTTGAAAGTCTATTTTATTCAATATTAGAATGACTACTCCAGCTTGTTTTTTGGGACCATTTGCTTGGAAAAAATTTTCCCAGCCTTTTACTCTGAGTTAGCGCCTCTCTTTGTCACTGAGGTGTGTGTTTCCTGTATGCAGCAAAATGCTGAGTCCTCTTTACGTATCCAGTCTGTTAGTCTGTGTCTTTTTATTGGGGAATTGAGTCTATTGATTTTGAGAGATATTAGGGACCAATGATTGTTTTTTCCTATTATTTTTGTTGTTAGAGGTGGAATTATGTTTGTGTGGCTGTCTTCTTTTGGGTTTGTTGAAAGAAGATTACTTTCTTATTTTTTCTAGGGTGCAGTTTCCCTCCTTGTGTTAAAGTTTTCCACCTATTATCCTTTGTAGGGCTGGAGTTGTGGAAAGATAGTGTATAAATTTGGTTTTGTCATGGAATATCTTGGTTTCTCCATCTATGTTAATTGAGAGTTTTGCTGGATACAGTAAGTAACTTGGGCTGGCATTTGTGTTCTCTTAGGTTCTGTATGACATCTGTCCAGGATCTTCTGGATTTCATAGTCTCTGGTGAGAAGTCTGGTGTAATTCTGATAGGTCTGCCTTTATATGTTACTTGACCTTTTCCCTTTACTGCTTTTAATATTCTTTCTTTGTTTTGTGCATTTGGTGTTTTGATTATTATGTGACGGTAGGATTTTCTTTTCTGGTCCAATCTATGTGGAGTTCTTCAGGCTTCTCGTATGTTAATGGACATCTTTTTCTTTAGGTTAGGGAAGTTTTCTTCTATAATTTTGTTGAAGATATTGAATGGTCCTTTAAGTTGGGAATTCGCTCTCTTCTATACCTATTATCCTTAGGTTTGATCTTCTCATTGTGTCCTGGATTTCCTGGATGTTTTATGTTAGGAGCTTTTTGCATTTTGTATTTTGACTATTGTGTCTATGTTTTCTATGGTATCTTCTGCCCCTGAGATTCTCTCTTCTGTCTCTTGTGTTCTGTTGGAGATGCTTGCATCTGTGACTCCTGATCTCTTTTCTAGGTTTTCTATCTCCAGGGTTGTCTCCCCTTGTGATTTCCTTATTGTTTCTTTTTCCATTTTTAGATCCTAGATGGGTTTTGTTCAGTTCCTTCACCTGTTTGTGTTTTCCTGTAATTTTTTAAAGGGATTTTTGTGTTTCTTCTTTAAGGGCTTTACCTATATTGTCCTGTATTTCTTTAAGTGAGTTATTTATGTCCTTAAAGTTTTCTAACAACATCATGAGATGCGATTTTAAATCAGAATCTTGCTTTTCCGGTGTGTTGGGGTATCCAGGACTTGCTGTGGTGGGAGAACTGGATTCTGATGATGCCACGTGGCCTTGGTTTCTGTTGCTTAGGTTCTTGCAGTTACCCCTCACCATCTGGTTATCTCTGGTGTTAGCTGGTCTTGGTGTCTCTGACTGTGGCTTGACCCTCCTATAAGCCTGTGTGGTCTCCTGGGAGACCAGCTCTCTCCTGGCAGGACTTGGGTACCAAGAGCTTTGGCACAGGGCCAGCTCCAGGCTCAGACGGAAACTGGAAAGCCTCATATGACATCTTAATGACTCCTTTTACTCAGACTTGAGTGCAGTGGCCTAATTGTCTGGCTAGGACACCTCCTGTTGTCTAAGGTCTCTCTCACACATGCACATCCCTGGGCCATACCTCCCAGCTCCTTTCCTATGGCTCACTGGGCCTGGACAACCTGGTGTAGGGCCTAGTGGCAGCAGCATCTACCCTATGAAGAACTGTGTGTTCCGGCAGAGCTGTGGAACATGCCTCTTGAGGACTGGGCAAGAGGTACCAGTGGGGCCCATCACAGTGACTCGGCTGCTGGTAATTCTGTCTTCTGCTCTAG
Seq C2 exon
GGCTCGACATGGAAGAAGGCAAGGCAGGAGGAACATGGCTGGGCATCAGCACACGCGGGAAGCTGGGGGCACTCACCAACTACCTACAGCCCCGGCAAGAGCCAGACGCCCGCGGCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000030245:ENSRNOT00000046594:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.122
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF057427=NRDE=FE(11.0=100)
A:
NA
C2:
PF057427=NRDE=FE(14.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]